Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001199021.2
Sequence Length
2043 nt
GC Content
0.6417
GUGUUUGUGAACUGGCGAUGUGAUCGAGGGCACGGGUGCUGGGCUUCCCCCUCAUGGGUAAAACCAGAGCUACUGUAUGCCAGCCGUGGAGGCAUGGACGGCCCCUGAGCUCGGACAGCAGACGGACAGACCGUUGACGCGUUGGCACCGUGGCCAGAGUCCGUUCAAGAAAGGUCGGCAGAGAGGGCUGAGAACGCGGCAGGCACAUCCUCCAAGGGCCCUGCUGGAACCCCUGGAGCAGGAGGAAGCGGUGAUUCUCCAGGCCUUGGUUUCCUCACUGCUUGGAGGAAGAUGAGAAUUCUCAGAGGUCCUUAUGCUGCCCUUUUUGCUGCAGUCUUGACAUCUUAACGUGGAUAGAAAAAGGCCAGGCCGUGCAGCAUCGAAGACAGGAGGAACUGGAGCCUCAUUGGCCGGCCCGGGGCGCCGGCCUCGGGCUUAAAUAGGAGCUCCGGGCUCUGGCUGGGACCCGACCGCUGCCGGCCGCGCUCCCGCUGCUCCUGCCGGGUGAUGGAAAACCCCAGCCCGGCCGCCGCCCUGGGCAAGGCCCUCUGCGCUCUCCUCCUGGCCACUCUCGGCGCCGCCGGCCAGCCUCUUGGGGGAGAGUCCAUCUGUUCCGCCAGAGCCCUGGCCAAAUACAGCAUCACCUUCACGGGCAAGUGGAGCCAGACGGCCUUCCCCAAGCAGUACCCCCUGUUCCGCCCCCCUGCGCAGUGGUCUUCGCUGCUGGGGGCCGCGCAUAGCUCCGACUACAGCAUGUGGAGGAAGAACCAGUACGUCAGUAACGGGCUGCGCGACUUUGCGGAGCGCGGCGAGGCCUGGGCGCUGAUGAAGGAGAUCGAGGCGGCGGGGGAGGCGCUGCAGAGCGUGCACGCGGUGUUUUCGGCGCCCGCCGUCCCCAGCGGCACCGGGCAGACGUCGGCGGAGCUGGAGGUGCAGCGCAGGCACUCGCUGGUCUCGUUUGUGGUGCGCAUCGUGCCCAGCCCCGACUGGUUCGUGGGCGUGGACAGCCUGGACCUGUGCGACGGGGACCGUUGGCGGGAACAGGCGGCGCUGGACCUGUACCCCUACGACGCCGGGACGGACAGCGGCUUCACCUUCUCCUCCCCCAACUUCGCCACCAUCCCGCAGGACACGGUGACCGAGAUAACGUCCUCCUCUCCCAGCCACCCGGCCAACUCCUUCUACUACCCGCGGCUGAAGGCCCUGCCUCCCAUCGCCAGGGUGACACUGGUGCGGCUGCGACAGAGCCCCAGGGCCUUCAUCCCUCCCGCCCCAGUCCUGCCCAGCAGGGACAAUGAGAUUGUAGACAGCGCCUCAGUUCCAGAAACGCCGCUGGACUGCGAGGUCUCCCUGUGGUCGUCCUGGGGACUGUGCGGAGGCCACUGUGGGAGGCUCGGGACCAAGAGCAGGACUCGCUACGUCCGGGUCCAGCCCGCCAACAACGGGAGCCCCUGCCCCGAGCUCGAAGAAGAGGCUGAGUGCGUCCCUGAUAACUGCGUCUAAGACCAGAGCCCCGCAGCCCCUGGGGCCCCCCGGAGCCAUGGGGUGUCGGGGGCUCCUGUGCAGGCUCAUGCUGCAGGCGGCCGAGGGCACAGGGGGUUUCGCGCUGCUCCUGACCGCGGUGAGGCCGCGCCGACCAUCUCUGCACUGAAGGGCCCUCUGGUGGCCGGCACGGGCAUUGGGAAACAGCCUCCUCCUUUCCCAACCUUGCUUCUUAGGGGCCCCCGUGUCCCGUCUGCUCUCAGCCUCCUCCUCCUGCAGGAUAAAGUCAUCCCCAAGGCUCCAGCUACUCUAAAUUAUGUCUCCUUAUAAGUUAUUGCUGCUCCAGGAGAUUGUCCUUCAUCGUCCAGGGGCCUGGCUCCCACGUGGUUGCAGAUACCUCAGACCUGGUGCUCUAGGCUGUGCUGAGCCCACUCUCCCGAGGGCGCAUCCAAGCGGGGGCCACUUGAGAAGUGAAUAAAUGGGGCGGUUUCGGAAGCGUCAGUGUUUCCAUGUUAUGGAUCUCUCUGCGUUUGAAUAAAGACUAUCUCUGUUGCUCACAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-905.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -940.05
Frequency: 0.0000
Diversity: 560.32
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((...(((((((((.....(((((((((((.((.(((((((((((....))).....((.(((((.(.....(((..(((((....)))))..)))....))))))))...((.(((((.....)))))...))((((((..((((((..((((((((((.(((((((.(((((..((((((((((((..(..((......((((((.((((.((....))...)))).(((((((((((((((((..........)))...)))))))).))))))))))))...)).)..)))))...))))))).))))).)))))))(((((..(((...(((......)))...)))...((((..(((((.((.((.((((.((((((((((....((((......((((.((((((((((.(((((..(((((....(((((((..((((..((((((((.(.(.....).).))))))).)..))))..)))))))..((((........)))).)))))))))).))))))))))..))))......)))))))))))).....)))))).)).))))))).)))).(((((((((.(.((.((((((((((....(((((((..................))).))))..)))))).)))).))))))))))))))))).......((((((((.(((...((((((((((((((((((((((((........))))).....))))).(.(((((.....((..(((....)))..))(((((((..(.....)..)))))))(((((((((((.(((..(((((((.(((.((.((((((((((((((((((.....)))).)))((..((((((((((.(..