Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001206736.2
Sequence Length
2727 nt
GC Content
0.5145
GCUUUGGAAGGCGCACGGGGCGAAGAUGGCGGCGGAGCGACAGGAGGCGCUGAGGGAGUUCGUGGCGGUGACGGGCGCCGAGGAGGACCGGGCCCGCUUCUUUCUCGAGUCGGCCGGCUGGGACUUGCAGAUCGCGCUAGCGAGCUUUUAUGAGGACGGAGGGGAUGAAGACAUUGUGACCAUUUCGCAGGCAACCCCCAGUUCAGUGUCCAGAGGCACAGCCCCCAGUGAUAAUAGAGUGACAUCCUUCAGAGACCUCAUUCAUGACCAAGAUGAAGAUGAGGAGGAAGAGGAAGGCCAGAGGAGCAGGUUUUAUGCUGGGGGCUCAGAGAGAAGUGGACAGCAGAUUGUUGGCCCUCCCAGGAAGAAAAGUCCCAACGAGCUGGUGGAUGAUCUCUUUAAAGGUGCCAAAGAGCAUGGAGCUGUAGCUGUGGAGCGAGUGACCAAGAGCCCUGGAGAGACCAGUAAACCGAGACCAUUUGCAGGAGGUGGCUACCGCCUUGGGGCAGCACCAGAGGAAGAGUCUGCCUAUGUGGCAGGAGAAAAGAGGCAGCAUUCCAGCCAAGAUGUUCAUGUAGUAUUGAAACUCUGGAAGAGUGGAUUCAGCCUGGAUAAUGGAGAACUCAGAAGCUACCAAGACCCAUCCAAUGCCCAGUUUCUGGAGUCUAUCCGCAGAGGGGAGGUGCCAGCAGAGCUUCGGAGGCUAGCUCACGGUGGACAGGUGAACUUGGAUAUGGAGGACCAUCGGGACGAGGACUUUGUGAAGCCCAAAGGAGCCUUCAAAGCCUUCACUGGCGAGGGUCAGAAACUGGGCAGCACUGCCCCCCAGGUGUUGAGUACCAGCUCUCCAGCCCAACAGGCAGAAAAUGAAGCCAAAGCCAGCUCUUCCAUCUUAAUCGACGAAUCAGAGCCUACCACAAACAUCCAAAUUCGGCUUGCAGACGGCGGGAGGCUGGUGCAGAAAUUUAACCACAGCCACAGGAUCAGCGACAUCCGACUCUUCAUCGUGGAUGCCCGGCCAGCCAUGGCUGCCACCAGCUUUAUCCUCAUGACUACUUUCCCGAACAAAGAGCUGGCUGAUGAGAGCCAGACCCUGAAGGAAGCCAACCUGCUCAAUGCUGUCAUCGUGCAGCGGUUAACAUAACCGCCCAGCCAGCUGCCUGGCCUCCCUCCUGUGUUUCCCAUGGCCAGUGGCCAUGCCCCAUGGGGAUCGCCCCUCCUGCCCCCUUGUGCACACCCAGCAGUCCAGUGCAACGUCUCCUCCAUAGCUCUGGGUUCUUAGAUCUUGGUUGGACGUUUGUUUUCUCCUUAGUUGCAUUUCCUGGGUUUUUGUGAUGAUCAAUGGACUUUAAUGAAAAAAAAAAUAAAAACAACCAAAAAAAUUGAAGGAAUAUCACCAGCAUGUUGUACGGAAACUCUCCCACUGAAGCAGGCUUUAAUUGCUUUAAAAUUAUAUUUAUCUUGGGGCCUGUGGGAGGAAACUUCCUUCCAUCUUCUCUGCAUAAAAACUUGUGGCACACAAUGCUUAUUCACUAGUGUGUCCCACCCGCCAGCCCCACAGAUGACUGGAGGAAGGAGGGGAAAUGUGUAGAAAGAGGCUUCGCCACCACUUGUUCCCACGAGAAUAUGUCACUUGCCCAGAUAAAACUGGGCGGCAGCCAGAGUUCCCUGAAGUGGGAAGUCAGAGCUCCAUGCACACAGUGUCUUCAGAAGGUGAAAAUAAAUAUUUCCCUGUGCUCCUUUUACUCAACCCCUGGGGUAUCUAAUCUUGCCAGGUCUUGGCCAGUUGAGAUUCUGUUCCACCUGCCUGCCUGGCCCUUUCCUCCAUUACCAUCCAGACUGCUCGCCUCCUGGGGAUUCUCAGGGGCUCCAUUAUGGCUUGAUUUACUCCACGUGCAGAAGUCUUGAGUGGACCUAGGAGGUAGGUGGGAUAUUUUUUUUCACUAGGAUACAGCUCAUGCCAACCCAUCCUAAGUGAGUUCAGAAUCAGGGUAUCUUGCCCUAUAAGAUAAACAGUCAAAAUGCCACCGAGCUGUUCACUAGUGAUGUGUGGCAAAUCAAAUCAACUGUUGAAGAAGGGGUGAGUUUUCUGUGCUACAAGCACCUGUCACUGUUGGUACUUGCAGGAGGCUUCUGCUGGGUAUGUUUUGGAAGUGAGUGUCACUACUUGGCUUUGCUUAGCAGGUUCUGCUUCACACUUGUUCUUUGACCUGCUGACUUGUGACUUGCAGAAACAUAGGCAGUAGUCCUAGCCUGGUAAAGACCCUCCACCACCCCUAUAAGUUUGAUUGCUAUGCAGGUUUGGGAGAGGAGGCCUAUUGGGCUCUUGGAUGGAACCCUUUCCCGUAUUAAACAAACCAGAGACAGAAUCAGUGCUGACUCAGGAUCUCCUGGUUUGGAAUCGUAAUGUGCCUCAAUCCUCUUUCCAAGCAGGCCUCACCAGUCUCUUUCUCUUUCCUGCUUCACCCCUGCAAUGAGCCAAGAACCAACACUACAUCCACCUAGAACUGCAGAAGGGCUUGUGGUUUCAACCAAGACCCAUCCUGAGCAAGGGACUUGGCUUGGUGCUUUUGAUCCCAAAGUUCCCACACCGGCAGUGGCCUGCUGGGGCAAUGGCAUCUGUCACGGUGUUUUCUCCAGCAGGUGGAGAUUAUGGAACCUACAUAUGGGUCUGGAAAAACUGUACACUGUUGUCACCUUGACCAUUAAAAACCAGAAUGAGGACAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-919.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -972.77
