Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001220500.2
Sequence Length
1585 nt
GC Content
0.5874
AGAAGAAAGUGUCUCUCUUCCUGCUUAAACCUCUGUCUCUGACGGUCCCUGCCAAUCGCUCUGGUCGACCCCAACACACUAGGAGGACAGACACAGGCUCCAAACUCCACUAAGUGACCAGAGCUGUGAUUGUGCCCGCUGAGUGGACUGCGUUGUCAGGGAGUGAGUGCUCCAUCAUCGGGAGAAUCCAAGCAGGACCGCCAUGGAGGAAGGUCAAUAUUCAGAGAUCGAGGAGCUUCCCAGGAGGCGGUGUUGCAGGCGUGGGACUCAGAUCGUGCUGCUGGGGCUGGUGACCGCCGCUCUGUGGGCUGGGCUGCUGACUCUGCUUCUCCUGUGGCACUGGGACACCACACAGAGUCUAAAACAGCUGGAAGAGAGGGCUGCCCGGAACGUCUCUCAAGUUUCCAAGAACUUGGAAAGCCACCACGGUGACCAGAUGGCGCAGAAAUCCCAGUCCACGCAGAUUUCACAGGAACUGGAGGAACUUCGAGCUGAACAGCAGAGAUUGAAAUCUCAGGACUUGGAGCUGUCCUGGAACCUGAACGGGCUUCAAGCAGAUCUGAGCAGCUUCAAGUCCCAGGAAUUGAACGAGAGGAACGAAGCUUCAGAUUUGCUGGAAAGACUCCGGGAGGAGGUGACAAAGCUAAGGAUGGAGUUGCAGGUGUCCAGCGGCUUUGUGUGCAACACGUGCCCUGAAAAGUGGAUCAAUUUCCAACGGAAGUGCUACUACUUCGGCAAGGGCACCAAGCAGUGGGUCCACGCCCGGUAUGCCUGUGACGACAUGGAAGGGCAGCUGGUCAGCAUCCACAGCCCGGAGGAGCAGGACUUCCUGACCAAGCAUGCCAGCCACACCGGCUCCUGGAUUGGCCUUCGGAACUUGGACCUGAAGGGGGAGUUUAUCUGGGUGGAUGGGAGCCACGUGGACUACAGCAACUGGGCUCCAGGGGAGCCCACCAGCCGGAGCCAGGGCGAGGACUGCGUGAUGAUGCGGGGCUCCGGUCGCUGGAACGACGCCUUCUGCGACCGUAAGCUGGGCGCCUGGGUGUGCGACCGGCUGGCCACAUGCACGCCGCCAGCCAGCGAAGGUUCCGCGGAGUCCAUGGGACCUGAUUCAAGACCAGACCCUGACGGCCGCCUGCCCACCCCCUCUGCCCCUCUCCACUCUUGAGCAUGGAUACAGCCAGGCCCAGAGCAAGACCCUGAAGACCCCCAACCACGGCCUAAAAGCCUCUUUGUGGCUGAAAGGUCCCUGUGACAUUUUCUGCCACCCAAACGGAGGCAGCUGACACAUCUCCCGCUCCUCUAUGGCCCCUGCCUUCCCAGGAGUACACCCCAACAGCACCCUCUCCAGAUGGGAGUGCCCCCAACAGCACCCUCUCCAGAUGAGAGUACACCCCAACAGCACCCUCUCCAGAUGAGAGUACACCCCAACAGCACCCUCUCCAGAUGAGAGUACACCCCAACAGCACCCUCUCCAGAUGCAGCCCCAUCUCCUCAGCACCCCAGGACCUGAGUAUCCCCAGCUCAGGUGGUGAGUCCUCCUGUCCAGCCUGCAUCAAUAAAAUGGGGCAGUGAUGGCCUCCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-606.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -629.67
Frequency: 0.0000
Diversity: 307.43
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((.((...)).))))).........((((((((...))))).....(((((((((((((((((..............((((............)))).............))))))))))...))))).))..(((((((((.(((((((...((((.(((.((((((..(((((.(((((......(((((...(((((((((((.((..........((((((((((.(((..(((((((.((((((.((.((((((....((((...((.((((((.(((.((...))))).)(((.(((((((((.((((((((((((((.((((((.((((.((.(.(((((((((((((.....(((((.........)))))((((((..((((.((((((((....))))))))..((((..((.(((..(((((((((.......(((.(((((.((.((.((((.(((...)))..)))))).)).(((....))).(((((....))))).))))).)))))))).)))).)))))....))))((.(((((((((((..((((((...((((.(........)..).)))..))))))))))))))))).)).)))))))))).(((..((.(((..(((....)))..)))))