Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001193301.2
Sequence Length
3127 nt
GC Content
0.5702
ACUGAGAGACCGGAAAGCCUGGCAUUCCAGAGGGAGGGAAACGCAGCGGCAUCCCCAGGCUCCAGAGCUCCCUGGUGACAGUCUGUGGCUGAGCAUGGCCCUCCCAGCCCUGGGCCUGGACCCCUGGAGCCUCCUGGGCCUUUUCCUCUUCCAACUGCUUCAGCUGCUGCUGCCGACGACGACCGCGGGGGGAGGCGGGCAGGGGCCCAUGCCCAGGGUCAGAUACUAUGCAGGGGAUGAACGUAGGGCACUUAGCUUCUUCCACCAGAAGGGCCUCCAGGAUUUUGACACUCUGCUCCUGAGUGGUGAUGGAAAUACUCUCUACGUGGGGGCUCGAGAAGCCAUUCUGGCCUUGGAUAUCCAGGAUCCAGGGGUCCCCAGGCUAAAGAACAUGAUACCGUGGCCAGCCAGUGACAGAAAAAAGAGUGAAUGUGCCUUUAAGAAGAAGAGCAAUGAGACACAGUGUUUCAACUUCAUCCGUGUCCUGGUUUCUUACAAUGUCACCCAUCUCUACACCUGCGGCACCUUCGCCUUCAGCCCUGCUUGUACCUUCAUUGAACUUCAAGAUUCCUACCUGUUGCCCAUCUCGGAGGACAAGGUCAUGGAGGGAAAAGGCCAAAGCCCCUUUGACCCCGCUCACAAGCAUACGGCUGUCUUGGUGGAUGGGAUGCUCUAUUCUGGUACUAUGAACAACUUCCUGGGCAGUGAGCCCAUCCUGAUGCGCACACUGGGAUCCCAGCCUGUCCUCAAGACCGACAACUUCCUCCGCUGGCUGCAUCAUGACGCCUCCUUUGUGGCAGCCAUCCCUUCGACCCAGGUCGUCUACUUCUUCUUCGAGGAGACAGCCAGCGAGUUUGACUUCUUUGAGAGGCUCCACACAUCGCGGGUGGCUAGAGUCUGCAAGAAUGACGUGGGCGGCGAAAAGCUGCUGCAGAAGAAGUGGACCACCUUCCUGAAGGCCCAGCUGCUCUGCACCCAGCCGGGGCAGCUGCCCUUCAACGUCAUCCGCCACGCGGUCCUGCUCCCCGCCGAUUCUCCCACAGCUCCCCACAUCUACGCAGUCUUCACCUCCCAGUGGCAGGUUGGCGGGACCAGGAGCUCUGCGGUUUGUGCCUUCUCUCUCUUGGACAUUGAACGUGUCUUUAAGGGGAAAUACAAAGAGUUGAACAAAGAAACUUCACGCUGGACUACUUAUAGGGGCCCUGAGACCAACCCCCGGCCAGGCAGUUGCUCAGUGGGCCCCUCCUCUGAUAAGGCCCUGACCUUCAUGAAGGACCAUUUCCUGAUGGAUGAGCAAGUGGUGGGGACGCCCCUGCUGGUGAAAUCUGGCGUGGAGUAUACACGGCUUGCAGUGGAGACAGCCCAGGGCCUUGAUGGGCACAGCCAUCUUGUCAUGUACCUGGGAACCACCACAGGGUCGCUCCACAAGGCUGUGGUAAGUGGGGACAGCAGUGCUCAUCUGGUGGAAGAGAUUCAGCUGUUCCCUGACCCUGAACCUGUUCGCAACCUGCAGCUGGCCCCCACCCAGGGUGCAGUGUUUGUAGGCUUCUCAGGAGGUGUCUGGAGGGUGCCCCGAGCCAACUGUAGUGUCUAUGAGAGCUGUGUGGACUGUGUCCUUGCCCGGGACCCCCACUGUGCCUGGGACCCUGAGUCCCGAACCUGUUGCCUCCUGUCUGCCCCCAACCUGAACUCCUGGAAGCAGGACAUGGAGCGGGGGAACCCAGAGUGGGCAUGUGCCAGUGGCCCCAUGAGCAGGAGCCUUCGGCCUCAGAGCCGCCCGCAAAUCAUUAAAGAAGUCCUGGCUGUCCCCAACUCCAUCCUGGAGCUCCCCUGCCCCCACCUGUCAGCCUUGGCCUCUUAUUAUUGGAGUCAUGGCCCAGCAGCAGUCCCAGAAGCCUCUUCCACUGUCUACAAUGGCUCCCUCUUGCUGAUAGUGCAGGAUGGAGUUGGGGGUCUCUACCAGUGCUGGGCAACUGAGAAUGGCUUUUCAUACCCUGUGAUCUCCUACUGGGUGGACAGCCAGGACCAGACCCUGGCCCUGGAUCCUGAACUGGCAGGCAUCCCCCGGGAGCAUGUGAAGGUCCCGUUGACCAGGGUCAGUGGUGGGGCCGCCCUGGCUGCCCAGCAGUCCUACUGGCCCCACUUUGUCACUGUCACUGUCCUCUUUGCCUUAGUGCUUUCAGGAGCCCUCAUCAUCCUCGUGGCCUCCCCAUUGAGAGCACUCCGGGCUCGGGGCAAGGUUCAGGGCUGUGAGACCCUGCGCCCUGGGGAGAAGGCCCCGUUAAGCAGAGAGCAACACCUCCAGUCUCCCAAGGAAUGCAGGACCUCUGCCAGUGAUGUGGACGCUGACAACAACUGCCUAGGCACUGAGGUAGCUUAAACUCUAGGCACAGGCCGGGGCUGCGGUGCAGGCACCUGGCCAUGCUGGCUGGGCGGCCCAAGCACAGCCCUGACUAGGAUGACAGCAGCACAAAAGACCACCUUUCUCCCCUGAGAGGAGCUUCUGCUACUCUGCAUCACUGAUGACACUCAGCAGGGUGAUGCACAGCAGUCUGCCUCCCCUAUGGGACUCCCUUCUACCAAGCACAUGAGCUCUCUAACAGGGUGGGGGCUACCCCCAGACCUGCUCCUACACUGAUAUUGAAGAACCUGGAGAGGAUCCUUCAGUUCUGGCCAUUCCAGGGACCCUCCAGAAACACAGUGUUUCAAGAGACCCUAAAAAACCUGCCUGUCCCAGGACCCUAUGGUAAUGAACACCAAACAUCUAAACAAUCAUAUGCUAACAUGCCACUCCUGGAAACUCCACUCUGAAGCUGCCGCUUUGGACACCAACACUCCCUUCUCCCAGGGUCAUGCAGGGAUCUGCUCCCUCCUGCUUCCCUUACCAGUCGUGCACCGCUGACUCCCAGGAAGUCUUUCCUGAAGUCUGACCACCUUUCUUCUUGCUUCAGUUGGGGCAGACUCUGAUCCCUUCUGCCCUGGCAGAAUGGCAGGGGUAAUCUGAGCCUUCUUCACUCCUUUACCCUAGCUGACCCCUUCACCUCUCCCCCUCCCUUUUCCUUUGUUUUGGGAUUCAGAAAACUGCUUGUCAGAGACUGUUUAUUUUUUAUUAAAAAUAUAAGGCUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1194.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1250.81
Frequency: 0.0000
Diversity: 723.69
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((.((...((((.((...)).))))((((((((((......(((((((.......(((.(((((...(((((.((((((((((.((((.((.((((((...((...((.((((((((((((((((.(((..((((((((((((.(((((..((((..((((....)))).((....))...))))..))))).))).)))))))))...(((((((((((......((.(((((.(((..((((...))))..))).))).))....(((((((((.(.......(((((.......)))))....((((.......))))).))))))))).....))...)))))))))))......))).)))))))))))..)))))..))....)).....).))))))))))).))))).......(.(((((.(((....((((((((.....(((((((...))))))).....((((.(.(((.((((.(((.((((((((((((((....((((...(((......)))..(((((.(((((((....((.((((...)))))).(((.(((((((..((.....))..))).))))...)))(((.(((((........)))))..))).....)))))))...)))))....))))))))))............(((((.((((.(((.....(((((.....)))))....((((.((...((((....))))..((((((((((.((.....((..(((((((((((((..(((((........)))))))))))...((((((....(((((((((.((((......))))))))((((((((....(((.(((((((...(((((........(((((((((.....((((((............(((((.....))))))))))).((((.(.....))))).((((((..((((((((((((.....).))))))))))).))))))..)))))))))..((((((((((.((((.((((((.((.((((.................................)))).)))))))))))).)))))...))))).((((((..(((((.((...((((((.....))))))...))))))).)))))))))))...)))))))...))))))))).)).(((((((((((((((((..((((..((.....))..))))))))..))))))))......))))).....)))))...)))))).(((((....)))))....((((((.(((...((..((.((((((......)))))).)).))...))).)))))))))))))..)).....)).))))).)))))..))))))))))))))))))((.((((.....(((((((((((((((....)))))