Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001243539.2
Sequence Length
1697 nt
GC Content
0.5616
GACACCUCCGCGGGCACUCACCCAGGCCGGCCGCUCACAACCGAGCGCAGGGCCGCGGAGGGAGACCAGGAAAGCCGAAGGCGGAGCAGCUGGAGGCGACCAGCGCCGGGCGAGGUCAAGUGGAUCCGAGCCGCAGAGAGGGCUGGAGAGAGUCUGCUCUCCGAUGACUUUGCCCACUCUCUUCGCAGUGGGGACACCGGACCGAGUGCACACUGGAGGUCCCAGAGCACGACGAGCGCGGAGGACCGGGAGGCUCCCGGGCUUGCGUGGGCAUCACGUGCCCUCCCCCCAUGUCCGUGGAACACGCAGACAUCUGGGUCAAGAGCUACAGCUUGUACUCCAGGGAGCGGUACAUUUGUAACUCUGGUUUCAAGCGUAAAGCCGGCACGUCCAGCCUGACGGAGUGCGUGUUGAACAAGGCCACGAAUGUCGCCCACUGGACAACCCCCAGUCUCAAAUGCAUUAGAGACCCUGCCCUGGUUCACCAAAGGCCAGCGCCACCCUCCACAGUAACGACGGCAGGGGUGACCCCACAGCCAGAGAGCCUCUCCCCUUCUGGAAAAGAGCCCGCAGCUUCAUCUCCCAGCUCAAACAACACAGCGGCCACAACAGCAGCUAUUGUCCCGGGCUCCCAGCUGAUGCCUUCAAAAUCACCUUCCACAGGAACCACAGAGAUAAGCAGUCAUGAGUCCUCCCACGGCACCCCCUCUCAGACAACAGCCAAGAACUGGGAACUCACAGCAUCCGCCUCCCACCAGCCGCCAGGUGUGUAUCCACAGGGCCACAGCGACACCACUGUGGCUAUCUCCACGUCCACUGUCCUGCUGUGUGGGCUGAGCGCUGUGUCUCUCCUGGCAUGCUACCUCAAGUCAAGGCAAACUCCCCCGCUGGCCAGCGUUGAAAUGGAAGCCAUGGAGGCUCUGCCGGUGACUUGGGGGACCAGCAGCAGAGAUGAAGACUUGGAAAACUGCUCUCACCACCUAUGAAACUCGGGGAAACCAGCCCAGCUAAGUCCGGAGUGAAGGAGCCUCUCUGCUUUAGCUAAAGACGACUGAGAAGAGGUGCAAGGAAGCGGGCUCCAGGAGCAAGCUCACCAGGCCUCUCAGAAGUCCCAGCAGGAUCUCACGGACUGCCGGGUCGGCGCCUCCUGCGCGAGGGAGCAGGUUCUCCGCAUUCCCAUGGGCACCACCUGCCUGCCUGUCGUGCCUUGGACCCAGGGCCCAGCUUCCCAGGAGAGACCAAAGGCUUCUGAGCAGGAUUUUUAUUUCAUUACAGUGUGAGCUGCCUGGAAUACAUGUGGUAAUGAAAUAAAAACCCUGCCCCGAAUCUUCCGUCCCUCAUCCUAACUUUCAGUUCACAGAGAAAAGUGACAUACCCAAAGCUCUCUGUCAAUUACAAGGCUUCUCCUGGCGUGGGAGACGUCUACAGGGAAGACACCAGCGUUUGGGCUUCUAACCACCCUGUCUCCAGCUGCUCUGCACACAUGGACAGGGACCUGGGAAAGGUGGGAGAGAUGCUGAGCCCAGCGAAUCCUCUCCAUUGAAGGAUUCAGGAAGAAGAAAACUCAACUCAGUGCCAUUUUACGAAUAUAUGCGUUUAUAUUUAUACUUCCUUGUCUAUUAUAUCUAUACAUUAUAUAUUAUUUGUAUUUUGACAUUGUACCUUGUAUAAACAAAAUAAAACAUCUAUUUUCAAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-621.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -649.78
Frequency: 0.0000
Diversity: 315.80
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((((((......))).((((...(((((......)))))...))))))))))).((((.(((((....(((((((...(((((((.((((.....))))(((((((((((..........((((........))))((((((......))))))..))))))))))).((((((..((.((((((.((((.......((((...((((.....)))).))))..(((((.(((.((.((....)))).))).))))).((((((..((((((.(((.(((..(((((.(((.....))).)))))..)))......(((...(((((....((((((.((((.....))))..))))))...)))))....)))((((((((....((....))...))))))))....))).))))..))..))))))(((.......)))(((((..........)))))((((((.(((....)))..(((....)))..................)))))))))).)))))).)).))))))....(((......)))...(((((((.((((.........))))...((((...(((.((.......)).))).))))..)))))))))))))).)))))))....((..(((((..((((....((..(((.....))).))..)))).....(((..................))).....