....)))...))))))))))((.....(((((((...((((((....((((((...))))))....)))))).....)))))))...))...((((....))))))).).)).))).).))).))).))))))..)))))))).)).))))))).)))))))).))...)))).....)))))).)).)))))).)))))))...))))))))......((((((...(((((..(((((((((.(((.((((..((.(.((((...(((...)))...)))).)))..))))))).))((((...((((((((.((((((....))))))((((.(((((((.(((........))).)))))))..))))(((....((((((.(((.(((((((((..(......)..))))))).....((((((((.((...)).))))))))..........(((...)))..)).))).))))))))))))).))))..)))).((((.(.((.(((......))).))).))))..)))...))))..))))).....(((((..((((...))))..)))))..))))))..(((.((....(((((.((.....)).))))).)).))))))))))..))))))))))).)))))..(((((((((...................))))...)))))((((........))))..))))).)))))))))))..............(((((.....))))).................(((((.....))))).............))).))))...)))))))..)))....)))))).....)))((((((((.......))))))))((.(((.((((((((((...................)))))).)).)).))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((.,,...}).)))}|{{{.........(((((...))))).....(((((((((((((((({.,............((((............))))............}))))))))))...))))).))..(((((({((,(((((((,..{(((.(((.((((((..(((((.(((((......(((((...(((((((((((.((.......,{,(,,.{(((((.(((..(((((((.((((((.((.((((((....((((...((.((((((.(((.(,...),))).){((.(((((((((.((((((((((((((.((((((.((((.((.(.(((((((((((((.....,,((({{{,{,{{.|,||,{{{{{,.,{|||}|{{{{(((,,,.,}}}))))}|{(((..,,.(((..(((({{(((,,.....(((.(((((..{.(({((((,{{{...}|}{,|,..})}),.|({,...}}).|{{,,,}}}))))).))))).))))))))}}))).)))|}....)))|{(.(((((((((((..((((((...((((.{........)..).)))..))))))))))))))))).)}.,}||||||,,.||||.(,.{,,..||,....))),}))})}..,.)))}}})))))))))){{.....(((((((...,{((((,...{{{|||...}|||||,...}))))),....)))))))...}}...((((....))))))).).)).))).).))).))).))))))..)))))))).)).))))))).))}))))).))...)))).....)))))).)).)))))).)))))))...)))))))),.,,..((((((...(((((..(((((({((.(((.((((..((.(.((((,,.(((...))),}.)))).)))..))))))).))((((...((((((((.((((((....))))))((((.(((((((.((({.,.....)))})))))))..))))((({{,,{((((,,(((.(,(((((((..{......}..))))))).},,.((((((((.((...)).))))))))..........||,,,,),,..)),))),}))})},,,)))).))))..)))).((((.(.((.(((......))).)),}))))..,}}...))))..))))).....(((((..((((...})))..)))))..))))))..||{.|.....(((((.((.....)).))))),))},,,,,,,})}..))))))))))).)))))..(((((((((...................))))...)))))((((........)))).,||||}.}}})))))},}..............{||||....,)))))..,..............{||||.....)))))............,)}).)}}}...)))))))..}}},,,.))))))....})))((((((((.......))))))))((.(((.((((((((((..................,)))))).)).)).))))).
Back