Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001199163.2
Sequence Length
1450 nt
GC Content
0.5269
AGAAGCGGAGUGAGUGAGGGAAGCGAUGGGCGCGGGAAUGGCCGGCCCACGGGUCGCAGGAGACGGGACGCCAGUCCUUUGGCUCCGUUCCGCUGGCUCCUUCGUCAGUACUGACACCUCGGGCUUGUAGAGCACUUCACGCAGUGCAAAGCGCCCCCCGUCUAUAUCAUAUCGCCUCUCGGUCCUCCUAAAAGUCGUAUGAGAUGGAGCUGGAGGAGGGGAAGGCAGGCAGCGGACUCCGCCAAUAUUAUCUGUCCAAGAUUGAAGAACUCCAGCUGAUUGUGAAUGAUAAGAGCCAAAACCUCCGGAGGCUGCAGGCACAGAGGAACGAACUAAAUGCUAAAGUUCGCCUAUUGCGGGAGGAGCUACAGCUGCUGCAGGAGCAGGGCUCCUAUGUGGGGGAAGUAGUCCGGGCCAUGGAUAAGAAGAAAGUGUUGGUCAAGGUACAUCCUGAAGGUAAAUUUGUUGUAGACGUGGACAAAAACAUUGACAUCAAUGAUGUGACACCCAAUUGCCGGGUGGCUCUAAGGAAUGACAGCUACACUCUGCACAAGAUCCUGCCCAACAAGGUAGACCCAUUAGUGUCACUGAUGAUGGUGGAGAAAGUACCAGAUUCAACUUAUGAGAUGAUUGGUGGACUGGACAAACAGAUCAAGGAGAUCAAAGAAGUGAUCGAGCUGCCUGUUAAGCAUCCUGAGCUCUUCGAAGCACUGGGCAUUGCUCAGCCCAAGGGAGUGCUGCUGUAUGGACCUCCAGGCACUGGGAAGACACUGUUGGCCCGGGCUGUGGCUCAUCAUACGGACUGUACCUUUAUUCGUGUCUCUGGCUCUGAACUGGUACAGAAAUUCAUAGGGGAAGGGGCAAGAAUGGUGAGGGAGCUGUUUGUCAUGGCACGGGAACAUGCUCCAUCUAUCAUCUUCAUGGACGAAAUCGACUCCAUCGGCUCCUCGCGGCUGGAGGGGGGUUCUGGAGGGGACAGUGAAGUGCAGCGCACGAUGCUGGAGUUGCUCAACCAGCUCGACGGCUUUGAGGCCACCAAGAACAUCAAGGUUAUCAUGGCUACUAAUAGGAUUGAUAUCCUGGACUCGGCACUGCUUCGCCCAGGGCGCAUUGACAGAAAAAUUGAAUUCCCACCCCCCAAUGAGGAGGCCCGGCUGGACAUUUUGAAGAUUCAUUCUCGGAAGAUGAACCUGACCCGGGGGAUCAACCUGAGAAAAAUUGCUGAGCUCAUGCCAGGAGCAUCAGGGGCUGAAGUGAAGGGCGUGUGCACAGAAGCUGGCAUGUAUGCCCUGCGAGAACGGCGAGUCCAUGUCACUCAGGAGGACUUUGAGAUGGCAGUAGCCAAGGUCAUGCAGAAGGACAGUGAGAAAAACAUGUCCAUCAAGAAAUUAUGGAAGUGAGUGGACAGCCUUUGUGUGUAUCUCUCCAAUAAAGCUCUGUGGGCCAAGUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-493.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -521.91
Frequency: 0.0000
Diversity: 521.28
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((.((((.(((((((((((((((.(((......))))))))....)))).((((..(((((....)))))....)))).)))).)).)))))))))).......(((...(((((((.((.((((((((((.(((((((...((((............((((.((.((((.(((.((((((...((((((....((.((((((((.((((..((.((((((((((....(((((((..(((((((....(((.(((((...(((((((((.((((........((((((....(((((.(((((.((.((((...((.......))...))))...))..))))....).))))).(((((..((.((((((((((...)))))..))))).))..))))).....(((((..((..((.(((.......(((.((.....))))).......))).)).))..)))))..........(.(((((...))))).).((((.......)))))))))).....)))))))))....(((.....)))..(((((......)))))((((((((((...)))))))..)))))))