Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001199691.1
Sequence Length
1520 nt
GC Content
0.4118
CCGGGCGCCCCGCAUUCCUCUCGCGUUUCUCGGGCUGCACGAUUCCGGCUGCCCUGUCUGCCUGGCGGUGCCUCUCGGGUCUGAGCUUAAAGCGGGUGGGUGCAAACCUUUGGGCAUCCAGGGAGAGCUUUCUUGUUAGAGCCCACACACAAUCGGGCGCAUCAAGUGGGUUGAAGAAAUAUGGAGAUCAACACAAAACUGCUCAUCAGUGUUACCUGUAUCAGCUUUUUCACCUUUCAGCUUCUUUUCUACUUUGUAAGUUACUGGUUUUCAGCAAAAGUUUCUCCAGGUUUCAAUAGUCUCAGCUUCAAAAAGAAGAUUGAAUGGAACUCAAGGGUAGUAUCCACAUGCCAUUCUUUGGUGGUUGGUAUUUUUGGCCUGUACAUUUUCUUAUUCGAUGAGGCUACUAAAGCUGAUCCACUUUGGGGUGGUCCAUCACUUGCAAACGUGAAUAUUGCUAUUGCCUCAGGCUACCUCAUUUCUGAUUUGUCCAUUAUAAUUUUGUAUUGGAAAGUGAUUGGUGACAAAUUUUUUAUAAUGCAUCAUUGUGCGUCCCUGUAUGCAUACUACCUUGUACUGAAAAAUGGAGUGCUGGCAUACAUUGGGAAUUUUCGCCUGCUUGCAGAGCUUUCCAGCCCGUUUGUGAAUCAGCGACCAAAGGCUGUAGUCACUGGAAACAUGGACUUGUUUUCAUCUCUAACUCUCCACCUCUCCACACUCAGCCUGCAGAGCCCGGCCAACAAUCAAGACAGAUGGGACCGUGUUCAGAAUUCACACAAAAGCUGAAGGAUUUAUGGAUGCGGAUAUACCUCUGGAAUUGGUGUUCCAUUUGCCAGUCAAUUAUCCUUCAUGUCUACCUGGUAUCUCGAUUAACUCUGAACAGUUGACCAGGGCCCAGUGUGUGACUGUGAAAGAGAAUUUACUUGAGCAAGCAGAGAGCCUUUUGUCGGAGCCUAUGGUUCAUGAGCUGGUUCUCUGGAUUCAGCAGAAUCUCAGGCAUAUCCUCAGCCAACCAGAAACUGGCAGUGGCAGUGAAAAGUGUACUUUUUCAACAAGCACGACCAUGGAUGAUGGAUUGUGGAUAACUCUUUUGCAUUUAGAUCACAUGAGAGCAAAGACUAAAUAUGUCAAAAUUGUGGAGAAGUGGGCUUCAGAUUUAAGGCUGACAGGAAGACUGAUGUUCAUGGGUAAAAUAAUACUGAUUUUACUACAGGGAGACAGAAACAACCUCAAGGUGCCAAAAAGUUAAAUGUUGAGUAUGAAUCUGGCUAUUUUCUGCUUUAAAUGGUGUGUCUUUAAGUGUGUUUUAUAACAAUGGGAUAGAUUAAUUAUUAAGAUGUUUCUGCUUUCAUUAUUACAAUCUUAAUGGAUCUUCCUUUUCUUUUUAAAGAAUGUCUGACUGCUAAUUACAAGUACAAACUUGCAAAGCUUGAAGAAUAAGAUUGCAUUUUAAAAAUCAUGUCACUUAAUAAAGUGACAGGUUAUUUAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-426.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -454.48
Frequency: 0.0000
Diversity: 326.65
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((.(((.........)))......((((.((.((....)))).)))).(((.....)))))))))...))).(((((((((...((((((..((((........((((.((.((.((((....)))).)).))))))((((((....((((((((((..((.(((((.............))))).))....((..(((((((.((.((((..((((((((.....((...((((((((((((((...........((((.....(((....)))...))))((((((......((((((((.....)))).)))).))))))...(((((..((((((((..(((((..((.(((((((...((.((((...(((((((((.(((((.......((((((...((((((.(((..((((.(((....((((........)))).....(((.((((..(((((((((((((((........((((.((((....)))).))))))))))..))))..............((((((....))))))((((((((((.((((.((..............))))))...)))))))..))).......)))))...)))))))...))).))))...))).))))))......((((((.(((...((((....((((...(((.........)))..))))....)))).)))))))))...((((.(((((..((.((......)))))).))).)))).((((((..............)))))).(((.((.((((((.(((.((((((....))))))(((((((((.((((.((.(((((((((((((((...(((..((((((......))))))...))).)))).))).))).))))).)).)))).)).)).)))))(((((((((.....((((((((...))))).)))...)))))))))(((((....)))))..))).)))))).)).))).((((...)))).))))))))))))))))))))....)))).))...))))))).)).)))))..)))))))))))))(((((.((((.......)))).)))))(((.......)))......))))))))).)))))..))....)))))))))))))).)))))))..))..((((((((.......)))))))).((((((..((((..((..(((((.((.............)).)))))..))..)))).....)))))).......))))))))))....))))))...........((((.(((((...(((((((((((................)).)))))))))))))))))).(((((....)))))....................))))..)))))).))))))..)))...........(((((((((((.((((((((....)))))))))))).))))))).............................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{(((.,,||}(({.,({.({{({,,,,({{((((,{(.((,...}|||.|||}.,{{,.{{,||,}|||||..,,||||}||}|{{{|..}}}}},))))}),.,}}}..||||,||}||},|||{{..||||{||.}}||||{(((((....((((((((((,,,{{(({((,,,.....,....}}}}}.,.....{(..(((((((.((.((((,.{(((((((.....,{...(((({(((((((((.,{,.......((((.....{((....))}...)))){{{{{{.((((((..(((({.....}|}},||||{||}||}..{(((((..((((((((..(((((,.((.(((((((,,.{{.((((...(((((((((,,,,,..{{{{.(((((({,,{(|{{,,.{{|}}||,|}|||}}}}||{{..,{,...))}|.,,,,(((,((((,.(((((,,,,{{{(({.,,{,,,.((((.((((....)))).))))))))}}..)))),.............{(((((....))))}|((((((((((.((((.((..............))))))...)))))))..)))}......)))))...})}}})|,,{,|(((.....((((({{|.||......((((((.(((...((((....((((...(((.........)))..))))....)))).)))))))))...((((.(((((..{.{((......)))})).))).)))).},}}))))}.....)))),}}}}}}}.||{.||,((((((.(((.((((((....)))))){((((((((.((({.((.(((((((((((((((..,((,{.((((((......)))))).,,))}.)))).))).))).))))).)).}))).))},).))))}(((((((((.....((((((((...))))).)))...)))))))))(((((....)))))..))).)))))).}},|||.{{{{...}})),}}))))})))})))))))))....)))).}},,.))))))).)).)))))..))))))))))))))||{|,||||,.,,...)))),))},)|||,,.....}})......))))))))).}))))..}}....)))))))))))))).)))))))..)}.,((((((((.......)))))))).|{{{{({.((((..((..(((((.((.............)).)))))..))..)))).|,.,}}))}),,.....))))))))))....)))))}......,,,..((((.(((({...((((((((({{................}},}))))))))))))))))).{((({....})))}..{{{....(((..,,.(((((....))))).,})))....))).,,,)}.})).{((((((((((.((((((((....)))))))))))).))))))}.............................
Back