Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001243791.2
Sequence Length
1741 nt
GC Content
0.4986
AAAGGAACCGGAAACGGGAUGGGGAGCUGGACCAGGUGACAGCGGCAUGGACAUAUGCCCCAGGCUUUCCUGCUGGGGUCCAUCCAUGAGCCUGCAGGUGCCCUCAUGGAGCCCCAGCCCUGCCCUGGAAGCUUGGCUGAGAGCUUCCUGGAGGAGGAGCUUCGGCUCAAUGCUGAGCUGAGCCAGCUGCAGUUUUCGGAGCCUGUGGGCAUCAUCUACAAUCCCGUGGAGUAUGCAUGGGAGCCACAUCGCAACUACGUGACUCGCUACUGCCAGGGCCCCAAGGAAGUACUCUUCCUGGGCAUGAACCCUGGACCUUUUGGCAUGGCCCAGACUGGGGUGCCCUUUGGGGAAGUAAGCAUGGUCCGGGACUGGUUGGGCAUUGUGGGGCCUGUGCUGACCCCUCCCCAAGAGCAUCCUAAACGACCAGUGCUGGGACUGGAGUGCCCACAGUCAGAAGGACCAAGACAAAGCAUGGGACAUGAAAUUAAGAGUGAACUUCUUAUGGGAGGCUGCAGCUGGAUCAGAGGAAAAAUCCAGUGUGACAGAGUGCAAGUCAGAAGACCUGGCUUUUCAUCCCAGCUUUGAAACUUGGAACUUUUUGAUUGACAAAUUAAUAAACCUCUCUAUGCCUCAGGCUCCUCAUCUGUAAAACAGGGAUGCCUACCUUAUGGGGUUGGUGUGAGGAUUAACUGAGAUCACACUUGAAAGUGCCUUGCAUGGGCUUGGCAUGUGGGUGCUCAUUACAUAGUCUUCUUGUUUUCUUGCCUCUGGGUUGAGGAUUCACAGCACUGCACUACAAGGGUAGCCCCUCUCCAUUCUGGAUACCUUGCUAGGAGAGAGUCUGGGCUUCCACCUGCGGCCAGGGUGAAGGGAAAAUUCUUGCCAUGUCAGAGAUGGAUCAAUGACUAUGAAAAAACUAGCCUGUGAUUUUUUUUCACUCUAAGCAUUAAGAGCUCCUAAAGCCUUUUGUCUUGUUACUUUUUUCCCCCUCUUGCAUGCUAGAGGUGGAAGGUAGUCAUUUAGAUUUCCCCCCUCUUCCCUCUUCAUUGUUGGCCAGGGGUUCUCUUGGGCAGCUGGGGGAAGGAUGUAGUAGAUCUCUCUUUUUUUUUUUUUUUUGAGAUGGAGUCUCAUGCUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCAUGGUCUCAGUUCACUGCAACAUCUGCUUUCCCGGUUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGUAUAGCUGGAAUUACAGGCAUGUGCCACCACGCCUGGCUAAUUUUUGUAUUUUUAUUAAAGACAGUGUUUCACCAUGUUGGCCAGGCUGGUCUCAAACUCCUGACUUCAAGUAAUCCACCUGUCUUGGCCUCCCAAAGUGCUGCUGCCUGGCUGGAUGUAGCAGAUCUCCAAUUGCCUUACCAAACCUGCAGGGUCUCUGUUAAGUGUCUGUUAGGGGUCUUAUAUGAUACUCUGGACACCGUGAGAAACAGGUGAUGGGGCAGAUGGGAACCUGGUAUCCAACUCAUUUUUUAUGUCUGCUGAAUGGUUGACUGGGUGCCCCUUUGGUAAGGGCUGGGAAAGUGAACCAAGUUGGGAGCAGAGCAGGUCUUGAGACCACCUUAAUGAGGAACACAUGGUCUACUUCCUAUCUCCUGGGACACAGGUCAUUUCCAGCUUCCAGAAUUAGUAAGAUUUUUCAUAUAAAUCCUCCCCUACUUCAUUGUAUAAUAAAGAAUUUGGCCUUUGUCUUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-633.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -665.52
Frequency: 0.0000
Diversity: 351.73
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((.(((....)))(((((((((.(((((((.(((...(((((((((((..((((((((((((((...((((((((...((((((((...((....)).))))))))))))))))(((.(((.((((((((......)))))))).)).).)))((((((((((((....))))))))...)))).........)))))))).)))))).........(((((((.......)))))))......((((......))))....(((((((((..((((..((((((....)))))))))).)).(((((((.((....((...(((((((((((((((((.(((.(((((.((.((((((((((.(.(.((......)).).).))))).))))).))...)))))))).))))))).......((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((.((((((.(((((..(((((...........(((((....))))).((((.(((...((..(((....)))..))...)))..))))((((((.....))))))))))))))))))))))...)))))..)))))))))).............(((.(((((((....(((((((....((((...))))))).))))....)))))))..)))(((..((((......)))).)))