..)))(((((((((....(((.(((...))).))).....))))))))).))))))).....)))).)).((((((((((..(((......)))..))))...))))))......(((((..((((((.(((((((((.(.((........(((.((.(((((((..((((...(.(((((.....)))))).))))(((((.(((......(((((((((((((..((((((..((((((((((..((((...(((((....))))))).))...)))))....(((((.(((((.(((.(((((((...((((((.((.((....(((......)))))))))...)))).......((((((((((((((((((((((((((((((((...(((.......((((..(((.((((.(((.......))))))).)))...))))......))).)).)))...(((((((..(((.((...))..)))..))))))))))))))))))))))((((..(..((((((...)).))))..)..)))).....(((((.(((......))).)))))))))))))))))..((((((((....((((((((......)))).))))..(((((.(.......).)))))....))))))))...((((((((((....((((((...))))))....))))))))))..))))))).)))))))).)))))....((((((((((((((.((.............)).))))....)))))))))).)))))..))))))))))))...((((((..(((((((..(((.((((((.((....(((..((.....)))))....))..)))))).)))...((((.....))))((((((((((((.((((.((.....((((((((...((((....))))...))))))))..((((((((((((...))).)).)))))))..((((((((((...))).))).))))(((....))).)).))))((((...(((....((((((......))))))..))).))))..))))))))))))..........)))))))....))))))................))))))).......))).)))))..)))))))))))))).).))))).))))))))))...)))))....))))))))))))))).))).))))).))))..)))))))))))))((((...(((..((((((...))))))..))).))))...........))))))))))......((((.......))))...................((......))......((((...))))))))).))))))))))((((...))))..((((.((((.((((((.((.(.(((((((((((((.....((((((......(((((.((...)))))))....)))))).....(((((((..((..........))..)))))))..))))))))......))))).))))))))).)))).)).))((((((...(((.........)))..)))))).((.(((.....))).))....))))))))))((((.......))))..(((....))).)).))))((.((...(((((((....)))))))...))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((,.,,..|{{,(,(({{{|,.,})){(((((((((......((((((,......{(((.(((((...(((((.((((((((((.((((.((.(((((,...,({,,{({(({,,(((((((((((.(((..((((((((({((,(((((..((((..((((....)))).{{....}}...))))..))))).))).)))))))))...(((((((((((......{{.(((((.(((..((({...))}},.))).))).))....(((((((((.(...,{..(((((.......)))))..|,,{{{.....,.}},,).))))))))).....},...)))))))))))......))).)))))))))))}))))))...,..,,{{....,)}))))))))))).))))).......{.(((((.(((....,(((({{(,{...(((((((...}))))))..,,.((((.(.(((.(({{{(((.(((((((({(((((....{(((...(((......)))..(((((.(((((((....{{.((({...})))}}.{{{.(((((((..((.....))..)))}})))...||}(({.(((((........)))))..))),....)))))))...)))))....))))))}))).,,.........(((((.