Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001193610.2
Sequence Length
2320 nt
GC Content
0.4047
GCAUUGUCAGCUGGAGCGUUCGGUGGACAGUGAGCAUGCGUACCAUAUCUGAAGUUCGUAAAUUGAAAUUGAACAUGCGUAAUUAAUCUUUCUGAAUAGGAAAAAAUAUAUACACAACAAAACUCUCCGUUUAUGGAACAUGCGCAUUUGUUCUCAGUAAGUUUUUCGUUUUGAAAGUGAGCAUGCGCAUGGUGAGUAGGUUGGUCCGAAGUUUGAACCGGACAGAAGCGCUGGUCGGCGUCUGGCGGUUGUUUUUAGAGGUAAUACACCUAGUUUGUGGCUCAGCAUGUCAAUUGUAACAGUGCAACUUGGUCAGUGUGGCAAUCAGAUUGGUUUUGAAGUUUUUGAUGCUUUGCUUAGUGACUCACACAGUUCCCAGGGACUCUGCUCUAUGAGAGAGAAUGAGGCAUAUCAAGCAUCUUGCAAAGAAAGAUUCUUCAGUGAGGAGGAGAAUGGAGUUCCAAUUGCCCGGGCUGUUCUUGUUGACAUGGAACCCAAAGUUAUCAAUCAAAUGCUGUCAAAGGCUGCCCAGUCUGGCCAAUGGAAAUAUGGUCAACAUGCAUGCUUCUGUCAAAAACAAGGUUCUGGAAACAACUGGGCAUAUGGUUACUCUGUUCAUGGACCCAGGCAUGAAGAAUCUAUAAUGAACAUAAUCCGGAAGGAAGUGGAGAAAUGUGACUCUUUCAGUGGUUUUUUCAUCAUAAUGAGUAUGGCUGGGGGCACAGGAUCAGGAUUAGGAGCUUUCGUUACACAGAAUUUAGAAGAUCAGUACUCAAACUCAUUGAAAAUGAAUCAGAUUAUUUGGCCUUAUGGAACUGGUGAGGUUAUUGUUCAAAACUACAACUCCAUUUUGACACUUUCUCACUUGUACCGAUCUUCAGACGCCCUCCUUCUUCAUGAGAAUGAUGCCAUCCAUAAGAUCUGUGCAAAACUGAUGAAUAUCAAGCAGAUCUCCUUUAGUGAUAUCAAUCAAGUCCUCGCACAUCAGCUGGGAAGUGUGUUCCAGCCUACUUAUUCUGCAGAAAGCUCAUUUCACUACAGACGAAAUCCACUAGGAGACUUAAUGGAGCAUUUAGUUCCCCAUCCUGAAUUCAAGAUGCUGAGUGUUCGUAACAUUCCUCACAUGUCUGAGAAUUCAUUGGCAUACACCACAUUUACUUGGGCUGGCCUCCUCAAGCAUUUGAGACAGAUGCUCAUUUCUAAUGCAAAGAUGGAAGAAGGUAUUGAUAGGCAUGUAUGGCCUCCUUUAUCAGGACUUCCUCCUCUUAGUAAAAUGUCUCUCAACAAGGACCUGCAUUUUAACACUUCCAUUGCUAACUUGGUCAUUCUUCGUGGGAAAGAUGUGCAAAGUGCAGAUGUGGGUAAGAAAUUCAGAGCCUACAUUCAUCAGUACACAAAAUUUGGAAUCGAAGAAGAGGACUUUUUAGACAGUUUCACGUCAUUAGAGCAGGUUGUUGCCAGUUACUGUAAUCUCUGAUCUUGAACAAUGGGAAAAGUAUACCUUAAGGCAUUUCUGGACUAAAAUAUUUUCAAUACUAUUUUCUCUGUAAAGUUUUCAAAGUUCUCCAUCCUGGCUAACACGGUGAAACACCGUCUCUACCAGAAAAUACAAAAAAUUAGCCAGGCGCGGUGGCGGGUGCCUGUAGUCCCAGCUACUCGGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUGACGUGAACCCAGGAGGCGGAGCUUGCAGUGAGCCGAGAUCGCGCCACUGCACUCCAGCCUGGGCGACAGAGCGAGACUCCGUCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAUGUUUUCAAAGUUCCAUUCUGUUAAAGUAACCACGUAGAAUGCUGAGUCUAUUCUGCAUACUAUGCCCACAGAAAAGGAAGAAAACUUUUUAAAAUGGAGAAUCGCAUGUUUUCAAUGAAAACAUUCACUUGGUAUUUCAUUUGUAAGAAAAAAAAAUGGUGCUUUUAUAAAGAACUUUGGGGAAACACUUUGCUGAAAUGUUGGGACUCUGGAACUAGCCAAGAAAAGAGAAUAUUCUCUUUGUCUACAUGUUCCUAAAUCUUUACUCCAAAACAACUCCAAAAACAACUCACAAAGCAUGAACCAAACUUUCACAGCAUAAUUUCAAGCUAAGGAAUUGUAAUUCUGUACUUAAUAUAUUCAUGUUUGAAAUGAAUGCUUUGAACCACAGGAGGGAGAUGUUGUCAAAUGCUACAGUGUGAACAUGUAUUUUGAAUAUUCUGUAACAGGGCAAGUUUCCACUCUAAGCAGCUAUUUAAAAAUAAAUAUGAGGAUUUUGGUAAUAAAUGCUUAUGCUUAAGUACAAAAGUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-616.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -663.63
