Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001193453.2
Sequence Length
1429 nt
GC Content
0.4437
AGUUCCGUUCCUGCUCCGCUUGAGGAGAAGCGCCAAGUGCGCAUGGGGACGCUAUAGCAAUUCGUUUGCUGUCCUUCCUCUCCUUCGAAGAUGACAAGGCCUACCAUCGUUUCUUCCUGCCUUUGGGCCGUCAGGCAGUUGGUUGGGACCCGCUCCAACCCUCGGUUCUUCCUGCAAUACAGUGGAUACAAUUUGUCAUGGCUACUCUGAGUGUUAUAGGUUCAAGUUCACUUAUUGCCUAUGCUGUAUUCCAUAAUAUACAGAAAUCUCCAGAGAUAAGACCACUUUUUUAUCUGAGCUUCUGUGACCUGCUCCUGGGACUUUGCUGGCUCACGGAGACACUUCUCUAUGGAGCUUCAGUAGCAAAUAAGGACAUCAUCUGCUAUAACCUACAAGCAGUUGGACAGGUGAUAGAUUAUACUUGUCGAGUUUGUCAAAUGGCCUUUGUUUUCUCAAGCCUGAUACCUCUGCUAUUGAUGACACCUGUAUUCUGUCUGGGAAAUACUAGUGAAUGUUUCCAAAACUUCAGUCAGAGCCACAAGUGUAUCUUGAUGCACUCACCACCAUCAGCCAUGGCUGAACUUCCACCUUCUGCCAACACAUCUGUCUGUAGCACACUUUAUUUUUAUGGUAUCGCCAUUUUCCUGGGCAGCUUUGUACUCAGCCUCCUUACCAUUAUGGUCUUACUUAUCCGAGCCCAGACAUUGUAUAAGAAGUUUGUGAAGUCAACUGGCUUUCUGGGGAGUGAACAGUGGGCAGUGAUUCACAUUGUGGACCAACGGGUGCGCUUCUACCCAGUGGCCUUCUUUUGCUGCUGGGGCCCAGCUGUCAUUCUAAUGAUCAUAAAGCUGACUAAGCCACAGGACACCAAGCUUCACAUGGCCCUUUAUGUUCUCCAGGCUCUAACGGCAACAUCUCAGGGUCUACUCAACUGUGGAGUAUAUGGCUGGACGCAGCACAAAUUCCACCAACUAAAGCAGGAGGCUCGGCGUGAUGCAGAUACCCAGACACCAUUAUUAUGCUCACAGAAGAGAUUCUAUAGCAGGGGCUUAAAUUCACUGGAAUCCACCCUGACUUUUCCUGCCAGUACUUCUACCAUUUUUUGAAACUACAAUACUGGAACAUCCAGGAACUGGAGUUAUUCUACGCUAAUGGAUUGGAAAGAAUGUUGGGAAAGGACAUCUUAAAUCUUUUCUAACUAUGCCCUAAACUGCAGAACUCAAAGGAAAUAUAGUGCCAUUGUUAGUAGUCAUUCUAGAUGAAUUGGGAGUAUCUCUCCAGUUAUUCCCAGAUUCACUAGUGAUCCUUAAAGUCUCUAUUCAGGGAGAGGAAGACACUUUCCAUCUCAGAGAUAGACUCGUGUUACCUUGAUGGAUAUUGGAUUUGUCUAAGUCUCUUCUAGAAAAAAUAAAUUCUAGAUUAUUAUUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-412.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -437.39
Frequency: 0.0000
Diversity: 314.09
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((((((.((((......))))..((((.....))))..)))))))..(((((((.....))))))).((((((((((((.(((..((((((((((((................((((((((...((..(((((((((((((......)))))))....(..((((((((......(((((........(((((((((....((((((((((((((..(((....)))...)))))))((((((........)))))).....(((((((((((((......))))))))((((...........)))))))))........(((((..(((((....)))))...)))))(((((((((...........((.(((((..........))))).))((((((((........))))))))(((..(((((...(((..(((......))))))))))).))))))))))))..((((.(((.(((((.((((((((((........))))))).......))).)))))..))).))))........)))))))........)))))))))......)))))(((((......(((..((((((..((...............((((..(((((......(((..(((........)))..))).......)))))..)))).......)).)))))).)))...)))))..((((((((....(((..(((((.(((((((.((((((((.(((...)))...(((.(((....))).))).....(((((((((........)))))))))))))).))))))))))............(((.....)))..)))))..))).)))))))).((((((..(((((..((.(.......))).)))))...)))))).........(((((((...((((((....)))).)).)))))))........))))))))..)(((((((.(((((((............)))).)))))))((((((((((......(((((......((((....))))...))))).(((((((((.((....((((((((((....((((((.((...(((((...)))))....)).)))..)))......)))))..)))))....)).)))))))))........))))))))))......)))...)))))).)).)))))))).....))).))).))))))...((((..((((.(((((((((((((.((....)).)))))))).)))))))))))))..............)))))))))))))))......((((((.....((((......)))).....))))))....((((((....))))))..(((((((........)))))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,..(((((((,((((......))))..((((.....))))..)))))))..{((((((.....))))))|.((((((((((((.((({{{((({{((((((...({.(((.,,.((((.{{{((((.((((((,.(..(((((((......}))))))..,((.....}|,{......,(((((.....,..(((((((((....((((((((((((((..{((....))}...)))))))((((((........))))))...,,,((((((((((((......))))))))((((.,,...,....}}}}}}}}},.,,....{((((,.(((({....)))))..})))))(((((((((...........((.(((((..........))))).))((((((((........))))))))(((..(((((...(((..{((......))))))))))).))))))))))))..((((.(((.(((((.((((((((((........))))))).......))).)))))..))).))))........)))))))........))))))))).|,...}}}}}(((((((......((((.(((((((((............{((((...}}}}}....(((((..,{{{{{({{({((((((((.{({{...}))}(({.{{{{{.{{{}..,,....}}).}}}}||||,,(({({{(({...(((,,((({{,((((((,,((((((((.(((...}}).,.(((.(((....))).))).....(((((((((........)))))))))))))},))))))))))...,........{{|.....)))}.}}})),.))),)))))}},.((((((..(((((..{{.,.......,)).)))))...)))))).........(((((((...((((((....)))).)).)))))))..........)))))))).)).}}},,))})},.)))))............)))).))))},.))))......))))))).....,|||,.,}}}},,,.,)))))),{{(({..((((({.,,....{{,,...,|,,....,,.}}||||{,,.{||||...}))})))}.,||{,....,,})),.,)))}}}...(((((((((({..........}))))))))))...)))).,),..)))),,...))),))....))).))).}))}}}...((((..((((.(((((((((((((.((....)).))))))))}})))))))))))).......,,,}},.})))))))))))))).,....((((((..,(,({({{{{...}))}.,|,.))))))....|{{{,,.,,,}}}))}..(((((((........)))))))..........
Back