((({,(({..,(((((((,(((.((.{{{....}}).}),)}||((....))}}..{(({,,,,.|.,.},,,.....(((((((((((((..(({({........}))}))))))),..((((((....(((((((((.((((......)))))))){(((((((.((((((({{((((({((((,..{(((.((((((((((((,....,{{,,..|.{{(((((.((((((.....)))))),}.|,.({{(,{...,,))))).((((((..((((((((((((.....),})))))))))).))))))})))))){{||,,,}}|}(((((.({(((((((({{((.((((.,..........,.....,}.............)))).)))))))))))).))))).}.))))))).)))),)}}}||((((({((((((.....))))))..,)))))}....}))))))))))))...{,..,,||.)))))).}}.,....((((((((((((..((((..((.....))..))))))))..)))))))){{{...,.,}}|....)))))...}))))).(((((....)))))....((((((.(((...{{.|{{.{(((((......)))))).)).))...))).))))))}))))))...)))))))}....(((((......)))))})))))))))))((.((((.....((((((((({(((((....)))))..})}(((((((((.{..(((.(((...))).))).,...))))))))).))))))).....)))).)).((((((((((,{(((......))).,))))...))))))......(((((..((((((.(((((((((.{,((..{{{{...,,.||.(((((((,,((((...(.(((((.....)))))},)))){((((.(((,.....((((((({{{(({..((((((,,((((((((((..{{{,...(((((....)))))},.)),,.)))))....{((((.(((((.(((.(((((((...,,,,{{.||.({...{(((......))))}},))...}|.,....,..((((((((((((((((((((((((((((,(({...{{|}......((((..(((.((({,(((.......))))))).)))...))))..}...,}|,||..}),,,(((((((..(((.((...})..)))..)))))))))))))))))))))){(((.,{..((((((...)},}))),}}..)))}.....{((((.(((......))).)))))))))))))))))..((((((((....((((((((......)))).))))..(((((.(.......).)))))..,.))))))))...((((((((((....((((((...))))))....))))))))))..))))))).)))))))).))))},,,.((((((((((((((.((.,.........}.)).))))....)))))))))).}))))..))))))))))}}{{{(({((({{{,((((({.(((.((((((.((....(({..((.....)),,,.,,,}}..)))))).)))..}||||}..}))}|}((((({((({{{.{{{{.||.....((((((((...((((....))))...))))))))..(({(((((((({..,}},|||.|||||||..|{||||||||..,))}..)),)))))))}.,}}}}.}}.}}}}{{{,...,{{....((((((......)))))),{|,,.|)))..}}|||||||||}.{(,...}}}}}}})))}}}})),))),},,,}},}}}}},..))))))).......))).)))))..)))))))..}}})).).))))).))))))))))...)))))....))))))))))))))).))).})))).))))..,}}}))))))))}((((...(((..((((({...))))))..))).))))...........))))))))))......{(((.......,}},................,..({......))......((((...))))))))).)))))))))){(((...)))}...,,(.((((.((((((,{{.(.(((((((((({((.....((((((......(((((.({...))}))))...,)))))).....(((((((..((..........))..)))))))..)))))))}....,}))))).)}))))))).)))).)),,|((((((...(((.........)))..))))))}.|,|{{.....}}}.,.....)))))))))}{{{,...,,,,}}}|..(((....))).,}.))})||.|{...(((((((....)))))))..,))))}.
Back