Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001201370.2
Sequence Length
2621 nt
GC Content
0.4014
CUUCCCCAAGCCAACGUCUCCGCCGUCGGCUCCGCGGCGCCGCCAUGGCCGACGUGGAAGACGGAGAGGAAACCUGCGCCCUGGCCUCUCACUCCGGGAGCUCAGGCUCCAAGUCGGGAGGCGACAAGAUGUUCUCCCUCAAGAAGUGGAACGCGGUGGCCAUGUGGAGCUGGGACGUGGAGUGCGAUACGUGCGCCAUCUGCAGGGUCCAGGUGAUGGUGGUCUGGGGAGAAUGUAAUCAUUCCUUCCACAACUGCUGCAUGUCCCUGUGGGUGAAACAGAACAAUCGCUGCCCUCUCUGCCAGCAGGACUGGGUGGUCCAAAGAAUCGGCAAAUGAGAGUGGUUAGAAGGCUUCUUAGCGCAGUUGUUCAGAGCCCUGGUGGAUCUUGUAAUCCAGUGCCCUACAAAGGCUAGAACACUACAGGGGAUGAAUUCUUCAAAUAGGAGCCGAUGGAUCUGUGGUCCUUUGGGACUCAUCAAAGCCUUGGUUUAGCAUUUUGUCAGUUUUAUCUUCAGAAAUUCUCUGCGAUUAAGAAGAUAAUUUAUUAAAGGUGGUCCUUCCUACCUCUGUGGUGUGUGUCGCGCACACAGCUUAGAAGUGCUAUAAAAAAGGAAAGAGCUCCAAAUUGAAUCACCUUUAUAAUUUACCCAUUUCUAUACAACAGGCAGUGGAAGCAGUUUCAGAGAACUUUUUGCAUGCUUAUGGUUGAUCAGUUAAAAAAGAAUGUUACAGUAACAAAUAAAGUGCAGUUUAAAACCCAACUCUUACUCUUAAUUUGUUCCUAAUACGUAUUUUUGGCAGGGAGAGGGAACGGUCCAUGAAAUCUUUAUGUGAUAUAAGGAUUUUAAGUUUGGGCCAGUGAACAGGGUAAAUAAAAUUUAACUUUUGAGCAUAUGGAAUUUUGAUUGCCUUUAAAGUUACUAUUCUGUAUCAUUGAUUCAUCAAGAAAACCUAGAUCUGCACUCACCUCACUGUUCAAUCAUUGAGUGGUAAAGGACAGAAGUAUUUUCUAGUUCUGGUCAGAUGAUAUAAUUUUUUUUUUUUUUUUUUGUGGGGGUGAAGUCUUGCUCUGCCACCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCAUGAUGUCAACUCACUGCAACCUCCGCCUCCCGGGUUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGAUUACAGGUGUGUGCCACCACACCCGGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGAUUUCCCCAUGUUGGCCAGGCUGGUCUCAAACUCCUGACCUCAGGUGAUUCGCCCACCUCAGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGUGUGGGCCACUGCACCUGGCCCAGAUGAUAUAAUUUAACUGUGUUUUAGGUAACAUGUUAAUGAGGGAAAAUGUUUACCAGUGUAGCAUUGGAUCAAAAAGUUUAUCACACAGUGUUUUAAUAAAUGGUUUAUUCUGCUUACCUUAUUUGAAUUGUCAUUAUAAUUUUAUAUGCAACCUUAAUUUGUCAAGUAAAUACUUUCAUUUAAUUUGAAAGAAUUCAUAUUCAUUUGCUCUUUCAUUUGACAAUAAUAAAAUUUAAGGUUUAUUACCUGGAAAGAGUGCAAGAAAAUACUAAACAACUUUAUCAAACUGAUUCACACUGAGGGGAGGUUAUUUUGUAACAAAUAAUGGACCACAAGUUCAUUUUGUAUUCUUCUGUAGUAGAGGCUACUGAUAUGAAUUUAAGAAAAAACCUUAGAAUCUUAACUUUUCACAUCUGCAGAUGCAGUGUGCCAUUCUGAAUUUUUCAAUCUAAGGGAUGUGGAUACAUAGAAUGUUUAAAAAGAUAACAAUUAGAAUGAAAAAUUAAAAUUAUGUAUGCUUUUAUAUGGGUUACUUUUUAUUGAUCACAUUUCUCUGGAAAUUUUUCUUUAUAUUUUUUCACAGUUGUCUUUCUAGCUACUGAAAAAAUUAUACAAAUAUCUUUGGCCAUUUAAAUGUUUAUCAUUGUGCAGUGAACUGUUUUAGUAACUUUCUGUUUGACCUUUUUAGAAGGUUGCAUCCUUAAAAUGUGAACCAGAUACAUGGCUUUGCAUUGAAGAGGAAAGCAGUAGAAUGUCAGGUUACUUUAGGCAGUGUGACAGUAUAUAAAUGAAAUGUGGAGGAUGGUGGUAACAAUUUGAUUUUCCACACAGCAAAACCACAGUCCCGCCACCUAACAAAGCCCUGUUUAUGCCACACACCAGCAUCUGAGGGAAGAGGAGGCACUGUGACAAAGCAGCGCUGAUGCUGCUCAGCCUGCGAUGAUUACAGCUCAUCUGCACAGCCAUCUGAAAGUUUAAUACAUACUCAUCAGAGGGAACAUGCCGGGACAAUUUUGGGUUCCAAUACAAAAGUUAAGCAUCAAACAGGUUUUUCUUUCCAUUUGAUUAAAUGUGCUGAUUUUAUUUUACUGUUGCAUUAGAAACAAACAAGUUAUCUUUCGCUAUUUAAUUUUCCCUCUAUGCAAAUUGUGUUAUUACAGCUGACCGCUAUCAGUAAAUCUUAAUUCUGUCAGUCCCAUUGCUUCCUUUUUUAUAAAAAUACUGUGUCCCCCUUUACUGUCAUGAAGUGAAAUUCAUAAAUAUAUUUCCUACACAUAUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-726.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -776.59