Frequency: 0.0000
Diversity: 726.35
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((.((((((...)))))).)))))))(((.(((((((((....(((((((.....(((((....(((((((((.........(((((.....)))))....................(((((((((......((((((((..(((((((((...(.....)...))))....)))))))))))))(.(((((..((((((((((((...(((((..(((..(((((....)))))))).)))))(((((..((((((.(((.((((((((..((.((((.((..((...(((((.(.(((((..(((((.((.((((((((((..............))))))....)))))).))))).....(((((....)))))(((((((((((((((((..(((((......(((((((((.......((((((((((((..((.(..(((((((((.(((..(((((((.......(((((..((..(((((...(((............)))(.((.(((((((...((.((((((((....)).))))))))..))).)))).)).)........)))))))..))))))))))))..)))..))))))))).....)))..)).)))))))))).............(((....)))((((((....(((.........(((((((((((...((.((((((((.((((((((.((((...((((((..(((((....((((............(((((((.((((((((.....))))((((((......))))))..((....))....(((((((....(((.(((((...........))))))))...))))))).)))).))))))).))))..)))))..))).)))((.(((((.(((.....((((((((....................))))))))......))).))))).))...((((.((......)).))))..)))))))))))))))))))).)).))))))).)))).........)))...))))))((((........(((((.....)))))...)))).....)))))))))(((((((...)))))))....((.(((((((.......(((......)))......))))))))))))))....((((((((...))))))))(((((....(((.((((.(((.((((...(((((((((.......)))).....)))))..)))).))))))).)))))))))))))).....(((..((........))..)))((((((((...((((.(((((((....(((..(((((...(((..(((((((((............))))))))))))..))))).....))).....)))))))...))))..)))).))))......))).))))))))...)))))).)))))))..))..)))).)).))))..))))....))))))))))))))))))).)))))))..))))).)...........((((((......((((..(((((((..(((((((((.((((((...)))))).(((...)))............)))))))))(((....)))..(((((....((((........)))).....))))))))))))....))))((((((....((((..(((((((.((((....)).)))))))))))))..))))))..)))))).(((((...))))).................((((.((((((....((((.((((((...........(((((.((((.((......)).)))).)))))...))))))..)))))))))).)))).)))))))))..))))))))))))))...))).))))..))))))..(((((...........)))))(((((((..........(((((((.......(((.......((.((((....(((((......((((((((((....))))))).)))....)))))....)))).)).......))))))))))..........)))))))..........((((.(((((.(((((((((....((((..(((........)))....))))..)))))))))..))))).)))).....((((((((((.(((((...((.(((((.(((..((.......))..))).))))).)).))))))))))).))))..)))))).........(((.((((((.((((.......)))).)))))).)))..............
