Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001243984.2
Sequence Length
2310 nt
GC Content
0.5810
AUUUCCGCCUCUGGCGAAUGGCUCGUCUGUAGUGCACGCCGCGGGCCCAGCUGCGACCCCGGCCCCGCCCCCGGGACCCCGGCCAUGGACGAACUGUUCCCCCUCAUCUUCCCGGCAGAGCCAGCCCAGGCCUCUGGCCCCUAUGUGGAGAUCAUUGAGCAGCCCAAGCAGCGGGGCAUGCGCUUCCGCUACAAGUGCGAGGGGCGCUCCGCGGGCAGCAUCCCAGGCGAGAGGAGCACAGAUACCACCAAGACCCACCCCACCAUCAAGAUCAAUGGCUACACAGGACCAGGGACAGUGCGCAUCUCCCUGGUCACCAAGGACCCUCCUCACCGGCCUCACCCCCACGAGCUUGUAGGAAAGGACUGCCGGGAUGGCUUCUAUGAGGCUGAGCUCUGCCCGGACCGCUGCAUCCACAGUUUCCAGAACCUGGGAAUCCAGUGUGUGAAGAAGCGGGACCUGGAGCAGGCUAUCAGUCAGCGCAUCCAGACCAACAACAACCCCUUCCAAGUUCCUAUAGAAGAGCAGCGUGGGGACUACGACCUGAAUGCUGUGCGGCUCUGCUUCCAGGUGACAGUGCGGGACCCAUCAGGCAGGCCCCUCCGCCUGCCGCCUGUCCUUUCUCAUCCCAUCUUUGACAAUCGUGCCCCCAACACUGCCGAGCUCAAGAUCUGCCGAGUGAACCGAAACUCUGGCAGCUGCCUCGGUGGGGAUGAGAUCUUCCUACUGUGUGACAAGGUGCAGAAAGAGGACAUUGAGGUGUAUUUCACGGGACCAGGCUGGGAGGCCCGAGGCUCCUUUUCGCAAGCUGAUGUGCACCGACAAGUGGCCAUUGUGUUCCGGACCCCUCCCUACGCAGACCCCAGCCUGCAGGCUCCUGUGCGUGUCUCCAUGCAGCUGCGGCGGCCUUCCGACCGGGAGCUCAGUGAGCCCAUGGAAUUCCAGUACCUGCCAGAUACAGACGAUCGUCACCGGAUUGAGGAGAAACGUAAAAGGACAUAUGAGACCUUCAAGAGCAUCAUGAAGAAGAGUCCUUUCAGCGGACCCACCGACCCCCGGCCUCCACCUCGACGCAUUGCUGUGCCUUCCCGCAGCUCAGCUUCUGUCCCCAAGCCAGCCCCAGGCCCUCCUCAGGCUGUGGCCCCACCUGCCCCCAAGCCCACCCAGGCUGGGGAAGGAACGCUGUCAGAGGCCCUGCUGCAGCUGCAGUUUGAUGAUGAAGACCUGGGGGCCUUGCUUGGCAACAGCACAGACCCAGCUGUGUUCACAGACCUGGCAUCCGUCGACAACUCCGAGUUUCAGCAGCUGCUGAACCAGGGCAUACCUGUGGCCCCCCACACAACUGAGCCCAUGCUGAUGGAGUACCCUGAGGCUAUAACUCGCCUAGUGACAGGGGCCCAGAGGCCCCCCGACCCAGCUCCUGCUCCACUGGGGGCCCCGGGGCUCCCCAAUGGCCUCCUUUCAGGAGAUGAAGACUUCUCCUCCAUUGCGGACAUGGACUUCUCAGCCCUGCUGAGUCAGAUCAGCUCCUAAGGGGGUGACGCCUGCCCUCCCCAGAGCACUGGGUUGCAGGGGAUUGAAGCCCUCCAAAAGCACUUACGGAUUCUGGUGGGGUGUGUUCCAACUGCCCCCAACUUUGUGGAUGUCUUCCUUGGAGGGGGGAGCCAUAUUUUAUUCUUUUAUUGUCAGUAUCUGUAUCUCUCUCUCUUUUUGGAGGUGCUUAAGCAGAAGCAUUAACUUCUCUGGAAAGGGGGGAGCUGGGGAAACUCAAACUUUUCCCCUGUCCUGAUGGUCAGCUCCCUUCUCUGUAGGGAACUCUGGGGUCCCCCAUCCCCAUCCUCCAGCUUCUGGUACUCUCCUAGAGACAGAAGCAGGCUGGAGGUAAGGCCUUUGAGCCCACAAAGCCUUAUCAAGUGUCUUCCAUCAUGGAUUCAUUACAGCUUAAUCAAAAUAACGCCCCAGAUACCAGCCCCUGUAUGGCACUGGCAUUGUCCCUGUGCCUAACACCAGCGUUUGAGGGGCUGGCCUUCCUGCCCUACAGAGGUCUCUGCCGGCUCUUUCCUUGCUCAACCAUGGCUGAAGGAAACCAGUGCAACAGCACUGGCUCUCUCCAGGAUCCAGAAGGGGUUUGGUCUGGGACUUCCUUGCUCUCCCUCUUCUCAAGUGCCUUAAUAGUAGGGUAAGUUGUUAAGAGUGGGGGAGAGCAGGCUGGCAGCUCUCCAGUCAGGAGGCAUAGUUUUUACUGAACAAUCAAAGCACUUGGACUCUUGCUCUUUCUACUCUGAACUAAUAAAUCUGUUGCCAAGCUGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-899.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -939.23
