Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001242860.3
Sequence Length
4580 nt
GC Content
0.3563
GCCAUUUUGAGUUGUUCUAGUGGUAUAUGAAGGAGGCUGGGAUAACUAGCUUGAAAGAAAUUCAGUCUAGUUAUAGACAUCUUUGGCAUUAAUCUGAUGUUUACUAGUGAUAUCUCAUGCUAGGCAGUUAUGCUUUGCUUCUAGGGGCUUCUCUUUUUAAAACAAAAGAAAGCUCUUUUCGUUUUCUGUGUGCUGCAUGCUCCAGUGUGUGUGUUUACACCAUCGGUUCUUCUCCCUCUAGAGAUUAGCAUAACUCCCUUUGCUGUUGGAUUGUUAUUUUGAGCAAUAUGUUUUGGAAAGGUUGGUUUUCAUCAUGAGUGCACGCAAAUCAUCAGAUGCAUCUGCUUGCUCCUCUUCAGAAAUAUCUGAUUCCUUUGUGAAAGAGUUUCUAGCCAAAGCCAAAGAAGACUUUUUGAAAAAAUGGGAGAAUCCAACUCAGAAUAAUGCCGGACUUGAAGAUUUUGAAAGGAAAAAAACCCUUGGAACAGGUUCAUUUGGAAGAGUCAUGUUGGUAAAACACAAAGCCACUGAACAGUAUUAUGCCAUGAAGAUCUUAGAUAAGCAGAAGGUUGUUAAACUGAAGCAAAUAGAGCAUACUUUGAAUGAGAAAAGAAUAUUACAGGCAGUGAAUUUUCCUUUCCUUGUUCGACUGGAGUAUGCUUUUAAGGAUAAUUCUAAUUUAUACAUGGUUAUGGAAUAUGUCCCUGGGGGUGAAAUGUUUUCACAUCUAAGAAGAAUUGGAAGGUUCAGUGAGCCCCAUGCACGGUUCUAUGCAGCUCAGAUAGUGCUAACAUUCGAGUACCUCCAUUCACUAGACCUCAUCUACAGAGAUCUAAAACCUGAAAAUCUCUUAAUUGACCAUCAAGGCUAUAUCCAGGUCACAGACUUUGGGUUUGCCAAAAGAGUUAAAGGCAGAACUUGGACAUUAUGUGGAACUCCAGAGUAUUUGGCUCCAGAAAUAAUUCUCAGCAAGGGCUACAAUAAGGCAGUGGAUUGGUGGGCAUUAGGAGUGCUAAUCUAUGAAAUGGCAGCUGGCUAUCCCCCAUUCUUUGCAGACCAACCAAUUCAGAUUUAUGAAAAGAUUGUUUCUGGAAAGGUCCGAUUCCCAUCCCACUUCAGUUCAGAUCUCAAGGACCUUCUACGGAACCUGCUGCAGGUGGAUUUGACCAAGAGAUUUGGAAAUCUAAAGAAUGGUGUCAGUGAUAUAAAAACUCACAAGUGGUUUGCCACGACAGAUUGGAUUGCUAUUUACCAGAGGAAGGUUGAAGCUCCAUUCAUACCAAAGUUUAGAGGCUCUGGAGAUACCAGCAACUUUGAUGACUAUGAAGAAGAAGAUAUCCGUGUCUCUAUAACAGAAAAAUGUGCAAAAGAAUUUGGUGAAUUUUAAAGAGGAACAAGAUGACAUCUGAGCUCACACUCAGUGUUUGCACUCUGUUGAGAGAUAAGGUAGAGCUGAGACCGUCCUUGUUGAAGCAGUUACCUAGUUCCUUCAUUCCAACGACUGAGUGAGGUCUUUAUUGCCAUCAUCCCGUGUGCGCACUCUGCAUCCACCUAUGUAACAAGGCACCGCUAAGCAAGCAUUGUCUGUGCCAUAACACAGUACUAGACCACUUUCUUACUUCUCUUUGGGUUGUCUUUCUCCUCUCCUAUAUCCAUUUCUUCCUUUUCCAAUUUCAUUGGUUUUCUCUAAACAGUGCUCCAUUUUAUUUUGUUGGUGUUUCAGAUGGGCAGUGUUAUGGCUACGUGAUAUUUGAAGGGAAGGAUAAGUGUUGCUUUCAGUAGUUAUUGCCAAUAUUGUUGUUGGUCAAUGGCUUGAAGAUAAACUUUCUAAUAAUUAUUAUUUCUUUGAGUAGCUCAGACUUGGUUUUGCCAAAACUCUUGGUAAUUUUUGAAGAUAGACUGUCUUAUCACCAAGGAAAUUUAUACAAAUUAAGACUAACUUUCUUGGAAUUCACUAUUCUGGCAAUAAAUUUUGGUAGACUAAUACAGUACAGCUAGACCCAGAAAUUUGGAAGGCUGUAGAUCAGAGGUUCUAGUUCCCUUUCCCUCCUUUUAUAUCCUCCUCUCCUUGAGUAAUGAAGUGACCAGCCUGUGUAGUGUGACAAACGUGUCUCAUUCAGCAGGAAAAACUAAUGAUAUGGAUCAUCACCCAGAUUCUCUCACUUGGUACCAGCAUUUCUGUAGGUAUUAGAGAAGAGUUCUAAGUUUUCUAAACCUUAACUGUUCCUUAAGGAUUUUAGCCAGUAUUUUAAUAGAACAUGAUUAAUGAAAGUGACAAAUUUUAAAUUUUCUCUAAUAGUCCUCAUCAUAAACUUUUUAAAGGAAAAUAAGCAAACUAAAAAGAACAUUGGUUUAGAUAAAUACUUAUACUUUGCAAAGUCAAAAAUGGCUUGAUUUUUGGAAACAAUAUAGAGGUAUUCAUAUUUAAAUGAGGGUUUACAUUUGUUUUGUUUUGUAACCGUUAAAAAGAAGUUGUUUCCAGCUAAUUAUUGUGGUGUACUAUAUUUGUGAGCCUAGGGUAGGGGCACUGCUGCAACUUCUGCUUUCAUCCCAUGCCUCAUCAAUGAGGAAAGGGAACAAAGUGUAUAAAACUGCCACAAUUGUAUUUUAAUUUUGAGGUAUGAUAUUUUCAGAUAUUUCAUAAUUUCUAACCUCUGUUCUCUCAGUAAACAGAAUGUCUGAUCGAUCAUGCAGAUACAAUGUUGGUAUUUGAGAGGUUAGUUUUUUUCCUACACUUUUUUUUGCCAACUGACUUAACAACAUUGCUGUCAGGUGGAAAUUUCAAGCACUUUUGCACAUUUAGUUCAGUGUUUGUUGAGAAUCCAUGGCUUAACCCACUUGUUUUGCUAUUUUUUUCUUUGCUUUUAAUUUUCCCCAUCUGAUUUUAUCUCUGCGUUUCAGUGACCUACCUUAAAACAACACACGAGAAGAGUUAAACUGGGUUCAUUUUAAUGAUCAAUUUACCUGCAUAUAAAAUUUAUUUUUAAUCAAGCUGAUCUUAAUGUAUAUAAUCAUUCUAUUUGCUUUAUUAUCGGUGCAGGUAGGUCAUUAACACCACUUCUUUUCAUCUGUACCACACCCUGGUGAAACCUUUGAAGACAUAAAAAAAACCUGUCUGAGAUGUUCUUUCUACCAAUCUAUAUGUCUUUCGGUUAUCAAGUGUUUCUGCAUGGUAAUGUCAUGUAAAUGCUGAUAUUGAUUUCACUGGUCCAUCUAUAUUUAAAACGUGCAAGAAAAAAAUAAAAUACUCUGCUCUAGCAAGUUUUGUGUAACAAAGGCAUAUCGUCAUGUUAAUAAAUUUAAAACAUCAUUCGUAUAAAAUAUUUUAAUUUUCUUGUAUUUCAUUUAGACCCAAGAACAUGCUGACCAAUGUGUUCUAUAUGUAAACUACAAAUUCUAUGGUAGCUUUGUUGUAUAUUAUUGUAAAAUUAUUUUAAUAAGUCAUGGGGAUGACAAUUUGAUUAUUACAAUUUAGUUUUCAGUAAUCAAAAAGAUUUCUAUGAAUUCUAAAAAAUAUUUUUUUCUAUGAAAUUACUAGUGCCCAGCUGUAGAAUCUACCUUAGGUAGAUGAUCCCUAGACAUACGUUGGUUUUGAGGGCUAUUCAGCCAUUCCAUUUUACUCUCUAUUUAAAGGCCGUGAGCAAGCUUGUCAUGAGCAAAUAUGUCAAGGGAGUCAAUUUCUGACCAAUCAAGUACACUAAAUUAGAAUAUUUUUAAAGUAUGUAACAUUCCCAGUUUCAGCCACAAUUUAGCCAAGAAUAAGAUAAAAACUUGAAUAAGAAGUAAGUAGCAUAAAUCAGUAUUUAACCUAAAAUUACAUAUUUGAAACAGAAGAUAUUAUGUUAUGCUCAGUAAAUAAUUAAGAGAUGGCAUUGUGUAAGAAGGAGCCCUAGACUGAAAGUCAAGACAUCUGAAUUUCAGGCUGGAAAACUAUCAGUAUGAUCUCAGCCUCAGUUCUCUUGUCUGUAAAAUGGAAGAACUGGAUUAGGCAGUUUGUAAGAUUCCUCCUAACUUUCACAGUCGAUGACAAGAUUGUCUUUUUAUCUGAUAUUUUGAAGGGUAUAUUGCUUUGAAGUAAGUCUCAAUAAGGCAAUAUAUUUUAGGGCAUCUUUCUUCUUAUCUCUGACAGUGUUCUUAAAAUUAUUUGAAUAUCAUAAGAGCCUUGGUGUCUGUCCUAAUUCCUUUCUCACUCACCGAUGCUGAAUACCCAGUUGAAUCAAACUGUCAACCUACCAAAAACGAUAUUGUGGCUUAUGGGUAUUGCUGUCUCAUUCUUGGUAUAUUCUUGUGUUAACUGCCCAUUGGCCUGAAAAUACUCAUUGUAAGCCUGAAAAAAAAAAUCUUUCCCACUGUUUUUUCUGCUUGUUGUAAGAAUCAAAUGAAAUAAUGUAUGUGAAAGCACCUUGUAAACUGUAACCUAUCAAUGUAAAAUGUUAAGGUGUGUUGUUAUUUCAUUAAUUACUUCUUUGUUUAGAAUGGAAUUUCCUAUGCACUACUGUAGCUAGGAAAUGCUGAAAACAACUGUGUUUUUUAAUUAAUCAAUAACUGCAAAAUUAAAGUACCUUCAAUGGAUAAGACAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1109.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1206.80
Frequency: 0.0000
Diversity: 1185.46
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((((((((((((.((((((((((..((.((((..(((((((((.(((((.....))))).)))))))).(((.((((((((((((.(((((((((((..((((((((((...((.(((.(((((((((....(((((((((..............(((..(((((((.......))))))).)))((.....)).((.(((.((((....))))))).))........)))))))))...))))))))).)))..))....))).))))))).))))))....(((((((..(((....(((((((...(((.(((.(((.(((((...))).)).))).)))..))).(((((....))))).......)))))))....)))..)))))))((((((....))))))......(((......)))..))))).)))))))(((((((.....(((..((((........)))).)))))))))).....)))))))).((((.....)))))..)))).))...))....))))))))..)))(((((((((((((((((((.(((((.(((((((.....(((((((((((((((((((((.(((.(((.((.....))))).))).))).))))))))....))))))))))(((((((((.(((((((((((((.((((..(((...((((((.((((((((.((((((..(((.(((((......))))).((((((..