Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001242452.3
Sequence Length
2593 nt
GC Content
0.5677
AAGACGCGGAAGUGCCCGGCAGGUUGGCGGACCGGCGGGAGGCGCAGCCUGGGCAGAGCUCAGCUUGGUCCCGCCGCCCGGCCGGUGCUCCCUGGCGCAGCCACGCAGGCGCACCGCAGACAGACCCCUCUGCCAUGAACCAGUCCAUCCCAGUGGCUCCCACCCCACCCCGCCGCGUGCGGCUGAAGCCCUGGCUGGUGGCCCAGGUGAACAGCUGCCAGUACCCAGGGCUUCAAUGGGUCAACGGGGAAAAGAAAUUAUUCUGCAUCCCCUGGAGGCAUGCCACAAGGCAUGGUCCCAGCCAGGACGGAGAUAACACCAUCUUCAAGGCCUGGGCCAAGGAGACAGGGAAAUACACCGAAGGCGUGGAUGAAGCCGAUCCGGCCAAGUGGAAGGCCAACCUGCGCUGUGCCCUUAACAAGAGCCGGGACUUCCGCCUCAUCUACGACGGGCCCCGGGACAUGCCACCUCAGCCCUACAAGAUCUACGAGGUCUGCUCCAAUGGCCCUGCUCCCACAGACUCCCAGCCCCCUGAGGAUUACUCUUUUGGUGCAGGAGAGGAGGAGGAAGAAGAGGAAGAGCUGCAGAGGAUGUUGCCAAGCCUGAGCCUCACAGUGACCGACCUGGAGAUCAAGUUUCAGUACCGGGGGCGGCCACCCCGGGCCCUCACCAUCAGCAACCCCCAUGGCUGCCGGCUCUUCUACAGCCAGCUGGAGGCCACCCAGGAGCAGGUGGAACUCUUCGGCCCCAUAAGCCUGGAGCAAGUGCGCUUCCCCAGCCCUGAGGACAUCCCCAGUGACAAGCAGCGCUUCUACACGAACCAGCUGCUGGAUGUCCUGGACCGCGGGCUCAUCCUCCAGCUACAGGGCCAGGACCUUUAUGCCAUCCGCCUGUGUCAGUGCAAGGUGUUCUGGAGCGGGCCUUGUGCCUCAGCCCAUGACUCAUGCCCCAACCCCAUCCAGCGGGAGGUCAAGACCAAGCUUUUCAGCCUGGAGCAUUUUCUCAAUGAGCUCAUCCUGUUCCAAAAGGGCCAGACCAACACCCCACCACCCUUCGAGAUCUUCUUCUGCUUUGGGGAAGAAUGGCCUGACCGCAAACCCCGAGAGAAGAAGCUCAUUACUGUACAGGUGGUGCCUGUAGCAGCUCGACUGCUGCUGGAGAUGUUCUCAGGGGAGCUAUCUUGGUCAGCUGAUAGUAUCCGGCUACAGAUCUCAAACCCAGACCUCAAAGACCGCAUGGUGGAGCAAUUCAAGGAGCUCCAUCACAUCUGGCAGUCCCAGCAGCGGUUGCAGCCUGUGGCCCAGGCCCCUCCUGGAGCAGGCCUUGGUGUUGGCCAGGGGCCCUGGCCUAUGCACCCAGCUGGCAUGCAAUAACAAGGCUGCAGACGGUGACUGGCCCUGGCUUCCUGGGUGGCGGUGCGGACUGAUGUGGAGAUGUGACAGCCCCGAUGAGCACCUGGCUGGCUGCAGGGUCCUACCUCUGGGUUUCCUGGAAGUGGAUUUGGGCCAAGAAGGAGAGGGAGAAAGGCCCGAGCCCCUGCCUUCCCGGGCCUUUCUCUCCUGGGCUGUCUCUGGUCUGGUCAGCCUGGCUCUCGGGAAAUUCAGCCAUGAGCAGGGAAAGAACUCUCCCAACCCUGGGGCCUAGCUGUAUAGGAGGAAUUGCCUAAGGGUGGCCCACUCUUGUGAUUGCCCCAUUUCCUCUGGCAACAAAAGCCAGAGUGUUGUGGGCCAAGUCCCCCCACAGGGCCUCUGCAGGGCAUGGCCCUGAUUUCCCUGGUUUGAGACUCACUUCCUCAUCUCCCUGUCCUCUGAGAUAAUAUGAGUGAGCACUUAGGUAUCAUAUCAGAUGCUCAAGGCUGGCAGCUACCCCCUUCUUGAGAGUCCAAGAACCUGGAGCAGAAAUAAUUUUUAUGUAUUUUUGGAUUAAUGAAUGUUAAAAACAGACUCAGCUGUUUCUUUCCUUUUACUACUACCAGUUGCUCCCAUGCUGCUCCACCAGGCCCUGUUUCGGAUGCCAACUGGCCCACUCCCCAAGCACUUGCCCCCAGCUUGCGACCAUUGGCACUGGGAGGGCCUGGCUUCUGGGCUGAUGGGUCAGUUGGGCCUUCAUAAACACUCACCUGGCUGGCUUUGCCUUCCAGGAGGAAGCUGGCUGAAGCAAGGGUGUGGAAUUUUAAAUGUGUGCACAGUCUGGAAAACUGUCAGAAUCAGUUUUCCCAUAAAAGGGUGGGCUAGCAUUGCAGCUGCAUUUGGGACCAUUCAAAUCUGUCACUCUCUUGUGUAUAUUCCUGUGCUAUUAAAUAUAUCAGGGCAGUGCAUGUAAAUCAUCCUGAUAUAUUUAAUAUAUUUAUUAUAUUGUCCCCCGAGGUGGGGACAGUGAGUGAGUUCUCUUAGUCCCCCCAGAGCUGGUUGUUAAAGAGCCUGGCACCUACCCGCUCUCACUUCAUCUGUGUCAUCUCUGCACACUCCAGCCCACUUUCUGCCUUCAGCCAUUGAGUGGAAGCUGCCCCAGGCCCUUACCAGGUGCAGAUGCCCAAUCUUGAUGCCCAGCCAUCAGAACUGUGAGCCAAAUAAACCUUUUUCUGUAUAAAUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1038.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1080.79
