Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001195446.2

Sequence Length

2320 nt

GC Content

0.3991

GUAGUGCCGCCGGGACUCUUGGCGGGUGAAGGUGUGUGUCAGCUUUUGCGUCACUCGAGCCCUGGGCGCUGCUUGCUAAAGAGCCGAGCACGCGGGUCUGUCAUCAUGUCGCGUUACGGGCGGUACGGAGGAGAAACCAAGGUGUAUGUUGGUAACCUGGGAACUGGCGCUGGCAAAGGAGAGUUAGAAAGGGCUUUCAGUUAUUAUGGUCCUUUAAGAACUGUAUGGAUUGCGAGAAAUCCUCCAGGAUUUGCCUUUGUGGAAUUCGAAGAUCCUAGAGAUGCAGAAGAUGCAGUACGAGGACUGGAUGGAAAGGUGAUUUGUGGCUCCCGAGUGAGGGUUGAACUAUCGACAGGCAUGCCUCGGAGAUCACGUUUUGAUAGACCACCUGCCCGACGUCCCUUUGAUCCAAAUGAUAGAUGCUAUGAGUGUGGCGAAAAGGGACAUUAUGCUUAUGAUUGUCAUCGUUACAGCCGGCGAAGAAGAAGCAGGUCACGGUCUAGAUCACAUUCUCGAUCCAGAGGAAGGCGAUACUCUCGCUCACGCAGCAGGAGCAGGGGACGAAGGUCAAGGUCAGCAUCUCCUCGACGAUCAAGAUCUAUCUCUCUUCGUAGAUCAAGAUCAGCUUCACUCAGAAGAUCUAGGUCUGGUUCUAUAAAAGGAUCGAGGUAUUUCCAAUCCCCGUCGAGGUCAAGAUCAAGAUCCAGGUCUAUUUCACGACCAAGAAGCAGUCGUUCCCCAUCAGGAAGUCCUCGCAGAAGUGCAAGUCCUGAAAGAAUGGACUGAAGCUCUCAAGUUCACCCUUUAGGGAAAAGUUAUUUUGUUUACAUUAUUAUAAGGGAUUUGUGAUGUCUGUAAAGUGUAACCUAGGAAAGAUAAUUCAACCAUCUAAUCAAAAUGGAUCUGGAUUACUAUGUAAAUUCACAGCAGUAAGAUAAUAUAAAUUUUGUUGAAUGUAUUAACAUCAUAUGGUCUGAAAAUGUGGGUUUUUAUUUGGCACAUUUAAAUAAAAUGUUUCUAACUAGAUUUUUGAUUUGUGUUCAAUAUUAACACUUCUUAAUUUGAUAUAUUUGAGAGUCAGACAUUAUAAUUGUUAACCUUAUUCAUACAUACCUACAUUCAGAAUUGAAAGGUGUUGGUUAAGUCUUGAACAUCACUAUUCUAUGCAUAAAACUUGGCCAGGAUCUUAAGGGACUUUGAAAAUUCCAUCUUACCCUUGUAGCUCUGGGUAAGAUGACCUGAGUCCCUUAUGAUACAGCCUGAAUGCAUCAUGACAGAUCCUUAAGUUAGCUAAUCCGUUUGAAGUUGGUGUUAGUAGGUAUUGUAUGAUCAGUGGUGAAGCAAGUAGGACCACUGAUGUGUCUAAAUGAGCAUGACAGGAACUAAACGAAACUGAUUAAAUGUAUGAGAAAUAGAAACAUUUCUGGAUGAUCUUUAUACUAAUUGCAGCUUUCAGGCUACUAGGUGGCAUAGUGUUAAUUAGGACUCCCCAAGAUAUGGGGAGUUCUACUCUCAAUGGUCUUGUUUCUUUGCUUUCUACAUUAGUUAACCAGUUUUAUACCAAAAAAUGCAUGUUUGAGGAAUUGUCUGAAAUUGGGACAAAACACCUUCAUGUAAACCAGCUUUGCAAAAUUUUCCAGCCCAGAUACUCUUCAUCUAUUCAAAUGGAUUGUCUUAUUCUGAGCAAAGACCUGUUGUUAAUCUUCAAGCUAGGUUUUGCAGUUCCCAACCACAACAUUCUUCUAUUUUGCCAGGCUGGUGCAAAGUAAUUAAAGAUGUCAAUCAGAAAUGUCAAUGAGACUAAAGUGGUUUUGUAAAUCUCAGCUAUAUUUAGCAACACUCCAUGUAGCUAAUAUUUUUUGGUAGCAUCUGGUAGACCUUAGAAUGUUACAUAGCCAGUAGGUUCUUUAUUCAAAUUUUAAGUAUCUUAAGAAUAGUAGGGCAGUAACAGUUACUUUUGAGAGUUUUCUGGUCAAGCUUUUACCAGGCAUUCUCUAGCCUUGGUACAAAAAAAAAAAAACCUGCUGGUUGCGCAGAUACCUAGGCUUGUCCAUUUUAUGCAUUUCAGCAAAGUCAUUGGAUACUAUUGCAACUUGGGAAUACUGGUCUGCAUCAAGUUUAUUCGGUAGUUUGACCGCUAGUAUGUUGGAAGUUAUUUGGAUUGUUUUUGGAAUUUUGACUGGCUGAAUUAUGGUUGGUAUAAAGUUAUGUGUAUAACUGGCAGGCUUAUUUAUCUGUUGCACUUGGUUAGCUUUAAUUGUUCUGUAUUAUUUAAAGAUAAGUUUACUCAACAAUAAAUCUGCAGAGAUUGAACAAAUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-643.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -690.47