(((((..((((..(((((...((((((((.(((....)))(((....)))..((((((((.(....).)))))))).((.(((.((((.((((((....(((((.((.((((((((.(((((((((((...(((.((((((((((.((((....((.(((.((((...(((....)))...))))))).))...))))..))))))))))(((..(((((((.(.(((.((...(.....)...))))).).((((((.....(((((((.((.((((.((..((((((((((((((.((.....)).)))))(((...(((..((((((...(((....(..(((..((((...))))..)))..)...)))))))))..)))..))).....))).)))))))).)))).)).....(((((.(....).))))))))))))......))))))......))).))))..)))(.((((((....)))))).))))...)))))))))))..((((.(((.(.(((((.(((((((((((((((.(((((..((....))..)))))...))))))))))))))).))))).).))))))).....................((((.(((((((....((.......))....))))))).))))...((((.((((((.....)))))).))))((((((........(((......)))........))))))...)))).)))).)).))))))))))))))).)))))..)))))))).)))))))))))))).((((((((......).))))))).)))))..))..(((......)))..........(((((((......)))))))....))))).))))............................(((((((...((((((...)))))).)))))))..................
Thermodynamic Ensemble Prediction
,...((((((((((......))).((((.,.(((((......))))),..))))))))))).((((.(((((.,..(((((((...(((((((.((((.....))))(((((((((((..,,,.,{{.((((........))))|||(((,,....))))))..))))))))))).((((((..((.((((((.((((,,,{{..(({{...{(((.,,,.)}}}.}|||{.(((((.(((.((.((....))}),))).))))))||((((,,,,{||||||,.{{(,.(((((.(((.....))).)))))..)))....,.(((,,.(((((....((((((.((((.....))))..))))))...))))),,..})){{(((({(,{..{{....)).|,))}}}}}}....,})|}))}..))}.)))}})||{.......}},(((((.,......,.)))))((((((,({({{..,....|||,,,.}}}..........}}.,}...)))))))))).)))))).)).))))))....{{{,.....))}...(((((((.((((.........))))...{{{(...(((.((.......)).))).))))..)))))))))))))).)))))))........(((((..,{{{....,.,,({{.....}}}.||.|}}}}.....(((......,,...,......))).....(((((..(({.,((((((...((((((((.{((....))}(((....)))..((((((((.(....).)))))))).,,,(((.((((.((((((...{(((((.{{.((((((((.(((((((((((...(((.((((((((((.((((....((.(((.((((...({{....}))...))))))).))...))))..))))))))))(((..(((((((.{.{(..,...,(({...{{{{{{{{.,,.((,.,{.....,||||...{{.((((.((..((((((((({{{{(,((.....)},))))}{{{...(((..(((({,.{{(((....({.(((..((((...))))..)))..)...)))))))))..)))..}}}.,...))).)))))))).)))).}|{{{..,,,)}}},.}))}))})}}},)))}..,,,.,,}}}}...,,,)))}})))..))){.((((((....)))))).,)))...)))))))))))..{(((.(((.(.(((((.(((((((((((((((.(((((..((....))..)))))...))))))))))))))).))))).).)))})))..,.............,....{(((.(((((((....((.......))....))))))).)))}...((((.((((((,...,)))))).))))((((((.,{.....(({...,,,))}........))))))...)))).)))).})})))),)))))))))).)))),..)))))))).)))))))))))))).((((((((......)}})))))).)))})..||..,{|......,}},......,,.(((((((......)))))))...,))))).))))................,,|,,.....|,(((((((...((((((...)))))).))))))}..................
Back