Frequency: 0.0000
Diversity: 662.25
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((.((((((((.((((((((((((((...((....))..)).))))))(((((.(((.(((.((((.((..((((..((((((((((((.((((.(((((.....((..((..(((((........)))))..))..)).((((..((((((((........))))...((((....))))(((((((((((((((((((...(.....).))))))))...))))))))))).)))).....(((((..((((....))))...)))))(((.(.((((((....)))))).).)))....))))((((((......))))))..)).))).)))).)))).))((........))...(((.........)))...))))))..))))..)))))).))).))).))))).........)))))))))))))).)).........(((((...(((...((.(((((.................)))))..)))))...))))).((((..((((..((((((....))).))).........(((.((((.(..((((.(((.((((((((((((((.((.(((..((((((((.((((((((............(((..((((((..((((((((.((((((((.((((((((.((((((((.....((((..((((((((((((.((..(((.(((((..((((((.(.((((((((((((((((((((..((((.(((((....(((.(((((..(((.(((.(((.........(((((((((.........((((((..(((.....)))...))))))))))))))))))..))).)))....))))))))...)))))))))...........)))))))))((((((((.((((((..((((((((((...(((..(((.....)))..))))))).....(((.(((((((((((((..(((((((...(((..((((((((((((((...(((....))).(((.(((....))).)))....(((...(((((((....(((..((((((((.(((.((((.....(((.....)))....))))))))))))))))))...........)))))))..)))((((((......)))))))))))))))).)))).)))....)))))))(((((........)))))................)))))).....)))).)))))).............))))))..)))))).)))...((((((.((..((((((((((...(((((.....))))).(((.(((..(((((.(((((((...)))))))...))))).....))).)))....)).))))))))..)).)).))))..))))).)))))))))))..).))).))).))))))))..)).....(((((.((((....((((((((...((((((.((.((((((...)))))).))))))))(((((((((((...(((((((((((((((..............)))))))))))).)))...)).))).))))))))))))))..))))))))).....))))))))....((((........))))......))))....)))).....))))....))))..))))))))(((....))).(((.(((((..((((((((.......))))))).)..))))).))).........(((((((..(((...))).)))))))...)))))))))))))))).........))))))..))).(((((((((...(((((....)))))..))))...))))).)))).)))))))).(((.((...((((((......))))))...))))).....((((.(((((..(((....)))..))))).))))..))))..))).)).))))..))))))))....)).))...).))))..).)))).)))(((((((((..(((((.((((((.(((.....((..(((((...........))))).))))))))))))))))))))))))).((((((((((..(.(((((((((((((((.....(((((((((((..(((...)))..))))).......(((((((((((((((((((((.........(((((((.((...(((((((((.......))))))))).......(((((((((((..((((((((((.((((((..............((((((......(((((....)))))(((((((((((((((((..((........))..)))))))))))))))))..........(((((((((......)))))))))))))))..............)))))))).))))))....))..))))).)).)))).....(((.......)))....)).)))))))))))...)))))).)).))))))))).))))))))))((((.((.