Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001243288.2
Sequence Length
2859 nt
GC Content
0.4813
AGCCUCGGCAGUGGCGUCGGCGACGGCGGUGUCGAGGCAGCCGCCAGCGUUCGGCCAAGUGUCAGCCGGCAGCGACGGCGCUAGAGCUGGGAGCUGGGGACGCGCGCGCCGGACCUUCCACAGCCUCCGCCCAGAGCCUGAGGCGCCGGGGCCGGGGGAGCCGGGGGGCGGGCGGGCGAGCGGGCCGGGGGGAGGGUGGGGGAUGGCGCGGACCCUGCGGCCGUCCCCGCUGUGUCCUGGAGGCGGCAAAGCACAACUUUCCUCCGCUUCUCUCCUCGGAGCCGGGCUCCUGCUGCAGCCCCCGACGCCACCUCCGCUGCUGCUGCUGCUCUUCCCGCUGCUGCUCUUCUCCAGGCUCUGUGGUAGGUGAACCUCGGCGGCCGGCGUGGGCUGAGGGAGCCGCCACUGAGGGUGCGGGCGCCGCGGCCGGCUCUGCCAGCCGUUCUCUGGAGCAGCGAGGCGGUUGGUUGUGCGAGCGAGUGCCGAGGACUUUGGCUGGAAACUUUUCGCCGCGCCCGGGGCGAGGCCCUGGAAGGGCCAGGCCAGCGAAUGCUGAGCCGGCGGCCCGCUGCCCUCCCCCGCGGCCGCGCGGGUCGCCGUGCGGAUGGCCGAGGGUUGGCGAUGGUGCUUCGUGCGCCGAACUCCGGGUUUGCUCCGGGGACCGUUACUUCCUCGCUCAUUCUCUGGGAACCCUCGUGCCUUAGCUGGACCAAUUAUUGUGGAGCCACAUGUCACAGCAGUAUGGGGAAAGAAUGUUUCAUUAAAGUGUUUAAUUGAAGUAAAUGAAACCAUAACACAGAUUUCAUGGGAGAAGAUACAUGGCAAAAGUUCACAGACUGUUGCAGUUCACCAUCCCCAAUAUGGAUUCUCUGUUCAAGGAGAAUAUCAGGGAAGAGUCUUGUUUAAAAAUUACUCACUUAAUGAUGCAACAAUUACUCUGCAUAACAUAGGAUUCUCUGAUUCUGGAAAAUACAUCUGCAAAGCUGUUACAUUCCCGCUUGGAAAUGCCCAGUCCUCUACAACUGUAACUGUGUUAGUUGAACCCACUGUGAGCCUGAUAAAAGGGCCAGAUUCUUUAAUUGAUGGAGGAAAUGAAACAGUAGCAGCCAUUUGCAUCGCAGCCACUGGAAAACCCGUUGCACAUAUUGACUGGGAAGGUGAUCUUGGUGAAAUGGAAUCCACUACAACUUCUUUUCCAAAUGAAACGGCAACGAUUAUCAGCCAGUACAAGCUAUUUCCAACCAGAUUUGCUAGAGGAAGGCGAAUUACUUGUGUUGUAAAACAUCCAGCCUUGGAAAAGGACAUCCGAUACUCUUUCAUAUUAGACAUACAGUAUGCUCCUGAAGUUUCGGUAACAGGAUAUGAUGGAAAUUGGUUUGUAGGAAGAAAAGGUGUUAAUCUCAAAUGUAAUGCUGAUGCAAAUCCACCACCCUUCAAAUCUGUGUGGAGCAGGUUGGAUGGACAAUGGCCUGAUGGUUUAUUGGCUUCAGACAAUACUCUUCAUUUUGUCCAUCCAUUGACUUUCAAUUAUUCUGGUGUUUAUAUCUGUAAAGUGACCAAUUCCCUUGGUCAAAGAAGUGACCAAAAAGUCAUCUACAUUUCAGAUGUUCCAUUUAAGCAGACCUCUUCCAUAGCUGUAGCUGGAGCGGUAAUUGGAGCUGUUCUUGCCCUUUUCAUCAUUGCUAUCUUUGUGACUGUGCUGCUGACUCCUCGAAAAAAAAGACCAUCCUAUCUUGACAAAGUGAUUGACCUUCCACCCACACAUAAACCACCUCCUCUGUAUGAAGAACGAUCCCCACCUUUGCCUCAGAAAGACCUAUUUCAGCCUGAACACUUGCCUUUGCAGACUCAGUUCAAAGAAAGAGAAGUUGGCAAUCUUCAGCACUCUAAUGGACUAAAUAGCAGGAGUUUUGACUAUGAAGAUGAGAAUCCAGUUGGGGAAGAUGGCAUUCAGCAGAUGUACCCCCUUUACAAUCAAAUGUGCUACCAAGACCGGAGCCCUGGCAAACAUCAUCAAAAUAACGACCCUAAGAGAGUCUACAUCGACCCACGAGAACAUUAUGUGUGAUUUUUCUCUUUUUCCAAUGGGCGUUCUAACAAAUGUUUAUUCUUAGAUUGGGGAGAGAAGCUAAGGCCAAUAGUUAUUUUACUGUCUCUCAUAUAAGAACAGUCCCACUCUAAGGGUAUUGGAAGUCUUAAUGAAUGACGUAAAGCCAAUAGCAAAUUUCUUUUCUUCAUUAAGCGUUUCUUAACCACCAGCUGUGUUUGUGAACUUGACUAUAGCUUUGUGUGUUUCUGUGAUGAUGGUAUUUAACUGCUAACAUUUGGCCUACAAUGGCAUUUUCAUUUAACAGUACAGCAUCUGCCUGUGAUAACUGCAGUGAUUCUCCAGAAAGAAAGGCCCCAGCUGAUACUAUUAACCUCGUUGGGUCUCAGGCAUGCUAGCCUGUUCAUCUGUAAUUCACACAGGCAUAAAAAUGAGUUCAGAAUCUAUUUCACUAAUUAUUUAGCUGGGAUUUGGAUUUCCCUGACAUGCUUAAUACAAUUACAAUACCUGUGUACAAACAGAGGCCUGAGGAAAGAGGCAAAAUUUGCUUUUCAUCCAAACAGCAACAAAAGGCAGUUGAAACCUUCAAGCCUGUUGGUUGCUUUUAAACCUUUGUGUUAUUAUGAUAUAUAUUCUUUGUUGAGCACUGAGGUCCUGAGGGAUACAUAUCUCUUGCUGUUUUCUGCCUACUUUUGACUAGCUGUAUGUAACAAAGGCUCUACUUUUGCUCUGUCACUGUUCCUACAGUCCUGUUCUUUACUAGCUAGAUUAGCCUAUUUUGCACCUAUUAAAUUCUAAAAACCUUGUUUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-917.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -971.41
