Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001193612.2
Sequence Length
2422 nt
GC Content
0.4108
GCAUUGUCAGCUGGAGCGUUCGGUGGACAGUGAGCAUGCGUACCAUAUCUGAAGUUCGUAAAUUGAAAUUGAACAUGCGUAAUUAAUCUUUCUGAAUAGGAAAAAAUAUAUACACAACAAAACUCUCCGUUUAUGGAACAUGCGCAUUUGUUCUCAGUAAGUUUUUCGUUUUGAAAGUGAGCAUGCGCAUGGUGAGUAGGUUGGUCCGAAGUUUGAACCGGACAGAAGCGCUGGUCGGCGUCUGGCGGUUGUUUUUAGAGGUAAUACACCUAGUUUGUGGCUCAGCAUGUCAAUUGUAACAGUGCAACUUGGUCAGUGUGGCAAUCAGAUUGGUUUUGAAGUUUUUGAUGCUUUGCUUAGUGACUCACACAGUUCCCAGGGACUCUGCUCUAUGAGAGAGAAUGAGGCAUAUCAAGCAUCUUGCAAAGAAAGAUUCUUCAGUGAGGAGGAGAAUGGAGUUCCAAUUGCCCGGGCUGUUCUUGUUGACAUGGAACCCAAAGUUAUCAAUCAAAUGCUGUCAAAGGCUGCCCAGUCUGGCCAAUGGAAAUAUGGUCAACAUGCAUGCUUCUGUCAAAAACAAGGUUCUGGAAACAACUGGGCAUAUGGUAGAGACAAGGAUUCAGCAUGUUACCCAGACUGGUCUGGAACUCCUGGCCUCCAGUGAUCCACCUGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGAGAUUACAGUUACUCUGUUCAUGGACCCAGGCAUGAAGAAUCUAUAAUGAACAUAAUCCGGAAGGAAGUGGAGAAAUGUGACUCUUUCAGUGGUUUUUUCAUCAUAAUGAGUAUGGCUGGGGGCACAGGAUCAGGAUUAGGAGCUUUCGUUACACAGAAUUUAGAAGAUCAGUACUCAAACUCAUUGAAAAUGAAUCAGAUUAUUUGGCCUUAUGGAACUGGUGAGGUUAUUGUUCAAAACUACAACUCCAUUUUGACACUUUCUCACUUGUACCGAUCUUCAGACGCCCUCCUUCUUCAUGAGAAUGAUGCCAUCCAUAAGAUCUGUGCAAAACUGAUGAAUAUCAAGCAGAUCUCCUUUAGUGAUAUCAAUCAAGUCCUCGCACAUCAGCUGGGAAGUGUGUUCCAGCCUACUUAUUCUGCAGAAAGCUCAUUUCACUACAGACGAAAUCCACUAGGUAUUGAUAGGCAUGUAUGGCCUCCUUUAUCAGGACUUCCUCCUCUUAGUAAAAUGUCUCUCAACAAGGACCUGCAUUUUAACACUUCCAUUGCUAACUUGGUCAUUCUUCGUGGGAAAGAUGUGCAAAGUGCAGAUGUGGAGGGAUUUAAAGAUCCAGCUCUGUAUACUUCCUGGUUGAAGCCUGUUAAUGCUUUCAACGUGUGGAAAACCCAGCGGGCCUUUAGCAAAUAUGAGAAGUCUGCAGUGUUGGUCAGCAACAGCCAGUUCUUAGUAAAACCACUUGAUAUGAUUGUUGGGAAGGCAUGGAAUAUGUUUGCUUCAAAAGCCUACAUUCAUCAGUACACAAAAUUUGGAAUCGAAGAAGAGGACUUUUUAGACAGUUUCACGUCAUUAGAGCAGGUUGUUGCCAGUUACUGUAAUCUCUGAUCUUGAACAAUGGGAAAAGUAUACCUUAAGGCAUUUCUGGACUAAAAUAUUUUCAAUACUAUUUUCUCUGUAAAGUUUUCAAAGUUCUCCAUCCUGGCUAACACGGUGAAACACCGUCUCUACCAGAAAAUACAAAAAAUUAGCCAGGCGCGGUGGCGGGUGCCUGUAGUCCCAGCUACUCGGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUGACGUGAACCCAGGAGGCGGAGCUUGCAGUGAGCCGAGAUCGCGCCACUGCACUCCAGCCUGGGCGACAGAGCGAGACUCCGUCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAUGUUUUCAAAGUUCCAUUCUGUUAAAGUAACCACGUAGAAUGCUGAGUCUAUUCUGCAUACUAUGCCCACAGAAAAGGAAGAAAACUUUUUAAAAUGGAGAAUCGCAUGUUUUCAAUGAAAACAUUCACUUGGUAUUUCAUUUGUAAGAAAAAAAAAUGGUGCUUUUAUAAAGAACUUUGGGGAAACACUUUGCUGAAAUGUUGGGACUCUGGAACUAGCCAAGAAAAGAGAAUAUUCUCUUUGUCUACAUGUUCCUAAAUCUUUACUCCAAAACAACUCCAAAAACAACUCACAAAGCAUGAACCAAACUUUCACAGCAUAAUUUCAAGCUAAGGAAUUGUAAUUCUGUACUUAAUAUAUUCAUGUUUGAAAUGAAUGCUUUGAACCACAGGAGGGAGAUGUUGUCAAAUGCUACAGUGUGAACAUGUAUUUUGAAUAUUCUGUAACAGGGCAAGUUUCCACUCUAAGCAGCUAUUUAAAAAUAAAUAUGAGGAUUUUGGUAAUAAAUGCUUAUGCUUAAGUACAAAAGUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-684.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -727.87
