Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001199887.2
Sequence Length
1962 nt
GC Content
0.3746
ACACUUGUGGCUUCCGUGCACACAUUAACAACUCAUGGUUCUAGCUCCCAGUCGCCAAGCGUUGCCAAGGCGUUGAGAGAUCAUCUGGGAAGUCUUUUACCCAGAAUUGCUUUGAUUCAGGCCAGCUGGUUUUUCCUGCGGUGAUUCGGAAAUUCGCGAAUUCCUCUGGUCCUCAUCCAGGUGCGCGGGAAGCAGGUGCCCAGGAGAGAGGGGAUAAUGAAGAUUCCAUGCUGAUGAUCCCAAAGAUUGAACCUGCAGACCAAGCGCAAAGUAGAAACUGAAAGUACACUGCUGGCGGAUCCUACGGAAGUUAUGGAAAAGGCAAAGCGCAGAGCCACGCCGUAGUGUGUGCCGCCCCCCUUGGGAUGGAUGAAACUGCAGUCGCGGCGUGGGUAAGAGGAACCAGCUGCAGAGAUCACCCUGCCCAACACAGACUCGGCAACUCCGCGGAAGACCAGGGUCCUGGGAGUGACUAUGGGCGGUGAGAGCUUGCUCCUGCUCCAGUUGCGGUCAUCAUGACUACGCCCGCCUCCCGCAGACCAUGUUCCAUGUUUCUUUUAGGUAUAUCUUUGGACUUCCUCCCCUGAUCCUUGUUCUGUUGCCAGUAGCAUCAUCUGAUUGUGAUAUUGAAGGUAAAGAUGGCAAACAAUAUGAGAGUGUUCUAAUGGUCAGCAUCGAUCAAUUAUUGGACAGCAUGAAAGAAAUUGGUAGCAAUUGCCUGAAUAAUGAAUUUAACUUUUUUAAAAGACAUAUCUGUGAUGCUAAUAAGGAAGGUAUGUUUUUAUUCCGUGCUGCUCGCAAGUUGAGGCAAUUUCUUAAAAUGAAUAGCACUGGUGAUUUUGAUCUCCACUUAUUAAAAGUUUCAGAAGGCACAACAAUACUGUUGAACUGCACUGGCCAGGAAGAAAAUAAAUCUUUAAAGGAACAGAAAAAACUGAAUGACUUGUGUUUCCUAAAGAGACUAUUACAAGAGAUAAAAACUUGUUGGAAUAAAAUUUUGAUGGGCACUAAAGAACACUGAAAAAUAUGGAGUGGCAAUAUAGAAACACGAACUUUAGCUGCAUCCUCCAAGAAUCUAUCUGCUUAUGCAGUUUUUCAGAGUGGAAUGCUUCCUAGAAGUUACUGAAUGCACCAUGGUCAAAACGGAUUAGGGCAUUUGAGAAAUGCAUAUUGUAUUACUAGAAGAUGAAUACAAACAAUGGAAACUGAAUGCUCCAGUCAACAAACUAUUUCUUAUAUAUGUGAACAUUUAUCAAUCAGUAUAAUUCUGUACUGAUUUUUGUAAGACAAUCCAUGUAAGGUAUCAGUUGCAAUAAUACUUCUCAAACCUGUUUAAAUAUUUCAAGACAUUAAAUCUAUGAAGUAUAUAAUGGUUUCAAAGAUUCAAAAUUGACAUUGCUUUACUGUCAAAAUAAUUUUAUGGCUCACUAUGAAUCUAUUAUACUGUAUUAAGAGUGAAAAUUGUCUUCUUCUGUGCUGGAGAUGUUUUAGAGUUAACAAUGAUAUAUGGAUAAUGCCGGUGAGAAUAAGAGAGUCAUAAACCUUAAGUAAGCAACAGCAUAACAAGGUCCAAGAUACCUAAAAGAGAUUUCAAGAGAUUUAAUUAAUCAUGAAUGUGUAACACAGUGCCUUCAAUAAAUGGUAUAGCAAAUGUUUUGACAUGAAAAAAGGACAAUUUCAAAAAAAUAAAAUAAAAUAAAAAUAAAUUCACCUAGUCUAAGGAUGCUAAACCUUAGUACUGAGUUACAUUGUCAUUUAUAUAGAUUAUAACUUGUCUAAAUAAGUUUGCAAUUUGGGAGAUAUAUUUUUAAGAUAAUAAUAUAUGUUUACCUUUUAAUUAAUGAAAUAUCUGUAUUUAAUUUUGACACUAUAUCUGUAUAUAAAAUAUUUUCAUACAGCAUUACAAAUUGCUUACUUUGGAAUACAUUUCUCCUUUGAUAAAAUAAAUGAGCUAUGUAUUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-474.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -513.81
Frequency: 0.0000
Diversity: 571.15
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((((......)).))))....(((..(((((((...((((((((..(((..(.(((.((..((.((((.(((.((.((((((.((....)).))))))...((((......)))).((((((((((((.(((((.((((((........))))))))(((((((((..((((..(((((.((..((((((...(((.......(((((.....((........))....))))).....))).))))))...))..)))))..((((...(((..((((...))))..)))...))))........))))..)))....)).)))).((((((((((.(((((..(((((((...)))..)).))..)).))).).)))))))))))).))))))))))))((((........))))........)))))..)))).))..))..))))..))).)))))))))))))))(((((((.((((........))))))...(((((((...))))..)))))))).(((((((((((((...))))((((((((((((((...(((((((((.......((((((((((((((((((((((..(.((((((((((.(.((((((...((.......))...)))))).).)))..((((((((((......)))))....)))))))).))))..)..)))))))))...(((((......((((....((((((...((((((((((((................)))))))))))).....((((((.(((....((((((.....))))))..))).))))))(((.(((....))).)))