Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001199786.2
Sequence Length
1401 nt
GC Content
0.4661
GCUGUUGGUCCACGCCGCCCGUCGCGCCGCCCGCCCGCUCAGCGUCCGCCGCCGCCAUGGGAGUGCAGGUGGAAACCAUCUCCCCAGGAGACGGGCGCACCUUCCCCAAGCGCGGCCAGACCUGCGUGGUGCACUACACCGAUGAGUGUGGGUCAGAGAGCCAAACUGACUAUAUCUCCAGAUUAUGCCUAUGGUGCCACUGGGCACCCAGGCAUCAUCCCACCACAUGCCACUCUCGUCUUCGAUGUGGAGCUUCUAAAACUGGAAUGACAGGAAUGGCCUCCUCCCUUAGCUCCCUGUUCUUGGAUCUGCCAUGGAGGGAUCUGGUGCCUCCAGACAUGUGCACAUGAAUCCAUAUGGAGCUUUUCCUGAUGUUCCACUCCACUUUGUAUAGACAUCUGCCCUGACUGAAUGUGUUCUGUCACUCAGCUUUGCUUCCGACACCUCUGUUUCCUCUUCCCCUUUCUCCUCGUAUGUGUGUUUACCUAAACUAUAUGCCAUAAACCUCAAGUUAUUCAUUUUAUUUUGUUUUCAUUUUGGGGUGAAGAUUCAGUUUCAGUCUUUUGGAUAUAGGUUUCCAAUUAAGUACAUGGUCAAGUAUUAACAGCACAAGUGGUAGGUUAACAUUAGAAUAGGAAUUGGUGUUGGGGGGGGGGUUUGCAAGAAUAUUUUAUUUUAAUUUUUUGGAUGAAAUUUUUAUCUAUUAUAUAUUAAACAUUCUUGCUGCUGCGCUGCAAAGCCAUAGCAGAUUUGAGGCGCUGUUGAGGACUGAAUUACUCUCCAAGUUGAGAGAUGUCUUUGGGUUAAAUUAAAAGCCCUACCUAAAACUGAGGUGGGGAUGGGGAGAGCCUUUGCCUCCACCAUUCCCACCCACCCUCCCCUUAAACCCUCUGCCUUUGAAAGUAGAUCAUGUUCACUGCAAUGCUGGACACUACAGGUAUCUGUCCCUGGGCCAGCAGGGACCUCUGAAGCCUUCUUUGUGGCCUUUUUUUUUUUUCAUCCUGUGGUUUUUCUAAUGGACUUUCAGGAAUUUUGUAAUCUCAUAACUUUCCAAGCUCCACCACUUCCUAAAUCUUAAGAACUUUAAUUGACAGUUUCAAUUGAAGGUGCUGUUUGUAGACUUAACACCCAGUGAAAGCCCAGCCAUCAUGACAAAUCCUUGAAUGUUCUCUUAAGAAAAUGAUGCUGGUCAUCGCAGCUUCAGCAUCUCCUGUUUUUUGAUGCUUGGCUCCCUCUGCUGAUCUCAGUUUCCUGGCUUUUCCUCCCUCAGCCCCUUCUCACCCCUUUGCUGUCCUGUGUAGUGAUUUGGUGAGAAAUCGUUGCUGCACCCUUCCCCCAGCACCAUUUAUGAGUCUCAAGUUUUAUUAUUGCAAUAAAAGUGCUUUAUGCCGGCUUUUCUCA

Secondary Structure

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Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-424.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -450.05
Frequency: 0.0000
Diversity: 333.70
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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