Frequency: 0.0000
Diversity: 939.99
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((((.((.((((...)))).)).)))))))))....((((..((..((((((((((.((((((..((..(((((...(((((.((..(((((((...((.((((.(.((((((....(((((((((...(((...)))....))).))))))....))))))).)))).))(((.((((.(((((((((((((((((((((((((...)))).)))))))))(((((.((...)).)))))....)))..)))))))))))))))))))))))..)).))))).)))))..))..)))..((((.(((((((((((.(((((.(((((((.(.((((.(((((((((.(((((((((((.(((...(((.(((((((((..((((((((((.(((((....((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((...))).)).))))))))).(((((.(((((.(((((.....))))).........))))))))))(((((((...))))))).)))))).))))(((....)))..).)))).)))))).))))))....))))).((((((....))))))((((((.((((((.(((((..(((((.....)))))...(((((((.....)))))))..)))))..)))))).))))))........)))))).))))..))))).)).......)).))).))).)))))))).))).))))).))))..((((((((...................)))))))).(((((((((.((((((.((((((((......((((.((((....)))).))))((.(((((.(((((((((((.(((((((......)))))))(((((((((((((..(........)..)))).((((...(((((..........)))))....)))).)))))))))...............((((((((((((((.((((.....)))).....((((........))))...((.(((((((((((....(((...((((.......)))))))....))))))))))).))...........))))))))..))))))..(((((....((.....))))))).)))))))...)))).))))).))(((((..........))))).....))))))))..)))))).(((...........)))(((....)))...........((((((((.......))))))))..)))))))))......((((....))))...((....))(((.(((((((((((((((..........(((((((..((((((((.((((......((((((...(((((((......(((.((.....((((.(((((((.(((....)))....(((((.......(((((((.....)))))))((((((((((.....(((.((..(((((........)))))..)))))..))))))))))(((((...))))).....)))))(((((....))))).(((((((.....))))))).....(((((......))))).))))))).))))...)).)))..)))))))..))))))..)))).))))))))(((.((((((((((...(((((((((((..........((((((.(((((.(((((................((((........))))..(((((.(((((..((((.............................))))..))))).....)))))..((((...((......))...))))............)))).).)))))))))))..))))))..)))))....))))..))))))..)))......)))))))))))).)))))))..))).))))))).)))))))))))))..))))))..((((.................)))).........)))))...))))...((((((((....((((.(((.((((((((((((((((.....)))........)))).)))...))))))........))))))).(((.(((((((((.....(((..(((((((...((((.(((..........(((((.(((..((((.(((((.(((((((.......))).))))....)))))))))..)))))))))))..))))...))))))))))....))))))))).)))(((((.(((((((((.........))).))))))..))).)).....))))))))..........))).)))))))))).))..))))............(((.(((((...((((((((..((.((((((((((((......))))((((((.(((.((...........)))))))))))(((((......))))).))).))))).))..))))))))......((((((((((((((((((((((((....)))).))))))..)))))...))))...)))))..............(((.(((....))).))).....(((.((((((((...))))))))..)))....((((((...((((..(((((...)))))))))....)))))).....(((((.(((((.....((.......)).......))))).)))))...(((((((....))))))))))))...))).......(((((((((((((...((((..(((.........))).....