Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001199641.2
Sequence Length
2307 nt
GC Content
0.3394
ACAGAGCUGCAGCUCUUCAGGGAAGAAAUCAAAACAAGAUCACAAGAAUACUGAAAAAUGAAGCCUAAAAUGAAGUAUUCAACCAACAAAAUUUCCACAGCAAAGUGGAAGAACACAGCAAGCAAAGCCUUGUGUUUCAAGCUGGGAAAUAAGGUGUUACUGAGUUACUAUGAGUCUCAACACCCCUCAAAUGAAUCAGGUGACGGUGUUGAUGGUAAGAUGUUAAUGGUAACCCUGAGUCCUACAAAAGACUUCUGGUUGCAUGCCAACAACAAGGAACACUCUGUGGAGCUCCAUAAGUGUGAAAAACCACUGCCAGACCAGGCCUUCUUUGUCCUUCAUAAUAUGCACUCCAACUGUGUUUCAUUUGAAUGCAAGACUGAUCCUGGAGUGUUUAUAGGUGUAAAGGAUAAUCAUCUUGCUCUGAUUAAAGUAGACUCUUCUGAGAAUUUGUGUACUGAAAAUAUCUUGUUUAAGCUCUCUGAAACUUAGUUGAUGGAAACCUGUGAGUCUUGGGUUGAGUACCCAAAUGCUACCACUGGAGAAGGAAUGAGAGAUAAAGAAAGAGACAGGUGACAUCUAAGGGAAAUGAAGAGUGCUUAGCAUGUGUGGAAUGUUUUCCAUAUUAUGUAUAAAAAUAUUUUUUCUAAUCCUCCAGUUAUUCUUUUAUUUCCCUCUGUAUAACUGCAUCUUCAAUACAAGUAUCAGUAUAUUAAAUAGGGUAUUGGUAAAGAAACGGUCAACAUUCUAAAGAGAUACAGUCUGACCUUUACUUUUCUCUAGUUUCAGUCCAGAAAGAACUUCAUAUUUAGAGCUAAGGCCACUGAGGAAAGAGCCAUAGCUUAAGUCUCUAUGUAGACAGGGAUCCAUUUUAAAGAGCUACUUAGAGAAAUAAUUUUCCACAGUUCCAAACGAUAGGCUCAAACACUAGAGCUGCUAGUAAAAAGAAGACCAGAUGCUUCACAGAAUUAUCAUUUUUUCAACUGGAAUAAAACACCAGGUUUGUUUGUAGAUGUCUUAGGCAACACUCAGAGCAGAUCUCCCUUACUGUCAGGGGAUAUGGAACUUCAAAGGCCCACAUGGCAAGCCAGGUAACAUAAAUGUGUGAAAAAGUAAAGAUAACUAAAAAAUUUAGAAAAAUAAAUCCAGUAUUUGUAAAGUGAAUAACUUCAUUUCUAAUUGUUUAAUUUUUAAAAUUCUGAUUUUUAUAUAUUGAGUUUAAGCAAGGCAUUCUUACACGAGGAAGUGAAGUAAAUUUUAGUUCAGACAUAAAAUUUCACUUAUUAGGAAUAUGUAACAUGCUAAAACUUUUUUUUUUUUAAAGAGUACUGAGUCACAACAUGUUUUAGAGCAUCCAAGUACCAUAUAAUCCAACUAUCAUGGUAAGGCCAGAAAUCUUCUAACCUACCAGAGCCUAGAUGAGACACCGAAUUAACAUUAAAAUUUCAGUAACUGACUGUCCCUCAUGUCCAUGGCCUACCAUCCCUUCUGACCCUGGCUUCCAGGGACCUAUGUCUUUUAAUACUCACUGUCACAUUGGGCAAAGUUGCUUCUAAUCCUUAUUUCCCAUGUGCACAAGUCUUUUUGUAUUCCAGCUUCCUGAUAACACUGCUUACUGUGGAAUAUUCAUUUGACAUCUGUCUCUUUUCAUUUCUUUUAACUACCAUGCCCUUGAUAUAUCUUUUGCACCUGCUGAACUUCAUUUCUGUAUCACCUGACCUCUGGAUGCCAAAACGUUUAUUCUGCUUUGUCUGUUGUAGAAUUUUAGAUAAAGCUAUUAAUGGCAAUAUUUUUUUGCUAAACGUUUUUGUUUUUUACUGUCACUAGGGCAAUAAAAUUUAUACUCAACCAUAUAAUAACAUUUUUUAACUACUAAAGGAGUAGUUUUUAUUUUAAAGUCUUAGCAAUUUCUAUUACAACUUUUCUUAGACUUAACACUUAUGAUAAAUGACUAACAUAGUAACAGAAUCUUUAUGAAAUAUGACCUUUUCUGAAAAUACAUACUUUUACAUUUCUACUUUAUUGAGACCUAUUAGAUGUAAGUGCUAGUAGAAUAUAAGAUAAAAGAGGCUGAGAAUUACCAUACAAGGGUAUUACAACUGUAAAACAAUUUAUCUUUGUUUCAUUGUUCUGUCAAUAAUUGUUACCAAAGAGAUAAAAAUAAAAGCAGAAUGUAUAUCAUCCCAUCUGAAAAACACUAAUUAUUGACAUGUGCAUCUGUACAAUAAACUUAAAAUGAUUAUUAAAUAAUCAAAUAUAUCUACUACAUUGUUUAUAUUAUUGAAUAAAGUAUAUUUUCCAAAUGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-511.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -558.17
Frequency: 0.0000
Diversity: 531.20
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((....)))))....((((((.(((.......)))...(((((...((((((..((((....(((((((.(((((............((((((......))))))...(((((.((((((((.(((((((.....((((((((((((((.(((((((((((((((......((((((((..(((..((...))..))).))))))))))))))(((((((((.((((((..(((((........)))))..))))))...((........)).(((((.(((((....))))))))))...........(((......))).....(((((((((((.(((.((((((((...((.((.(((....))).)).))......)))))))).)))..)))..))))))))((((((.((((((...........(((....)))..((((((((..(((....(((((((((((((((((((....(((((((((((..(((((.(((.((((((.....))))))..)))....(((((...(((((.(((((.((((.((((..(((...(((....((((((((((((((((((..((((((((((((....))))))).)))))...((((....))))..........)).))))).))))))))))).)))....)))..)))).........(((((((((..........))))))))).......(((((((..(((....)))....)).)))))....))))))))).)))))..)))))..(((((((........((((((.(((..((......)).))).)))))))))).)))......)))))..))))))......))))).)))))((((....))))....((((((.((....(((((........)))))....)).....(((((...((((.(((...))).))))...)))))...)))))).........(((((((((..((.((((...))))