Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001199112.2
Sequence Length
1354 nt
GC Content
0.4387
ACUGUCCUUCGCGCCCUUUGGCAAGCUCGGACUCAUCUUCUGGGGAUUGCCGCAGUGACCCAGUAAUGGGAAGGGAUUGAUUUCCACCUUGCGGGGUAUGGGGCGCUCUUAGGAGGACUCUGGAGAAGUAGUUGUCCUGGGAGAGGAGCGAUCUUAAUCCUGCUGCAUGACGGGAGGACAAAAUGCGACGCUGCAGCUAUUUUCCAAAGGACGUUACGGUGUUUGAUAAGGACGAUAAGUCUGAACCAAUCAGAGUCCUUGUGACUGGAGCAGCUGGUCAAAUUGCAUAUUCACUGCUGUACAGUAUUGGAAAUGGAUCUGUCUUUGGUAAAGAUCAGAUGUCAUCGCAACAGAUAAAGAAGACGUUGCCUUCAAAGACCUGGAUGUGGCCAUUCUUGUGGGCUCCAUGCCAAGAAGGGAAGGCAUGGAGAGAAAAGAUUUACUGAAAGCAAAUGUGAAAAUCUUCAAAUCCCAGGGUGCAGCCUUAGAUAAAUACGCCAAGAAGUCAGUUAAGGUUAUUGUUGUGGGUAAUCCAGCCAAUACCAACUGCCUGACUGCUUCCAAGUCAGCUCCAUCCAUCCCCAAGGAGAACUUCAGUUGCUUGACUCGUUUGGAUCACAACCGAGCUAAAGCUCAAAUUGCUCUUAAACUUGGUGUGACUGCUAAUGAUGUAAAGAAUGUCAUUAUCUGGGGAAACCAUUCCUCGACUCAGUAUCCAGAUGUCAACCAUGCCAAGGUGAAAUUGCAAGGAAAGGAAGUUGGUGUUUAUGAAGCUCUGAAAGAUGACAGCUGGCUCAAGGGAGAAUUUGUCACGACUGUGCAGCAGCGUGGCGCUGCUGUCAUCAAGGCUCGAAAACUAUCCAGUGCCAUGUCUGCUGCAAAAGCCAUCUGUGACCACGUCAGGGACAUCUGGUUUGGAACCCCAGAGGGAGAGUUUGUGUCCAUGGGUGUUAUCUCUGAUGGCAACUCCUAUGGUGUUCCUGAUGAUCUGCUCUACUCAUUCCCUGUUGUAAUCAAGAAUAAGACCUGGAAGUUUGUUGAAGGUCUCCCUAUUAAUGAUUUCUCACGUGAGAAGAUGGAUCUUACUGCAAAGGAACUGACAGAAGAAAAAGAAAGUGCUUUUGAAUUUCUUUCCUCUGCCUGACUAGACAAUGAUGUUACUAAAUGCUUCAAAGCUGAAGAAUCUAAAUGUCGUCUUUGACUCAAGUACCAAAUAAUAAUAAUGCUAUACUUAAAUUACUUGUGAAAAACAACACAUUUUAAAGAUUACGUGCUUCUUGGUACAGGUUUGUGAAUGACAGUUUAUCGUCAUGCUGUUAGUGUGCAUUCUAAAUAAAUAUAUAUUCAAAUGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-402.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -428.38
Frequency: 0.0000
Diversity: 417.48
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((.((((((((....)))..((.(((((((.((((((((((..((((.((...((((.((((((((((........))))))..)))).)))).)).))))(((((((((.((((((.....)).)))).)))))))))((((..(((((...((((((((....((((.((((....((((((.....(((((...((((((((.((......)).))).((((((((......(((((.....)))))))))))))...))))).)))))......))))))..)).)).)))).)))))..)))...)))))..))))......((((((((((((...(((((.............))))).........((((.((((((.(((....((((.(((((((((..........)))))))))....(((((((((...........))))..)))))........(((((...))))).(((((((.(.((....((((((((...((((((.....((((....((...((((((((((.(((..((((...((((.(((((.......(((....))).......))))))))).((((.(((.....))).))))....(((.......)))......(((((((((.....(((((((((.....)))))))))...((((((....))))))(((((........)).)))...)))))))))........)).))...))).))))))))))..))..)))).....))))))))))))))....)).).)))))))....((.((((((((((((((((((..((..((.......))..))....)))))))))).))))))))..))))))..))).))))))))))))))))))))))....)))))))))).))))))).))((((((((((((((...)))))))...))))))).((((((...((((((.(((.(((((....((....(((((..((((((((((..((.....))..))))))...))))..)))))...)).))))).))))))))).........))))))...((((.(((..(((((...........)))))))).))))(((((((((....(((.((........)).)))((((.....(((((((((((.((.(((..(.((((((............................)))))).)..)))..))))))))...)))))....)))).))))).))))...))))).)))))).....(.((((((...))))))).............................
Thermodynamic Ensemble Prediction
,(((((.((((((((,...|||,.{(.(((((((.{(((((((((.,|(((.({...{(((.((((,(({{{,,,,....})))),},)))).)))).}),)))}(((((((((.((((((.....)).)))).))))))))){(((,.{{{||...{{{|{|{{,...,|||,||}},,..(((((({{{{{{(((,...{((({,,|,{{,,,.,|}}|}}|.{{{{((((.....,||{{{..,,,}})}}||||}}}|{{{((|.|{||}||{{....|||||,.,},.}||||}}.}})),.,))).,,|||||{,||||,....,|||{{{{|{(((|{,(((((.............))))),,||,.,,,(((({(({{(({(((....||||.(((((((((..........)))))))))....{((((((((...........)))}},})))),...,|,,|{({{...}))},.{{{{{{{.{.((..{,((((((((..,((((((,,{..((((....{{..,{{((((((({,(((,,(({{,,,{{((,(((((.,.,,..(((....)))...,,,.}}}}}||||.,.(((((((((((({{(((((.{{{(((.......))).}}}..)))))))))|..,.(((((((((.....))))))))).,,((((((....))))))}...,...,))))))))||,,((.,.....)))},....)))})...})).))))))))))..}),.))))..,..)))))))))))))),..,)),).})))})),...||,{(((((((((((((((((..((..{{.......)}..}}....)))))))))).))))))))..,)))),},))}.)))})))))))))})))))))}||..)))))))))).))))))).}}((((((((((((((...)))))))...))))))).((((((...((((((.(((.(((((....{(,.{.(((((..((((((((((..{{.....}}..))))))...))))..))))).,.}),))))).))))))))).........))))))...((((,({,,,((({{...|.,,.,..)))))))),))))||{{{||{{{{,..,{|||,........(((({....})))),{{,{,,{{{{,||,{{||,,.{{{(((,,...............,,,..,,....,},}||{|....,..,}))),}),,,}))),,,}}|}}},})))),)})),..))))).)))))}.....|||{{|||,..})))))}}},...............,,,....,,..
Back