Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001195654.2
Sequence Length
1910 nt
GC Content
0.6466
ACUUCCGGAAGCGGCGGCGCUCGGGAGGAAGUGCCGAUCGGCUGCUGGGGCGAAAAGGGGGCGCCGGGCCGCUCUAGCCGGUGAGGCCGGCGGGCUCUCUGUGGCUGCGGCUGGGAAACCGCGCGGAGGAGGUGCCCGGCCGGGGACCAGCCCUGGUCCAGCGCCUCCCUCUCUCAGCAUGGACGAGGAGAGCCUGGAGUCGGCCUUGCAGACCUACCGUGCGCAGCUGCAGCAGGUGGAGCUGGCCUUGGGCGCCGGCCUGGAUUCGUCUGAGCAGGCUGACCUGCGCCAGCUGCAGGGGGACCUGAAGGAGCUCAUCGAGCUCACCGAGGCCAGCCUGGUGUCUGUCAGGAAGAGCAGCUUGUUGGCCGCGCUGGACGAAGAGCGCCCGGGCCGCCAGGAAGAUGCUGAGUACCAGGCUUUCCGGGAGGCCAUCACUGAGGCGGUGGAGGCACCAGCAGCGGCCCGUGGGUCCGGAUCAGAGACCGUUCCUAAAGCAGAGGCGGGGCCAGAAUCUGCGGCAGGUGGGCAGGAGGAGGAAGAGGGAGAGGACGAGGAAGAGCUGAGUGGGACAAAGGUGAGCGCGCCCUACUACAGCUCCUGGGGCACUCUGGAGUAUCACAACGCCAUGGUGGUGGGAACGGAAGAGGCGGAGGAUGGCUCGGCGGGUGUCCGUGUGCUUUACCUGUACCCCACUCACAAGUCUCUGAAGCCGUGCCCGUUCUUCCUGGAGGGAAAGUGCCGCUUUAAGGAGAACUGCAGGUUCUCCCAUGGGCAGGUGGUCUCUCUGGAUGAGCUGCGCCCCUUCCAGGACCCAGACCUGAGCUCCCUGCAGGCCGGCUCUGCGUGUCUGGCCAAGCACCAGGAUGGCCUCUGGCACGCAGCACGCAUCACCGAUGUGGACAACGGCUACUACACAGUCAAGUUUGACUCGCUGCUGCUGAGGGAGGCCGUGGUGGAGGGGGACGGCAUCCUGCCCCCACUGCGCACAGAGGCCACAGAGUCCGACUCAGACAGCGACGUGGUGGGGUCAGAUGCUGUGGACUCUGGGACCUGCAGCUCUGCCUUUGCUGGCUGGGAGGUGCACACGCGAGGUAUAGGCUCCAGACUCCUCACCAAGAUGGGCUAUGAGUUUGGCAAGGGUUUGGGCCGACACGCGGAAGGCCGGGUGGAGCCCAUCCAUGCUGUGGUGUUGCCUCGAGGGAAGUCGCUGGACCAGUGUGUGGAGACCCUGCAGAAGCAGACCAGGGUUGGCAAGGCUGGCACCAACAAGCCCCCCAGGUGCCGGGGAAGAGGGGCCAGGCCUGGGGGCCGCCCAGCUCCUCGGAAUGUGUUUGACUUCCUCAAUGAAAAGCUGCAAGGUCAGGCUCCUGGGGCCCUAGAAGCCGGGGCGGCCCCAGCGGGGAGGAGGAGCAAGGACAUGUACCAUGCCAGCAAGAGUGCCAAGCGGGCCCUGAGCCUGCGGCUCUUCCAGACUGAGGAGAAGAUCGAGCGAACCCAGCGGGACAUCAGGAGCAUCCAGGAGGCUCUCGCCCGCAACGCUGGCCGGCAUAGCGUGGCGUCAGCCCAGCUGCAGGAGAAGCUGGCAGGAGCCCAGCGCCAGCUGGGGCAGCUCCGGGCUCAGGAAGCCGGCCUGCAGCAGGAGCAGAGGAAGGCAGACACCCACAAGAAGAUGACUGAGUUCUAGAGACCCCACAAGCACUAUGGACGAAGCGUGGGACCCCAGCACGGGCUGCCCUCAGGAAGACCAGUGUUGCCCGAGGAGGGGCCGGCCUGCUGGCCUGGGGCGUGCAGACACUGCUGAGUGGAGACAGAGCUGCGGGGUCCCAUCUGGACACUUACUUGCCCACCUGCCAGUGUCUUGGGCAUUUCCUUGGCAAGGACAUUAAAGUGAUUUCAUCACAGUGUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-907.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -939.49
Frequency: 0.0000
Diversity: 480.10
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((..((((....)))))))(((((((((((.(...((((((((........((.(((.((((((.(((((.(((((((.((((((((((((((((...((((((((((......(((((((.((((((((..((((((((.....))))))))..))))))))((((((..(......)..))))))..(((.(((.((...)).))))))))))))))))))))))).......((((((((((((((((((((((..(((....))))))))))....)))))..((.((((....)))).))((((((...))))))..))))))))))((((......))))..)))).)))))))))))).)))))).)..)))))))))))))).)).(((((..(((........)))))))).....(((.((((((...)))))).))).))))))))(((((.((((..(((........)))..))))..((....)).)))))(((..((..(((((((((((((((((.((((..(((...((....(((.((..((((((((....((((((((((((.......(((...)))(((((((((.(((((((.(..((((.(..(.((....)).)..).))))..)))).)))).).)))))))))))))).))))))....))))))))....)))))....))...))).))))((((((((((...((((.((((...((((((((((..((((......))))..))))).)))))....)))).)))).)))))))))).(((((...(..