Frequency: 0.0000
Diversity: 713.41
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((.(((((....((((....).)))...))))).))))((((((((((((((((........)))))......(((..(((.((..((........)))).))).)))...(((((((((((((...(((((((.(.((((.....(((((((((((.....(((((((..((.((((((((...)))).)))).)))))))))))))(((((((((((.((((((((.((((((((...((((((.((((((((((....((((...((((......(((((((((...........)))))))))....((((...))))....(((.((((((((..(((.((((..((..(((.(((((((((((((.......((((((((.((((((((.(((((.(.((((((((((((((...))))))))....)))).)).).)))))...)))).))))))..))))))))).))))).......................((((((........((((.((((((.(((((.(((((..(((.((.((((..((((...((.(((((.(((((((......(((((((......)))))))....))))).(((((((((.............(((.......))).((((((....((..(((((((((........)))).)))))))..)))))).)))))))))........(((((.((..((((((((...((((.....(((((((((((..(((((((((((((((........((((.(((.(((...((......))..))).))).))))..(((((...(((....)))..)))))...)))))))))..((((((((.(((((....)))))((((.((((((....))).)))..))))))).)))))..(((....))))).))))..)))))))(((....))).((((.....((.....(((.(((((((.........(((((.((...)).)))))....)))))))..)))......)).....))))))))..)))).........)))))))))).)))))....))..))))))).)))).)))).))))).....))))).)))))))))))))))(((((.(((......)))))))).))))))((((...(((((((((((((....))))).................))))))))...))))...(((((((......)))))))........)))))))).)).)))))))...(.((((((....)))))).).((((.((..((((........))))..)).))))..(((((.(((((.(((((((((........)))).....)))))((((.(.(((((((.(....(((....)))...).))))))).).))))(((.((((((.........((((((........)))))))))))).))).....))))))))))...(((((......)))))......)))))))).))).......(((((....)))))(((.((((........)))).))).))).).....)))).)))))))))).)))....((.(((((..(.....(((.....)))..)..))))).))..................)))...))))))))..))).)))))..))))).))))))..((.(((((......)))))))((((((((((((((((((((((........))))))).(.((....)).))))))))).((((((((((...((((((((.........(((.(((...(((((((...((((...)))).)))))))))).))).((((((((.((((......)))))))))))).((((...((((...))))..))))...................))))))))..(((((((((...(((....(((((.......))))).....))).......)))))))))........))))))))))(((......)))))))))).)))))))((.(((..((.((...(((((((....))))))))).)).))))).)))).)))))))).)))))))).....((((((((((((((((((((.(((((((....)))))))..)))...)))).)))))))))))))))))).((.((((.....))))))...((((.....))))......((((..........))))..(((......)))...........)))))..))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
