Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001204193.2
Sequence Length
1415 nt
GC Content
0.3852
GGGCUGUCUCGGAAACUCAGAGCCGGGUUCCUCCCGGGUUUCUGCCGGGUUUCUCCCUGCGGCUCCUGGGUUGUUGAGACUCUUGUGAAGAUGGCUUGCGCUGCCGCGCGGUCCCCGGCCGACCAGGACAGGUUUAUUUGUAUCUAUCCUGCUUAUUUAAAUAAUAAGAAGACCAUCGCAGAGGGAAGGCGAAUCCCCAUAAGUAAGGCUGUUGAAAAUCCUACAGCUACAGAGAUUCAAGAUGUAUGUUCAGCAGUUGGACUUAACGUAUUUCUUGAGAAAAAUAAAAUGUACUCUAGAGAAUGGAAUCGUGAUGUCCAAUACAGAGGCAGAGUCCGGGUCCAGCUCAAACAGGAAGAUGGGAGCCUCUGCCUUGUACAGUUCCCAUCACAUUAUACACUAAGCCUAACUUCUGGUUCCUAGGUAAGUCAGUAAUGUUGUAUGCAGCAGAAAUGAUACCUAAACUAAAAACAAGGACACAAAAAACAGGAGGUGCUGACCAAAGUCUUCAACAAGGAGAGGGAAGUAAAAAAGGGAAAGGAAAGAAAAAGAAGUAACCUAGUAUCAGCAUCAAGUAUGUGGUACUACUGUAAGAGACAUGAAUGGAGACUUCUAAUUUGUAUCGGAGGGAAACAGAAGCUUUUUGUUUGCAUCAUUUAACUGAACUGUGAACCCUUGUGCCUCUCAUCUUUAUCAUCGGAGUUGACAGUGAAACAAAUUUACAUCAGAAGUUUGCAUCUCGCGUAUAUGCCGUAUAAAAGAAUUUUUUUGUCUUUCAAUGCAGUUUUUUGGAAGAAAAUAUUUUUAAAUGGACAAUGGACUGUACAAUAAGUUACUUGAAAUAAGUUGUUUCAGAUAAAUUUCAAUUAGAUUUAAAAUAAACAUUUUGUCCACCUUUUAAGUUAAUGAAAUAAAAUUUGAAACUGACUUUUGCAGCUUUUGCUUAUAUACUAAUGCUAGGAGAGGAGGGAUAAUUAAGAAUAAAAUAUGUAGUGAAAGUUUCCAUAGUGUGAGGCUAAAACUAGAAGAAACUGUGGUAGGUCCUUUUGUGGGUGGGGGACAGGGGAGUCUGUAAAAAGCCAGUCUGUAGAUGAUAUUUUAAUAUAUUAUUGUAAUCGAAUCGUUCAGUUGUUUUUUGACAUGGAAAGUCCUGGAUUUUAAGCUUUAAAUUUGCUUAUUUUGUAGGUUUAAGAACAUGAUUUUCAUGGGAGUUGUAAAAUUAACUGUGCUUUAGCACCUUGAGGUACACUUUCCUUCAACAAAUGAAAUUGGAUUGGUGCUCCAGAAUUUCAGAGCGGUUUCUGAAAGUAGUGAUUUUGAGCUAUCCCAAUUCCUGUUCUUCCUGAGGCCUGGUUUAGCUCUUCCUUGAAUUCUGCAAGCUAUCUCAUAUUUUCAGUAAAUUCCAUUUUUUUUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-371.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -399.24
Frequency: 0.0000
Diversity: 421.26
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((..(((((((.((((((((((((((.....(((((.......))))).....)))...)))).))))))).)))))))...(((((.((((((((((((....)).(((((...)))))..(((((.((((........)))).)))))((((((.....))))))..(((.(((((...((((.......))))..(((((..((((((((((.....((((.((...........)).))))..))))))))))..))))).(((.(((((.(((..............))).)))))))).....)))))))).......((((.(((((((((((((((....((((((((..((((.....((.((((((....((((((((.(((.........((((........))))..(((((..((((....(((((....)))))....)))))))))..........((((((.......((((....((((..((....(((((.....)))))))..)))).............................(((....(((((((..(((((((((((..((((((((((((.((((((.(((((((((((((((.((.((.(.((((((((...)))))))).).))..........(((((.(((((.((................))..)).))).))))))).)))))))......)))))))).))).))).))...((((((.((((((.((((.....((((((((.........)))))))))))).)))))).)))).))...((((........))))(((((...))))).(((((((((..((((((.((.(((((((((...(((...))).....)))))))))))))))))...)))))))))...))))))))).)..))).)))))))).)))))..))....)))...................(.((((...((((((((...)).))))))...)))).).....)))).....))))))..))))))))))))))))).))((((......((((((((...((((((((......))))))))............((((.((((....(((...(((((((((((.(...(((((.........)))))...).))))........(((((...)))))..(((((......)))))(((((((((....)))))))))))))))).))))))).))))...))))))))....)))).((((((((....))))))))(((((........))))))))).))))))))....))).)))))))....))))).)))).......)))))))))))))))............)))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
{({..(((((((.((((((((((((((.....(((((.......))))).....)))...))))},)))))).)))))))...((((,{((((((((((((.,,.}},(((((...))))).,(((((.((((........)))).)))))((((((.....))))))..{,..,,,,((({((,.{{{{...}}},..{{{((..(((((({({,.....,|||}||........{{,||,,|||{{||}||}}}}}..})),)}|||}|,|||}||{..............}}},|}}},,})}}.,,((((((.....{{({{(((((((((((,{.(((.,......,.))}...},))}..)))))))))))}..,....))))))............))))..})))))|{{,,(((((,.{(((....(((((....)))))....)))))))))...........,}}}..,......,((((((.((((((({..{{(((({..{((((.{(({,.........{{{{,{({,.,,....{{{{{{..({((((((({,(((.....})})))))))}{({{,,,{,||,.,,,{|},,||||||,,{{{{{.{{.({.(.((((((({...}))))))).).}|...{{{{{{{((,{{.{.(((((((.{(,{,{{{({.,...,.,||.||}.||,{{{{..{{{{||{.,....}))))))},,,.)))}}}..,|,|||{.{{{(((.(({(,,...((((((((.........))))))))))),.)))))}.}}}},|||.{((((.,,,....||||.{{{{....|{{{{(((((((((..((((({,((,{((((((((...{{,...})).....)))))))))))))))))...))))))))).}}))),},}}|{{{{||||,||||,|,.,,}|}}}}}}}}},,},,,................|.{(((...((((((({...|}.))))))...)))).}....}))})})},)))))..}})}})))))))))))))))((.(((......,,})).)}...((((((((......)))))))).....,.....))))))}}|,....||,{{{((((((((,((..{{((((((((,{((,..,,..,.,}}},)))))))))}.}},))}}))))))..(((((......)))))(((((((({....})))))))),))))))})|,.....},}},||||},,|||{{||||{{,(((((((,....}))))))}.,..,,,}}}}}}))}}}}))},))))).))))}..)))))},)))}}}))).)))))),,.....,))))))))))))))).............}}...........
Back