Frequency: 0.0000

Diversity: 805.54

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((((.(.(((.(((.(((((.(.((((.((.....)).))))).)))))...)))))).)))))))))..((((....((((((.((((((...((....))..))))))....(((((...((((((((.(((..(((.(.....(((((((((((..(((((.((........)).)))))((((((((............))))))))...........(((((......)))))))))))..)))))(((((((((((...(((.((((((..((((.....))))((.(((((.((((((.((...((((((.((((.(((((((((...(((((....)))))...))...))))).)))))).......(((((((((((((((..((((((((...(((..(.((((...)))).)...)))...)))))))).....(((.(((((....)))))...))))))..........))))))...))))))))))))....)).)))))).(((..(((((.((((.((((.(......)))))))))(((....)))...))).)).))))))))))((((..(((((((........)))))))..))))..((((.....)))).)))))))))))))))))))).).)))..))).)))))..))))))))((((.((((((((.(((((((((((((((.(((((.........)))))((((...(((((....((.(((....))).)))))))((((..((((((((.....)).))))))..)))).))))...(((((....((((((.((((((((.....))))))))..))))))..)))))...((...((....))..)).........)))))))))))))))(((((((......(((.(((((((((.......)))))))))..))).....((((...((((((((((.(((((((((((((((..(((((((((.((....(((((....(((.((((((..(((((((((...((((((((((((((..........)))))))...((((.......)))).........(((((((((((((...((...((.(((.(.(((((((((..(((((..(((........((((((.......(((....(((.((((((((((.........((((((((((..........))))))))))....)))))))))).)))...)))...)))))).......)))..)))))))))))))).).))).)).....))...))))))).))))))(((((((((............))))))))))))).))).))))))))))))))))))...))))))).))))))))..)..)))))))))).....(((((((...)))).))).)))))..))))))))))...)))))))))))......((((((((((((.....)))))))))))).......))))))))))))...((.(((((.....(((.(((((.....((((((((((((((((...((((..((((((.......))))))....)))))))))..((((((((.(((((((......((.((((........((((((....))))))........)))).)).(((((((((((........)))..))))))))..........................))))))).))))))))..............(((....)))..........(((((((((...))))))))).......((((((((..((.....))..))))))))...)))))))))))....))))).)))..))))).))......(((((((((((.(((.......(((((((...))))))).((.(((((((((((...)))))...((((((..((((((.........)))))).))))))..)))))).))........))).)))))))))))((((((((((..((((((((.(((..((((((((((((((..(((((..((((.(((..((((.((.(((..(((..((.(((((.((......((((......)))))).).)))).)).)))..))).))))))...))).))))))))).))))))(((((.....)))))......)))))))).)))))))))))..)))))).))))))))))))))....((((((..(((..(((((....))))).)))..)))))).(((((....)))))..........

