Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001197330.2
Sequence Length
1614 nt
GC Content
0.3996
AAAUCGCAAAUAUGGCGCCGGAGCGGCUGCGGAGCCGGGCGCUCUCCGCCUUCAAGUUGCGGGGCUUGCUGCUCCGUGGUGAAGCUAUUAAGUACCUCACAGAAGCUCUUCAGUCUAUCAGUGAAUUAGAGCUUGAAGAUAAACUGGAAAAGAUAAUUAAUGCAGUUGAGAAGCAACCCUUGUCAUCAAACAUGAUUGAACGAUCUGUGGUGGAAGCAGCAGUCCAGGAAUGCAGUCAGUCUGUUGAUGAAACUAUUCUGUUAAUGACCAACCACCCUGCACCAAAUUUAUUUGGAACACCAAGAGAUAAAGCAGAGAUGUUUCGUGAGCGAUAUACCAUUUUGCACCAGAGGACCCACAGGCAUGAAUUAUUUACUCCUCCGGUGAUAGGUUCUCACCCUGAUGAAAGCGGAAGCAAAUUCCAGCUUAAAACAAUAGAAACCUUAUUGGGUAGUACAACCAAAAUCGGAGAUGCGAUUGUUCUUGGAAUGAUAACGCAGUUAAAAGAGGGAAAAUUUUUUCUGGAAGAUCCUACUGGAACAGUCCAACUAGACCUUAGUAAAGCUCAGUUCCAUAGUGGUUUAUACACAGAGGCAUGCUUUGUCUUAGCAGAAGGUUGGUUUGAAGAUCAAGUGUUUCAUGUCAAUGCCUUUGGAUUUCCACCCACUGAGCCCUCUAGUACUACUAGGGCAUACUAUGGAAAUAUUAAUUUUUUUGGAGGUCCUUCUAAUACAUCUGUGAAGACUUCUGCAAAACUAAAACAGCUAGAAGAGGAGAAUAAAGAUGCUAUGUUUGUGUUUUUAUCUGAUGUUUGGUUGGACCAGGUGGAAGUAUUGGAAAAACUUCGCAUAAUGUUUGCUGGUUAUUCACCAGCACCUCCAACCUGCUUUAUUCUGUGUGGUAAUUUUUCAUCUGCACCAUAUGGAAAAAAUCAAGUUCAAGCUUUGAAAGAUUCCCUAAAAACUUUGGCAGAUAUAAUAUGUGAAUACCCAGAUAUUCACCAAAGUAGUCGUUUUGUGUUUGUACCUGGUCCAGAGGAUCCUGGAUUUGGUUCCAUCUUACCAAGGCCACCACUUGCUGAAAGCAUCACUAAUGAAUUCAGACAAAGGGUACCAUUUUCAGUUUUUACUACUAAUCCUUGCAGAAUUCAGUACUGUACACAGGAAAUUACUGUCUUCCGUGAAGACUUAGUAAAUAAAAUGUGCAGAAACUGCGUCCGUUUUCCUAGCAGCAAUUUGGCUAUUCCUAAUCACUUUGUAAAGACUAUCUUAUCCCAAGGACAUCUGACUCCCCUACCUCUUUAUGUCUGCCCAGUGUAUUGGGCAUAUGACUAUGCUUUGAGAGUGUAUCCUGUGCCCGAUCUACUUGUCAUUGCAGACAAAUAUGAUCCUUUCACUACGACAAAUACCGAAUGCCUCUGCAUAAACCCUGGCUCUUUUCCAAGAAGUGGAUUUUCAUUCAAAGUUUUUUAUCCUUCUAAUAAGACAGUAGAAGAUAGCAAACUUCAAGGCUUUUGAGAUUCUUAAAGAUCAUCUGAAGAAAAUUCAUCAGUUUUCUGCUUAACUCUAUAUCUUAUGUGAUUCUGAUAUUACAAUAAAAUUAUGGUAAACUUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-421.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -454.91
Frequency: 0.0000
Diversity: 458.31
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((.....((((..((((((.(((......))).)))))).))))........(((((((.....))))))).((((.(((....)))...))))..(((((((....((.......))...))))))).((((((...(((((((((......((((((..(...........(((((((((....))))((((.((((.((((.(((..(((..((((((((((..((((((..((((((((((((.(((..(((...((((((((...((((.(((((....)))))........(((((((((((....(((((((((.((((.........)))).(((((((((((.....................(((((((....((((((.((((.(((((((((((((.....)))).))))...............)))))))))))...))))...))))))).(((((((((((...)))))))..)))).........)))......)))))))).((((((((.(((((((((...((((.....))))...)))..))))))))).)))))...))).))))))))))))))))).))))..))))))))....)))..)))))))))).((((.....))))(((((((((......(((((..