...........))))))))...))))))))))))))(((......)))........(((((......)))))..))))))))))..((.((((...((((..((((((((((((........)))).....)))))).((((((((....((((((.(((((..(((...)))..)))))))).)))....)))))))).(((((((....((((.(((...)))..))))..)))))))....))..))))..))))))((((.((((((.((((((((((.(........).))))).))))).)).))))))))...........))..)))).))))))))))))))))...))))))..))))))).))..)))).))))...))))..)))))))).))))).)).))))))).((((....))))(((..((...))..))).....((((((((...(((((....)))))(((((((.(...(((((((((..((.((.......(((.....((((..(((((((((.....)).))...)).)))..))))......))).(((((((..(((...((((...))))..)))...)))))))....(.(((.((....))))).))).))..)))).)))))..(((((((((((.(((...)))))))..)))))))........).)))))))..((((((((((.....)))))).)))))))))))).((((..(((((.(((((((.......)).)))))............((((...(((((.(((.......))).)).))))))).......))))).))))..)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
....((((((,{{((,(((((,((({(((((.(((......)))))))},,,|||}}.((((.{(((({,,,,}}}}},}}})))),}}||,||.}|||||||||{,....}}}}.,{{{((((({((,((((((((((.{(,{({(...|||||{{{{{,,,...{{{{.,,{(((({{{{,(((((,...,(((||....|}}|||,|,||,||||},||,|||,|{,|{|||.,}))))}....{(((((.(((,(({.(((({,..((((((({.{((({..{,,|,,,{(((....{{{,.,{,||||,|,||||}.,|||..((((((.........))))))|||{{{(,{{((((((((....(((((...,.}))}}}))))))...{(((,({{(({((((((((((,(((({..,,.....{{{(((((,.(({{,.,|||,,.,{,...{((({{(((((.(((..,.....,,{({{{{{|,,,)})})..(((((.......))))){{{{........,,.,})..))))))))))))}...(((((......))))),,{(((((((...})))))).{|||{,.....,)))),,,{{|,,|{{{{{{{{{{{|,{{|{({{,,{{{{{{{{(.{(.....(((((......))))){{{{{.,,|||..,))}.,,,,))))),,,..{(({((((((........)))),....,))))).((((((((....(({(((.(((((..(((...)))..)))))))).)))....)))))))).|,,,,(({{{((((.{((((((..((((({{,{{,..}}}...}))},))))..))))))}.))))}|,|}}|||,|}|||}}}}..}{{{.{...,).})))))})).))))))}})))))..},,.||..||||{,,||||||||,|,,,,.}.))))))},,))))),.)}{{|{|..||||...))))..}))))|||{{|,,,.,,}))))),,.{(((,|..|}}},||..,..,.}),,)))}}}}.||||||||,,,,||,|,..})))))||,|||}}.}}}}}}}|,|}}}(((..{{{{...........}},...)})..|||||},,..)).))},}))})))}..,||,.....}))}.))).})))))))}.||,},,}))))|,..,..|||||......,{.(((,((,{..}}},,,))}.)))))}))}))})),.(((((((((((.(((...))))))}.,))))))),|{,,,..|{|,,||||{{,((((((,(...{{{|||},,.||||,,,,))))})))}.,.|.((.(((((((.......)).))))).}}.........,,|,,}}}}}}}}||,}}},,,,)}),).})))))},.....))))))),}}}}..,..
Back