Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001199957.2
Sequence Length
4043 nt
GC Content
0.3980
CUUCCUCCUGCCCGUAGUAGCCAUGGCGGCCAUGAGUUUGUUGCGGCGGGUUUCGGUUACUGCGGUGGCAGCUCUGUCUGGCCGGCCCCUUGGCACUCGCCUCGGAUUUGGGGGCUUCCUCACUCGUGGCUUUCCGAAGGCUGCUGGUCAAGCUGAACUAGCAGAAAUUCCAGAAGGCUAUGUCCCAGAACACUGGGAAUAUUAUAAGCAUCCCAUAUCAAGAUGGAUUGCCCGUAAUUUCUAUGAUAGUCCUGAAAAGAUAUAUGAAAGAACAAUGGCCGUCCUUCAGAUUGAAGCUGAAAAGGCUGAAUUACGGGUAAAGGAGCUGGAAGUGCGAAAAUUGAUGCAUGUGAGAGGAGAUGGACCCUGGUAUUACUAUGAGACAAUUGACAAGGAACUUAUUGAUCAUUCUCCGAAAGCAACUCCUGACAAUUAAGCAUUUUUUUCUCCAAAUACAAAGUAUAUUCUCUUUAUUGGAAAAUAAAUUAAUAAAUAUAUUCUGUAUUUUUGCUCUCCGUGAAAAACAAAAGAGCCUCUGACAUUACUGUCUCUCAGUGUUGGUUCAGAUUGAGGCUUUUGUUUGAGGAGUUUGGCUUCCAGUCCCCAAAGAAGGUUUAAAAUGUACUAAUAAAAACUGGAGAAAUAGGAAUUUGUGAACUCCUAAAAUUGUAGCAACUUUGAAAGGUUAGUGUUUUAUUUACCUGACAAAUGGAAGUUAUAGAAGUCUAAUAAUGUUAAGCACCAGUAAUUAUAGUAUUUUGUACAAAUGCCUGUACUGUAGAUGUCUGUAUUAUUGAGGGGCAACUCAGGAUUUUAAGUUCCAUAAAGUAUUGAACCAACUCUAAAAUGUUAACUCCUUAAUAAACAGAUUCUCAGUAAACAAAUUUUAAAGUUUAUAAUGCUUUCAUGGUUUUUUUUUUUGCCAUGUAUUGUUCUUUUUUAAACUACACACAGACACACAGACACGUACACACACACACACACACACACACACACACACGCUCUUUUCCUAGAUGCAAUCUCUGGGAUCCCUUAGAGUCCUUUUUUGGGGAAGUAGUUGCACUAGGUAAUGUGAUUCCUGCAGAGAUUAUAAAAUGUGAGUAAAAGCUAAAAAUGACUCAUUUAUUAAGCAUUUAUUGUCUGCUAGACACUAUAUUAAAUAACUGCAUUUUUUAACAUUAUUUUCUUUUCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGACGAAAUCUUGCACUGUCACCCAGGCUAGAGUGCAGUGCCGUGAUCUCGGCUGCAACCUCCGCCUCCCGGGUUCAAGCAAUUCUUGUCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGGAUUACAGGCACCCACCACCACACCCGGCUAAUUUUUGUAUUUUUCAGUAAAGACUGUUUCGCUGUGUUGGCCAGGCUGGUCUUGAACUUCUGACCUCAGGUGAUUGGCCUGUCUCCACUUCCCAAAGUGCUGAUUACAGGCCUGAGCCACUGCACCCAACAUUAUUUUCAAAAUGACAAGAGGUAGUAUUUAGUACCUGAGGCUCAGAUGUUAAACACAAACUCAGUAUUUACAAAAAUAAACAUUUAAAACAUUUACACUUCAACUUCCAAAAUGGCUUUUUACCAUAAACAUUCAGGAUUUUCAAACCUGUAACAGCUUAUCAAUGCAUCUCAUCUUAGAAGUAUGUUUUACAUUCUUCAUAAAAAUAAAAAUGAACCCAGGCUUCCUAAGAUUCAGGCCAGUGGGUCUCCACUUAAGGCCAAAUGGAGAAAUAAUUUUUUGCUGCCUAAACACACAAGUGAAUUGAAAAGCCACAGGCCAUUCAUUCAACAAAUAACUUUAUUAUUUUUAUUGAUAAUGUACUUGUAAUGUGCUAUUUUGAUACAUGUAUGCAAAGUAUAAUGGUCAAAUCAGGGUAUUUGAAUAUACAUAUAUUUCAAAAUAUAGUUAUAUAUUUCAAAAUAAGAUAUAGCAAGUUAGAAGUAUAUAUAAGUAUAUUAUUAUAUGUUAUUGUUAACUAUAAUUUACCUACUGUACUAUCAAAUACUAGAACUUAUUCCUUGUAUCUAAAUGUAUUCUUGUAACCAUUAACUAACUUUUCUGAAUUUCCUACUCUCCCCUUCCCUUCCCAGCCUUGUAACCACCUUUCUACUCUGCCUCCAUGAGACCCAUUUUUUAAUCUCCCACAUAUGAGUGAGAACAUUCAAUAUUUGUCUUUCUAGGCUUGGCUUAUUUCACUUACAUUAAUGACCUCCAGUUCCAUCCAUGUUGCUACAAAUGACAGAAUCCCAUUCUUUUUCAUAAUAUUGUCCAUACAUACCACAUUUUCUAUAUCCAUUUAUCUGUUGAUGGACACAGGUUGCAAAGGGAUUGCUGGAUUGUAUGAUAAUUCUAUGUGUAGUUUCUUGAGGAACCUUCAUGGUGUUCUUCAUAGUGGUUGUACUACUGUACAUUCCUACCAAUGGUGGAUGAGCGUUCCCCUUUCUCCACAUCCUCACAAGCAUUUGUUAUUUUUUCUUUUUUUUCAAAUGAACAUUUUAACUGGGGUGAGAUAUCUUAAUGUGGUAUUGGUUUACAUUUCCCUAAUUAUGGUUGAGCAUUUUUUCACAUAUCUAAUGGCCAUUCAUAUGUCUUCCUUUGAGAAAUGUCUAUACAGAUCUCUGGCCCUUUUUUUAAAUUUUUUUUUUUUUUGAAUUGGGGUCACCCAGUCUGGAGGUGAUCUGGGCUUCCACAUCCUGGGCUCAAGUGAUCAUUCCACCUCAGGAUGACCCAAAUAGCUAGGACCAAAGGCGAGUGCCACCAUGCUCAGCUAAUUUUUUUGUAUUUUUUGUAGCGACUGGGUUUCACCAUGUUGCCCAGGCUGGUCUUGAACUCCUGUGCUCAAGUGAUCCGCUCACCUUGGCCUCUCAAAGUGCAGGUACUUUAGGCGUGCCUGGCCUUUUUGUCCAUUUUAUUUUUUUGAGAUGGAGUCUUGCUGUGUCACCCAGGCUGGAGUGCAGUGGUGCGAUCUCGACUCAGUGCAACCUCCGCCUCCCAGGUUCAAGCAAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGAGUAGCUGGGAUUACAGGUGUGCACCACCACACCCAGCUAAUUUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGAGGGGGUGUCACCAUGUUGGCCAGGGUGAUCUUGAACUUCUGACCUUGUGAUCCACCCACCUUGGUCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGUGUGAGCCACUGCGCCCAGCCUGUCCAUUUUUUAAUCAGGUUAUGGGUUUUUUGCUAUUGAAUUGUUUGAGUUCCUUAUAUAUUCUGGUUAUGAAUCCCUUGUUAGAUGGUGUGUUAGGCCAUUCUUGUGUUGCUAUAAAGAAAAUCCUGAGUCUGGGUAAUUUAUAAAGAAAAAAGGUGUAAAUGGCUCAUAGUUCUGCAGACUGUACAGGAAGCAUGGCACCAGCAUUGCUUGGCUUCUGGGGAGGCCUCAAGGAACUUUCACUCAUAGCAGAAAGCAAAGCAGGAGCAGGCACAUCACAUGGCAAGAGAGCAAGAGAGAGAGGUGGAGGAGAUGCCACACACUGUUUUAAACAACCAGAUCUCUCAGGAACUCAUUGUUGUUAGAAAAGGAAUUAAAAGAAAUCAAAGAGUGUGUAAGCAGAAACUCAGUUGUACGUAAGAAAACCCAAUUCCCCCUGAGAAAGAGAAAGAGCUGGAGUCCUUUAAAAAUUCACUGCCUGUUUUUCUGGUGGCUAGUGAGUGUUAGCUCUCCUCCCUUCCCAGGCAUUGUGAAGACCCUGUUUCCCUAGCUGUGCAGCUGCAAGGUCACUAGACAGAUAAACUCAAGUCGCAAAACAUGUUUUUCCUUGAAAAGUAAGAAAUGAUGUAAUGCAUGUCUUGACUGAAUAACUGUCUUUGUUUCUUGCUUCUGUAAUAUGCUUCCCCCUGCACAGAUCUCCCCCUGCCCCACGAAAUGCUUAAAAGCUAACUUAACUCUUUGUUCAGGGCUCAGUCCUUUGGAUGUUAAUCUGACUGGGCCGGAGCACCUAAAUAAUAAAUAUUCUCCUGAACCCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1068.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1146.94
Frequency: 0.0000
Diversity: 1073.93
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((..((((((((((((((..((((((((((((((.(((((.((((..........)))).)))))))))).((..((..(((((((.(((....)))........))))))).))..)).((((((((((.(((..((((((((((...)).))))))))...)))..))))))))))((((((....))))))..(((((..(((..((((......))))..)))..)))))((((.(.(((...((....))...))).).))))..))))))))).(((((.......)))))..))))..)))))))))).))))(((((((((..(((((..(((((...((..(((((.((.....(((.......((((..((((.............)))).))))...)))....)).)))))..)).....))))).)))))...(((((((.((((((((...((((((....))))))......)))))))).))))))).....((((.....((((((..((((((((((((.