(((...))))))))...(((.((((((....)))))).))).(((((..((((.(((((........(((((((............)).)))))...(((.(((((((((.......)))))))))))))))))))))..))))).)))))))))...((((((....((((.......(((((((.....))))))).........((((..((((((((((((((((((((((.((...)).))))))))...((.((.(((((...(((.((((........(((((((..((....((((.((......)).)))))).))))))))))).)))...))))).)).))((((((......))))))(((((........)))))((..(((..((((((((..(((.....)))..))))).)))..))).))...........)))))))........)))))))..))))(((((((.......(((((((((((...))))))..)))))......)))))))....))))....))))))...)))))..))))))))))))............((((...)))).......))))..)))..))).)))).......((((((((.((((.((((((((((.((.(((((((...))))))))).)))))))))).)))).).....))))))).....))))..))))....)))))..........)..))))))..........)))))))))....((((((((((.((((((((((.(((((.(((((.........)))))))))).))))))...((.(((((((...))))))).))...))))))))))))))(((....)))..........)))))).)))))))......((((.(((....))).))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
....(((((....((((..((((((.(((......))).)))))).))))......)))))((((,,(((((((({,(((,..{({....}})}}}{(((((({((((({{{.({......,}}...))))))},..,...{((((.{............}.))))}({.{{{.....))).}}|(({....,}}}}},..,,})))))}})),,)))))))))).{,..{(((({..(((.(((((({({,,..}}}.)))}}}})}..},....})))}((({{....,||||...,|||{(((.{,(((((((((....,,({{{(,|,...{,,...,..((((.((((({{....|}..............))))).))))..,))),}}}}}.(((((({((((((((.....)))).)))}....((((({.....})))))(((......)))..{{(((......))))}.{(({{{|{|,|||..|,,,,,,...,((({((({,{{||||||((({{{,||...(((((((((...((((,...,))))...)))..)))))),((.(((((((...(((((((((.,((((((.(((..(((((,({((,,{{,||,,,,{.{,.....((((((({(((,(((((((((.....,{.(((({.,(((...)))))))).},...)))))}}......||{{.{(((((({{(((..,.........)))))))))}|,}}},........{(({{{{{{{(((,((((((((((.......))))))))))||{{,,|||||{{((((((((({(((((.{{{{{.,{||,,}{{,....}}.(((((((.....)))))))..,,,}|..||}|||.(((((((((((..............))))))))))).,},,||.|{,{{{{|.,}|||.{{||........{{{{{{(,,(({{{{{,{({(({{{{..,,.,)))))})}}}}}},},,,},)}},)))))))))))))))}|,,.,..,|((.,(((((........)))))}.)}{((..((((((((..(((.....)))..))))).))).,))).}},...,,||{,,,,|||,,,.,{{{(((({(,{...,||.|||||...))},..{{({{((((((...)))))).,))))}..,,,,|||||||...))))},}},))))}}}}}},((,,..{{|,|,.....,.,,,..,})}.{{{{...,}}}..,)})))).))).))))......,}.},,,,.((((((({.((((.((((((((((.((.(((((((...))))))))).)))))))))).)))).).....)))))))....,,}.)))))..))).))))))....,.))))))))).)))))))))),.}}}})))))))))|,||||||}}.|||.{(((((.(((({{(((((.........)))))))))).))))))...,.,{{{{{(({{{||,..})}}}.}}}})))},..}))))))).))))))))),.)))}..,..,{,((((((......)))))},}},...,.))))........
Back