Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001242921.1
Sequence Length
1727 nt
GC Content
0.5819
AUAAAGGCCAAGCCAGUCAUCAUAGGCGGGACCAGGCAGAUGGGCGUGGCCUUGAAAAUGUAGAGGGGGCCAAGAAGGAAGCAGGACCAGUGGAUGUGAGGCGUGGUCGAAGAACAACAGAAAGGGUGAAGGUCACAGAGCUGCAACUGACAUCUUCCGAGCUCGAUUUCCAGCCACAGCAGGAGCUGAUGCUUCAAAUCACCAAUGCCUCCUUGGGGCUGCGCUUCCGGAGACAGCUGCUCUACUGGUUCUUCUAUGAUGGGGGCUACAUCAACGCCUCAGCUGAGGGUGUGUCCAUCCGCACUGGUCUGGAGCUCUCCCGGGAUCCCGCUGGACGGAUGAAAGUGUCCAAUGUCUCCUGCCAGGCCUCUGUCUCCAGAAUGCACGCGGCCUUCGGGGGAACCUUCAAGAAGGUGUAUGAUUUUCUCUCCACGUUCAUCACCUCAGGGAUGCGCUUCCUCCUCAACCAGCAGAUCUGCCCUGUCCUCUACCACGCAGGGACGGUCCUGCUCAACUCCCUCCUGGACACCGUGCCUGUGCGCAGUUCUGUGGACGAGCUUGUUGGCAUUGACUAUUCCCUCAUGAAGGAUCCUGUGGCUUCCACCAGCAACCUGGACAUGGACUUCCGGGGGGCCUUCUUCCCCCUGACUGAGAGGAACUGGAGCCUCCCCAACCGGGCAGUGGAGCCCCAGCUGCAGGAGGAAGAGCGGAUGGUGUAUGUGGCCUUCUCUGAGUUCUUCUUCGACUCUGCCAUGGAGAGCUACUUCCGGGCGGGGGCCCUGCAGCUGUUGCUGGUGGGGGACAAGGUGCCCCACGACCUGGACAUGCUGCUGAGGGCCACCUACUUUGGGAGCAUUGUCCUGCUGAGCCCAGCAGUGAUUGACUCCCCAUUGAAGCUGGAGCUGCGGGUCCUGGCCCCACCGCGCUGCACCAUCAAGCCCUCUGGCACCACCAUCUCUGUCACUGCUAGCGUCACCAUUGCCCUGGUCCCACCAGACCAGCCUGAGGUCCAGCUGUCCAGCAUGACUAUGGACGCCCGUCUCAGCGCCAAGAUGGCUCUCCGGGGGAAGGCCCUGCGCACGCAGCUGGACCUGCGCAGGUUCCGAAUCUAUUCCAACCAUUCUGCACUGGAGUCGCUGGCUCUGAUCCCAUUACAGGCCCCUCUGAAGACCAUGCUGCAGAUUGGGGUGAUGCCCAUGCUCAAUGAGCGGACCUGGCGUGGGGUGCAGAUCCCACUACCUGAGGGCAUCAACUUUGUGCAUGAGGUGGUGACGAACCAUGCGGGAUUCCUCACCAUCGGGGCUGAUCUCCACUUUGCCAAAGGGCUGCGAGAGGUGAUUGAGAAGAACCGGCCUGCUGAUGUCAGGGCGUCCACUGCCCCCACACCGUCCACAGCAGCUGUCUGAGCCCUCAAUCCCCAAGCUGGCAGCUGUCAUUCAGGACCCCAACCCCUCUCAGCCCCUCUUUUCCCACAUUCAUAGCCUGUAGUGCCCCCUCUAACCCCCAGUGCCACAGAGAAGACGGGAUUUGAAGCUGUACCCAAUUUAAUUCCAUAAUCAAUCUAUCAAUUACAGUCCGUCCACCACCUCCCUGUGGGCUGUCCUGAGCUCUGUUGGGUUCCUGGGAUGGAAUCAGUGCAUCAUAAAGGGCAUUCUUUAAGCAGAGAAGGGGCCAGGCCACCCCAUUCAGGAACUGCUGCGGGAAUAAAGUGCUAACUUGCCCCCAGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-669.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -699.72
Frequency: 0.0000
Diversity: 366.56
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((...(((..........)))((((...((..((((((((((((.(((......((((((((((..........(((((....(((((((((.((((.((((((((((.(((.....(((.((((((((((............(((((.(((..(((((((((..(((..((((....))))..)))..))))).......(((((((((((((.(((((((((........(((((...(((((((((.(((((.......)))))(((((((....)).)))))(((((((((..(((((..((((((....((((((((..(..((.(((....(((...(((((((......(((((.((.((((.((((((((.(((((((...((((((((((((..((.((((.((((..............))))))))))..))).).).)))))))......(((((..(((((((((..........)))))).)))..)))))......((....)).....).))).))).))).))))).)))))))))))..))))))))))..))).))..)..)))))))).)))))).))))).....))))..)))))...(((((((.......)))))))....))))))))))))))........))))).)))).))))))).....))))))..))))))).))))).)))))))))))))