(((((........)))))..)).))))......)))..))))))....)))))))).....((((.(((.......))).))))...(((......(((((..((((...))))(((...(((((((((...))).))))))..)))..)))))....)))........))))))....(((....)))((((.....))))(((((((...(((((((..((((((((((((((((((((..((((((((....(((..((((..((((...))))....))))..)))......((((.((((.(((.(..((((......))))..).)))..)))).)))))))))....)))..)))))(((.((((...((((((((((......)).(((((...))))).......((((((((.(((((.((((((((((..((((...((((.........))))(((((((((((((((...((((((((((((..(((...(((((.((((..(((((..((((((.......((((((...((((.....))))...))))))....))))))...........((.(((((((.(((((((.....(((((..(((((((...)))))))...............((((.(((((......)))))))))))))))))))))))))))).))..)))))..)))).)))))..)))))))))...)))))).((((((((........))))))))..................)))).))((.((.(((((......)))))...))))...(((.....)))...(((((((......))))).)).)))))))))...))))..))))))))))(((((((.(((.((..(((((..............(((((...))))).........((((.(((.((((((((((.....))))....))))))))).))))(((....))))))))..))))))))))))((((.(((.(((((..((((((((((((((....)))))).))))))))))))).)))))))..................((((((...))))))..........))))).))))))))((((((((....(((.((((((.....((((((((......................))))))))..........((((.(((......))).)))).......)).)))))))....)))))))).(((.((.((((((...((((....((....))...))))..)))))).)))))..))))))))...)))).)))....(((((..((((.((((....)))).))))..)))))...............(((((........)))))...((((((((..((((((((((((.(((((..((((((((((((((((...(((((((((((.......))))))..))))).....)))....))))))...((((..((((((............))))))..))))...............((((((((.((.....(((((((.((((..((((.((.((((((((((((((((.((..(((.....((((((((......))))))))...)))..)).)))))))..))))))))).)).))))...)))).))))))).....)).)))))))).(((((....))))).......(((((((.........((((((((((((((((..(((((.((((......(((((..((((...(((((....)))))...))))..)))))(((......)))....(((((((((..........(((((((....((((((((................((((((..(...)..))))))))))))))...))))))))))))))))(((((((...(((((..(((........)))..)))))...)))))))..................(((((((((......((((((((...((.......))..))))))))..(((((...(((((..(((......)))..)))))....)))))...............)))))))))........))))...))))).))))))............((.......))....))))))))))..((((((((....(((((((...(((((.....))))).....((((((..(((.(((.(((.......))).))).)))..)))))))))))))))))))))))))))).)))))))....)))))))...(((((((((((...(((((((((..............((((...))))............))))))))).)))(((((.(((((..(((((((.....))))))))))))))))).....))))))))..........((((((..(((((((((((...(((((((...(((....))).((((((..(((((..(((.....))).))))).......))))))...............))))))).)))))))))))....))))))....)))).))))))))))).)))..(((((((((...)))).....)))))..)))))))))))(((((..(((....)))..))))).(((((....)))))..((((((((((..((......))..))))))))))..((((((...(((.................)))...))))))......)))).)))).)))(((((((...)))))))