Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001242857.3
Sequence Length
4378 nt
GC Content
0.3561
ACACAGCAUUUUAAUAUCAGUGAGGUCCACAGCUAGCAGUAAGAGCUGGUGUAAUUGAAAGACGUUUAGGUGCAAUCAUUCUGCUGUUUGCUCCUUGCCAGGUUCAACAUGGGAUUGUCACGCAAAUCAUCAGAUGCAUCUGCUUGCUCCUCUUCAGAAAUAUCUGAUUCCUUUGUGAAAGAGUUUCUAGCCAAAGCCAAAGAAGACUUUUUGAAAAAAUGGGAGAAUCCAACUCAGAAUAAUGCCGGACUUGAAGAUUUUGAAAGGAAAAAAACCCUUGGAACAGGUUCAUUUGGAAGAGUCAUGUUGGUAAAACACAAAGCCACUGAACAGUAUUAUGCCAUGAAGAUCUUAGAUAAGCAGAAGGUUGUUAAACUGAAGCAAAUAGAGCAUACUUUGAAUGAGAAAAGAAUAUUACAGGCAGUGAAUUUUCCUUUCCUUGUUCGACUGGAGUAUGCUUUUAAGGAUAAUUCUAAUUUAUACAUGGUUAUGGAAUAUGUCCCUGGGGGUGAAAUGUUUUCACAUCUAAGAAGAAUUGGAAGGUUCAGUGAGCCCCAUGCACGGUUCUAUGCAGCUCAGAUAGUGCUAACAUUCGAGUACCUCCAUUCACUAGACCUCAUCUACAGAGAUCUAAAACCUGAAAAUCUCUUAAUUGACCAUCAAGGCUAUAUCCAGGUCACAGACUUUGGGUUUGCCAAAAGAGUUAAAGGCAGAACUUGGACAUUAUGUGGAACUCCAGAGUAUUUGGCUCCAGAAAUAAUUCUCAGCAAGGGCUACAAUAAGGCAGUGGAUUGGUGGGCAUUAGGAGUGCUAAUCUAUGAAAUGGCAGCUGGCUAUCCCCCAUUCUUUGCAGACCAACCAAUUCAGAUUUAUGAAAAGAUUGUUUCUGGAAAGGUCCGAUUCCCAUCCCACUUCAGUUCAGAUCUCAAGGACCUUCUACGGAACCUGCUGCAGGUGGAUUUGACCAAGAGAUUUGGAAAUCUAAAGAAUGGUGUCAGUGAUAUAAAAACUCACAAGUGGUUUGCCACGACAGAUUGGAUUGCUAUUUACCAGAGGAAGGUUGAAGCUCCAUUCAUACCAAAGUUUAGAGGCUCUGGAGAUACCAGCAACUUUGAUGACUAUGAAGAAGAAGAUAUCCGUGUCUCUAUAACAGAAAAAUGUGCAAAAGAAUUUGGUGAAUUUUAAAGAGGAACAAGAUGACAUCUGAGCUCACACUCAGUGUUUGCACUCUGUUGAGAGAUAAGGUAGAGCUGAGACCGUCCUUGUUGAAGCAGUUACCUAGUUCCUUCAUUCCAACGACUGAGUGAGGUCUUUAUUGCCAUCAUCCCGUGUGCGCACUCUGCAUCCACCUAUGUAACAAGGCACCGCUAAGCAAGCAUUGUCUGUGCCAUAACACAGUACUAGACCACUUUCUUACUUCUCUUUGGGUUGUCUUUCUCCUCUCCUAUAUCCAUUUCUUCCUUUUCCAAUUUCAUUGGUUUUCUCUAAACAGUGCUCCAUUUUAUUUUGUUGGUGUUUCAGAUGGGCAGUGUUAUGGCUACGUGAUAUUUGAAGGGAAGGAUAAGUGUUGCUUUCAGUAGUUAUUGCCAAUAUUGUUGUUGGUCAAUGGCUUGAAGAUAAACUUUCUAAUAAUUAUUAUUUCUUUGAGUAGCUCAGACUUGGUUUUGCCAAAACUCUUGGUAAUUUUUGAAGAUAGACUGUCUUAUCACCAAGGAAAUUUAUACAAAUUAAGACUAACUUUCUUGGAAUUCACUAUUCUGGCAAUAAAUUUUGGUAGACUAAUACAGUACAGCUAGACCCAGAAAUUUGGAAGGCUGUAGAUCAGAGGUUCUAGUUCCCUUUCCCUCCUUUUAUAUCCUCCUCUCCUUGAGUAAUGAAGUGACCAGCCUGUGUAGUGUGACAAACGUGUCUCAUUCAGCAGGAAAAACUAAUGAUAUGGAUCAUCACCCAGAUUCUCUCACUUGGUACCAGCAUUUCUGUAGGUAUUAGAGAAGAGUUCUAAGUUUUCUAAACCUUAACUGUUCCUUAAGGAUUUUAGCCAGUAUUUUAAUAGAACAUGAUUAAUGAAAGUGACAAAUUUUAAAUUUUCUCUAAUAGUCCUCAUCAUAAACUUUUUAAAGGAAAAUAAGCAAACUAAAAAGAACAUUGGUUUAGAUAAAUACUUAUACUUUGCAAAGUCAAAAAUGGCUUGAUUUUUGGAAACAAUAUAGAGGUAUUCAUAUUUAAAUGAGGGUUUACAUUUGUUUUGUUUUGUAACCGUUAAAAAGAAGUUGUUUCCAGCUAAUUAUUGUGGUGUACUAUAUUUGUGAGCCUAGGGUAGGGGCACUGCUGCAACUUCUGCUUUCAUCCCAUGCCUCAUCAAUGAGGAAAGGGAACAAAGUGUAUAAAACUGCCACAAUUGUAUUUUAAUUUUGAGGUAUGAUAUUUUCAGAUAUUUCAUAAUUUCUAACCUCUGUUCUCUCAGUAAACAGAAUGUCUGAUCGAUCAUGCAGAUACAAUGUUGGUAUUUGAGAGGUUAGUUUUUUUCCUACACUUUUUUUUGCCAACUGACUUAACAACAUUGCUGUCAGGUGGAAAUUUCAAGCACUUUUGCACAUUUAGUUCAGUGUUUGUUGAGAAUCCAUGGCUUAACCCACUUGUUUUGCUAUUUUUUUCUUUGCUUUUAAUUUUCCCCAUCUGAUUUUAUCUCUGCGUUUCAGUGACCUACCUUAAAACAACACACGAGAAGAGUUAAACUGGGUUCAUUUUAAUGAUCAAUUUACCUGCAUAUAAAAUUUAUUUUUAAUCAAGCUGAUCUUAAUGUAUAUAAUCAUUCUAUUUGCUUUAUUAUCGGUGCAGGUAGGUCAUUAACACCACUUCUUUUCAUCUGUACCACACCCUGGUGAAACCUUUGAAGACAUAAAAAAAACCUGUCUGAGAUGUUCUUUCUACCAAUCUAUAUGUCUUUCGGUUAUCAAGUGUUUCUGCAUGGUAAUGUCAUGUAAAUGCUGAUAUUGAUUUCACUGGUCCAUCUAUAUUUAAAACGUGCAAGAAAAAAAUAAAAUACUCUGCUCUAGCAAGUUUUGUGUAACAAAGGCAUAUCGUCAUGUUAAUAAAUUUAAAACAUCAUUCGUAUAAAAUAUUUUAAUUUUCUUGUAUUUCAUUUAGACCCAAGAACAUGCUGACCAAUGUGUUCUAUAUGUAAACUACAAAUUCUAUGGUAGCUUUGUUGUAUAUUAUUGUAAAAUUAUUUUAAUAAGUCAUGGGGAUGACAAUUUGAUUAUUACAAUUUAGUUUUCAGUAAUCAAAAAGAUUUCUAUGAAUUCUAAAAAAUAUUUUUUUCUAUGAAAUUACUAGUGCCCAGCUGUAGAAUCUACCUUAGGUAGAUGAUCCCUAGACAUACGUUGGUUUUGAGGGCUAUUCAGCCAUUCCAUUUUACUCUCUAUUUAAAGGCCGUGAGCAAGCUUGUCAUGAGCAAAUAUGUCAAGGGAGUCAAUUUCUGACCAAUCAAGUACACUAAAUUAGAAUAUUUUUAAAGUAUGUAACAUUCCCAGUUUCAGCCACAAUUUAGCCAAGAAUAAGAUAAAAACUUGAAUAAGAAGUAAGUAGCAUAAAUCAGUAUUUAACCUAAAAUUACAUAUUUGAAACAGAAGAUAUUAUGUUAUGCUCAGUAAAUAAUUAAGAGAUGGCAUUGUGUAAGAAGGAGCCCUAGACUGAAAGUCAAGACAUCUGAAUUUCAGGCUGGAAAACUAUCAGUAUGAUCUCAGCCUCAGUUCUCUUGUCUGUAAAAUGGAAGAACUGGAUUAGGCAGUUUGUAAGAUUCCUCCUAACUUUCACAGUCGAUGACAAGAUUGUCUUUUUAUCUGAUAUUUUGAAGGGUAUAUUGCUUUGAAGUAAGUCUCAAUAAGGCAAUAUAUUUUAGGGCAUCUUUCUUCUUAUCUCUGACAGUGUUCUUAAAAUUAUUUGAAUAUCAUAAGAGCCUUGGUGUCUGUCCUAAUUCCUUUCUCACUCACCGAUGCUGAAUACCCAGUUGAAUCAAACUGUCAACCUACCAAAAACGAUAUUGUGGCUUAUGGGUAUUGCUGUCUCAUUCUUGGUAUAUUCUUGUGUUAACUGCCCAUUGGCCUGAAAAUACUCAUUGUAAGCCUGAAAAAAAAAAUCUUUCCCACUGUUUUUUCUGCUUGUUGUAAGAAUCAAAUGAAAUAAUGUAUGUGAAAGCACCUUGUAAACUGUAACCUAUCAAUGUAAAAUGUUAAGGUGUGUUGUUAUUUCAUUAAUUACUUCUUUGUUUAGAAUGGAAUUUCCUAUGCACUACUGUAGCUAGGAAAUGCUGAAAACAACUGUGUUUUUUAAUUAAUCAAUAACUGCAAAAUUAAAGUACCUUCAAUGGAUAAGACAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1047.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1137.96
Frequency: 0.0000
Diversity: 1161.88
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((((((...(((.(((((..(((((.(((((.((((((.((((.....((((((.((..(((.((((.((......)).)))).))).))((((((..((((((((((.(((.((..(((....)))...((((((((((..((((((...(((.(((.((((((((((..(((...))).......(((((....((((((((.(((...(((......)))...............(((((((.....(((..((((........)))).)))))))))).))).))))))))...)))))....))))))).....))))))...)))....))))))....)).)))))))).(((.(((((.(((((((.....(((((((((((((((((((((.(((.(((.((.....))))).))).))).))))))))....))))))))))(((((((((.(((((((((((((.((((..(((...((((((.((((((((.((((((..(((.(((((......))))).((((((..(((((........)))))..)).))))......)))..))))))....)))))))).....((((.(((.......))).))))...(((......(((((..((((...))))(((...(((((((((...))).))))))..)))..)))))....)))