Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001243657.2
Sequence Length
1190 nt
GC Content
0.4429
GCUCUGCGCAAGCGCGACCGACCGAGCAGCUCCGAGGAGUCCGCCCGGAAACAAACAUUCCCCAGGGCAAUGUCACGACUUGGUCUUCCCGAGGAGCCAGUCAGAAACAGUUUGCUAGAUGAUGCUAAGGCCCGCUUAAGAAAGUAUGAUAUUGGAGGCAAAUAUUCUCACUUGCCAUAUAACAAAUACUCCGUCCUUUUGCCAUUGGUGGCUAAAGAAGGAAAACUCCAUUUGUUGUUCACCGUCCGGUCAGAGAAGCUAAGAAGGGCCCCUGGAGAAGUUUGCUUCCCUGGAGGUAAGCGUGACCCUACAGACAUGGAUGAUGCAGCCACAGCUCUCCGGGAAGCCCAGGAGGAAGUGGGUCUCCGUCCUCACCAAGUGGAAGUUGUCUGCUGCCUGGUGCCAUGUCUUAUUGAUAGAUGGGGGUCUCGCUAUGUUGAUGAGGCUGGUCUCGAGCUCCUGGCCUCAAGUGAUCCUCCCACCUCAGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGACAGAUACAUUGAUAACUCCAUUUGUGGGUUUAAUAGACCACAACUUCCAGGCCCAGCCGAAUCCUGCUGAAGUUAAGGAUGUAUUCCUGGUGCCUCUGGCCUAUUUCCUGCAUCCACAGGUCCAUGACCAGCAUUACGUCACACGUCUUGGUCACCGUUUUAUUAAUCAUAUCUUUGAGUACACAAACCCUGAAGACGGUGUCACUUACCAGAUCAAGGGAAUGACGGCAAACCUUGCAGUGUUGGUGGCCUUUAUCAUUUUGGAAAAAAAACCCACCUUUGAGGUUCAAUUUAAUCUUAAUGAUGUAUUAGCAUCCUCUGAAGAGUUAUUCCUGAAGGUUCAUAAAAAAGCUACAAGCAGGUUAUGAUUUACUAGAGCAAGAGACAAAGAACUAUUCACGAGGAUUCUGUGUGUGCUUAUUCGUAGAACAACAACAAUGCCAGCUGUUGGAAUUUGACAGGUGUGAAUAUUUUUUCUGCAGUAUGUAGUUAGAAUCCUUGCCUCUUUUCCAGUUGCCUUCUAUUGUCUGAAAAAGUAAAAGCCAUUCAAAAAUGAAAACUAUGUUCAUAGUGUUGCAUAUUUUCACCCACAAUAUGUUAAUAAUAUUUUUCUUACACAUAUAAUAAAGAAUAUCUGGCACAUACUAGGCCCUUAAUAAAGAUUUUUUGAAUAUAUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-328.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -349.45
Frequency: 0.0000
Diversity: 343.46
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((....))).....(((.((.((((....))))..)).)))......(((((((....)).)))))...((((.((.((((....))))))))))........(((.(.((((((((..((((((.((((....)))).......(((((((((..........)))))..(((((((((......(((((((((((....))))...))))))).......))))))))).........((((((((..((((.(((((((((((((........(((((((.((((....((((.(.((.........)).).))))(((....))))))))))))))))))).((((((((((((.....(((((.(((((((.((((((..(((.(((......((((.....))))..((((((..(((((.......(((((((((..........))))))))))))))..)))))).((((((((.....)).))))))....))).))).......))))))))))))))))))......))))).).)))))).)))))......(((((..........)))))...))).))))..)))))))).....((((......))))))))..(((((((((.(((((....((((((((((((((((.....(((......)))..............))))))))...........))))))))...)))))((((...))))))))))))))))))))))))))).).)))........((((((.(((...(((((..((.....(((((....)))))....)).)))))...)))))))))((((((....(((...)))...)))))).....))))))......(((((((((......((((..(((((((((((((((((.........(((((........)))))...(((((..(((.....(((((((((.((((((.((((((.(((............))).))))))....))))))..)))))))))...)))..)))))..((((((.(((((..........)))))))))))......(((((((((.((.....)).))).))))))......)))))...))))))))).))).)))).....)).))))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((({(,.,,|}}|,{{{{(,({((,(({{...{||||..(((((({{.......|}}}...)))),,|||...((({{((,((((....)))))))))).,.....,|||||{{((,{(((|{((({{{.{|{|....,}}},|,,,..|{{,(((((..........)))))..{{{{{{{{{..,...(((((({((((....))))...)))))))..,,,,,,}}}))))),,...,},,|||{((((..{(({.{((((((((((((........(((((((.((((....((((.(.((.........)).).)))){((....))))))))))))))))))).((((((((((((.....((((,{(((((({{((((((,{(((.(((......((((.....)))),.((((((..(((((.......(((((((((.........,)}))))))))))))..)))))).((((((((.....)).))))))....))).))).......))))))))))))))))))......))))).),}))))).|||}|.|,.,.(((((..,.......}|||}.,..}}.)))}|,)}}})))).....{{{(.,....}}||,|,...(((((((({.(((((..,.((((((((((((((((.....(((......}))..............))))))))}..........}))))))),..)))))((({...}))))))))))))))))},|||||||.,({,.......,|||...,{|{||||......,}))}})}.(((({....))))){{{{|..(((((((.((((..|(({,.......,}||,,...))))..)))))))..))))),...,,.,,,,{{|,,.,}}.,((((|{{{{(,,,,(((,((((,((((({.,,..,...,..{{.({((({,....}}})}|,}}.|...,,||,}}|}|||}}}.))),.})))))}}})),,}|||}}}}}},.}},|,,}}}}}},||||,.,||,...||,,{|||....{({{{(.((({{.,|,.,},..}}}}}}}}}}}......|||||{,{|.,{.....}|.}}}.}}}}}}.....,)))}}..,)))}}})))..))))))}.....}}.,)))))),........
Back