Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001198978.2

Sequence Length

2484 nt

GC Content

0.4859

GAGAGAGAGAAUGACGAGGAGGAGGAGGAGGGAAGUGAGAUGGCGGAAAGGAAAACUGCUUAAAUGAUUUUUAAAGGGCCGCGAUGGGCCUCUUGGAACAUUGGUGUGUUCAUCUGCAUUCGAUGUGCUGGAAUCCACAGGAAUCUGGGGGUGCACAUAUCCAGGGUAAAGUCAGUUAACCUCGACCAGUGGACUCAAGAACAGAUUCAGUGCAUGCAAGAGAUGGGAAAUGGAAAGGCAAACCGACUUUAUGAAGCCUAUCUUCCUGAGACCUUUCGGCGACCUCAGAUAGACCCAGCUGUUGAAGGAUUUAUUCGAGACAAAUAUGAGAAGAAGAAAUACAUGGACCGAAGUCUGGACAUCAAUGCCUUUAGGAAAGAAAAAGAUGACAAGUGGAAAAGAGGGAGCGAACCAGUUCCAGAAAAAAAAUUGGAACCUGUUGUUUUUGAGAAGGUGAAAAUGCCACAGAAAAAAGAAGACCCACAGCUACCUCGGAAAAGCUCCCCGAAAUCCACAGCGCCUGUCAUGGAUUUGUUGGGCCUUGAUGCUCCUGUGGCCUGCUCCAUUGCAAAUAGUAAGACCAGCAAUACCCUAGAGAAGGAUUUAGAUCUGUUGGCCUCUGUUCCAUCCCCUUCUUCUUCCGGUUCCAGAAAGGUUGUAGGUUCCAUGCCAACUGCAGGGAGUGCCGGCUCUGUUCCUGAAAAUCUGAACCUGUUUCCGGAGCCAGGGAGCAAAUCAGAAGAAAUAGGCAAGAAACAGCUCUCUAAAGACUCCAUUCUUUCACUGUAUGGAUCCCAGACGCCUCAAAUGCCUACUCAAGCAAUGUUCAUGGCUCCCGCUCAGAUGGCAUAUCCCACAGCCUACCCCAGCUUCCCCGGGGUUACACCUCCUAACAGCAUAAUGGGGAGCAUGAUGCCUCCACCAGUAGGCAUGGUUGCUCAGCCAGGAGCUUCUGGGAUGGUUGCCCCCAUGGCCAUGCCUGCAGGCUAUAUGGGUGGCAUGCAGGCAUCAAUGAUGGGUGUGCCGAAUGGAAUGAUGACCACCCAGCAGGCUGGCUACAUGGCAGGCAUGGCAGCUAUGCCCCAGACUGUGUAUGGGGUCCAGCCAGCUCAGCAGCUGCAAUGGAACCUUACUCAGAUGACCCAGCAGAUGGCUGGGAUGAACUUCUAUGGAGCCAAUGGCAUGAUGAACUAUGGACAGUCAAUGAGUGGCGGAAAUGGACAGGCAGCAAAUCAGACUCUCAGUCCUCAGAUGUGGAAAUAAAAACAAAACACCUGUAUGGCUGCCAUUCUCUUCAGCCCUCGCUCUCCCCUUUCCACAGCCUCCACCCCUGACCCCCAUCCUCUUUUCCUACCUCUCUGUUUGGUUUAGAAAUUGCUCAAUAAGUCAUUUGGGGUUUGGCAUCCUGCCCAGCCACUUCCCAAACAUGAAGACCUCUCUGUUGCUUUAUGUUGUACAUGCCCCAUAGCCAUCCCAACGUCCUCCCCAGUCCUCUCCUGGCACCAGCACCUUAGAAGUUGUUGGCAGAAGGCACUUAAACUGUGGGAGAAGUGUGCACACCUUUGAGUCCCUUCCCUCAAGGUUAAAGCUCCUGUCAGACUCUCAGAAGGGUCUGUGGGUGUUGUAUAUUAGGCAAACAGGGGAAAGCUUAGAGGUCCUUCUAUAUGUGUUAAUAAGCUGUUUCUAAGUGUUUAAAUUUGAAAAGCAUCAUGUUCUCAUGAUUUAUGGGAAUGAAGCAAGUACUGAAAUCAAAUUAAAUACUCCCUGGGUCCUGGGUCAGUUUGACCCUAGCCCUGGGGUGAGGCAAGCCCCCUCCUAUGAGGAUGAGCAAAAAUACUACUCUCUUCGCCCUGAGUUGCUUUCUGGAUCUGGGGCUUCAGGACUUGCUGCUUCAGUCAGCCUUUAUUAGCACCAAAGACUUUAUGAAGAUCCCACACACAGACACACAUCCCUUCCCGCCUCCCCCCUGCCUUCAGUAGGAUCUGGCUCCGUGGCUGGAGGACCAACCCCUAUAGUGGGAAUGCAGAGCUUAACGUGUACUGCUUGUGUGUGUGCGUGAGUGUGUGUGUGUGUAUGAGUGUGUGUUCCGCCUCCCACCCUCUCCCCAUCUGCUCUGGGUAUUUUUGUUUUUGUUUAGUUUUAGGUUUACAACAGAGAGGAAUUAAUUUAUCAGCAGCCUAAAACUGUUGUGUUUUUCUUAUGGUUUAAAAAACGCCAUGUCAUUGAUAACUCCCUUUCUCCCUUCCCUUCUCCCGGUCUGCUGAUCACUCUUUCAUGCCUGUGUAUCCAGGGUGCUCUGUUUCCCCACCGUUCCCAGGUGUACGAGGCAGAGGGCCGGGACAGCUUUCCUCUCAGUCAUUGUUCACCCCACUUGAAAAUUCAGACAAGAAAACUUUGCUUAAAAGAUUUCAUGUGUGGGAACCACAGUUCCUGGCUGCCUUUCUCCUGUGUAUGUGUAAAUUCCUUAAUAAAUAUUGCAGGGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-780.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -831.02