........))))))....(((....)))((((.....))))(((((((...(((((((..((((((((((((((((((((..((((((((....(((..((((..((((...))))....))))..)))......((((.((((.(((.(..((((......))))..).)))..)))).)))))))))....)))..)))))(((.((((...((((((((((......)).(((((...))))).......((((((((.(((((.((((((((((..((((...((((.........))))(((((((((((((((...((((((((((((..(((...(((((.((((..(((((..((((((.......((((((...((((.....))))...))))))....))))))...........((.(((((((.(((((((.....(((((..(((((((...)))))))...............((((.(((((......)))))))))))))))))))))))))))).))..)))))..)))).)))))..)))))))))...)))))).((((((((........))))))))..................)))).))((.((.(((((......)))))...))))...(((.....)))...(((((((......))))).)).)))))))))...))))..))))))))))(((((((.(((.((..(((((..............(((((...))))).........((((.(((.((((((((((.....))))....))))))))).))))(((....))))))))..))))))))))))((((.(((.(((((..((((((((((((((....)))))).))))))))))))).)))))))..................((((((...))))))..........))))).))))))))((((((((....(((.((((((.....((((((((......................))))))))..........((((.(((......))).)))).......)).)))))))....)))))))).(((.((.((((((...((((....((....))...))))..)))))).)))))..))))))))...)))).)))....(((((..((((.((((....)))).))))..)))))...............(((((........)))))...((((((((..((((((((((((.(((((..((((((((((((((((...(((((((((((.......))))))..))))).....)))....))))))...((((..((((((............))))))..))))...............((((((((.((.....(((((((.((((..((((.((.((((((((((((((((.((..(((.....((((((((......))))))))...)))..)).)))))))..))))))))).)).))))...)))).))))))).....)).)))))))).(((((....))))).......(((((((.........((((((((((((((((..(((((.((((......(((((..((((...(((((....)))))...))))..)))))(((......)))....(((((((((..........(((((((....((((((((................((((((..(...)..))))))))))))))...))))))))))))))))(((((((...(((((..(((........)))..)))))...)))))))..................(((((((((......((((((((...((.......))..))))))))..(((((...(((((..(((......)))..)))))....)))))...............)))))))))........))))...))))).))))))............((.......))....))))))))))..((((((((....(((((((...(((((.....))))).....((((((..(((.(((.(((.......))).))).)))..)))))))))))))))))))))))))))).)))))))....)))))))...(((((((((((...(((((((((..............((((...))))............))))))))).)))(((((.(((((..(((((((.....))))))))))))))))).....))))))))..........((((((..(((((((((((...(((((((...(((....))).((((((..(((((..(((.....))).))))).......))))))...............))))))).)))))))))))....))))))....)))).))))))))))).)))..(((((((((...)))).....)))))..)))))))))))(((((..(((....)))..))))).(((((....)))))..((((((((((..((......))..))))))))))..((((((...(((.................)))...))))))......)))).)))).)))(((((((...)))))))(((((((.((((((..(((.((.(((.((((.