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((((.((((((...)))))).)))))))(((((...(((((.,,{{,,,(((({...,.,{,...,||||{(({(({.......(((((.....))))}.......,,,.,,.......,,((({|||.{{{{{.(((,((({{(({{((({,,,{({,(((((((((({{{{(((((.,.{(((.((((((((((((((((((........,,||}}|{(,.((((({,..||||||||{|||||{,,,,,.,((((.....}})},,,{,,,{{{,|||{{|||||,{{{{,,||||||,,.,,{{{{{.{|,{{|{{{((((,,,....,,,|||,,|}}}}||,,}))},},})))}.{((((.(((((((,{{{(((.{(({.,|}|||||..{((......}}}.{|,||||,},.,},,}||||||{{.{({,{({||,(((((((((.(((..(((((((..{{{{{({{{{,,{,,(({{{|,...||,...........}}|{.{{.{((((((...{{.(((((({(,...,},))))))})..))).)))).)),)}...,,.,)))))})},)))),)))))))..)))..))))))))){{{{,(((((.((((.,.,||,{{{.{((({.,.{{(((.(({(({,((,{,....,.}.}))))))).},))}},,})))).}}}}},,.)))).)))))((((((...((((((..(((((..,{(,,,.....}},....(((((((.((((,{{,..,,,||}}.|||||.,{{{,...)))},((....))....(((((((....(({{(((({...........))))))))...))))))).)))).))))))).}},}..)))))..))).)))...)).)))).}))},.{(((((((.......{{{{....||||.)))))))}.......||||}}..}))}.,}||},|),,..,..))))))).))))).}))))))))))))).))).}...))))))))))....)))))))),{{,.,.|)}}}}},,..{((((,,,,,|}}}}.,,,,.{{|||||,||||},}(((((({...}))))))||||.,|||}||||}},,,,..(((.....(({........))),.,,))),,||||{|||||||}}}))))))),}}}}}},,.{{{.((((.(((.((((...(((((((((.......)))}....,)))))..)))).))))))).}||{{{{((.{{{......)))...}))))}},.,.,,,,,.{{{{{...{(((((((.(((.(((((...,.(((((...{((..(((((((((..,.....,...))))))))))}}..})})},....{(((({...{((((,.{((({,.,.{(((({,.((((((((((({(,{((((..,.{{{{.|,{{|{,,..{{{{||,,,,,..,|,..||||,.||||,.,,,...}}}}..}}}},.}}},....,,,...,,}},.,}}}|,||||..,}..,||,..{{(((((..(((((((((.((((((...)))))).({{...))}............)))))))))(((....)))..{((((.{{{((((.,......)))},}))}))))))))))))))))))))((((((....((((..(((((((.((((....)).))))))))))))).,)))))),.,|,|||,((({(...)))))..................,,.{{((((({{{{(((..,{,(((.{{(((,,{{{(((((.((((.((,....,)).)))).))))).,....|{{{{|,.......)})))}.{{||||||.{{{|.{(((((((...)))))))).,...}))).)}}}}}}}....,,........})))))))}.}}}..)))))))}||}}}}}}.||||}},,,.,}|}}||,,||{((,,,...}},|||{((((((....)))))))})))}...)})))}...))))}..)))))}................))))).))).))),,)))}...((((.(((((.(((((((((....((((,{({,..........,.}},))))..)))))))))..))))).)))).....((((((((((.{((((...((.(((((.(({..((.......))..})}.))))).)).))))})))))).)))).}))),.{(((({....}))))}}}})))}..)))))....)))))..{((((........)))))..
Back