(((((.....))))).))..)))....)))))))))))))..))))....)))))))))..........((((((...................((((((.(((((..........)))))..........((((((.(...(((((.((.......)))))))...).)))))).(((....))).....((((((....(((..(((.((((((((((((((.(((((((((((.(((.((((((.(((((((((((.(((............((((.(((...))).))))............)))..)))))))))))))))))))))))))..........(((((.......)))))((((((..........))))))....((((((((((...((.....(((..........(((((((.((......................(((((((((((.(((((.(((((((((((((....)))))))(((((....)))))....)))))))))))((((((......(((((...((((..((((((((((((.((((((((((...))))).)).))).))))))((((...))))..))))))..))))))))).......))))))...........((((((((..(((((((((((((....(((.((.(((.....))))).)))(((..(((((.((..(((..((((..(((..(((((((.((.(((((((((.((.((.(((((.(((((((((((((((......((......))......))))))))...))))(((((((..(((((.((((......(((((((((((...)))))...(((.((((((((((((((...((((((((..(((((....)))))..))...))))))......(((((..(...((((........))))....)..)))))......))))))))).))))).))).))))))....)))).))))))))))))...........(((((((((((......(((...)))....(((((......(((((((((((((......((((((((........)).....(((((((((((.((..((.((((...............))))))..)).)))).)))))))...(((((((((....)))))...))))....(.(((((....))))).).((((((.(((((...(((((.(((..(((...)))..))))))))...........(((((.......)))))((((((((.((((.((((((........(((((((..((((((..((((...))))..))))))...))))))).(((((..(((((((....)))))))..)))))....)))))).)))).))))))))...((((....((((((.((((....)))))))))).....))))((.(((........))).))..........(((((((........(((((((((...................................((((..(((((..((..(((.((((((((((..((((((...((((..(((((((((......(((((((((((.(..((((..((((.((.........((((((((.........(((((((((.(((.((((((......(((((((((((......(((((...)))))....((((..((((((.(((((..(((((.(((((...((((((........))))))............))))).)).)))..)))))))))))..))))))))))....((((((((((....)).))))))))..((((.(((((....)))))...)))).....(((((.(((.(.....).))))))))...........((((((..................)))))))))))...))))))))).)......))))))))(((......)))..............)))))))).......)).))))..)))).))))))))))))......)))))))))))))....((((...(((((((...((((((...........))))))..)))))))....))))))))))((((((((......(((((((((.....(((.......))))))))))))......(((((.(((((....(((((((........)))).))).....................((((((((......))).)))))((((((..((((......(((((((((((((((.....))).)))).........))))))))......))))..))))))........(((((((((......))))))))))))))))))).......((((.((((((((.((((.((....)))).)).))))..))))))))))))))))...(((.......)))(((((....)))))((((((((......