Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001193609.2
Sequence Length
2326 nt
GC Content
0.4054
GCAUUGUCAGCUGGAGCGUUCGGUGGACAGUGAGCAUGCGUACCAUAUCUGAAGUUCGUAAAUUGAAAUUGAACAUGCGUAAUUAAUCUUUCUGAAUAGGAAAAAAUAUAUACACAACAAAACUCUCCGUUUAUGGAACAUGCGCAUUUGUUCUCAGUAAGUUUUUCGUUUUGAAAGUGAGCAUGCGCAUGGUGAGUAGGUUGGUCCGAAGUUUGAACCGGACAGAAGCGCUGGUCGGCGUCUGGCGGUUGUUUUUAGAGGUAAUACACCUAGUUUGUGGCUCAGCAUGUCAAUUGUAACAGUGCAACUUGGUCAGUGUGGCAAUCAGAUUGGUUUUGAAGUUUUUGAUGCUUUGCUUAGUGACUCACACAGUUCCCAGGGACUCUGCUCUAUGAGAGAGAAUGAGGCAUAUCAAGCAUCUUGCAAAGAAAGAUUCUUCAGUGAGGAGGAGAAUGGAGUUCCAAUUGCCCGGGCUGUUCUUGUUGACAUGGAACCCAAAGUUAUCAAUCAAAUGCUGUCAAAGGCUGCCCAGUCUGGCCAAUGGAAAUAUGGUCAACAUGCAUGCUUCUGUCAAAAACAAGGUUCUGGAAACAACUGGGCAUAUGGUUACUCUGUUCAUGGACCCAGGCAUGAAGAAUCUAUAAUGAACAUAAUCCGGAAGGAAGUGGAGAAAUGUGACUCUUUCAGUGGUUUUUUCAUCAUAAUGAGUAUGGCUGGGGGCACAGGAUCAGGAUUAGGAGCUUUCGUUACACAGAAUUUAGAAGAUCAGUACUCAAACUCAUUGAAAAUGAAUCAGAUUAUUUGGCCUUAUGGAACUGGUGAGGUUAUUGUUCAAAACUACAACUCCAUUUUGACACUUUCUCACUUGUACCGAUCUUCAGACGCCCUCCUUCUUCAUGAGAAUGAUGCCAUCCAUAAGAUCUGUGCAAAACUGAUGAAUAUCAAGCAGAUCUCCUUUAGUGAUAUCAAUCAAGUCCUCGCACAUCAGCUGGGAAGUGUGUUCCAGCCUACUUAUUCUGCAGAAAGCUCAUUUCACUACAGACGAAAUCCACUAGGUAUUGAUAGGCAUGUAUGGCCUCCUUUAUCAGGACUUCCUCCUCUUAGUAAAAUGUCUCUCAACAAGGACCUGCAUUUUAACACUUCCAUUGCUAACUUGGUCAUUCUUCGUGGGAAAGAUGUGCAAAGUGCAGAUGUGGAGGGAUUUAAAGAUCCAGCUCUGUAUACUUCCUGGUUGAAGCCUGUUAAUGCUUUCAACGUGUGGAAAACCCAGCGGGCCUUUAGCAAAUAUGAGAAGUCUGCAGUGUUGGUCAGCAACAGCCAGUUCUUAGUAAAACCACUUGAUAUGAUUGUUGGGAAGGCAUGGAAUAUGUUUGCUUCAAAAGCCUACAUUCAUCAGUACACAAAAUUUGGAAUCGAAGAAGAGGACUUUUUAGACAGUUUCACGUCAUUAGAGCAGGUUGUUGCCAGUUACUGUAAUCUCUGAUCUUGAACAAUGGGAAAAGUAUACCUUAAGGCAUUUCUGGACUAAAAUAUUUUCAAUACUAUUUUCUCUGUAAAGUUUUCAAAGUUCUCCAUCCUGGCUAACACGGUGAAACACCGUCUCUACCAGAAAAUACAAAAAAUUAGCCAGGCGCGGUGGCGGGUGCCUGUAGUCCCAGCUACUCGGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUGACGUGAACCCAGGAGGCGGAGCUUGCAGUGAGCCGAGAUCGCGCCACUGCACUCCAGCCUGGGCGACAGAGCGAGACUCCGUCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAUGUUUUCAAAGUUCCAUUCUGUUAAAGUAACCACGUAGAAUGCUGAGUCUAUUCUGCAUACUAUGCCCACAGAAAAGGAAGAAAACUUUUUAAAAUGGAGAAUCGCAUGUUUUCAAUGAAAACAUUCACUUGGUAUUUCAUUUGUAAGAAAAAAAAAUGGUGCUUUUAUAAAGAACUUUGGGGAAACACUUUGCUGAAAUGUUGGGACUCUGGAACUAGCCAAGAAAAGAGAAUAUUCUCUUUGUCUACAUGUUCCUAAAUCUUUACUCCAAAACAACUCCAAAAACAACUCACAAAGCAUGAACCAAACUUUCACAGCAUAAUUUCAAGCUAAGGAAUUGUAAUUCUGUACUUAAUAUAUUCAUGUUUGAAAUGAAUGCUUUGAACCACAGGAGGGAGAUGUUGUCAAAUGCUACAGUGUGAACAUGUAUUUUGAAUAUUCUGUAACAGGGCAAGUUUCCACUCUAAGCAGCUAUUUAAAAAUAAAUAUGAGGAUUUUGGUAAUAAAUGCUUAUGCUUAAGUACAAAAGUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-623.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -667.29