Frequency: 0.0000

Diversity: 782.95

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((.((..(((..((((((((.((((((((((((.((((((...(((..((((((((........(((((.(((((......))))).)))))((.(((((((((.(((((.(((((..((((........)))).)))..)).))))).))))).)))).)).))).)))))..))).(((((((((((((((((((((((((((.(((.....((((.(((...(((..((((.....((((((((((((.(((((((((((((....))))).))....)))))).((((((((((..((((....(((..((.....((..(((((((((....(((((.....(((.(((((((((.((((......((.(((...((((((.(((((...(.((((((...((.(((((((........)))))))((((.((((((......(((.......)))........))))))..)))).......))....)))))))....)))))......))))))...))).)))))).)))))).)))...))).(((......))).((((..((.((((((.....(((((......)))))...)))))).)))))))))))....)))))))))..))))..)))(((((((.((....((((((.(((..((((((...(((..((((..(((...(((((...(((((((.......)))))))..))))).....((((((.......(((((.....((.(((((.(.......).)))))))..))).))......)))))).)))))))..)))....))))))...))).))))))..)).)))))))(((((.........)))))......))))))))))....))))((((((.((((((.(....).)))))).).))))).((((((((...(((((..((..((.(((((.(..(((((((((.(((((....))))).)))))))))...).))))).))(((...(((..((.....)).)))...)))((((((..(((..(((((((((((...........(((.(((.(((.((((..(((((....)))))...)))).)))))).)))((((..(((((((((((((((............((((((((.(((.((..(((....(((.(((....(((.(((.(((..(((..((((((....(((........(((........)))................)))....))))))..))).))).))))))))).)))...)))..)))))...(((((((((...........((((..(((.........)))...))))...........))))...)))))))))).)))..))))))))((((........)))).....)))))))..))))))))).))))))))))))))).........))..)))))....)))))))).((((((.((....)).))))))..(((((.(((((((.((((.(.......).))))..))))))).)))))((((.(((((....(((((((((((((((....))))))))....((((........)))).)))))))..))))).))))....(((....(((((((((((((.((((.((((......))))))))))).....(((((((((...)))))))))..(((((((.(((((...............((((((((((.((((..((((.((((((....)))))).))))..))))((((....))))..((((((..........(((........)))))))))...)))))))))).))))).)))))))(((......)))..))))))))))...))))))))))))).)).(((((((..((((((((...(((((((..........((((((((.(((......)))...)))))))).............))))))).(((..(((((.(((((((.((....)))))))))))))).)))))))))))....)))))))....)))).))))))))))......))).))))))....)))))))))..........)))))))....(((((((((........((((((.......)))))).))))))))).))))).......)))))).)))))..............)))))))))))))))..)))......)).)))))))....(((......)))(((.(((((((((..((((.......))))...))))))))).)))(((.((((........(((..(((((....(((((((((....))))(((.((((.((((.....)))).)))).))))))))....)))))..))))))))))(((.((((((.((((................)))))))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

