Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001243789.2
Sequence Length
2139 nt
GC Content
0.5147
AAAGGAACCGGAAACGGGAUGGGGAGCUGGACCAGGUGAGGAAGUAGGGGGCUGGGAAUCCGGGACUGUGGGGGCAAGUUGACGGCUCCCAGGGUCGUCGGGGCUGAGCCGAGAGGGUGGUUAGAAUUUCUAUAUUUUGGGGUCCCUCCCUCCGUAUGGGGUAAGACUCAGUGCAGGGAGAGCCCAGCCUAUGAAACCGCCUGGGAGGUCUGCAGGAUCAAGGCUUUCCAGUCGGCCGGAGCCAGCGGGCGCCCCCGGAGGCUGGAGUGCAAUGGCGCGAUCUCAGCUCACUGCAGCCUCCGCCUCCCGGGUUCAAGCGAUUCUUCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCAGAUUAUGAGCUUACAGAAAGCCUGGCCUACAUUUUACUCUUUUUGGAUUUCUUCCUCAUCAAGAGACUGCUGCAGUGCCUGUCAUGUGACAGCGGCAUGGACAUAUGCCCCAGGCUUUCCUGCUGGGGUCCAUCCAUGAGCCUGCAGGUGCCCUCAUGGAGCCCCAGCCCUGCCCUGGAAGCUUGGCUGAGAGCUUCCUGGAGGAGGAGCUUCGGCUCAAUGCUGAGCUGAGCCAGCUGCAGUUUUCGGAGCCUGUGGGCAUCAUCUACAAUCCCGUGGAGUAUGCAUGGGAGCCACAUCGCAACUACGUGACUCGCUACUGCCAGGGCCCCAAGGAAGUACUCUUCCUGGGCAUGAACCCUGGACCUUUUGGCAUGGCCCAGACUGGGGUGCCCUUUGGGGAAGUAAGCAUGGUCCGGGACUGGUUGGGCAUUGUGGGGCCUGUGCUGACCCCUCCCCAAGAGCAUCCUAAACGACCAGUGCUGGGACUGGAGUGCCCACAGUCAGAAGGACCAAGACAAAGCAUGGGACAUGAAAUUAAGAGUGAACUUCUUAUGGGAGGCUGCAGCUGGAUCAGAGGAAAAAUCCAGUGUGACAGAGUGCAAGUCAGAAGACCUGGCUUUUCAUCCCAGCUUUGAAACUUGGAACUUUUUGAUUGACAAAUUAAUAAACCUCUCUAUGCCUCAGGCUCCUCAUCUGUAAAACAGGGAUGCCUACCUUAUGGGGUUGGUGUGAGGAUUAACUGAGAUCACACUUGAAAGUGCCUUGCAUGGGCUUGGCAUGUGGGUGCUCAUUACAUAGUCUUCUUGUUUUCUUGCCUCUGGGUUGAGGAUUCACAGCACUGCACUACAAGGGUAGCCCCUCUCCAUUCUGGAUACCUUGCUAGGAGAGAGUCUGGGCUUCCACCUGCGGCCAGGGUGAAGGGAAAAUUCUUGCCAUGUCAGAGAUGGAUCAAUGACUAUGAAAAAACUAGCCUGUGAUUUUUUUUCACUCUAAGCAUUAAGAGCUCCUAAAGCCUUUUGUCUUGUUACUUUUUUCCCCCUCUUGCAUGCUAGAGGUGGAAGGUAGUCAUUUAGAUUUCCCCCCUCUUCCCUCUUCAUUGUUGGCCAGGGGUUCUCUUGGGCAGCUGGGGGAAGGAUGUAGUAGAUCUCUCUUUUUUUUUUUUUUUUGAGAUGGAGUCUCAUGCUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCAUGGUCUCAGUUCACUGCAACAUCUGCUUUCCCGGUUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGUAUAGCUGGAAUUACAGGCAUGUGCCACCACGCCUGGCUAAUUUUUGUAUUUUUAUUAAAGACAGUGUUUCACCAUGUUGGCCAGGCUGGUCUCAAACUCCUGACUUCAAGUAAUCCACCUGUCUUGGCCUCCCAAAGUGCUGCUGCCUGGCUGGAUGUAGCAGAUCUCCAAUUGCCUUACCAAACCUGCAGGGUCUCUGUUAAGUGUCUGUUAGGGGUCUUAUAUGAUACUCUGGACACCGUGAGAAACAGGUGAUGGGGCAGAUGGGAACCUGGUAUCCAACUCAUUUUUUAUGUCUGCUGAAUGGUUGACUGGGUGCCCCUUUGGUAAGGGCUGGGAAAGUGAACCAAGUUGGGAGCAGAGCAGGUCUUGAGACCACCUUAAUGAGGAACACAUGGUCUACUUCCUAUCUCCUGGGACACAGGUCAUUUCCAGCUUCCAGAAUUAGUAAGAUUUUUCAUAUAAAUCCUCCCCUACUUCAUUGUAUAAUAAAGAAUUUGGCCUUUGUCUUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-810.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -848.86
Frequency: 0.0000
Diversity: 560.52
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((.(((....)))(((((((((.(((((((.(((.(((((.((((((((((....))))((((.(((((((.........))))))).))))(((.((((((.(((((((((((((((......((.(((..(((((.((..(((((.((..((((......)))).)).))))))).)))))..)))))))))))..(((..((((((.((.((..((((........)))).)).)).))))))..)))(((((((((.((((....(((.........))))))).)))))))))..(((.((((((((((......((((((((........)))..)))))......)))).(((.....)))............(((((...(((.....))).....))))).(((..(((((((..((((((((...((((..(((....((((((((((((((...((((((((...((((((((...((....)).))))))))))))))))(((.(((.((((((((......)))))))).)).).)))((((((((((((....))))))))...)))).........)))))))).)))))).........(((((((.......))))))).)))..))))...))))))))..)).)))))))).((((..((((((....))))))))))..)))))).)))))))))))).)))))).)))((((((((.(((.(((((.((.((((((((((.(.(.((......)).).).))))).))))).))...)))))))).))))))))......((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((.((((((.(((((..