(((((((.((((((..(((.((.(((.((((.(((((((........................)))..))))..))))..))).)).))).)))))).))))).)).))))))).))))))).)))...))))))))))))))))))).................))))))).(((((....(((((((((.(((((...((((.......))))..(.(((((((...(((((((......((((.....))))........)))))))...))))))))..(((((((((..((((..(((((((((((((((((((((((((((...)))).(((((...(((((..((((((((..(((...)))....)).)))))).)))))...))))).......((((((((((.......))))))......))))......((((((..((((((((.((((...)))).))))).)))....))))))(((((((((((((.((.....))...)))))))))))))..))))))....)))))))))).....)))))))))))..)))))))))...........(((.((((((..((...............))..)))))).))).((((((((..(((.(((...((((..............))))...))).)))))))))))..))))).)))))))))......)))))))))).)))....(((.....(((....)))....)))............................))))))))))).)))))....((((((((((((.........((((((((............................))))))))..))))))))))))......((((......)))).((.((((((((.((((....)).)))))))))).))(((((((....)))))))..........)))))).)))))).......((......)).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
........,..,(((((.((((((...,,,,,,{((((((...,,||||}}|(({.....)))}{{|||,,,.)))}).,|||{(((((((.(((({((((((..(((((((((({{.((.(((.(((((((((...{{((((((((..............,,|||(({||||,},,.,.))))},|((({(,.((((((....,.|,))}}}}.})))),...||........)))))))))...))))))))).)))..)).},.)))}})))))).)))))}..............{((((({((((.,{{{(((.(((.(((.(((({...})).}}.))).)))..))).(((((....)))))..,,{{{.|.(((((((((((.((....))...))}}}))))))).,..,,}}))))))).)))))))))).)))))))(((((((....,(((..((((........)))).}))))))))).....,,.}},}}.{{{(,....,}}},,..))))))))))){{.{(((.((((((((.(((((((((((((((((((,({{{{.((({(((.....(((((((((((((((((({((,(((.{((((.....))))}}.))).))).)))))))),...}))))))))){((((((({{(((((((((((((.(((({.,(({{{{{({((.((((((((,((((((..((({(((,{,..,,,||||,.((({({..(({{|...,,,..}}}}}..)),}})},}}}}.)))..))))))....)))))))).....((((.(((......,|}}.|}}}...,{{|,...,{|||,..,{||...})},(((.,.(((((((((...)))}}})))).,)))..,}|||||..||},,,,.}},})))}}..|.{(({...|||({{{.,}}}),))||{{{{{.,{(((((((..(((({(({{{((((({((((((((((((({({{{(({(((,,..{({(((((({,,..((((((((........{((((.((((.(((.{..((((......))))..}.)))..)))).))))|...{{,....,}}...,.(((.((((...((((((((,,.,{...}),{((((...))))}{({,..{(((((((({{{{(({((,{{{({(({{((((,,.((((.........)))),{(((({{,{||||,...{{{{{(((((((.,{{(...(((((.((((..(((((..((((({.,,.,{{((((((...((((.....))))...)))))}.,}})))))}...........((.(((((((.(((((((.....((((({.,{{((((.,,}}}||}}.........,.....,(((.(((((......)))))))))))))))))))))))))))).)),.)))))..)))).)))))}.,)))))))),..}}}}},.((((((((........)))))))).......|||||,,,,...|}||||||,...{{{{{......}))}}...,|)}|,,(({.....}))..,{{(((((......))))).)}.|||}}}}}}...,,,,..,,,,})))},|}},....,.......,.,,}},.||{{{{{,||||,|{|.||{||||||...,,,.((((.(((.((((((,{,,.....}},}....))))))))).)))),.}}}}}.)))),}},.})}))))))|}.