{((((((({((((((..((((((((((((((((((.((((.((.((({((((((((.,{,,.,,.,..,{{{{(.(((((......))))},))}|||({({{({({({.|,,,,||||,,|{{||{|,{,,.{{{.||{,,..})),)}||,}}}}},|}||{{{{.,,|.,,,}}..})).|}||.|||{{|,(((((((((((((((.((({{...(((((((({..(((({,(({...|,{{((((((((((.{{{{({{{(((((.,,.|}})).}},{{,}|||}|,....,{((((((.,(((({.,{,,{,.((((((.((((.{,,({{{.....(((..{..{{{,((.((((,,((((....(({{{(({.{((..(,...{(((((.((((((((({({{..(((((((........)))))))..)))|{{{((,......,}}}}},(((((((.......(((.((((({,.....{(((.........)))|((((((,,({..,,))..)))))))),}))).))).......))))))).}})))}.{(((.....))}}..((((((.....(((((......)))))...))))))})))).))))))}..))).)))))))(((((((,,.(((((((.((,,,,((((((.(((,.((((((,,.(((.,((({.,{{,...(((((...(((((((.......)))))))..))))).....{(((({.,,....({,|{||...((.(((({.{.......}.}))))}}..))).))......}))))}.}},,)}}..)}},.,,)))))}...))).)||}}}..}},}}})))},{(((,{{,.....|||||...|||||{{,..|||....|||,((((((.((((((.,....).)))))).),,)))).,||}..})}|,{||||}{|||(((({(((({{{,({(((((({.{{{{{.,,,|||||,|}}}}||||,..,.,})}),)}))|....,,....,,}.))))))))}))))))))}.,,|||,.||||{((,,.))))))),||..(((.{({.{({,{(((..(((({....)))))...)))),)))))).))).,,.((((((.....))))))....,,})}..)))))))...)))))))))..{{.{(((.((,....((({(((.({{..(((..((((((....{{({{{...,}||,.,,{.,{{|,..............}}.)))....))))))..))}.))).))),}})))}....)).)))).}}...,,,.,}},)))..},,)))...)))},,.|.)))))))))}.,}}.}))}})..)))))},)},,|{{((((,,{(((.....,,,..)))}..|}}}}},...{{{(((((((,,{{{(((({{({({{,,,,|{((,,...||{...........((((((((({{{..,(({.,,{(((({.{,....,),))}))}}}}.))).......)))).))))).{(((((({,(((({((((........))))}||,....{{.|||,.((((((((....)))))))),))),)))))))))}.))),,,}})})},,}))..))))))},})}.....((((((((({((({,{{{.{(((,,,,..}|||||,,}||.{{{,{{(((((({...}))))))))}}{(((((,.((({,...........,|||(((.(((,,..((((({...})))))..)))).))))|((((,..{{..|,||{...(((((.(((.,.........))))))))(((({||{|{.|.....)}).,})))))})))).}))))))}}}},,..))))..})))))))))...}},)))))))))).}}.{(((((({.((((((,{..{(((({((,.....(((((,....}})))....||,,....})),)))))......{{{....,,))),|.(((..((,,.,(({{{{{.||....}})))}))))))))})))})))))))..,.))})))},}}})..))))),.})))}..}}..})).))))),...,)))))))))..,|||||{{||||..,.,,,||||||......,,,..,,,,||}}},,,,)))}}},))))))))|(((((.......,.)))))|,,...,,,...))))).)))).)))))))))))).((((....}}}}..........|,{{{{...{((..(((.(((((((((..((((.......))))...))))))))).))).)))}})}..))))))..)))))).||,..({(((,(((,...|}||(((.((({.((((.....)))).)))).})))}))),,,..((((|...})))).)))))}|(({(({({{(,{..........,,..)))}}))))))..