((((((((((((((...(((((((((.(((((..(....)..)))))...)))))))))..((((((...)))))).....))))........(((((....))))).....))))..))))))..)(((((((.(((((.(((....)))))))).)))).)))((((.((((((.(((.(((((...((......))...))))).))).)))))).))))((((((((((((((((.((((((((((.((....(((((.(.(.((((...(((.((((((((....(((...))).....))))))))..(((((((((((...(((.(((....))).)))..)))))(((((((..((((.(.((..(.......)..)).).))))..)))))))))))))((....))...(((((.(((((....((((((((.............)))))))).........))))).)))))(((((((((..((((((((...(((((((.(((((((..((....((((((.((((.((((((((((.(((........(((((.((((((((((.(..(.((..(..((.((((...)))))).(((....)))...((((((...((((((.(.((((((((.(.(((.((...............)))))).))).....))))).....).))))))..))))))...(((((((.((.....)).).))))))((((((........))))))...)..)))..).)).)))))))).)))))))))))))).)))))))))))))).....))))))))).))))))).....((((..........))))......(((((..((............)))))))....((((((.((((.((....)).)).)).)))))).))))))))))).))))))))).)))).).).)))))....))))).))))))).))))))))).))))))).)))))...))).))))))))))))))))..)))).)))))))))))......((((((...(((((...))))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,(({{.{(((....)))))})||(((((((((.{...((((((((........((.(((.((((({{(((((.(((((((.((((((((((((((((...((((((((((......(((((((.((((((((..((((((((.....))))))))..))))))))((((((,......,..),)))))).,|{{.{{{.|(...}).}}))}|))))))))))))))))).,.,,,.((((((((((((((((((((((..,{{....)},)))))))....))))}..((.((((....)))).})((((((...)))))).,)))))))))){{{,..,,,.,)))}.)))).)))))))))))).)))))).)..)))))))))))))).)).(((({..{(({.....}})}}})))).....(((.((((((...)))))).))).))))))))(((((.((((..(((.,,...,,)))..)))}..((....)).))))){{{..{{,,(((((((((((((({(({((((..(((...((.{..((,{((,,((((((((....((((((((((((.......(((...)))(((((((((.(((((((.(..((((.{..(.((....)).)..}.))))..)))),}))).).))))))))))))))))}))))....))))))))...,)))))...,)).,.))).))))|(((((((((...((((.((((...((((((((((..((((......))))..))))).)))))....)))).)))).))))))))),.(((((...{.,(((((((((((((({{.(((((((((.(((((..(....)..)))))...))))))))),.((((((...)))))).....}}}}........(((((....))))).)})))))),.}))))),}}(((((((.(((((.(((....)))))))).)))).)))((((.((((((.(((.(((((...((......))...))))).))).)))))).))))((((((((((((((((.((((((((((,((,..,({({(,(,(.{{((.,{(((,{(((((((.,..(({...}}),....)))))))},,.{(({|{((({,..(((.(((....))).)))..)))))|||{||({{(((({({,{|,,,.({{..{((,(({({{((({.{{{({.,|||((((....))}},{{|{{|||(({..,{{{{{,.,|..,..}}}.}}}.))).((((((,,(..((((..((((....))))))))..))))))))...(((((((.(((((((..,{....(((((,,((((.((((((((((((({.......,(((((.(((((((({({{.(({(({((..((.((((...)))))).(({....}))...((((((...,.}})))).)|}}}}}}.,.{{{.,,......}}...,...}}}.|{{||......{({{{.{{...}),))))}.)))))).,{((({|,,,,|.},}})){{{,{|.||((((((........))))))}.}).))),.,).)).)))))))).)))))))))))))),}))))))))))))).....},))))))).)))))))}}}},........,}}}.}})))}).))}|}}||.,}}.}}}},......))))))}}}}}||||,|,|{({,(((,{{{|..,.||{||||||{||,,,,.,)))}})))}})))})))),)}),)}))}..,.}|))}.))))))).))))))))))))))))),)))))...))).))))))))))))))})..})}}.)))))))))},......((((((...(((((...))))))))))).
Back