(((((((........................)))..))))..))))..))).)).))).)))))).))))).)).))))))).))))))).)))...))))))))))))))))))).................))))))).(((((....(((((((((.(((((...((((.......))))..(.(((((((...(((((((......((((.....))))........)))))))...))))))))..(((((((((..((((..(((((((((((((((((((((((((((...)))).(((((...(((((..((((((((..(((...)))....)).)))))).)))))...))))).......((((((((((.......))))))......))))......((((((..((((((((.((((...)))).))))).)))....))))))(((((((((((((.((.....))...)))))))))))))..))))))....)))))))))).....)))))))))))..)))))))))...........(((.((((((..((...............))..)))))).))).((((((((..(((.(((...((((..............))))...))).)))))))))))..))))).)))))))))......)))))))))).))).....)).))).))).)))).))).))))))..........)))))).)))))))))).))))).)))))........((((((((((((.........((((((((............................))))))))..))))))))))))....))))).))).))))))))..((((((((.((((....)).))))))))))...........)))))).((((((((...((.....))...))))))))..((......)).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
,((((((((({{{{..,(({,(((((..(((((.(((((.{(((((.((((.....((((((.,(,,(((.((((.((......)).)))).))).,,((((((,,{{{(((({,{,(,({(({,{{{....}}}|,.(((((((({(..((((((,..{{({(((.((((((({({,,((({{{{||.{{....||{,,}},,||||||||.{,,...{(({....,))}..,{,,,,,..,..,{{{{{{{....||||,|((((........)))),)))))))))).))).)))))))),.,}))}}....}}}}}}).....))}))),,,}}}..,.)))}))....}).)))))))).((((({.,,,(((,{{{.....(((((((((((((((((({((,(((.{((((.....))))}}.))}.))).)))))))),...}))))))))){((((((({{(((((((((((((.(((({.,(({,{{{({((.((((((((,((((((..((({(((,{,..,,,|{{{,.((({({..((({|...,,,..}}}}}..)),}|)},}}}}.)))..))))))....)))))))).....((((.(((......,|}}.|}}}...,{{|,...,{|||,..,{||...})},(((.,.(((((((((...)))}}})))).,)))..,}|||||..||},,,,.,},})))}}..|.{(({...|||({{{.,}}}),))||{{{{{.,{(((((((..(((({(({{{((((({((((((((((((({({{{(({(((,,..{({(((((({,,..((((((((........{((((.((((.(((.{..((((......))))..}.)))..)))).))))|...{{,....,}}...,.(((.((((...((((((((,,.,{...}),{((((...))))}{({,..{(((((((({{{{(({((,{{{({(({{((((,,.((((.........)))),{(((({{,{||||,...{{{{{(((((((.,{{(...(((((.((((..(((((..((((({.,,.,{{((((((...((((.....))))...)))))}.,}})))))}...........((.(((((((.(((((((.....((((({.,{{((((.,,}}}||}}.........,.....,(((.(((((......)))))))))))))))))))))))))))).)),,)))))..)))).)))))}.})))))))),..}}}}},.((((((((........)))))))).......|||||,,,,...|}||||||,...{{{{{......})))}...,})}|,,(({.....}))..,{{(((((......))))).)}.|||}}}}}}...,,,,..,,,,})))},|}},....,.......,.,,}},.||{{{{{,||||,|{|.||{||||||...,,,.((((.(((.((((((,{,,.....}},}....))))))))).)))),.}}}}}.)))),}},.}}}))))))|}.{{({,||||{((((..((((((((((((((....)))))).))))))))))))}.,,.}}}}...,,,.....,,},,..{(((((...)))))},|||||,|||||||,.,}})))))}|,,,,{,{{{{(({..