Frequency: 0.0000
Diversity: 537.96
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((.((((((...)))))).)))))))(((.(((((((((....(((((((.....(((((....(((((((((.........(((((.....)))))....................(((((((((......((((((((..(((((((((...(.....)...))))....))))))))))))).......(((((.((((((.((((.....((((((((((((((.((((.(.(((((((.........((((.....))))(.((((.((.((..(((((((((...((((((.((((((.((((((.((.....)).)))))...).)))))...((((((((((((.(((.....))).((((....))))(((.((((...)))))))...)))))....)))))))..((((.(((..(((((((........)))))))....)))...))))..).))))))...))))))))))).)))))).)............))))))).).)))).))))).((((((((....)).))))))........))))))))).....)))).))).)))..)))))(((((((..((((((....((((((((((((((((...(((.((..((((((((((((..((..((.((.(.((((((((((((((((..(((((((.((((((((.((((((.((((((........)))))).).((......))......(((....))).(((((((..((((.((((..((((.((...(((((....))))).)).))))))))))))((.(((((((..((((((((....(((((((.....((((((.((((..........(((((((((..(((((.......((((((.((.(((.......(((((((((((..(((((.((.(((((((((((((((((((((((((.((((((..((.((..((.(((((...))))).)).))..))...)))))).))))))....((.((((((((((............((((.((..(((((.(((((.........(((((((......)))))))..............((.((..(((((.((((..((.(((.(((....((((..(..((((.......)))).)..)))).))).))).))....)))).))))).)).))....))))).)).))).)).))))...........)))))).)))).))))))))))).))).))))))).)).)))))(((((((....((.(((((.(((((.((((((..(((((((((((((.....(((((.....))))).....)))))).)))))))......).))))).))))).))))))).(((((((((.(((((...........(((((((....)))))))..(((.((((((.((((((....((((((((.(.(((.((.((.(.(((...)))).)).)).))))))).))))))))))))))))).)))...))))).)))))))))..........)))))))....)))))))))))....)))...)).))))))...))))).......))))))))))))))))))))))))...))....))))))))..)))))))))....(((((...))))))))))))...................((((.......))))))))).)))))))).)))).))).)))))))))))))))).).)).))..))..)))))((((((((..(((((((.((((....)).))))))))))))).))))..((......))(((((...)))))..............................)))))))..)))))...)))))........))))))))))).))))))....)))))))...((((((........)))))).)))))))))..))))))))))))))...))).))))..))))))..(((((...........)))))(((((((..........(((((((.......(((.......((.((((....(((((......((((((((((....))))))).)))....)))))....)))).)).......))))))))))..........)))))))..........((((.(((((.(((((((((....((((..(((........)))....))))..)))))))))..))))).)))).....((((((((((.(((((...((.(((((.(((..((.......))..))).))))).)).))))))))))).))))..)))))).........(((.((((((.((((.......)))).)))))).)))..............