Frequency: 0.0000
Diversity: 809.24
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((.((((((...)))))).)))))))(((((...(((((.((((...(((((...........)))))....(((.......(((((.....))))).......)))((((((...(((((((((((((...((((((((..(((((((((...(.....)...))))....)))))))))))))((((((.((((((((((..........)))))....(((((.((((((((((((((((((((((((((........((((.((((.((((..(((((((..(((((.(((.(((......).)).))).)))))((((((((......((((((((((((((((.((.((((((..((.(((((....))))).)).(((.((.(((((..(((......)))..).)))).)).)))...(((((((........)))))))((.((((((......((((.....))))......))))))))..)))))).)).)))).)).))))))))))..))))))))((((((....)).))))......)))))))...)))).)))).)))))))))))))))))(..(((((((....(((..(((((........))))))))..)))).)))..)....(((....))).(((((((..((((.((((..((((.((...(((((....))))).)).))))))))))))((.(((((((..((((((((....(((((((.....((((((.((((..........(((((((((..(((((.......((((((.((.(((.......(((((((((((..(((((.((.(((((((((((((((((((((((((.((((((..((.((..((.(((((...))))).)).))..))...)))))).))))))....((.((((((((((............((((.((..(((((.(((((.........(((((((......)))))))..............((.((..(((((.((((..((.(((.(((....((((..(..((((.......)))).)..)))).))).))).))....)))).))))).)).))....))))).)).))).)).))))...........)))))).)))).))))))))))).))).))))))).)).)))))(((((((....((.(((((.(((((.((((((..(((((((((((((.....(((((.....))))).....)))))).)))))))......).))))).))))).))))))).(((((((((.(((((...........(((((((....)))))))..(((.((((((.((((((....((((((((.(.(((.((.((.(.(((...)))).)).)).))))))).))))))))))))))))).)))...))))).)))))))))..........)))))))....)))))))))))....)))...)).))))))...))))).......))))))))))))))))))))))))...))....))))))))..)))))))))....(((((...))))))))))))...................)))))))))..)))).)))))....(((((((((...((((((((.((((((.((((.....(((...((((((....((((..(((((((.((((....)).)))))))))))))..)))))).......)))...))))))))))....................((((((((((((((.....(((.((((((.((((((((.((((.((......)).)))).)))))......((((((........)))))).((((((((.((((.((((((((...)))))))).....)))).))))))))..............))))))))).)))..))))))))..)))))))))).))))...)))))))))..(((((......((((((((((....))))))).)))....)))))..................))))).........))))))....)))))))......((((.(((((.(((((((((....((((..(((........)))....))))..)))))))))..))))).)))).....))))))...))))))....((((..((((.((((.(((...........