Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001206902.2
Sequence Length
3109 nt
GC Content
0.3750
GGUCUUUGGGGGUAGGCGGUAGUGGCGGAAGAGGUUCGGCGGCUGAUGGCGGAUCAGGAUCGGAAGCCUGCGUAACUUUCUCCCUUGAUCCGGGAGUCUUUCCACUGGAUUCACAAUGACAUCCUUUCAAGAAGUCCCAUUGCAGACUUCCAACUUUGCCCAUGUCAUCUUUCAAAAUGUGGCCAAGAGUUACCUUCCUAAUGCACACCUGGAAUGUCAUUACACCUUAACUCCAUAUAUUCAUCCACAUCCAAAAGAUUGGGUUGGUAUAUUCAAGGUUGGAUGGAGUACUGCUCGUGAUUAUUACACGUUUUUAUGGUCCCCUAUGCCUGAACAUUAUGUGGAAGGAUCAACAGUCAAUUGUGUACUAGCAUUCCAAGUUGAAAAUUGAGAAAACCAUGAAAGAAAAAGAAGAACUGUUAAAGUUAAUUGCCGUUCUGGAAAAAGAAACAGCACAACUUCGAGAACAAGUUGGGAGAAUGGAAAGAGAACUUAACCAUGAGAAAGAAAGAUGUGACCAACUGCAAGCAGAACAAAAGGGUCUUACUGAAGUAACACAAAGCUUAAAAAUGGAAAAUGAAGAGUUUAAGAAGAGGUUCAGUGAUGCUACAUCCAAAGCCCAUCAGCUUGAGGAAGAUAUUGUGUCAGUAACACAUAAAGCAAUUGAAAAAGAAACCGAAUUAGACAGUUUAAAGGACAAACUCAAGAAGGCACAACAUGAAAGAGAACAACUUGAAUGUCAGUUGAAGACAGAGAAGGAUGAAAAGGAACUUUAUAAGGUACAUUUGAAGAAUACAGAAAUAGAAAAUACCAAGCUUAUGUCAGAGGUCCAGACUUUAAAAAAUUUAGAUGGGAACAAAGAAAGCGUGAUUACUCAUUUCAAAGAAGAGAUUGGCAGGCUGCAGUUAUGUUUGGCUGAAAAGGAAAAUCUGCAAAGAACUUUCCUGCUUACAACCUCAAGUAAAGAAGAUACUUGUUUUUUAAAGGAGCAACUUCGUAAAGCAGAGGAACAGGUUCAGGCAACUCGGCAAGAAGUUGUCUUUCUGGCUAAAGAACUCAGUGAUGCUGUCAACGUACGAGACAGAACGAUGGCAGACCUGCAUACUGCACGCUUGGAAAACGAGAAAGUGAAAAAGCAGUUAGCUGAUGCAGUGGCAGAACUUAAACUAAAUGCUAUGAAAAAAGAUCAGGACAAGACUGAUACACUGGAACACGAACUAAGAAGAGAAGUUGAAGAUCUGAAACUCCGUCUUCAGAUGGCUGCAGACCAUUAUAAAGAAAAAUUUAAGGAAUGCCAAAGGCUCCAAAAACAAAUAAACAAACUUUCAGAUCAAUCAGCUAAUAAUAAUAAUGUCUUCACAAAGAAAACGGGGAAUCAGCAGAAAGUGAAUGAUGCUUCAGUAAACACAGACCCAGCCACUUCUGCCUCUACUGUAGAUGUAAAGCCAUCACCUUCUGCAGCAGAGGCAGAUUUUGACAUAGUAACAAAGGGGCAAGUCUGUGAAAUGACCAAAGAAAUUGCUGACAAAACAGAAAAGUAUAAUAAAUGUAAACAACUCUUGCAGGAUGAGAAAGCAAAAUGCAAUAAAUAUGCUGAUGAACUUGCAAAAAUGGAGCUGAAAUGGAAAGAACAAGUGAAAAUUGCUGAAAAUGUAAAACUUGAACUAGCUGAAGUACAGGACAAUUAUAAAGAACUUAAAAGGAGUCUAGAAAAUCCAGCAGAAAGGAAAAUGGAAGAUGGAGCAGAUGGUGCUUUUUACCCAGAUGAAAUACAAAGGCCACCUGUCAGAGUCCCCUCUUGGGGACUGGAAGACAAUGUUGUCUGCAGCCAGCCUGCUCGAAACUUUAGUCGGCCUGAUGGCUUAGAGGACUCUGAGGAUAGCAAAGAAGAUGAGAAUGUGCCUACUGCUCCUGAUCCUCCAAGUCAACAUUUACGUGGGCAUGGGACAGGCUUUUGCUUUGAUUCCAGCUUUGAUGUUCACAAGAAGUGUCCCCUCUGUGAGUUAAUGUUUCCUCCUAACUAUGAUCAGAGCAAAUUUGAAGAACAUGUUGAAAGUCACUGGAAGGUGUGCCCGAUGUGCAGCGAGCAGUUCCCUCCUGACUAUGACCAGCAGGUGUUUGAAAGGCAUGUGCAGACCCAUUUUGAUCAGAAUGUUCUAAAUUUUGACUAGUUACUUUUUAUUAUGAGUUAAUAUAGUUUAGCAGUAAAAAAAAAAAAAAAAACCACACCUAAAAUAGACCACUGAGGAGACCAUAGAGCGGAUGCUUUCAUGCACCCUUUACUGCACUUUCUGACCAGGAGCUACUUUGAGUUUGGUGUUACUAGGAUCAGGGUCAGUCUUUGGCUUAUCAAUAAAUUUUAAUCUCUGUUAAUCUUACCUGCUUUAAAAAAAAGUUCUUGUGUGUUCGUAUCUUUAUUUAUUCCCUAGUUUGCAGAACUGUCUGAAUAAAGGAUACAAGGAUUAUUUCAAUGUUACUGCACUGAAAAACGUGUAUGUAUUAGUGUGCUAGAUUAUUUAGCAGAAUAUUCACAAGUUUCUGUUGACCUUGUUGAUUGAGCAUGACUACUAAAUAUUAUGUAAUAAAAAGCAUUUGUCAUAACAGUCUUAUGAAGUAGUUCUUCGAAUAUAGAAAGUUCUAUAAUUUAGCCCAUGAAAUGAUAGGUUUUUAAUUUUCAGAAAUGGAGCUGCAUGUAGAAUGAGAUCACAUGCUUUUAUAUGUGAAAUAUUGGUUUUAGCAAUUAACAGAAGGCAUACUUUGCUAAUUUUAUGGCAAAAUUUUAGAAUAACCUGAAUGAUUAUUUUUAAACUAUCUUGAAGUUGUAUGUAUAUAUCUAAUGGGAAAAUGGAACAAGAGAUGUCAGUAUAAUUGUUUUCCUAUUAAAUGAUCUCAUAACAGGGGUGUUUGUGGCAUAAAAAUCAUAGAAUAUAUAUCAGUAUCUUUUUUACAUUUUCCUGAUGAGAAUAUAAAUUUGAAAUAUUCUCAGUAAGUGAUUAAAAGUACAAUACAUAAACCCAAAUCAAAGUAAUGUGUUUCUUCAGUUAUGUCUGUGCUGUAUAGAACUGUCACUAACAUUAAAGAAAGAGGACACAUUUUUCAAGAUCUGUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-740.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -801.31