(((((...........(((((....))))).((((.(((...((..(((....)))..))...)))..))))((((((.....))))))))))))))))))))))...)))))..)))))))))).............(((.(((((((....(((((((....((((...))))))).))))....)))))))..)))(((..((((......)))).)))......(((((..((....))..)))))))))))))))......)))))).............((((......)))).....))))))))........(((.((((((((((..((((((........)))))))))))...))))))))...(((....((((((((((((((...(..(((((((((..((....))..)))).))).........))..)...))))))))))))))..)))..(((.(((.....))))))..((((.((.(((.((((((.(((((........))))).)))))).))).))..))))...))))))))))).(((((((((..(((.(((((.((.(((((...(((((((((.((((((.(((((((((..................))))).(((.(.((((((((((((((...)))...)))))))))))).)))......)))).))))))..)))))))))))))).))..))))))))(((((..........))))).......(((....))).....(((((((((((..((((.((((....))))))))...........)))))))))))(((((((((...((((.(((...((..((((.((...((.((.(((((.((..(((((((.(......).)))))))..))(((.((((((((....(((((.....((((......((((((...(((((((......))).))))))))))...))))..)))))..)))))))).)))..(((((((...((((.(((((............))))))))))))))))((((.........)))))))))..)).))...)).)))).)).)))))))..)))))))))...))))))))).))).))))))))))))))))))))((((((.((((((.(((..(((.........)))..(((((.......)))))......(((......))).......)))..)))))).))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((((.(((....)))(((((((((.(((((((.(((.(((((.(((((({{(({{..||||((((.(((((((.........))))))).)))).}}||(((((((.((,((((((.(((.((,{(((.(((..(((((.({.{(((((..(({((((......)))},)))))))))).)))))..))))))}{{(,(((((((((((,......,.})))))))))).})),,{{.(((..,,))).}){{(((((((,({(((({{.{((,,,.......))))),)})),,))))))))))))))))).))).)))))),)).)))))))})}}|((((((((({...{.((((...((((((((((...........(((((...(((.....))).....))))){(((...}))}({,((((....)))))}((((((....})))))))))))))))..((((((((...((((((((...((....)).))))))))))))))))(((.(({.((((((((......)))))))).)),)}|||(((({,(((((,..{{{{{||||,..})))).}}}}.....)))))||{|||},,..,}},,..(((((((.......))))))),|},..{{{{.....,))))|,.||.,,,}|{|||({((,.((((((....)))))))))}....{|||{||.((.,.{((...(((((((((((((((((.(((((((((.((.((((((((((.(.(.((......)).).).))))).))))).))...)))))))).))))))),......((((((((((((((((((((((((((((((((({.(((((.((((((.(((((..((((,.,,,,{,....{||||,,..|}}},{((((,(((,,,{{..{{,...,))),,)},,.)))..)})|((((((.....))))))))))))))))))))))...)))))..)))))))))}.............,,,,(,{{{,{,,,,((((((({,.,((((...})))}}}.}))}.,,.,}})))),.|||{|||}},,,....}}}.}}}}}},.....{((((..((....))..)))))))))))))))......))))))...,{..{(({,{((....)),.)))))..},))))))))..{,,,..{{|,},}}}((((((...,,((....}...,,,)))))))))))))))).}},||.,.))))))))},,|((({,...||},,||{{(({(,,{{.,,.|}..}|}|,|||.......,,|,..{{{{......,)))).}},.||,..,,|}|||}}}.})))}},..)))}}))))}}}.{((((.(((((........))))).))))}|.|||{.....)))}.}))))))))))).(((((((((..(({{(((((.((.(((({..,(((((((((.((((((.(((((((((..................))))).(((.(.(((((({(((((({...}))...))))}))))))).)))......)))).))))))..)))))))))))))).))..)))))))),{{({..,,,,....)}})}.....,.(((....)))..,,.(((((((((((..,(((.,{{.....}}},}})},,....,....))))))))))){((((((({.,,{{((,(({...{{..,.,({((,,((({(((({((((((.,(((((((,,....,,,.)))))))..||(((.((((((((,{,.(((((,...,({(({{....((((({...((({{{{......))),))})))))))}.,)}}}..)))))..)))))))).)))}.{((((((...((((.(((((............))))))))))))))))|||||||}}}.,,))))}}|}}..},,.,),}}})))))))}.))))))}}.})))))))}...})))))))).))).)))))))))))))))))))){(((((.((((((.{({....,...,,{{.,{({,.(((((.......))))}.,....}||},..,}}}........)))..)))))).))))),..
Back