...))..)))))))))((((((......))))))((((..((((.....(((.....))).....))))..))))(((((((((((((((.......))).....(((((......))))).(((.((((..(((((((((((.(........).)))))).)))))..)))).))).))))))))))))))))))))))))))..))).)))))))).(((((((((....((((((....)).)))))))))))))....(((((((((.....(((...(((((((.......)))))))....)))....)))))))))............(((((((((.......))).))))))(((..((((...))))..)))..))))))..))))))........))))))))).....))))))))).(((((.....)).))).((((....)))).........((((((...))))))..((.(((((......((.....))......))))).))...........)))))))))))).))))))))).))).........(((....))).......))))).))))))))))))))))).....)).))..)))))).)))))........((.((((((....((((((......((((((.(((....((((((......((((....(((.((.(((((((((.....((((((((((...........)))))))))).......(((((.......)))))))))))))).)).)))....))))(((((((..(((((((((((........)))))...........(((((((.....)))))))...))))))..))))))).....((((.............))))........(((((.((......)).)))))..))))))..(((..((((........))))..))).(((((.((..((..((((.........))))..))..))))))))))..)))))).....)))))).))).)))))(((((......(((((((((((((....)))).......)))))))))......)))))(((((((((((.........((((..........(((...)))..........)))).........))))))))))).(((((....)))))............(((((((...)))))))...........(((.(((((((......))))))).)))..)))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((....)))))...,((((({.,,,.......|||...{((((...(((({(..(({{....((((({{{(((((...........,((((((......)))))),..(((((.((((((((.(((((((..,,.,,((((((((((((.((((((((,((((({,.....{(((((((..(((..({...))..))).))))))))}))}}}(((((((((.((((((..(((((........)))))..))))))...((........)).(((((.(((((....))))))))))...........(((......))).....(((((((((((.(((.((((((((...((,((,({{..,.))),)),)}......)))))))).)))..)))..))))))))((((((.((((((.......,.,.(((....}}}..{(((((((..(({..,.((((((((((((((,{{{{...,{{{{{((((((..(((((,(((.((((((.....))))))..))}....(((((...(((((.(((((.{{{(,((((..(((.,.,{{.,..((((((((((((((((((..((((((((((((....)))))))},))))..,{{{,....}}},..........)),})))))))))))))))).})}....)))..)))},........(((({((((.......,..))))))))).,|,,,.((((({{..(({....)))....)).))))),}}.)))}))))).)))))..)))))...,..,,......,,.((((((.(((..((......)).))).))))))}}}|{||||.|,||}))))..))))}).....,}}}}},,))))|{{,....}}}},,,|||||||.{(....(((((........)))))....)).....((((,...{{{{,|||...}}}.}}}}..,}}})}..||||.........}}||((((((((..((.((({...})}},,,))..))))))))}{(((((......)))))}{(((..((({....,(((.....))}..,,,})))..)))}((((((((((({,,,...,,...||{{,..,|||||,....||||,.{{{.{{{{..{((((((({{{.|,.,,,,..}.}})))),,)))),.}}}}.))}.)))))))))))))))))))))))))).,))).)))))))}.(((((({{,..,{(((({{....}}.)))))))))))))....(((((((((....,(((...(((((((.......)))))))....)))....))))))))}..,,..,.....(((((((((.......))).))))))(((..((({...,)))..)))..))))))..))))))........))))))))).....,)))))))).((({{.....}}.))}.{{((....)))).......,.((((((...)))))).,,..{{{,.......,.....,}},}},,.|||{|....})},....,.)))))))))))),)}))))))).)))..{{{....(((....))),..}},.})))).))))))))))))))))),....,.|))..|||}}},}}}}|.........,(((((((({(({,....,.((...,|}.{{{.......,,,|||||,..,{{{....|||.{{.(((((((({.....((((((((((...........))))))))))......,(((((.......)))))))))))))).)}.,}}...,))))..)))))).......,{{{{........}}}},...........{((((((.....))))))}..,,,..,,{{((((.((.{{..,...........,}.}}.))))}}.....,{{{{.{,....,,||.},)))}..{{{{{...{({{{...,}}}}...,))))),...{{{{{.{{..((..((((..,......)))}..}}..})))))}}|}|.|}}|}}},,,|}}}}}}}}}}|}}|,}|||,...,,..,|||})||}|{{(....}}}|.,,,.....}}})})))))}}}})))|(((((((((((,........((({..........(({...}))..........}))).........})))))))))),(((((....)))))............(((((((...)))))))......,.,,,{||.{((((((......))))))),)))..}))))).......
Back