Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001243224.1
Sequence Length
1992 nt
GC Content
0.5873
AGGUCUUUCAAGGCAUUCCAAGCAUAAGGAAGAGCAUGAAUGAGGCCUAGAAGGAUGCCAGUGCCCGAGGUGACGUGGGAGCCCUUUUCCCAGAGUUACAUGCUGGGCCCAUGAUGGGUGUGGGCCUGCAUGGGACAGGAGAGCUUGUUGCAGAGAUGUGAUGCUAGGCUGAGGUGUCUUAUCCCAUGCAGUCUUUCCUGUCUGUCUUCCGCUCACUGGCGAUGCUGGAGAAGACGGUGGAAAAAUGCUGCAUCUCCCUGAAUGGCCGGAGCAGCCGCCUGGUGGUCCAGCUGCAUUGCAAGUUCGGGGUGCGGAAGACUCACAACCUGUCCUUCCAGGACUGUGAGUCCCUGCAGGCCGUCUUCGACCCAGCCUCGUGCCCCCACAUGCUCCGCGCCCCAGCACGGGUUCUGGGGGAGGCUGUUCUGCCCUUCUCUCCUGCACUGGCUGAAGUGACGCUGGGCAUUGGCCGUGGCCGCAGGGUCAUCCUGCGCAGCUACCACGAGGAGGAGGCAGACAGCACUGCCAAAGCCAUGGUGACUGAGAUGUGCCUUGGAGAGGAGGAUUUCCAGCAGCUGCAGGCCCAGGAAGGGGUGGCCAUCACUUUCUGCCUCAAGGAAUUCCGGGGGCUCCUGAGCUUUGCAGAGUCAGCAAACUUGAAUCUUAGCAUUCAUUUUGAUGCUCCAGGCAGGCCCGCCAUCUUCACCAUCAAGGACUCUUUGCUGGACGGCCACUUUGUCUUGGCCACACUCUCAGACACCGACUCGCACUCCCAGGACCUGGGCUCCCCAGAGCGUCACCAGCCAGUGCCUCAGCUCCAGGCUCACAGCACACCCCACCCGGACGACUUUGCCAAUGACGACAUUGACUCUUACAUGAUCGCCAUGGAAACCACUAUAGGCAAUGAGGGCUCGCGGGUGCUGCCCUCCAUUUCCCUUUCACCUGGCCCCCAGCCCCCCAAGAGCCCCGGUCCCCACUCCGAGGAGGAAGAUGAGGCUGAGCCCAGUACAGUGCCUGGGACUCCCCCACCCAAGAAGUUCCGCUCACUGUUCUUCGGCUCCAUCCUGGCCCCUGUACGCUCCCCCCAGGGCCCCAGCCCUGUGCUGGCGGAAGACAGUGAGGGUGAAGGCUGAACCAAGAACCUGAAGCCUGUACCCAGAGGCCUUGGACUAGACGAAGCCCCAGCCAGUGGCAGAACUGGGUCUCUCAGCCCUGGGGAUCAGAAAGGUGGGCUUGCUGGAGCUGAGCUGUUUCACUGCCUCUCGCAGGCCCCAGCUGGCUGUCACUGUAAAGCUGUCCCACAGCGGUCGGGCCUGGGCCGUUAUCUCCCCACAACCCCCAGCCAAUCAGGACUUUCCAGACUUGGCCCUGAACUACUGACGUUCCUACCUCUUAUUUCUCAUUGAGCCUCAGGCUAUACUCCAGCUGGCCAAGGCUGGAAACCUGUCUCCCUCAGGCUCACCUUCCUAAGGAAAAUGUCAUAGUAGGUGCUGCUGGCCCCUGGUGAUCCAGCUUCUCUGCCAAUCAUGACCUGUUCCUUCCUGAAGUCCUGGGCAUGCAUCUGGGACCCCCGUGGAGCUGACAAGUUUUCCUUGCUUUCCUGAUACUCUUUGGCGCUGACUUGGAAUUCUAAGAGCCUUGGACCCGAGUGUGUGGCUAGGGUUGCCCUGGCUGGGGCCCGGUGCCGAGACUCCCAAGCGGCUCUGUGCAGAAGAGCUGCCAGGCAGUGUCUUAGAUGUGAGACGGAGGCCAUGGCGAGAAUCCAGCUUUGACCUUUAUUCAAGAGACCAGAUGGGUUGCCCCAGGAUCCGGCUGCCAGCCCUGAGGCCAAGCACGGCUGGAGACCCACGACCUGGCCUGCCGUUGCCCUGAGCUGCAGCCUCGGCCCCAGGAUCCUGCUCACAGUCACCGCAGGUGCAGGCAGGAAGCAGCCCUGGGGGACUGGACGCUGCUAUUGAUUCAUUAAAAAAAGAAAAGAAAAAUACAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-796.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -829.28
Frequency: 0.0000
Diversity: 603.24
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((..((.((((........))))..)).)))..))))))).(((.((((.(((((.....((((((((((((((((...(((..((((..(((((.((((((((.......)))))))))))))(((((((((((....((((((.((((.((((((.......)))))).)))).).))))).))))))))))).......(((...((((((.(((((.(((((((((.................((((((((...(((.(((((.(((....)))...))))).)))...))))))))(((((..((((((((.((((......))))..)))))))).))))).)))))))))...))))).))...((((((...((.(((.((....)).)))))..))))))(((((((.(((((((((.(((.((((((......))))..((((.(((.(((((.((....)).)))))...))).))))...)).))))))).)))))))))).)))))).)))...((((.((((((((((((..((.((((.((...((((((((..((((((.(((((.((((((.....))))))..(((((..((....)).)))))))))).)).))))((((((......(((((.....((((((......))))))...(((......)))..........)))))))))))))))))))...)).)))).))..)).)))).)))))).)))).......))))...)))...))))))))....))))))))((.(((((...((((((..(((((.(((((...((((((.(((((((.....(((((....)))))..