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((((.((((((...)))))).)))))))((({({,{(((((..,,(((({((.....(((((,...{((((((((.........(((((.....))))}....................(((((((((,,....((((((((..{((((,{,,.,,{.....,..,}))}....)))))))))))))....,,.{((((.((((((.((((.....((((((((((((((.((((.(.(((((((.,,{,....{(((,....}}}},.((((.((.((..(((((((((...((((((.(,{{{({({(({(,{({,..{||,|}}||...,,||||,.,,||{|||||||||.,||,|||,||,{{{{{...,|||||{{.{(((.,,,|||||..|||},},..,}),})}})|,,}}.,||,..{((((((........)))))}}||,,}}))..}}}},.).))))))...))))))))))).)))))),),,,,....}},.))))))).).)))).))))).(((((({(,...,),))))))........))))))))).....)))).))).)))..))))|(((((((,,((((((....((((((((((((((((...(((.((..((((((((((((..((..((.((.{.((((((((((((((((..(((((((.((((((((.((((((.((((((........)))))).}.{{......)}......(((....))).((((((((...(((..{{{,,((({(({{{(({,.{{.{|||||{|,{||||||||{{(({{,((((((,,((((({,{((........}}}....(((((((.((((,{{,..,,,||},.|||||.,{{{,...}))},((....))....(((((((....(({{(((((...........))))))))...))))))).)))).))))))).,,.,,,|||}},,|||,||}{{,(({{{.{{{.....{{{{{((({,...,,((((..,{{{{{.}}||},,,.,,...,))})))},})),.,|{{{.||,,,...||.}|||.,}}},}))))))}}}}}}))}.}).})))))}.}}}},..,((({((.((({{......(((({(({.((((.......)))|,{,.,,,,{|{{..,,,|||,..,,|{,{{{{(({{,{......})),,{|||||||,|||{{{{{{{,|{{.,,,||||||||,{||,}}}))),)}})|}}}}})))))).,}})))))},......((.(((((.(((((.((((((..(((((((((((((.....(((({.....}}))).....))))))},))))))......).))))).))))).))))))).(((((((((.(((({.{{{.......(((((((....)))))))..(((.((((((.((((((....((((((((.{.(((.((.({.,.((,...,)),.}}.)).)))}))).))))))))))))))))).))),}}))))).))))))))).||,|,||.,,,||.}}},}}}}}..,,..||||,.||||,.|,...,}},,,,,,,,,............)))))))),})))})))))}.,}...}))...))))))))(((((((({.((((((...)))))).({{...})}............})))))))),((....))))))).)))))))).)))).))).)))))))))))))))).).)).))..))..)))))((((((((..(((((((.((((....)).))))))))))))).))))..((......))(((((...)))))........................,,,...)))))))..)})))...)))))........))))))))))).)))))).,,.))))))),..((((((........)))))).}))))))))..))))))))))))))...,}}.))))..})}}}},{(,{{{....,,.....,,,||(((((({..........(((((((......{(((.,{{..,((,{(((.,..(((((......((((((((((....))))))).)))....)))))..,.)))}.,,..,,.,....))))))}..........)))))}}..,}}},...((((.(((((.(((((((((....((((,{({,..........,.}},))))..)))))))))..))))).)))).....((((((((((.{((((...((.(((((.(({..((.......))..))).))))).)).))))})))))).))))..}}},}|{{{{,....|}},||||{|,||{{}}},,..,,))}))}}||{||........,,)}}..
Back