..))).)))))))))).))))..((((......))))((((.(((((((.((((((.(.(((((((((((...((((........))))(((((((((.((((((........)))))).)))).)))))(((((....))))).........))))))))..))).).))))))))))))).))))..........((((.((.((((((.(((((.(((((((((((.(((.(((((((.(.(((.(((.((((((......))))))((((((((((((((((...((.(((..((((....)))).)))))((((...))))....(((((.....))))).....))))))))))))...))))....((((...........)))).))).))).).))))))).(((.........)))(((((((((.((......)).))))..)))))(((((((..((((...))))......((.(((((((....)))))))..))...)))))))......))))).)))))))))........((.((((((((((......))))..))))))))...))))).))))))..))..))))...(((((((...((...((((((((..(((((.....)))))..)))..((((...(((((((((..(((.............))))))))))))......))))...........))))).))))))))).)))))))))..)))))...)))))))))).....))).)))))(((.......(((.(((((..((....)).))))).)))........)))..........)))))))..))...)))).((((.(((.(((...(((((((.((((((......))))))(((((.((.....))))))).....)))))))...))).))).))))(((...(((......))).)))....((((....)))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....{(((..{((.{{{......))),}}.}..||}.((((((.(((((((,{......((((((((((,.........(((((.,..(((((((((.((((.((((((((((.(((.....{((.((((((((((..,......,,.(((((.(((,.{((((((((..(((..((((....))))..)))..))))).......(((((((((((((.(((((((((........(((((...(((((((((.(((((.......)))))(((((((....))))))))(((((((((..(((((..((((({....((((((((..(..((.(({......,{{||((((((....,.(((({,((.((((.((((((((.((((((,...(((((({{{,{{..{,{((((.((((..............)))))))))}..|)}.}.,.)))))))......(((((..(((((((((..........)))))).)))..)))))....,,{|....))}....).))).))).)),,))))).)))))))))))..)))))))))..,))).))..)..)))))))).)))))),))))).....))))..)))))...{((((((.......)))))})....))))))))))))))........))))).)))).))))))).....))))))..))))))).))))).))))))))))}))..))).)))))))))).))))..((((......})))((({{((((((({(((((({({{,(.((((((.{(.,,||.}}}}}}.),,,,||||,|||}|,,|||}}}.}},.}}}}||{||||..||||(((((....)))))}.}}},}.))))),},.,.,||,|{||,||,|||||||{|},,.,,.,,{{(((.......((((((.(((((.(((((((((((.(((.(((((((.(.(((.(((.((((((......)))))|((((((((((((((((...((..,....{((,,,,||||{|.,|,{{{,,,,}))}..},|{(({.....)))))},...))))))))))))...))))|,..(({.....,,..........))).))).).))))))).(((,........)))|((((((((.((......)).))))..))))|(((((((.{((((...))))}...,.((.(((((((....)))))))..)).,.))))))),.....))))).)))))))))........,{.((((((((((......))))..))))))),...))))).)))))){{,.{.((.({(((((,{({..{((,,(((((,(((..(((((.....}))))..))}..,,,..,}|||||||||,..,,.}}}}}}}}}}..)),})))))})}...,)))))))},,....}}),)))),},}},,..,.))))))))).,)))))...)))))))))).,,{{{|{,,((((((,(,.{..{(((,.,{,.{(((({.....,,,,,.,..........,........})))))}}))),.},...)},))))))})||{(({{,,({({{{,.{(((((...,..))}}}},{{{{.||.....}}))}||{{{,.,}})))),.)))),,)))))))))))))|,,...,,.|{(.(((....((((....))))..)))))).
Back