Frequency: 0.0000
Diversity: 774.37
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...........(..(((((((((.(((((((..(((....)))...))))))))))).)))))..)((((((((((.((((((((((((((((...(((((....))))).))).)))))))........(((((.(........).)))))..((((((((((((..((.............))..)))))).))))))..)))))).)))))((((((((...((((((((((....)))))....((((((((((...(((....(((((((((.........((...((((((((((((..(.(((((....)))))...)....))))...))))).)))..))...(((((((((((((.(((((..((((...((((..((((.....))).)..))))...)))).))))).....(((((((((.....((((...(((((((.((...((((((((....)))).)).))...))))))))).....)))).....))))))))).........))))).)))))))).........((((((((((......(((.((((.(.(((((((...))))))).).)))).)))..........(((......))).......))))))))))...)))))))))......)))...))))))(((((((((..(((((.....(((((.((...(((((.(.(((((...(((((.((((...((.(((((((((((((.((((........))))..)))).)).))))))).))...)))).))))).(((...((((((((.(((((((((((((((((((...)))))))))))))....))))))....(((((...((((((((((..((.(((((.((.(((((((((((((.....((((.(.(((......))).).))))...))))))).....((((...((.(((.(((((.(((..(((((.....((((((((......((((((((((.((.((((((((...........................(((((((...(((((((((((((.((((((((.((((((((((((..((....))..))))))))..))))))))...))))....((((((((.((((.((........))))))..)))))))).((((((......))))))..((........)).......)))))).))))))))))))))...(((((...)))))........))))))(((((((((..(((...((((((((.....)).))))))....(((((((((....)))))))))((.(((.(((......))).))).))...((((..(((((.(((((((......((..((((.((((((((((...................)))))))...)))..))))..))........))))))).(((((((....))))))).)))))..))))....((((((((...................(((((((...((........)).))))))))))))))).............)))..)))))))))....)).)).))))))))))......))))))))...))))).))).))))).)))))...))))..(((((..((((((.....)))))))))))((((.((.(((((....))))).))...))))...(((((((.(((..((..((((((((((((((.((((....))))))))........(((((((((.(((((..(.(((....((((...))))........))).)..))))).))))))))).....((((((((((((((.((((............((((.((((((...(((...........((((((((((((.(((((......)))))..)))))))).)))).............)))...))))))..))))(((((((((((.((((....(((((((((((...........))))))))))).(((((..(((((((((((......))).))))))))...))))).....(((...(((((...((((......)))))))))...)))...((...((((((((((.(((....))...).))))))))))...))....((((((...(((.(((.......((((....((((.........))))...))))...))).))))))))).((..((((.(((((......)))))))))..))...)))).))).)))))))))))).)))))))...)))))))(((....)))(((((...((((((...))))))))))).....))))))))))..))....)))))))))))))))).)).))))).))...))))))))))..)))))((...((((((......))).)))...)).........)))))))).)))....((((....)))))))))).))))))))))))......)))))........)))))))))................)))))))))..))))))))(((((......)))))........)))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