Frequency: 0.0000
Diversity: 806.24
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((.((((..(((((((((....((((...(((...((.(((((((((((...(((((.........)))))...)))))))))(((.....)))...(((((((...))).))))......((((((........)))))).((((((((((((.............))).)))..)))))).)).))....)))..))))....)))))))))..)))).)))))..(((((.(((.(((((((....((((((......))))))..)))))))((((...))))(((.......))).((((((((((........(((..(((...)))...))).((((...((((((((((....))))....))))))...))))....)))))))))).........((((.....))))...(((.(((((......)).))).)))((((((.......)))))))))))))).........((((....))))...((((((((((.((..(((....)))..............(((((((.((((((..((((.....(((..........((((((.....((((((((..((((...(((.((((......))))..)))......(((((.....)))))...))))))))).......)))...))))))..(((((..((((...(((((..(..................)..))))).))))..)))))..(((.(((((.((((((((((((.((((.((((..(((................)))..))))....((((((((.(((((((...((((((...)))))))))).........(((.((.(((.((.((((...)))).)).))))).))).((((((....))))))...((((((.(((....)))..))))))((.((((((.((((((((((((.(....).))))))).((((((.(((((((((((((((((.((((.(((..((......))..))).)))).))))).))).......((((((...((((((.(((.(......).))).))))))..((((.(((((((..((((.....))))..........(((.....)))..)))))))))))...........................(((((.......))))).))))))............(((((.(((((((.(((((((((....((((.(((....))).)))).....((((......)))).(((..(((...))))))..................)))))))))..))))))...........).)))))........(((((((..(((((((((((((((((.(((((((((...(((((((...(((.(((((((((((.(((((((................))))))).)))))))))..................)))))..)))))))..................(((......)))....................((.((((((((((.(.(...((((..............))))..).).)))))).....)))).))............(((((....(((......))).....))))).....)))))))))..(((((......((((((((.((((.((...(((.....((((((((((.....((((.((((((((((..(((((((((((((((((..........(((...)))(((..(((((((....)))))))....)))...(((.((((.(((((....((.(((........)))))....))))))))).))))))).)).............)))))).)))))..)))))))..))).)))).((.((((((.....((((.((((((((((....)).))).))))))))).)))))).))..(((((((((.(((((((.......((((((((.((((((.(.(((((....((((..(((((((.((((...(((......(((.(((...((((((..((((((....(((.(((........))).)))))))))....))))))))).))).....))))))).))))))))))))))))))))))).(((((.((((..(((((......))))).)))).)))))..............................))))))))))))))).)))))))))..((((........))))))))))).(((((.((((((((((.((((((...)))))).))))))).))).))))).....................)))....)))...)).))))......))))))))...)))))((((((...(((((((..((((((...))))))...)))))))))))))..(((....))).....((((((((........))))).)))....(.(((((((...))))))).).)))))))...)))))))))))))))))(((((...(((((...........((((........))))..)))))..)))))))))))))).))))))........((..((((((((...((((((((....(((.(((((...))))))))...)))).))))..))))))))....))..((((((((...(((.....((((.......))))..)))))))))))..(((((((......)))))))..(((((......)))))..................))))).)))))).)).......((((((((((((((.....((....)).......))))))))))))))....(((((......))))).))).)))))))).............))))..))).)))))))))..)))))))).(((((((((.........)))))))))(((.(((........)))..)))......))).....))))..)))))).))))))).