Frequency: 0.0000
Diversity: 746.56
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((((.((((((((.(((...........(.(..(.((((((((((.(((((...((((.((((((((((.(((((..(((..((((((((((((((((.(((((..(((((((((((((((((.((((....)))).)).......((((.(.((((.((....(.((((((.....))))))))).))))).)))).(((((....))))).(((....((.((......)).)).(((((......((((((((((.......))))..)))))).....))))).))).......)))))))))).))))).))))))))))))))))).(((((...))))))))))))..((.(((....((((((((.(((((((.(((.((.((((((..((((......))))((((.((((((((.((((((..(((((((((...(((.(((..((((......(((((.....((((((((.(((..((.((.(((((((((((..((((..(((((((((.....))))))......(((((((((((..(((.....(((((..(((((..(((.....(((((((((((.(((((((((.....((((((((((((....((((.............(((((((((((((.(.(((.(((.(...).)))..((((((.((.((((.(((((((..((...(((..(((((.(..((((...((((....)))).....))))..))))))...)))...)).))))))).))))))...))))))))).)))))))))))))).............))))))))))......))))))......)))))......)))).)).......)))))))))......(((.((.....(((((....................))))).....)).)))((((((((((..............((((((..((.....((.(((((.((........)))))))..)).....)).)))))).))))))))))....)))..)))))......))))).((.(((((((......)))))).).))..(((.......)))))).))))))))).)).....(((((((...)))))))...(((((....))))))))))))..)))))....((((((...)))))))))))).))))...))))))))))).......(((((.............)))))..)))))..........))))..)))))).)))))))))..))........)))).)))))))).))))(((((((((((..............................))))))))..)))......)))))))).)))))))))).)))))...)))...))).))..((((((((.......)))))))).............))))).)))))((((((((....))))))))((((.((((((((......((.(((((((...............))))))).))(((.((..(((((........))).))..)).)))....))))))))))))....))))).))))...))))).................((((((......))))))((.((((.((.(((((......))))).)).).))))).......)))))))))).)..).)...........))))))))))).))))..(((((.(((((..((((........))))...((((.(.((((((((((((((((((((((((((.(((((..............................(((.((((((....)))))))))((((((..(((((....(((.....)))...)))))...)))))).)))))))))))))))))........(((((((((((...((....))......))))).))))))..)))))))((((((...))))))....(((.....)))....((((((((.((((.....))))..)).)))))).......))))))).).)))))))))))))).....(((((...)))))....((((((((((.((.((((((...)))))).))(((.(((((((..((((((((.....((((((((......(((((....((.(((.((((((.((..(((.(((((.((((((...........))))))))))))))..))..((((..((...))..)))).....)))))).)))..))...(((((...((((((((((((.....(((((((((((.(((.........(((((((..((((((((((((.((.(((....))).))..).))).))))))))......))))))).........))).))))))..))))).....))))).))))))).)))))......)))))...)))))))).....))))).)))....))))))))))....((((((.(((..(((((((((.((..((((......))))...)))))))).....)))..)))))))))....))))))))))(((((((((((....((((((......))))))..)))))))))))......