((((.....))))...))))))))................)))))))))).)))..))....)))))..)))).((.(((((((..((.((((((((((((...(((.((((....)))).)))...)))))))))).)).)).......((((((((((.............)))))..)))))................))))))).))...........)))))))))........))))))))))))))))))........))))))......)))))))))))))...)))))..............)))))))))))....((((((.....))))))...))).)).))).)).)).)))))))))...)).)))))))....)))..(((((..........)))))....))))))))))))))..)))..((((((((..(..((((((..((((...((((((........))))))...).)))...))))))..)..))).))))))))))))))))))..))))))))..))))))))))).((......))..)))))))))..(((.......)))...)))))...)))))))))).((((..((......((((((((((............))).)))))))...))..))))........))))))))))........(((......(((..(((((..((((((.....((((((.((...(((((.((((..((((((((((.(((...)))..)))))).))))..)))..).))))).....)).)))))).....))))))..)))))....))).......)))(((........)))....)))))))))))))..)))..))))))....(((((..(((((((((....((((....))))))))))))).)))))...............))))))))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{{(({{((((((((((((((..(((((((((((({{{(((((.((((..........)))).)))))))))).{{..((..(((((({.(((....)))...,....})))))}.))..)}.((((((((((.(((..((((((((({...}),})))))))...)))..))))))))))((((((....))))))..(((((..(((..((((......))))..)))..))))){(((.(.(((,,,{(....}),,.))).).))))..))))))))),(((((.......))))}..)))),.}))))))))}.})))|((((((((,.(((((..(((((.,,((..(((((.((.....(((,.....,{{((,.{{{{,{{,,,.......,))).)))}..,)}}....)).)))))..)).....))))).)))))...(((((((.((((((((...{(((((....}))))}......)))))))).)))))))..,..((((.....((((({.,((((((((((((.(((((.....))))).))..)))},..,})))))))))))..))))....))))))))|,,,,...,,,(({{{{....,,.,,..,,...,,,(({({,.(((((.,,.....,.)))))...,{{({{{,{((((,..,,(({((,(,...,,,.))))}}),,.,,}}}))),}},.....,,.....(({{{{...,{{{..|||,|({{{{{(((((,,,(({((((((((.(((.((((((.(((((((((((.{{{...({(.,,...({{{.{{{...},},))}}.,|,,,,.....)))..)))))))))))))))))))))))))..........{{(((..,.,,.||}},((((((..........)))))).,..||{{{{{{{|,,,,,.............,,,.,|{||||{.........................{{{{((((({,,(((((,{{{{{{{|((|||....}}}))))|||||}}},))))).,.,})})}}}}})}{{{{((|.....{((((,.{{{{{..{{{(({((((((.(({..,{{{{...}}))),)}.})),))))}|{(({,,.})))},}}}}}}.,|}|}}}}}}....,,.}}}}}},...,,,,...((((((((..((((((((((((({{....,{(((((({{.,.,.,}}.,,})))))|{(((((({{.,,{,((((..{{(,{(((((((.((.(((((((((.((.((.{({((.(((.,,,((((((((......((......))......)))))))).,.,.||(((((({..(((((.((((......(((((((((({...}))))...(((.((((((((((((((...((((((((..(((((....)))))..)}..})))))).,,...(((((..(...((((........))))....)..)))))