Thermodynamic Ensemble Prediction

{{,((((({({(((.(((.(((((.(.((((.((.....)).)))}}.)))))...)))})).}}|||||((,(({{..,,|}{{|}}},,,}||{|||,{{,,},,|}.|||||.{{|||}||||,{{({,,..{(({({(({{,{{{{(((..,{((({{{({{{,{{{{||{,,{{({((((..{{((((((.,,,,,..,,,.}||}}}}}.,,|}||||..((((({.,,{.|||||{{{{{(({{{{((((((((({,{{,..,{{{(((,{,..((((.....)))).,.{{||||((((((.((.,.(((((({((((((((((((((...(((((....)))))...))...))))))).)))),......((((((((((((.....((((((((...(((..(.((((...)))).}...)))...)))))))).,,..,,..|||||..{{.{(({{......))))}.},....))))))...)))))))))))).,}.)).)))))),,{,.{{{,,..||||,((((.(......))))),|||((({{..|||..{{{{...,||||||||||({{,..(({{(((,,,..,..|||||}|.,||||.,((((.....)))).})),)))))}}|}}}}}...})))}}))))}}.,)),.,},,.}}}}}}))...|||||..||||,,(((({,,,,..,|||}.....,,.,))))|||},..,,{||,.}}||,|{{||,,,)),}}||||}{{{{..((((((({.....)),}))))).,}}},.)))}...{{{,|,,,|{(((((.{,{{(((({{.,|||||||||||||}}}}|,}}}}}.,.||,.,{{{,,,||,.,,{{,,.....,,})))}}})))))}|||,{{{,{{{{{{{{.,,,,.{(({.,,,,.....,||||{{.,,..}}}}||,.|||}.||||{{...|||||||||.{{{{{((,((({((,,...}}||||,,|.,.,,}|}||||||}.,||||||{|,.,,,||}|||{(((({.,......}.))))))},)}}|||,}}},,.}))}..,,,}}},{{{{{(((((({{.,{((,..{|,|{{|(,{((((((((,,{((({.,(({........|||{{|...,}},|||,,,.{||,{(((((((((.|.......((((((((((..........)))))))))),.,.)))))))))}.)}),}.)))}},))))}},}}}},,))),,}}}||||||||||},|,}}}.,}.|},},|,,,||}}}|},,}}}}}(((((((((............))))))))),,},.....,|||||||}||,,}},,,...|{{{{((.{{{{{{(((,((({..,((({{{{.,,||{{,{,{|,,|,{{{{{{..{{|,{{{|,,{||,,,|},})),))}})))}}....((((((((((((.....))))))))))))...,,,,}|}},}})}}})},,,|}}}}}})}}},|}},|,)))}}},.,,,,,,....|||||{,,.((((..((((((.,...,.))))))....)))))))))}.{|{{{{||,{|{,,,|...}||||,{(((.......,((((((....)))))),}......}))).||{(((((((((((........}})}},)))))))}),||},,,}}},,,|{{{{,,,...,,|||||,|||}||}||||||||,.....,(((..,,|||,,,..,|||.{{{{|||{,...))))))))}..,},,.{(((((((..((.....)}..)))))))),,,}}}}}}}}})},|||))))),}}....))}})))},,.,{(((((((((((.{{{.......(((((((...))))))).{{.(((((({((({...,})))...{(((({..{{{{{{.|....,,,||||||,}}}}}}..)))))),))........,,,.)))))))))))|{{(((((((..((((((((.(((..((((((((((((((..(((((..{(({.({{.,{((((({.,,.{{((({{{,,{||{{,{|,.....{|||.,,.,,)}})}}})})),},,,}}}},.}|}.||}},}..,)}),))},))))).)))))),{{{{.....)}}}}......)))))))).)))))))))))..))))))}})))})))))),}))},.((((((..(((..(((({....))))}.)))..)))))).(((((....)))))..,,......