......(((((..((....))..)))))))))))))))......)))))).............((((......)))).....))))))))..((((....))))...((((((.....((....)).....))))))))))))))))....))...)))))))))...((((((..(((..((((.......))))...(((((((((..............((((.......))))..((((((..(((.(((.....)))))).)).)))).......(((((.(((((........))))).)))))))))))))).)))))))))...(((((((((......((((.((((((....)))))).)))).)))))))))..)))))))(((((..................)))))...))).))))))))((((...((((.....))))))))(((((((((..(.((((....(((((..((((((((((.((((((((...((..(((....)))....)).)))))))).(((....)))((((.(((((((((((..((((.((((....))))))))...........))))))))))))))).(((......)))...............((.(((((((((.((((((((((((..((.....))..))))))..((.(((.((((((((....(((((.....((((......((((((...(((((((......))).))))))))))...))))..)))))..)))))))).)))))....((((((((.............(((.(((....))).))))))))))).))))))...))))))))).)))))))).....))))))))))))))..)))))))))((((...))))..))).))))))))))))))))))))((((((.((((((.(((..(((.........)))..(((((.......)))))......(((......))).......)))..)))))).))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((((.(((....)))(((((((((.(((((((.(((..,(((((((((((..(((((((((((({{{,.((((((((...((((((((...((....)).))))))))))))))))(((.(((.((((((((......)))))))).)).).)))((((((((((((....)))))))),..}))).........)))))))).)))))).,,,,,,..(((((((.......))))))),,....{(((......))}},,.{({{{{||,|,.((((..((((((....)))))))))).,..(((((((.((...,((...(((((((((((((((((.(((((((((.((.((((((((((.(.(.((......)).).).))))).))))).))...)))))))).))))))).......((((((((((((((((((((((((((((((((({.(((((.((((((.(((((..((((,.,,,,{,....{||||,,..|}}},{((((,(((,,,{{..{{,...,))),,)},,.)))..)})|((((((.....))))))))))))))))))))))...)))))..)))))))))}.............,,,,(,{{{,{,,,,((((((({,.,((((...})))}}}.}))}.,,.,}})))),.|||{|||}},,,....}}}.}}}}}},.....{((((..((....))..)))))))))))))))......))))))...,(..((({,(((....)),.)))))..},))))))))..{,,,..{{|,,,,}}((((((.....((....},.....)))))))))))))))).}},,,...)))))))))...((((({..{{,..((((.,.....)))).,,{((((((({|,,,,,..,,,...((((.......))))..|{((((..(((,(((.....)))))).)).}}}},.....,{((((.(((((........))))).))))}))))))))}.,))))))))..,{((((((((......((((.((((({....}))))).)))).)))))))))..))))))){{{((,,................))))}},.))).))))))))||{(,..(({{....})}))))),(((((((((..{.((((....((((({,((({((((((.((((((((.,.({..(((....)))....)}.)))))))).(((....)))((((.(((((((((((..,(((.,{{.....}}},}})},,....,....))))))))))))))).,{,......}}}.....,},.......{{.(((((((((.((((((,{(((({{({,....}}..))))))}.,{,(((.((((((({.,,.(((((,,.,,({(({{...,((((({...((({{{|,.....))),))}))))}))}.,)}}}..)))))..)))))))).)))},,,,,((({{{(({{.(((({............)))))))}))))))))})).))))))...))))))))).}})))))).....)))))))))))))}..)))))))))((((...))))..))).)))))))))))))))))))){(((((.((((((.(((........,,{{.,{({,.(((((.......))))}.,....}}|}...,}},........)))..)))))).)))))}..
Back