......))))))))))..)))))(((((....))))).....(((((((...(((((.......))))).......(((......))).....((((((((((.....)))))....)))))..........(((((((..((((((.((..(.(((((..((((...((((((((..(((((..(((...((((.........))))..)))...))))).........((((....))))))))))))((((....(((((...)))))))))((((((.((.(((((......))))))))))))).((.((((((...)))))).))....((((((((((......((((((((.......))))...........))))......)))....)))))))((((((((((....))))))))))......(((((((.((.((((((((((((((.....(((.(((...(((((...(((.(((((((((((.......))).)))))))).))).)))))..))))))...))))))...))))))))))....((((..(((((((....)))))))..)))).((((........))))...)))))))))))..))))).).)).))))))...)))))))...............))))))))))))))).)).)))..............((....))......)))))))))))))))))))))))........((((.....))))((((..(((((((.((((((...........(((.(((((..((((((....(((((.........)))))..))))))......................(((......))).))))).)))...)))))).)))))))..))))((((.(((((........))))).)))))))))).....)))(((((((...(((((((...(((((((((((.(.((......)).)))))))..)))))..)))))))...)))))))((((..(((...)))..))))((((........))))....))).(((((((..(((.((((......)))).)))..)))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....((((((......)).)))).........(((((((...((((((((.,(({..(.(((,((..((,{(((,(((.,{.((((((.({....}).))))))...|||}|,,||,},|}|(((((((((((({(((({.((((((........))))))}}(((((.,,,..,||}},(((((,(,..((((((...(((.......(((((.,,..{(........)).,,.))))).....))).))))))...))..)))))..((((...(((..((({...))))..))).,.))))....,,,.|}}}..,}}}..,})})))|.((((((((((.(((({.((({(((....))).))).,...}),))).}.))))))))),),.))))))))))))||{{.|.,,...}})}........,.}},}})))).)},,))..}|}}..))).))))))))}}}}}}|((((({(.((((........))))}}...({(((({...}))),.}))})))),|||||||||||||.,{||.{(((((((((((({,.{((((((({,........,{,,(((((((((((((((((({,({{(({,,,,,|}|,,|||||..{((..,,||{||..,||||||{|,{{((((((,,(((((..,,,,||}}|.|||||||}|||{|||.....,{{{(,,,,}},}||||{......{{{{...,{{{{{{...((((((((((((....{.......,,..))))))))))))....,((((((.(({....((((((.....})))))..})).))))))(((.(((....))).))}..,...,})))}}}||,.}}|||(((((....}))))..,||||}}||||||{|{{{.......{((({..{((((((.{{.............}).))}}})}).,)))}},{{|,{((({,,.......}))})}},,}},...{{||||||{{{|||,.||,,||||,,,,.,..{{{{{||{{,...,,{.........}}}}}}.))).,})}})}.|,.,,,.,||||...,))))}}}}}}}},,|||,..|||||,..))}))}.}}|{{{||.{|.{{{{{......))))))))}}}}||||,|,{|{,,.(((((((.(........)))))))}...,||,,.,{{{..,,,},))}}........,..,}}}}}|||.||},..,,}||||,((((((((((....))))))))))..,||}}|,,,.,||},||||||{|||||||,},....,.,|{||.(((((...(((.(((((((((((.......))).)))))))).))).)))))...))},,....,||||{{.}},,,}}}))))},{{{{..(((((((....)))))))..}})}.{{{{...,{{{{,||,...{{{.((((.((((.,(((((...(((((,,..((({....))))....))))}...))))),)))).)))).))),,,..))))),,,,..)))))})...}}}})))))))))))))))))))))))}.......((((.....))))((((..(((((((.((((((...........(((.(((((..{{((((.,..{,,,.....,....}}}},..,...,.......................(((......))).))))).))).,,)))))).)))))))..)))),{{{.(((((........))))).}}}|{{..((((((((||(((((((,,.((({{{{,,.||{||||{|||.,..,......|,.|}}}}},.,})}}},.}}}}}}}...}}}}}||((((..{{,...,}}..))))}|,,...))))))))..)}},))}{((((((..(((.((({......)))).)))..))))))}..
Back