{{({,||||{((((..((((((((((((((....)))))).))))))))))))}.,,.}}}}...,,,.....,,},,..{(((((...)))))},|||||,|||||||,.,}})))))}|,,,,{,{{{{(({..|||||||,,.{{{{{({{.,,............,...,,.)))))))),......,,.((((.(((......))).)))).,,....,,{||||||,...{|||,,..}}||..||}||||{{...{{{{....||....}}..,))))..}}}))),)},,}..))))))))...)))).)))....(((((..((((.((((....)))).))))..))))).....,,.,{{{,..{{|||,......,|||||{{{|..,(((((((.(((....))).))))))}}|||||||||,,.||||,,,,,|,((((({.......})))))....))))))))}})}}.,)))).|,{,{{{{,||{(((({{{..,.{{{{,.|||||{{..(((((...((((((({.((((((((.((.....(((((((,{(({..((((.{(.((((((((((((((((,((.,(({,,,,{((((,,,{...,,,))))))),,,,}}},,)}.,))))))..))))))))).)}.))))...}))).))))))).....)).)))))))).(((((....))))).....}))))))).)))))...{(({.,..(((((((((..(((((.((((......(((((..((((...(((((....)))))...))))..)))))|,.......,||....(((((((((..........(((((((....((((((((................{(((({......}..})))))))))))))...))))))))))))))))(((((((...(((((,,(((........)))..)))))...))))))),,......,.........((((((((({{{,,.,((((({,...({{{.....}}..}))))}}}..(((((...(((((..(((......)))..)))))....))))},}},,..}}}}}...)))))))))........))))...))))).))))))))}.....,}}},.))))))).}))}}.),,)}})))}||((((((|....((((((({,.,{{{{.....}}}}|,....(({(((..(((.(({.{{{.......})).})).)))..))))))))))))))))))))},..,)}},,},,|||||,.,,..,,,,..,}))))}||,,..,,,(((((,..........}}}}}{{||.,,},,,,)}))}}}}}}}),)))))}|{|||{(((,{(((((,.{((((({.....}))))))))))))))))}}}}..,}|,|||||,,,,,,..,,,{{,..(((((((((((...(((((((,..(((....))),||(((({.{{{{{..(((.....))).}))}},,,,...,,.,}}.......,.......))))))).)))))))))))....,,}})}.,..((((((({........})))))))...{{{{...}}}}.......}}}},))})))))))},,{{{{,{,({{{.{{|{{|,,,,.,(((({{{{||,,,..{(((((((((,,{{....,.,}..)))))))))}..,)))}}}}))),..,,,,|||},,.,}}},,,.,,))},,,,...,.)))).)))).)))|((((((...))))))|(((((((.((((((..(((.((.(((,((((.(((((((........................)))..))))..))))}.))).)).))).)))))).))))),))}))))))),)})})}).)))...))))))))))))))))))}.,.......,.......))))))).{((({....(((((((((.(((((...((((.......))))..{.(((((((...(((((((......,{{{.....}}})........)))))))...))))))),..(((((((((..((((..((((((((((((((((((((((((({(((((.(({,{....,))}.))))|(((((({..,,,...},,....)).)))))|(((((((,,..|||.......))}})))))),.,{(((.{(|{|....,}}},},)))),((((((..((((((((.((((...)))).))))).)))....))))))(((((((((((((,,{.....}),,.,})))))))))))))))))))....)))))))))).....)))))))))))..)))))))))...........(((.((((((..((...............))..)))))).))).(((((((({{(({..,,...|{||,,,...,,,.....,,,,,},)))....))))))))..))))).)))))))))..,...}))))|},}}.|||....|||.,,..,,|,,..,.,,,,,}}}.{{,,.........,,,........,,,))))))))))).)))))....(((((((((((,.........((((((((...,,..............,,.....,,)))))))).,))))))))))))......{(((......)))}.{{.((((((((.((((....)).)))))))))).}}{((((({....))))))},,,,,....,...,,|,...,,,,,.,},..)))),,))))))}.}}..
Back