((((.......))))..((((.((...(((........)))....))..))))........)))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,{{(((((((.((((((((.,{{,.{{(,{{{{,{{{..,.((((((((((.((((({{{((((,((({((((((.((((({.(({..((((((((((((((((.(((((..((((((((((((((({{.((((....)))).}}.......((((.(.((((.((....{.((((((.....))))))})).))))).)))).(((((....))))).{{{.,,.((.{{......}).}}.,(((({.....((((((((((.......)))}..))))))..}..},})),))},...,,.)))))))))).))))).))))))))))))))))).(((({...}))))))))})),.((.{((....((((((((.(((((({{(((.((.((((({..((((......)))}((((.((((((((.(((({({{,((((,(((((..(((((((((..,......,,,.......((((((((.(((..{(.((.(((((((((((..((((..(,,{(((((.....)))))}......{((((((((({..{{{,..{{{{(({,.{{{{{..|||..,|{({{{{((((((,((({((((({....(((({,.,({......,.,,..,,....,,,..((((((((((((({{.(((.(((.,...},)))..{(((((.{(.((((.(((((((..((...(((..(((((.{..((((..,((((....))))..,..))))..)}))))...)))...}).))))))).))))))...)))))}))).)))))))))))))),,.,,,.......)))}}))})),|||,|))))))|.....|||||.|,,..||...,,...,||,{|||||}},,,......},.|..,.,||||{...........,,....,,.}))))|....,}||{|{{(((((|||,.............{{{(({..((....{({.(((((,{(........)))))))..||||,,.}}.)))))).}})))))),..}}}},,..,,,.,..}},,},....}|,|||||{{,,,,,.|||}}}..,}},.,||..}},..,)}))}.,,})))})),))..,,.(((((((...)))))))...||{{{,,,,))))))))))))..))))}....((((((...)))))))))))).))}).,.))))))))))).....,|(((((........,,...))))}.,))))},))))..}}})}|)}}}}},.,.|||}}},,},,},,..,,,..)))).)))))))).)))){{(((((((((.....{{,.,,.....,,,},,........))))))})..))}......)))))))).)))))))))).)))))...)))...))),)}..((((((((.......))))))))............,))))).)))))|(((((((....)))))))}{(((.((((((((......{(.(((((((...,......,....))))))),)}(((.((..(({({.,,....,))).))..)).)))....))))))))}})),},.})))).)))|,{{{||,,..,,},,,,.,||..,,((((((......))))))|{.{{{{.((.(((((......))))).)).),)))))..,,.,.}}))))}}}}...,||}|,.........})})))))))).))))},{((({,(((((..((((........))))...((((.(.((((((((((((((((((((((((((.(((((........{{{{,.....,,.{{{{{,{,.(((.((((((....))))))))).{{{,..,||,,{,...,,,..,..)}),},,))))}.))))))).)))))))))))))))))........{((((((((((...((....))......))))),,))))}..)))))))((((((...))))))....(((.....)))....((((((((.((((.....))))..)).)))))).......))))))).).)))))))))))))).,,,,(((((...)))))..,,((((((((((..{{(((((,{{,{{(((({(((({.{{,.,((,,(((({{{|,,,,.||{|||{{,}}||}||||{,{,,((.{((,({,{({,{...{{,,{|{{|}|,||||....}}}}},.},}||||||}}},},,,)},|(((..,{...,}..}}}}.....,,,|||.,,}..)),..(((((...((((((((((((.....(((((((((((.(((.........(((((((..((((((((((((.((.(((....))).))..).)))}})))))))......)))))}).........))).))))))..))))}.....))))))))))),,.)))))....,,))))))}.||||||||..,,.}}}|||}.}}},..}}}..||}||||,((({({,{({,.,,,||||||.||}.||||..,...))}}}}})))))||,,{,,,||,..})))))).)),..))))))))))||(((((((((.{,.((((((......)))))),,)))))))))}}|,||.,{,,{|,,{{{,,.,,,}||||,|{...{,|,.,,,...))),||,,}.,)))}........})}},.,}}}}.,..
Back