Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001235.5

Sequence Length

2058 nt

GC Content

0.5894

AAGAGUAGAAUCGUGUCGCGGCUCGAGAGCGAGAGUCACGUCCCGGCGCUAGCCCAGCCCGACCCAGGCCCACCGUGGUGCACGCAAACCACUUCCUGGCCAUGCGCUCCCUCCUGCUUCUCAGCGCCUUCUGCCUCCUGGAGGCGGCCCUGGCCGCCGAGGUGAAGAAACCUGCAGCCGCAGCAGCUCCUGGCACUGCGGAGAAGUUGAGCCCCAAGGCGGCCACGCUUGCCGAGCGCAGCGCCGGCCUGGCCUUCAGCUUGUACCAGGCCAUGGCCAAGGACCAGGCAGUGGAGAACAUCCUGGUGUCACCCGUGGUGGUGGCCUCGUCGCUAGGGCUCGUGUCGCUGGGCGGCAAGGCGACCACGGCGUCGCAGGCCAAGGCAGUGCUGAGCGCCGAGCAGCUGCGCGACGAGGAGGUGCACGCCGGCCUGGGCGAGCUGCUGCGCUCACUCAGCAACUCCACGGCGCGCAACGUGACCUGGAAGCUGGGCAGCCGACUGUACGGACCCAGCUCAGUGAGCUUCGCUGAUGACUUCGUGCGCAGCAGCAAGCAGCACUACAACUGCGAGCACUCCAAGAUCAACUUCCGCGACAAGCGCAGCGCGCUGCAGUCCAUCAACGAGUGGGCCGCGCAGACCACCGACGGCAAGCUGCCCGAGGUCACCAAGGACGUGGAGCGCACGGACGGCGCCCUGCUAGUCAACGCCAUGUUCUUCAAGCCACACUGGGAUGAGAAAUUCCACCACAAGAUGGUGGACAACCGUGGCUUCAUGGUGACUCGGUCCUAUACCGUGGGUGUCAUGAUGAUGCACCGGACAGGCCUCUACAACUACUACGACGACGAGAAGGAAAAGCUGCAAAUCGUGGAGAUGCCCCUGGCCCACAAGCUCUCCAGCCUCAUCAUCCUCAUGCCCCAUCACGUGGAGCCUCUCGAGCGCCUUGAAAAGCUGCUAACCAAAGAGCAGCUGAAGAUCUGGAUGGGGAAGAUGCAGAAGAAGGCUGUUGCCAUCUCCUUGCCCAAGGGUGUGGUGGAGGUGACCCAUGACCUGCAGAAACACCUGGCUGGGCUGGGCCUGACUGAGGCCAUUGACAAGAACAAGGCCGACUUGUCACGCAUGUCAGGCAAGAAGGACCUGUACCUGGCCAGCGUGUUCCACGCCACCGCCUUUGAGUUGGACACAGAUGGCAACCCCUUUGACCAGGACAUCUACGGGCGCGAGGAGCUGCGCAGCCCCAAGCUGUUCUACGCCGACCACCCCUUCAUCUUCCUAGUGCGGGACACCCAAAGCGGCUCCCUGCUAUUCAUUGGGCGCCUGGUCCGGCCUAAGGGUGACAAGAUGCGAGACGAGUUAUAGGGCCUCAGGGUGCACACAGGAUGGCAGGAGGCAUCCAAAGGCUCCUGAGACACAUGGGUGCUAUUGGGGUUGGGGGGGAGGUGAGGUACCAGCCUUGGAUACUCCAUGGGGUGGGGGUGGAAAAACAGACCGGGGUUCCCGUGUGCCUGAGCGGACCUUCCCAGCUAGAAUUCACUCCACUUGGACAUGGGCCCCAGAUACCAUGAUGCUGAGCCCGGAAACUCCACAUCCUGUGGGACCUGGGCCAUAGUCAUUCUGCCUGCCCUGAAAGUCCCAGAUCAAGCCUGCCUCAAUCAGUAUUCAUAUUUAUAGCCAGGUACCUUCUCACCUGUGAGACCAAAUUGAGCUAGGGGGGUCAGCCAGCCCUCUUCUGACACUAAAACACCUCAGCUGCCUCCCCAGCUCUAUCCCAACCUCUCCCAACUAUAAAACUAGGUGCUGCAGCCCCUGGGACCAGGCACCCCCAGAAUGACCUGGCCGCAGUGAGGCGGAUUGAGAAGGAGCUCCCAGGAGGGGCUUCUGGGCAGACUCUGGUCAAGAAGCAUCGUGUCUGGCGUUGUGGGGAUGAACUUUUUGUUUUGUUUCUUCCUUUUUUAGUUCUUCAAAGAUAGGGAGGGAAGGGGGAACAUGAGCCUUUGUUGCUAUCAAUCCAAGAACUUAUUUGUACAUUUUUUUUUUCAAUAAAACUUUUCCAAUGACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-814.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -852.25