......))))))))).))))).))).))))))....)))).)))))})))))}...........(((((((((((....,,({,...|}}....(((((.,,...(((((((((((((......((((((((........)).....(((((((((((.((..{{.((({.,{............})))))..}}.))))}}))))))...(((((((((....)))))...))))....(.(((((....))))).).(((({{{(((((..,((((,{(((..(((...)))..)))))))}.,,{((({.....}}}},,....{(((((((((((((({{((((((((((((({,.(((((((..((((((..((({...))))..))))))...})))))}.||,.}}}})))|,.(((((({.{{,......},,}))))))..,.....}))))))))))))))))))))},{,{{,{.,,{||||{{{{{{{.......{(((..({{{{{((({({{.{{{{{{{{..{(,,.,((({({...{{{((,((((,,{{{{{,{......(((({{{.(((..(((...((((((..((((({{({.,,,.......,,{,..((((....(((((..,,,,,..,...{{.{({,,,,{,|||.}}.,,,,..|,,,..|}}}}...)))),{((.{{{{{......,....}||}|,,.||||,...,...,{{{,|,,||{.{(((.(((({...)))))...))}}....,{(({{((,((..,,,,,..........,,,,,.....,.,))))))}},))))))..))))))..}..)))..))).)).)))))...,,})))),...((((((((((....)).)))))))),|||({,(((((....)))))..,},},....,(((((.(((.{.....},),,)))))......},,,,((((((..,............,..)))))).))))}}.,)),))))))))...},,...,.}))))))))}.)))).......}))))}))))))})}.......},,|||,{||||{,,||||||}}}}......,,((({,,{({....,||,,}}}}(((((((...((((((...........))))))..))))))).,,{|||||||{{{{{{,{((|...,,.(((((((((.....(((.......)))))))))))).,,,,.(((((.{((((.,,,(((((((|......,)))).}}},........,,..........((((({((,.....))}.))))){(((((..((((.{{...(((((((({{{((((...,.|}},,}})},.......})))))))...,,.))))..)))))).,,,....(((((((((......)))))))))))))))))))}}}}}}{(((({((,((((({((((.({....||{|.,,{|||,,{||||||||,.||||}....{{,.....,,))}(((((....)))))((((((((......((((.....))))...))))))))......,,.,,.....}))))))))))))),.))}...))))).{||||{,.....,.}},,||,((((((((((((...(((.((((....)))).)))...)))))))))),}},,)}}}}}})||||||||||...,,,...,,,.||||,..}||||,,...||{,..((({,||.{{||..,)}}}.}})}))))))})})))),}},.}))))))}))))))))))),,....,,))))))......))))))))))))).,,)))))........},....)))))))))))....((((((.....))))))...))).)).})).)).)).)))))))))...)).))))))).....}}..(((((.......,..)))))....},})),)))),),.,}}}).,}|||{(((..(..((((((..((({,.,{{{{{{,......,|}}}}}...},}})...))))))..)..))).}}})))))))))))))))..))))))))..))))))))))).,|,.|,...}}.)))))}))}..,,........,}}...||||||,,|||}}|||||,(({(..,,......((((((((((............))).))))))).,})),,)))),,..,...))))))}})}|,|,....,||,,....|||,,(((((..((((((..{..((((((.{,...(((((.((((..((((,{{(((.{((....}}.,))))),.))))..)))..}.))))).,...},.))))))..}..))))))..))))}...,||,.......))){{(........)))....}}))))))))}}}..)))..)))}})...,{((({,,(((((((((....((((....))))))))))))).))))}...............})))))))))}}...
Back