...........,..(((((((({{(((((((..({(,,..})),..)))))))))))},)))),.|(((({(((((.((((((((((((((({...(((((....))))).})).))))))).,.....,||||||||,...,,||.||}||{{(((({{{{((((,,((,,{,{{.,,..||||,.}})))),))))}|,{|||||}.}}}||({(((((({.,((((((((((....))))).}}}|,|||||||{||,|{{,,|,|||||{{{,.,,{,....,,,{{((((((((((((..{.(((((....)))))...|..,.))))...))))),|}}.||,.,,((((({({{({((.{((((,.((((,{{{(((,,,,.,..,,}))}.|||},,,...)))).)}})},..,,((((({{{{,.,,.{{{{.,,|||{|((,((,,.((((((((.,,,||||,}}.,,.,,||}}||}}},,,,,}}}}.....}|}|||}}|,{,.....,)))}).)))))))),,,,..,..,{{(((((({.....||||,((((.(.(((((((...))))))).).)))).}},,,,,,,,,,{((({,{,,.|},.,,,,|.||}}}}|}}},.,|}}}}||}|,.,...,||..,}}|})}(|((({((({,,,,,|}}},.|||||,||||}{{{||||,,{{(({,{{((,..((((...((.(((((((,{((((.((((........))))..}})},}}.})))))).))...)))).)))))}||||,,|{((({{{.(((((((((((((((((((...)))))))))))))....)))))),{{{((((({,,({{{{{{{{{,,((,(({((,((.((((({{{((((,,,...||||}|}||{,,,..,))}||,||||..,,}}}}}}.....|{{{,,,{|.(({.(((((.(({..{{{||.,},,|{||{{||..,,,,({(({{{{{|,{|,{||{{{{{.|||}.,,,.....,,,,,,,,,,,,}||||(((.{((((((((((((((.((((((((.((((((((((((..((....))..))))))))..))))))))...))))....((((((((.((({{((........))))))..)))))))).((((((......))))))..{{........}}.......)))))).))))))))))))))}}}|||}}}}})})}},,,,,,,,|,}}||{(((((({.,,({{{{(({,,{,,(((({......))))}...,||||||||}}..,||}}}}))},|{((.(((,,....|||{|}|{{((,,,,,,||||}}|||((((((..,...({..((((.{{{((((((({,,.,......,.,,,...)))))))...}}}..))))..)}.....,..)))))}},||,{|||,,.,|||,,,.,},},}.{(((((({.{((((((({{{{,.,{{{{{.......||||||{...,{........}}.}}}}}})}))))))}.........}))))))},}}))})))),.}}}}}}}.}}}}}}}})}......))))}}}}...}))}),))},))))),)))||{{{||.},.{||||.||{||||,,,,.)))))))}}}}{{{{.{{.(((((....))))).))...)))}..{(({{(((((((..((..((((((((((((((.((((....))))))))....,.,,(((((((((.(((((..{.(((,...,|||,...|||,,....,.))}.)..))))).))))))))).....((((((((((((((.((((............((((.((((((...(((..,........((((((((((((.(((((......)))))..))))))))},))).,,,.....,}..)))...))))))..)))){((((((((((.((((..,.(((((((((((...........))))))))))).(((((..(((((((((((......))).))))))))...)))))..,,.{{{...(((((.{,({({...,,.}))})))))...}}}...{{...((((((((((.{{(....}}...}.))))))))))...},....((((((...(((.(((.......((((....((((.........))))...))))...))).))))))))).((..((((.(((((......)))))))))..)),..)))).))).)))))))})))).)))))))...)))))))(((....)))(((({...((((((...,}})})))))).....))))))))))..))....))))))))))}})))),)}.}))}}.}),,.))))))}}}}..}}}||{||,,{(({{{.....,||}.,}}...,,....,.,,,))))))))})))},..{{((....})))|||||},}}}})})}},........}))))},})},,}),})))))).,,,....,....}}}))))),)),,,})}}}}}}{((((......})))}.......,)))))..........
Back