((((..((((.((.....)).).)))..))))..........)).)))))))))))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((((((((((({(((((.((.(((....))).)).)))}...,{((((((((...(((((.........)))))...))))))))|(((,{{{{||,...(((((({...|}}.}}}}....,,|{{{||,,.,,{{{||}|||{..((((((((((((..(((((((...((({|({..(((((.{{{({,{,,{.,.,({,((((((((.,.(((((..,.,{({{{{,{(,{{.{(((,((((({....|}))||,}}...,|||||{{|}||}}|((|{,..|,,|(((,......)))|,.,,,,||{|,,.,,,.)}}}}}}...,}))))},,}}||,,..,}},.,..)))))...)))))))}.)}})...,}}}.,.....................((((((((..,.((((((((.(((((.,,,..,|......,,{,.,|||.}}},}.{((({(,.,.{(({.,{{....}}}..)}}),.........,.|,|,.||}}}}.....|,,..,.....{((.((((((((.,......{(((((....,{.....}}...)))))).......,.)))))))),})).,.(((.((((......))))..))).,....(((((.....)))))....)))))))}.............,,.))))))))..}))...))))).....)})}))...)))))))..}}|.({{...({{{...,,..}}))..,))),,,.....(({.(((({{{{({(,..{{{................,,,,.}|||.,,|||}}},.,}}}.|||....{{{{{....,}}}}}}}))..}}}}}..{((.((.{,,{({,((({...}}})})},}}})).))).((((((....))))))...,||||,.|||}},,,}}..}})}))))))))..))}}}.((((((((((((((,,{,,,,,..{(((((.(((((((({((((((((.((((.(((..((......))..))).)))),))))),,)).......{(((((...((((((.(((.(......).))).))))))..((((.((((((({{((({.....},,,..,}},....{{(.....))),.)))))))))))...............,,..........(((((.......))))).)))))}............(((((.{((((((.(((((((((....((((.(((....))).)))).....,,{{......}}},.(((..(((...))))))..................)))))))))..))))))...........).)))))........(((((((..(((((((((((((((((.(((((((((...(((((((...(((.(((((((((((.(((((((.{..........,...))))))).)))))))))..,,,.........,,,}),)))..)))))))...............,,.(((......))).....,,........,,...{{.((((((((((.(.{...((((...,..........))))..).}.)))))).....)))).}}........,,..(((((....{((......}}}.....)))))..,,.))))))))),.(((({..,,{.{(((((((....{{{|,,,......}}}.(((({{(((....((((.((((((((((..(((((((((((((((({..........{{{...}}|(((..(((((((....)))))))....)))}..(((.((((.(((((,{,.((,{((.......,)})))....))))))))).)))}))).)).............}))))).)))))..)))))))..})).)))}.((.((((({...,.((((.((((((((((....))))}).))))))))}.}))))).))..(((((((((.(((((((.......((((((((.((((((.{.(((({...,{(((..(((((((.{(((..,(((..{,..(((.(((.,.((((,,..((((((....(((.(((........))).)))))))))....))))),))).))).....))))))}.)))))))}))))))))})))))).(((((.((((..(((((......))))).)))).))}},...............,,,...,}}......))))))))))))))).)))))))))..,{{,.,,,,,.,)))},,}}}}},(({{{,{({{{{{{{|,||||||,,,}))))},))))))},))}.}})))},,,.........,||,,},}}})}},.)))}..})}))}},.....))))))))}}})))))(((((({,.{{(((((..{(((((...))))))...)))))))))))))..{{{....}}}..{{.{(((((((........))))).))).,|,{,(((((({...})))))}.|.,})))))...)))))))))))))))))(((((...{((((.........,,(({{........}}}}..))))}..)))))})))))))).))))))..,.,{{{{{....||||||.,.((((((((....(((.{(,,,...,,)),)))...)))).)))).,|||}}}||{{{{(({.{(({{{{{.,.{{(,,...{{{{,|,....)))),.)))))))))))..{((((((......))))))}..{((((......})}}}.|,,|||,}},,||{|...,,,,))}}||,,,..,,,,,.(((((((((((({,.,,,.,,....,,..,....})))))))))))))..}))))))}}.,,,,,,|||{{{{({{........))))))}}}}}.,,,.)))))))))))))).,..||{{..(((((((((.........)))))))))...}},||......{|,...,,,...............,,.{((((((((((({..|.((((..((((.((.....)).).)))..))))....},}}))}}))))))),,,.}))))).....
Back