|||||||,,.{{{{{({{.,,............,...,,.)))))))),......,,.((((.(((......))).)))).,,....,,{||||||,...{|||,,..}}||..||}||||{{...{{{{....||....}}..,))))..}}}))),)},,}..))))))))...)))).)))....(((((..((((.((((....)))).))))..))))).....,,.,{{{,..{{|||,......,|||||{{{{..,(((((((.(((....))).))))))}}|||||||||,,.||||,.,,,|,{(((({.......})))))....))))))))}})}}.,)))).|,{,{{{{,||{(((({{{..,.{{{{,.|||||{{..(((((...((((((({.((((((((.((.....(((((((,{(({..((((.{(.((((((((((((((((,((.,(({,,,,{((((,,,{...,,,))))))),,,,}}},,)}.,))))))..))))))))).)}.))))...}))).))))))).....)).)))))))).(((((....))))).....}))))))).)))))...{(((.,..(((((((((..(((((.((((......(((((..((((...(((((....)))))...))))..)))))|,.......,||....(((((((((..........(((((((....((((((((................{(((({.....,}..})))))))))))))...))))))))))))))))(((((((...(((((,,(((........)))..)))))...))))))),,......,,........((((((((({{{,,.,((((({,...({{{.....},..}))))}}}..(((((...(((((..(((......)))..)))))....))))},}},,..}},}}...)))))))))........))))...))))).))))))))}......}}},.)))}})).})}}}.},,)}})))}||{(((({|....((((((({,.,{{{{.....}}}}|,....(({(((..(((.(({.{{{.......})).})).)))..))))))))))))))))))))},.,,)}},,},,|||{|{.,,....,,...})))),||,,..,,,(((((...........})))}{{||.,,},,,,)}}}}}))))}),)))))}|{|||{(((,{(((((,.{((((({.....}))))))))))))))))}}}}..,}|,|||||.,,,,,..,,,{{,..(((((((((((...(((((((,..(((....))),||(((({.{{{{{..(((.....))).}))}},,,,...,,.,}}.......,.......))))))).)))))))))))....,,}})}.,..((((((({........})))))))...{{{{...}}}}.......,}}},))})))))))},,{{{{,{,({{{.{{|{{|,,,,.,(((({{{{||,,,..{(((((((((,,{{....,.,}..)))))))))}..,)))}}}}))),..,,,,|||},,.,}}},,,.,,))},,,,...,.)))).)))).)))|((((((...))))))|(((((((.((((((..(((.((.(((,((((.(((((((........................)))..))))..))))}.))).)).))).)))))).))))),))}))))))),)})})}).)))...))))))))))))))))))}.....,..,},..,.}})))}})},|{{{{....(((((((((.(((((...((((.......))))..{.(((((((...(((((((......,{{{.....}}})........)))))))...))))))),..(((((((((..((((..((((((((((((((((((((((((({(((((.(({,{....,))}.))))|(((((({..,,,...},,....)).)))))|(((((((,,..|||.......))}})))))),.,{(((.{(|{|....,}}},},)))),((((((..((((((((.((((...)))).))))).)))....))))))(((((((((((((,,{.....}),,.,})))))))))))))))))))....)))))))))).....)))))))))))..)))))))))...........(((.((((((..((...............))..)))))).))).(((((((({{(({..,,...|{||,,,...,,,.....,,,,,},)))....))))))))..))))).)))))))))......}))))}...,.|||.,,,))),))}.,,|,|,,,..)),})))))..........)))))).)))))))))).))))).))))).....,..{((((((((((|.........((((((((...,,..............,,.....,,)))))))).,}))))))))))}....}}|||,,}}.,}))))}},.((((((((.((((....)).)))))))))).},,,,,,,,.}}}))),||{{{{{{...,{.....}}...}}}}}}}},.((......)).........
Back