((......)).)).))))..)))))))..)))).).)))))..)))))))))))))...........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{{.((((((((.((((((((((((((,..((.,,|}|..}),)})))}(((({.(((.{{{.{{{(,{{..||{{..(((((({{({{{.((((,{{{((,,||.||.,|{..(((((........)))))..}}..}}.||{{.,,,..|((({{,,,,{{{{{{,{.((((....))))(((((((((((((((((((...{.....,.))))))))...)))))))))))..))),....{((({..((({....})))...})))|(((,({((((((....)))))}.},|||,(((((.,((((((......))))))..||||))|}}}}.))}}.},((........))...{{(||||,,,..}}},..))))))..))))..}))))}.))).))).))))).........)))))))))))))).)),,,|,,,..(((((..,((,...{{.{{{((,|..,....{|,,||..}))))}}}})))...)))||,(({{,.{{((,.((((((....}}|,|}}....}}...{||.||{|,(,.((((,{((,(((((((((((((({((,({(..{((((((,,((((((((.((..,{,{{..{({,,(((({{..((((((((.((((((({.((((((((.((((((((.....((((...(((((.(((((.{{,,(({((((((..((((((.{.((((((((((((({((({((..,,||,{|||{....((,{(((((..{((.(((.{{(.........(((((((((.........((((((..(((.....)))...)))))))))))))))))}..))).)))..,.)))))))).,,|||||||}|{,.........,||||||||{,,(,(((.((((((..((((((((((...({(,.{((.....}}}..)}})}}}.....(((,({{((((((((((..(((((((.,.{{{..((((((((((((((....,({,,...,.(({.|{{....))}.}}}....,,,...(((((((....{{({.((((((((.((((((((.....(((.....)))....))))))))))))))),)).,....,....)))))))..}}}((((((......)))))))))))))))).)))).)))....)))))))(((((........)))))...,............)))))).....)))).}))))).},..........))))))..)))))).))}...{{{|||,||,,(((((((({(,,,({(((,.,,.))})).(({.(((,,(((((.(((((((...)))))))...))))).,,..))).)))....}),}))))))),.}),)}.)))),,))))),)))))))))))..}.))).))).)))))))).,)}.}})}(((((.((((.,..((((((((...{(((((.((.((((((...)))))).)))))))}{(((((((({(...(((((((((((((((.{,....,......)))))))))))).)))...)).))).)))))))))))))).,)))))))))....,||,,,.))},..((((........))))...,.)))))....)))).....))))....))))..))))))))(((....))).{((.(((((..((((((((.......))))))).)..))))).))}.........(((((((..(((...))).)))))))...})))))))))))))))..,,,..,.|)))}}..})}.||||||||,...{{{{{,,..}}})},})})),,.}},)).))))}})))))))}||{.{|...((((((......))))))...))}}|,,,,,(({{.{{{{{.,|||,,,,}}}..}}}}}.}))}..||}}..}}).))}))))}})))))))).,,.,,.,,,,,,.})))..}.)))),))}{((|({{{(,{(({((,{(((((,((({,,,,,,{,(((((....,,,,,{,|}}||,,,}}}}}})))))))}}))))}})),|{,|||||||.}|}|||||||||||,,||...,,||,,,,|||||.,(((...)))..))))).}},.}}((((((((((((((({{((({.........(((((((.((...(((((((((.......))))))))).......((((((((((((.{{((((((((.((((((..............(((({{....,.(((({....}))))(((((((((((((((((..{(...,....)),,)))))))))))))))))..........(((((((((......))))))))))))))),.......,,},..)))))))).))))))....,.},})))).}).)))).....(((.......)))....)}.)))))))}}}).,))}))}}.)),})))))))).})))))|..}((((,({.((......)).)).))))..}}))},},{||||{}.,,},)}})))}.,))})))),,............}}}}}........
Back