((......))..(((((((......)))).))).....((((((..(((.((((....(((.............)))....)))).)))...))))))(((........)))(((.((..((((.((((((....((.((((((..(((((((.............)))))))..)))))).)))))))).))))....))))))).)).)))((((((((((((((..((((((((((((..........(((((.(((((...............))))).)))))...(((.(((.......))).))))).)))))).))))..))))).......)))))))))........))))))..))))))))))))))))...))))).))...(((((..((....(((((...((((..((((......((((((.((((((.(((.(((..(((((((..........(((((((.(((...))).)).)))))...((((.......)))).................(((.((((((((..........((((((...(((((((..((((.......)))).....((((..((((((...(((((.((.((((..(((((((...))....)))))..)...))).)).)))))...))))))...))))((((((((((.(((((((.......(((((((((....((((((((.((((((((.(((.(((..(((((((.((((.........(((.(((((..(((.((.(..((((((((...)))))))).).)).)))..))))).)))....((((((((.......)))))))))))))))))))..)))))).))..))))))...)).)))))).))))))).))((((.....)))).))))))).).)).)))))))))))))))))))))))))))))))....))..)))))...))).))))))))))))))).....))))))))...)))))...))..)))))((.(((((.((.((((.((..((.....)).)))))).)))))))))))))).))))..)))...............................
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((((..((.((((........))))..)).)))..})))))).{,({,{((((((((,,(,,(({(((,((((((.....}})))}..}},.(((((.(((((((({.....})))))))))))))(((((((((((....{(((({.((((.((((((.......)))))).)))).}.))))).)))))))))))|,|,|||||,}}}||||,||.||(((((.(.(((({......}))))).))))).,,{{|,|||{((((((...(((((.(({(.,(({((,..,..,(((((((((((({..((((((((.,{{(,,,,..,))),,))))))))...{(((((((((.,.,.{{(((({.,((((,,,{,...{(,{{(.{{..{,||.|||||{,||||||{((({{,,{{{{{....,{{,,.((((((((((..((((((((.(((....)))(((((((((((,...,))))))..)))))..,,.((((..(((((......)))))...{{..{((((.((((((((((((..((,((((.((...((((((({,{((((((.(((((,((((((,...,)))))}}}(((((..((....)).)))))))))).))}}}))}|((((......,{(((.....(((({{,,....))))))...(((......)))..........,}}})))}}},})))))))...)).)))).})..))}}))).)))))).)))))....}}.)))),.},..(((((...)))))))))))))))))))))))..((((((..(((((.(((((...((((((.{{.,,.....|.(((((....)))))..,{......}},.(((((((......)))).)))...,.((((((..(((.((((....(((.............)))....)))).)))...))))))|(({{{{{,.{||,.,|,)},.,..{.((((((((({(({,{,,((,,(((((((...........}.))))))}.,||||||.||(({{|||,,....}}}},|,...{{{|,,{{{((((((,,,,|}}|||,|,,|||||}}}}}}}}},(((((.(((((...............))))).)))))...(((.{{(,......}}},)))}}.))),,,))))}.})))))...,}}})))})))))}}}.....))))))..))))))))))))))))...,|{{(({{...|{((({{({,{{{((({(,..{,{,..,{{{|,...}||||{{|,(((|||(((.,{,..,{{{||||....,|,,,((({{(({(({.,,|||{|,,|||||{,,({,,..,,{{.||||..................,|}||{||||{........,,|{{|||,,,|{|||||,.((((.......)))).....{{{{..((((((...(((((.((,(({(..((((({,...}}.,..)))))..,.,,))}.,,.)))))...))))))...))}|((((((({{{.({(((((,......|,||((({{....{{{{{{||,{{{{{|||.|{(,(((..((((({{.(((({....,,,,({{.|||||,.|||,||.{.|{(((((((...))))))))}),)).})),}))))).}}}....((((((((.......))))))))})))))))|||,,|}},})})),,)))))}...)),)))))}.))))))),,|(({{.....}}}).})))))),)}}}))))))))))))))))}}}))}}})))))},,}}}})))))),),...,,)}),.)))))))))}}))))))))))))))}.,.)))))))))...)))))}.{{({(.((.{{{{.{{.,|{.....)).)))))),))}))))}.}}}})}))}}..,||...............................
Back