(((((....)))))..))))...))).)))))).))))........................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((((((.((.((((...)))).)).))))))))).,{{{((({{,({{(((({(((((,,(((({..{||.|||||}}.|,|||}||.}||||||.|,{((.((((,(.((((((...,(((((((((.{.(((...))).,..)))},))))).,,,))})})),})}|.}}{(({((({{((((({({(((((((((((((((((...})))||))))))))((({{{{{..{|{{|{||,{((({,,..||||||||}||||||||||||},.|||||||||{.||}|||||..}}}.,||||,||||}||||||}|{|{{,{{{{{{{||||||||||{{{{|{{|((({{({(({{{(({...|{{{{{(((((((..((((((((((.{((((....(((((((((((((((({{((((((((((((((((((((,({(...}}}.)))))))))))).(((((.(((((,(((((,...,))))).....,,..,)))))))))(((((((...))))))).)))))).)))|(((....))),.)}))))}}))))).))))))....))))){((((((....))))))}|{{({,((((((.{((((.,(((((.....))))),..(((((((.....}))))))..))}}}..)))))),}))}}}...,,,..)))))).))))..))))).))......{||{|||,||||,|||||||||||||||||,,|||..((((((((..,.,.,,....,,,,...}})})))},,,..,,,,{.{(((((.((((((((....,,((((.((((....)))).})))((.(((((.(((((((((((.(((((((......)))))))(((((((((((((..(........}..)))).(({,.,,(((((..........)))))..,,)))).)))))))))..,{.......,...((((((((((((((.{{{{.....||,,....,||,(((((({{,,,,,....,.,{{{{(((({{....{({,{.((((.......))))))}....}}))))))))))))))..,}.....))))))))..))))))..(((((....((.....)}))))).)))))))...)))).))))).)}(((((..........))))},,...))))))))..))))}|{(((..{{{,,,{{.}||{{({({{(((({{{{{{...,((((((((.......)))))))}.,,,{((((....}))}|,,,,((((....)))).|,.((((,,{((,.,((((((.,...,,.,})))).,.,,|,,}}.}}})...|,|}}}},}|||}},}}}}}|||}},{(({{{..,(({{,..{{{{.{{{{({{.(((....))}....{{{{{.......{{{{|||,,,,,))})}}|((((((((((.,...(((.((..(((((........)))))..},)))..))))))))))|((((...})))}.....|||}},,{{{|||,||,.|,(({(((,.....|||||||.....,||||,,....)))}|,}}}|}}},)))),{{{|,,,,..,,,.|||,|||||}}|||},,.)))))}}.)))}}|}},,|}||,,,|{{||||{{{|.,.,,,,|,.{{{{{|,|||||,|{{{{,{,....,},......,{{{........}))}|.{{{{({({{((..{{{{,,..,|,,................|},..))))..))))}..,,,})}}),,,||||,,,.....,,}}.|,}}),.....,|,....)))).}.}}}||}}}}}}.,}||}}|,,|}}}}...})))),})}),,)}}},,..,,,|||}}}},}}}},,,})},)}}}))},,,.}}}}.})))))}}})))),,,})))}|||||.......|||,......}})}||.,,..,..,))))},}})))...((({{{{,....{(((.(((,,(((({({{...,{,|,}.,,,{{,,,.,{..,}})})}}..,})))}},,....,,}}}}}||......,}})}}||,,,,,|||.|||||||||}|||,,,{{{,..,,|||.,{{{((,(((,.({{{.{{{||.|||{{{|,,||,.,)))},,,|||,.}||||||||,.||}}}||||,..,}}))...,,,,,,,}}}}}|||||||{|}}|..,,{{{{.((((((({(,,......,})}.))))))..}}}||||...,|||}||||.{,,,.....|||,}}}})))))}.},,,))}),,,.,,,,..,}||{,|||{{...((((((((..{{.(((((((({(((......)))}((((((((((.({...........}})))))))))(((((......))))).))).))))).}}..))))))))......{{{({(((((((((((((((((((....)))).))))),.,)))))...)))).,,))))),,............{((,({{....))),}))},}}}|||,|{((((({...})))))}}..,,,.,,.((((((...((((..(((({...}))))))))..,.)))))).,,..(((((.(((((...,.((.......}}..,},..))))).)))))...{((((((....))))))))}))),,,)))}},.,...,||{{{||{{{{.,.{{((,{(({....,,,..)},....,{((((....))))).,}))),..}}}.})}}}).,}}}}.......)).....,,,,,,............}}},,..
Back