....{{({{{.((((({..((((((((((..((((..,((({((((((.(((((,.,,((((.{{{{...,))))...}}}}...,||..,..{(({{{......{{{{{{{,(((((((((,,,,..||||}}}||||,,...},|}}}}}....||||}|,{|..}}}||,||||..(({(((((((.......))),))})))),)))))),,.})||,,|}}}}|||{(((({(,(((,.,..,((((,..,,,,,,,((({........}}}},,......(((((((((.........,.)))))))))....((({...})))..,{(((,(({{{{({,,{,,,,,|}.}|,..||,.,||||||.|||{{||,.,}}|||||(((.((((((((.(((((.{.((((((((((((((...))))))))....)))).)).}.)))))..,)})).))))))}..,,|||{{|.,.|((((((((,....,{(((((((...,.((((..{{{,{{((((.((((((.(((((.(((((..(((.,(.((((..((((...((.(((((.(((((((......(((((((......)))))))....))))}.(((((((((.............(((.......))),((((((....{(..(((((((((........)))).))))))),.))))))})))))))))........(((((.{,..{{|{||||...|,}|.|.{(((((((.,...,,(((({{(((((((((.,......((((.(((.(((...((......))..))).))).)))).,(((((...(({....)))..))))),.,)))))))))..||,|||||||{(({|||,}}}||{({{,({({((...,))).})}{{,||||},.)))))}.{((....))}}},,)}),.}}}}}}.{{(,,,,}}}.,{{|,|||.{(,|...(((.{((((((.,.,.....(((((.({...)).)))))..,.)))))))..}))....,.|||....}))).,,,}))))))).||.},,})))))}}},.))))),...))..)))))}),)))).))))|}}}}}.....))))).))))))))))))))}((((,{(((......)))))))).|||,..((((.(((((((({{({,{{,||||}|||{{,{{{{{({{{{||{((({(({,,{||,|||..,{((((((......))))))}..,,}.}},}||},|||||{....,,,}},|,{(((((....)))))).|,(({{.,,..{(((|....},.)},,..}}.}}||.{{{|||||||||.{{(((((((........)))).,.,.}}|||((((.{.(((((((.,....(((....)))...,.))))))).}.))))|||,{,{{{(|,||,,...((((((........))))))|||}}}.}},,,}}},{{,({{{{(,,,||}||}..,,.}}}}|||,...))))})}},,||{|{....(((((....))))).,)))))|,...,,,,||||{||{,|||{.,{{{{||,..|||}||||||{},....}}.}|||||,.,||||}||,,,.}|}|||}))}))))))})}},,..............,}},}}),}})))},.|||.|}|||,,|||))|)}||}|,.,{.{{|||}.....}}}))}}{|||{((((((((({(((((((........))))))),(.((....)).)))))))))}||{|{|||||,..{{((((({.......,,|||.(({{{.(((((((.,.((((...)))),))))))),)).}))}((((((({,((((......)))))))))))).||{|,,,|{{|,,,)}))..,}}}.,,,,,.............}}}}}}}}..((((((((({,..(((((.((.......},.)))))..}}..,,.......))))))))).......,)}}}})))}))})}))).)))),}|||||{||||||....}))}.,}}||},.(((((((....))))))).)))))..)))).},.)))))))))))))))))}.....{(((((((((((((((((((.(((((((....))))))}..)))...)))).)))))))))))))))))).((.((((.....))))))..,(({{....,||,,......,|,.}})))..))))))))}|((......)),.........}.}))))))})}}))
Back