((((...((((.....(((.((.((.((.((((..(((((((.(((((..(..(((.(((((.((((..(.((((((..((((((((((((((((.....))).)))).))....(((((..(((((.((((((...)))))))))))..))))))))))..))..)))))))..)))).))))))).)..).)).))).)))))))..)))).)).)).)))))......)))).)))).))))).))))))..)).....)))))))).))).)))))....))))))).......((((((((.((((...)))).....((((((.......)))))))))))))).))).))))..)))))))....)))))).((((((..(.(((..(((((((((((...)))))((((..(((...(((.((((........))))))))))..))))))))))))).)..)))))).....))))))))))))))))).)))..)))))...)))).))))))))))))...((((...))))))))))...))))))))..)))))).((..((.((.(((((((((.((((((((((((.(((.(((...)))))).((((((.......)))))).(((((......))))))))))))))).((((((((......))).))))).((.((.((((((.((((((....((((((........)))))).(.(((.((((.(((((...((........)).....))))).)))).))).).((((((((...........))))))))(((((.....))))))))))))))))))).)))).))))))))).)).))..)).((((......))))....(((....)))............(((((((....(((....))).....))))))))))))))))))).))))..)).((((((((.(.(((.(((.....(((((((..(((.((((.((......))))))))).)))...))))..))).))).).))))))))........((((.(((..((((.(((((...(((((.(((....(((((...))))).....))))))))......))))).))))..))).))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,((((({.{{{((((({.,|,,|{((({||({(((((((,((((({((.,,,|}|.,...||.({(((.,{{,..{(({{(({{(..||)}))).{|||{,{,{,||||||.{,((,({(((...,.|||||,.,||{{((((..,{,{||}}|,||||||((((((...{.(((((((((((((,{,,....(((((((,...{(((,,.||||.||}}}})}...||||.(((((((((((((((((..........)))...)))))))).)))))),||||{...((((....))))....)))))...},)))))))))))))}..)))))},,{{{....,,||||,,....((((..(((((.((.((.((({,({((((((({...,((((,.....((((.((((((((((.(((((..(((((....(((((((..((((..{(((((((.(.......}.).))))))).)..))))..)))))))..((((........)))).)))))))))).))))))))))..))))....}.)))))))))))).....)})))).)).))))))).))))((((((((((.(.((.((((((((((....(((((({..................,)}.))))..))))))},))).))))))))))))){||,.....}||{{||{|{{{{{.,,|||{{||||||))))))})))))|||,||,,|||}|||..|||.|}|||,|}.||,,,..)),,)))|},.}}|.||}||{|(((,.{...,,),,))))))){{{((({{({{,|||..(((((((.(((.((.((((((((((((((((((.....)))).)))((..(((((((({{{(..((((...((((....,(((.((.((.((.((((..(((((((.(((((..,,.{((.(((((.((((..(.((((((..((((((((((((((((.....))).)))).)),...(((((..(((((.((((((...)))))))))))..)))))}))))..)}..)))))))..)))).))))))).},.).)),})).)))))))..)))).)).)).))))).,....)))).)))).))))).))))))..)).....)))))))).))).)))))....)))))))......,||||{|({.{(((,,,}}}).....(((((({....}.))))))}}})}}}}.}}}})))}}}})))))},..||},,(((((((({{(((((...})}|||({{{,...,}}}}(({(..(((..,((,,((((........))))))))))..)))}(({{|{((|{{{{{{.|||{..{{{.||,||||{|,{{{{{{{(((({{|.......||{((,{||,|,..|,.{((((...)))))...))...)}))),,)})))))))))),.((.((.(((((((((.({({{...(((..{{{.|||...)))}}|{((((((..(({(({{{{,{{{|,,)).,)}.,))))).,||)))})||{||(((({,{....))))))((({(,((,(((({(.(((((({,,.((({((........}))))).|,{{{,{{{{.(({{(...{,.,....,})),,,,.)))}),)))).}||,}.((((((((.,{....,,..))))))))||||},,...,)))))))))))))))))).}))).))))))))).)).)).....((((......))))((,{((((((.{,..,..........(((((((....(((....))).....))))))).,.........},.}.)))))))}||}}}}}}}}||}|,({{...,{,(((.{{(((.,.,))}}}}}}.,))),,))))}..)))}.)))))),}.)),.)}))))},|((({...}))))......)))))))).,,,|}{((((.(((.{..(((({...)))))...,.)))))))),,....,||,..}}}))))))})))))},
Back