((((...))))))).)))).))))...))))..((((((....))))))...))))..)))))....)))))..(((((........)))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((((.((((((...)))))).)))))))(((((...(((((.((((..,(((({.....,,,...}}}||,{{{({{.......(((((.....))))}.......,,,,{{,,,...,((((((({{,{|,..((((((((..{(((({{{,.,,{.....,..,}))}....)))))))))))))((((((.,{(({(((((........,,)))}|,,..(((((.,,,||||||((({{(((((((({{(((,,.....{{({,((((,,{(({,((((({({{{{{(({{{{,{||,,.,,||{||,|||{||||{{(((||||...,|,{{{{{{{||{{{|{||||{.{||||{,,,,.{{(((,,,,||}||{{,((({.,|}|||||..{{{|,|,,.,,},,},|||||||,|||,||{{(((((,.,{,{{,||||,,{{{,(((({{.{{({{(((({{{..,|{|.{{{{,|||}}}}}}.,)))},,},.,,,,.|},}}}},|||||,,,}))))||((({|{,....}.))))),.{,{||||||}.,{||||,.,,|.|||||||,,,,,},,||({{{,(((((....,,,.,|||||..}}}}}.},}},)))}})),,..,,..,....(((....))){(((((,...{((,.,,,,..,((({(({{{(({,.{{.{{{{{{{|,{{||||||{((({,,.((((((..(((((,.{{(,,......|},....(((((((.((((,,,,..,,,{|||,|||||.,{{{,...}}}},((....}}....(((((((....(({{(((({...........})))))))...))))))}.)))).))))))).|}.},.})})},,||}.}))||,{||{|,|{|,....{{{{{(((,,.....{(({..,,||||.}}}|}}}}......})),)))}},)),.,{{{{.{(......}}.}})}..}}}})))))))))))))))}.)).})}}})}.}})}|,.....,,},|,,.}}}}}}.|||,}}|}}||||}}}}}}}||||{{{...,,||||.,||||||||.,,|{,{{{{((,{{{,.....})},,,||}}||||,|,{{{({{{,,({.{{{||||{{{{,{{{,,,,))),)})),}},))))}})).,)))))))|,,,....((.(((((.(((((.((((((..(((((((((((((.....(((({.....}}))).....))))))},))))))......).))))).))))).))))))).(((((((((.(((({.{{{.......({{((({....)))))))..(((.((((({.((((((....((((((((.{.(((.((.{{.,.((,...,)),.}}.)).)))}))).)))))))))))}))))).))),}}))))).))))))))),,{.,,,,....||,}}},,,||},||,.,||||..||||,.}|,,,|}}},,,}},||,,,,,..}}}}}}},}}}}}.,}}}}||}}}...},.,|||.,|||||{{,,{(((({({,.((((((...)))))).{{|.,.}),............,}}))))))|||...,))}}}|||||.,{(((((,{{...{{||}|||}||||||,||||,,|..,.|}}.{{{|||,,,,((((..(((((((.((((....)).))))))))))))).,)))))),,},,}})}|{,,|}}}))))),................,,,,,((((((,{{{(((,.{{,(((.,,{({,.{{,(((((.((((.((,....})).)))).)))))...,,,|||,,|},,,,,,,)})))).{|||||||,|||{.((((((((...)))))))).}...}}}}.))))}))}.,,,}}........}}))))))}.}},..}}})))))}}}},,}}}}}},}})}..,))))))}}}..(((((..,...((((((((((....))))))).)))....)))))....,,},.,,...,,,,,,,}})}}..,,}.))))))...,)))}}}}......((((.(((((.(((((((((....((((,{({,..........,.}},))))..)))))))))..))))).)))).....||||||{{{|,||||{...((,(({((,(,(,,(,,,,....||..}},.}}}}}.)),)))),))))}),))}).,}}}..{(((({....}))))},,.))))..)))))....)))))..{((((........)))))..
Back