Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001243423.2
Sequence Length
1342 nt
GC Content
0.4367
GUCGCGCUCCCCCGGGAUGGCCCGCGCGCCUCGGCGCUGCCUCUCGGAGCUCACGGCGGAGCGGCGGCGGCCGCGCUCGAGGGGCGCGCGGCUGCAGCGGCGGCGGCGCCGCGCGUGAGGGGCCGCCUAAGGCCGAGCGGGCGCGGCGAGCGGCCGGGCGAGCGCAGCCAACAUGUCGGAUACCAAGGUAAAAGUUGCCGUCCGGGUCCGGCCCAUGAACCGACGAGAACUGGAACUGAACACCAAGUGCGUGGUGGAGAUGGAAGGGAAUCAAACGGUCCUGCACCCUCCUCCUUCUAACACCAAACAGGGAGAAAGGCUGGUCACAGUGGCUCACAUCUCUAAUUCCAGCACUUUGGGAGGCCAAGGCAAGAGGAUCACUUGAGCCGAGGAUUUCAAGACCAGCCUUUGCAACAUGGCAAAACCCCAUCUCUACAAAAAAUUUGUUUAAAAUUAGCUGGACGUGGUGGCGCAUACCUGUGGUCCCAGCUACUCAGGAGACUGAGGCAGGAGGCUCCAGUGAGCUGUUUGAGCCACUGCACGCCAGCCUGGGUGACAGAGCCAGACCCUGUCUUCAAAAAAAUAAAAAAUUAAAGUGGCGUGAGGUGAAUUGCAUCAGACCCCACAUAUGAAUAAAUGGAUGGUUGGCAAAGUGUUAUAUAUAAUAAGUACAAUUCCUUAGGUGUCCUUAGGUGUACUACUAAAGUGGGUUUGUGAUAGCCCAUAUAUUUAGUCAUUUAUGUUCAAUAGUGUUAUAUUCAUUUGAGAAAUUAUUUUAAGAAAUUUAAAAUUAAGAAAGUUUUAAAAGUCCUUUAGUAAUUAGAGAUUUCUCUGGGUGGGUGGAUACGGUUGUUUCUAAUUAUCCCACACAUUUAAUCAUUUAUGUUCAAUAGUGUUGUAUUUUUUGAGAAAUUAUUUUAAGAAAUGCAAAAUUAAGAAAGAUUUAAAAGUCCUUUAGUAAUUAGAGAUUUUUCUAGUUGGGUGGAUAAGGGUUAUUUCUAAGUAUCUUUUGAGUAUUUUUUGUCAUAUAUUUCGUUUUUUAGGCAUGAUUAAAAGUGUAUUUGAGGACUCUUAGACACAUAAAGUUGAAUUCCUCAGAUUGAGAGAUAGUUAUUGCUUUUUAAUUUUGUUAAGAUGCUCAGCUGUUGGAUAAAUAAUGCUUUUGUUAAAAUCCUGUGGGGCAUUCAUCCAACAAAUGGGGUAUAAGAAAGGAAUGUGUGUUUGUGUACAUGUUCUUCUAUCUGUUGGUCCUAAAGAGUGUAAGAAGGUAAAUUUGACCAGUGAAAUUCAUAAUUACAGAGUUUUAUUUGGUAAUCCAUUAAUAAAUCAUUUUCUGAAAGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-428.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -453.77
Frequency: 0.0000
Diversity: 399.00
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((((((((((((((((((((.(((((((((.(((..(((..((((......))))..))).))).)))).))))).))))).))))((..((((.((..((((((((.((...((((......))))...)).)))))))).)).)))).))..((.((((((.((((((((((.((..(((((...)))))....)))))))))...((((..((((.(..((((..(((..((((.((.((.((((((((((((.((((...((........))..)))).((((((............))))))(((((((((((...(((.....)))........((((....))))((((((..(((..(((.....)))..)))..)).))))..)))))))))))((......))......))))))).(((((...))))).......(((((((((..((((.....))))....)).)))))))(((((....)))))((((..((((((((....)))...))))).)))).))))))))).)))).)))..))))..).))))))))..................((((.((..((((.....))))..)).))))..........)))..))))))))((((((((((........((((((...(((.(((...))).)))))))))(((((((((((((......)))))))...))))))......(((((((((((.((((.((((((((((.((((((((((.((..(((((((((.....)))))))))..))......((((((((((..((((((((((((((((.((....)).)))).....)))))((((..........))))....((((.(((((((((((((((.....))))))))))))))).)))).(((.((((....)))).))).....)))))))..)))))))))).(((..((((((((..(((.(((((((((((((.....((.((((.................)))).))))))))).)))))))))))))))))..))).))))))..)))).)))))).))))..)))).....((.(((((((...))))))).))...))))))))))).)))))))))).......)))))).))))(((((..((((((.(((((..........((((((((((......))))))))))))))).)))))).......)))))..(((((((..((((((((((((((((((.........)))))))).)))))..........))))).)))))))...))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
...((((((.((({,..,(((((((((.(((((((((.(((.{{((..((((......))))..))).))).)))).))))).))))).))))||..|{((.((..((((((((.((...((((......))))...)).)))))))).)).)))))).)))))).(((({(,.(((((((.((..((((,...}))))....)}))))))).,.{{{{..((((.{..((((..(((..((((.{(.((.((((((((((((.,(((..,(....}}},,},..}}}}.((((((.,..........)))))),{(((((((((...,((((({{..,.,,...,{({{{,.,.||||||,,||},|||..|||,....}}),,))),.}}..,}}..)))))))))||((......))}.....))))))),{{{{,...|}}}}.......(((((((((..((((.....))))....))})})))))(((((....)))))((((..((((((((....)))...))))).)))).})))))))).)))).)))..))))..},))))}}},..................{{||,((..((((.....)}))..}|,||||,..........,((((,,{((({({((((({{{........((((((...(((.(((...))).)))))))))(((((((((((((......)))))))...))))))......{{{(((({{((,,,.,,{{{|{{{(((,{{{({(({{{,{{..{((((((((.....})))))))}..||,,..,,|{{{((((({..{|||{{{(((({((((.((....)).))))..,..))))){|,{,,|,,||,,,}}}},,..{{||.{((((((((((((((.....))))))))))))))}.||||.,{{,((({....}})},}}}..||||||||}}..}))))))))).{{|,,{((((({{.,{{{,((({{{(((((((,{{,,{{,{(((.,,.............,}}})}}})}))))).))}||||||||}}}}}},,|}}....,}}},|,,}}})}}}}},})}.}}}||},,..||}|||||||,,,}))))))|}}|||}}||||||||,.}}||||||||,}}}},.}}}}}},))))}}}},}}}||}}|..||||,|,..{{{.{((((((((((......)))))))))))}},),)))))))......},||,..{{{{(({..{{{{{(((((((((((((.........))))))))}}})))..........},,,,.}))))))....)).
Back