Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001204830.2
Sequence Length
1602 nt
GC Content
0.4282
AAACCGGGAUGUUGCGGGCCGUAGCGCGUGGGCGGCCGUGGGGUCUUGGGCGCGCGCGGUGUUUCUGGCGGUGGGUCAGGACUUGCGGGUCGCCUCCGCCGGUGUUGAAGCCUCUUGUGUGCACACUUUCUCCUCAGCACUUGGGACGACCUAAUUUCACUGUUAGGAACGGUUGAUCCCGAACACAGGAGGGAGGGUAAAUAUCGUAAAACAUGUUGGACGCUAGCUGUGUGCACGCCCCCUGGGAGCCAAAAGGGCGAAGUAAAACAUGCACACGACCGUAAUGAGAUUCUGAACUGAAUCUCGCUCUGUUGCCCAGCCCAUCUCGGCCCACUGAAACCUCCACCUCCCGGGUUCAAGCGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGAGAUUACAGGCGCCUGCCACCACGCCCAGCAUGCUGAUCCCAUUUUCAAUGAAGAAUUGCUUCCAGUUACUUUGUAACUGCCAGGUCCCAGCAGCUGGCUUUAAAAAAACAGUAAAAAAUGGGCUCAUUUUACAGUCAAUUUCCAAUGAUGUCUAUCAAAAUCUGGCUGUGGAAGACUGGAUCCAUGACCAUAUGAAUCUAGAAGGCAAACCAAUUCUAUUCUUUUGGCAGAAUUCUCCCUCUGUUGUAAUUGGUAGGCAUCAAAAUCCUUGGCAGGAAUGUAACCUGAAUCUAAUGAGAGAAGAAGGUAUAAAACUGGCUCGGAGAAGAAGUGGAGGAGGAACAGUCUACCAUGAUAUGGGUAAUAUCAAUUUGACUUUCUUUACAACCAAAAAAAAGUAUGAUAGAAUGGAAAAUCUGAAAUUAAUUGUGAGAGCUCUGAAUGCUGUCCAACCCCAGCUGGAUGUGCAGGCUACCAAAAGAUUUGACCUUUUACUUGAUGGACAGUUUAAAAUCUCAGGAACAGCUUCUAAGAUCGGCCGGACUACUGCCUAUCACCAUUGCACUUUAUUAUGUAGUACUGAUGGGACGUUCUUGUCUUCUUUGCUAAAGAGCCCUUACCAAGGGAUCAGGAGCAAUGCCACUGCUAGCAUACCUUCCUUAGUGAAAAAUCUUUUGGAAAAGGAUCCCACUCUGACCUGUGAAGUACUAAUGAAUGCUGUUGCUACAGAGUAUGCUGCUUAUCAUCAAAUUGAUAAUCACAUUCACCUAAUAAACCCAACGGAUGAGACACUGUUUCCUGGAAUAAAUAGCAAAGCCAAAGAACUGCAAACUUGGGAGUGGAUAUAUGGCAAAACUCCAAAGUUUAGUAUAAAUACUUCCUUUCAUGUGUUAUAUGAACAGUCACACUUGGAAAUUAAAGUAUUCAUAGACAUAAAGAAUGGAAGAAUUGAAAUUUGUAAUAUUGAAGCACCUGAUCAUUGGUUGCCAUUGGAAAUACGUGACAAAUUAAAUUCAAGUCUUAUUGGCAGUAAGUUUUGCCCAACUGAAACUACCAUGCUAACAAAUAUAUUACUUAGAACAUGUCCACAAGACCACAAACUAAACAGUAAAUGGAAUAUUCUCUGUGAAAAAAUUAAGGGAAUAAUGUGAUUCCAAGUAAAUGUCUUAAUACAGUUUCAAUUAGAAAAUAAAAUGUCUCAUACUUGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-431.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -462.78
Frequency: 0.0000
Diversity: 417.36
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((((((((.((((((.((...((((((((((....)))).(((((((((((((.(((((((((((.((((...((((....)))))))))))))).....)))))...))))))))..((((((.((((.....(((((((((((...((((.......)))).))))).))))))......))))))))))................(((((...)))))(((((((((((((..(((...)))...)))))..........))))))))........(((((((......)))))))........))))))))))))))))))).).......(((((.(((((((((...(((.((((...((((((((..(....)..)))))).(((((((((((((((((((.(((((((.(((((...((.........((((.....))))(((((((...)))))))...))...))))))))))..........((((((......((((((...(((((((.((((((...(((((((((((((....(((.((((((........)))))).)))...(((..(((((((....))..))))))))....((((((........))))))....)))))))))))))...