Frequency: 0.0000

Diversity: 638.96

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

..........((.((((((((((....)))(((.(((..((((.(((((((((...(((((.((..((((....(((((........))))).....)))).((((((((((((((((((.((((..((((.(((((.....((((((....)))))))))))))))....((((((((((.((.(((..((.....(((((..((((((((((..(((((((..(((((.(((.(((((((((((((...((..(((((..(.((.(((((((.((((.((((((((..(((.....))))))))).....)).)))).))))))).)))(((..((((.(((.(((((((((......)).)).))))).))).))))..)))...))))))))))).)).)))))))..)).).)))))...))).))))))))..((((((((((.(..........((((.((((((...)))).))))))(((((((...(((......))).)))))))((((((...))))))........).))))))))))..((((........)))).............)))))))))))..))))))).))).))))))).((((......))))((((((........)).))))..))))...))))).....)))).).)))))))).)).))).))...)))))....))))...((((.((..(((...)))..))))))..(((((((.....)))))))..((((((....))))))..(.((((.....)))).)((((.(((....))))))))))).))))))...........)).))))).)).(((((((((((..(((.((..(.((((((((((((...(((((((..((.((.(((((((...((.((((...)))).))...(((((...)))))..(((((((........)))))))(((((..((((.((((.((((((....(((((..((((((((((((..((.(((((((((((((.((((........))))...(.((((((((((((((...(((((.....)))))..........(((.((((..((((((..........))))))..)).))))).))))))))).))))).).))))).)))))))).)).)))....))))))))).)))))......).)))))...((((.(((.((((...........)))).)))..)))).....))))))))))))).(((.((.(((...(((....(((.(((...........))).))))))))).))))))))))))...)).))..)).)))))...)))))..)))).)))).)).))).))))((((((..(((((((((.((((.(((....)))))..((((((((((((((((.((((((........((((((((...(((((((((((((((....(((((((((...)))).))..)))(((((......)).))).........)))))).((((..((((..((((....(((((..((.((((((....((((((...))))))..))))))))..)))))))))...)))).....)))).........)))))))))...))))))))......(((((((......(((((....))))).....))).))))(((((((......)))))))..............)))))).)).))))))))))))))((((....(((((((((.......(((((.((....)).)))))(.((((((((..((((......))))((((......)))).((((...((((((((((((((...)))))))).)).))))..))))........))))))))))))).))))).((((.....))))....(((((((((((((..(((....)))))))))))))))))))).)).))))))))).)))).)).........((......)).....................))))))).......

Thermodynamic Ensemble Prediction

..(({.{{{,..{(((,{.(((((,,((((((((((,.(((((({(((((((.(((.(((.((((.((((....(((((........))))).....))))..{{.((((((((((((,,,,||}(((((((((((((((..((((((....)))))).((((......)))),|.,(((({({,(((,,,|||.||||||,,,{(((((({{{..,((((((,.{((((,{{(.((((((((({{(({{{(({.,,,((,{{{{{|,|(((,(|(((,.{{((((((..(({....,),,)))))).....,{{{,(((((.((((.(((((({((((....}}},}||||)))).)))).))))).))).}}},)))),.})}.}}))}}})}))}}.)).}))))))..)).},})))),..))}},)),)))),.((((((((((,|.,,,{,,...((((.((((((...)))).)))))){((((((...(((......))).))))))|((((({...})))))|||,,,..|,))))))))))..((((........))))..}}.........}}}}}}))|{||....})}|.|||||},|{.{((({{......))))))})}}|,{,.{(((.((((...,..{.(((({{((((((,,,,,(((({((,{{{{(,,((({...,},..},}..)))),}}||||{{(,,(((,..,}|..}}}},,..(((((((.....)))))))...)))))))))}}))))))))))).,.....)))).))))||{{{,{.,||||||,,...}}|{|{{.,..,,.,,.{,.....,}}.||,....,))}}..,)))))),|.{(((((((((((...{((((((..((.((.(((((((.,.(((({((...}}||.{{,..{{{,({{{||||{,.(((((((........))))))){{{{{,.,{{(,{(((.{{{{({.{..(((((..((((((((((((..((.(((((((((((((.((((........)))).,.{.((((((((((((((...(((((.....)))))..........{(,{((((..((((((,,....},..))))))..)).))))}.))))))))).))))),,.)))))}}))))))).)).))}...,))))))))).)))))..,.,,|,||}||..{(((({(,{,{{||,}}}.|||}..})}}})))}.}}},.....}}})}}))))))).{{{{({{(({..{{{...,.||.}}})}))},,}}}..)))}))}}))},,))).,.)))))))...)}.))..)).)))))...)))))..)))).))},.))))).)))))))))).,((((.(((.(((,.....,.,))).))).))))|||,}))))))))||{((((,,,.|}}}|(((,,,|}},,,)))).))).))}.........,.((((..(((((((.{(.(((.(((..,,,.......},......))).))}))))))))))))).,....{(((((((({.((((((....((((({...})))))..))))))}|..(((((((((..{(|{{((...(((((((.....{||((|,,,....((({||.,..{{(((((.{{(({.......,))))}.{{{,.......(((((.((((((.((((.,,........,|................)))))))))),))))).........}))}}....)))))}}..,.|})}|})}})}..)))))))))))))....})))))))),}}}((((......)))).{|||..,|{{{{{{{||||||,,,}))))))),}|.}}))..)))},.))))))))).))))))))),,)))))).}))))))))))|,(((((((((((((({..(((....})}}))))))))))))))})}}.,))))),{{((({....,,,...,,,.{,......)}}}}}..}}}}.,,),,.,,............,,..