(((..(.(((...((((.(((...(((......)))...)))))))...))).)..))).......(((..((((((.((((.....((((((.....))))))....))))))))))....)))..............(((........))))))))).)))))))))))))....)))))).........))))).)).))))))..(((((((((((.....((((((....(((..((.....((((.((((.....)))).)))).(((.(((..((..(((((((..((((((........))))))..)))))))..))))).))).....((((...((.(((((...))))).))...))))((((........))))))..)))..)))))))))))))))))....((...)).....).)))))))............(((((((....(((.(.(((.((.((((((......)))))).))))).)..........((....))..(((((...)))))))).....)))))))..))...)))).))).))))))))))))))......((.(((((....))))).)).......(((((.(((.((((((.((((((.......((((........)))).))))))))))))..))).)))))((((((((((.(((........(((((........)).)))..((((((.(((((((((.......(((((((..((((((((...((((((........))))))....)))))......)))..)))).)))..)))).......(((...(((....)))...)))..((((((((............))))))))))))).)))))).............))))))))))))).........)))))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....(((((((((,(((({{.{{|,|{{((((((((...{||||{((((({({(((((.,,,,{|{||||,|{||}}}||||}.,.))))))))|}||||{{.,,|||||,,,{{(|{|||,,,(({(({(((,.{...(((((((((((,,,({{{...,,,,))}}.}}))).)))))}....}|))))}}}|||....,,.,,....,,.{{(({,{{|,,}},||||{|{(((((..(((...)))...)))))..........)))))))),.......(((((((......)))))))}},..},,))))}))}}}}}}})))}}.,.....,,|{{{||{{{||||{|,,,{||.{{{{.,,(,((((((.,|...,)..))))))....||{{.(((((((((((.(((((((.(((((...{{.........{{{{.....}}}}(((((((...)))))))...))...))))))))))..........((((((......((((((...(((((((.((((((...(((((((((((((....(((.{(((((........)))))}.)))...(({..{((((((....))..)))))}))...,((((((........)))))),...)))))))))))))...(((..(.(((...(((,{(((...(((......)))...)))))))...))).)..)))......,(((,,(((({{.((((.....((((((.....))))))....)))))))))).,..}}}..............,,,.,,.....}}})))))).)))))))))))))....)))))).........))))).)).))))))..|{{{{((({{{...,|{{{{{,.,,.|||.,||,....|{|{,|{||...|,}))|,}|}},||{.||{..,{..(((((((..((((((........))))))..)))))))..|||||,}}}.,||{((((,..({.(((({...))))).}),{,||}}{(((....,..,||||,|.,||}||||||}},,||||}|}}}...}||},..|{{,,,,.,,,}}),,,||,,...,,.,|||{||}},}))),)}|||,||,((((((......)))))).},|||,|...........,,...||||||||,.,}}}}}}}))}......}}}}},.}}...)))),|||,||||}}|||||}},......,,.,{|||,,..))))).))}......(((((.(((.((((((.((((((.......((((........)))).))))))))))))..))).)))))(((((((({{{(((.,,,,,,.(((((........))}}))..((((((.((((((((,.......,,,,,||,.{,(((((({,.((((((,......,)))))),,..)))))}.....,},.,||||,|},..}|||.....,,|{{...{{{....)))...))}..((((((((.........,..))))))))))))).))))))......,,..,,.))))))))))))).........}})))))).........
Back