Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001243985.2
Sequence Length
2208 nt
GC Content
0.5797
AUUUCCGCCUCUGGCGAAUGGCUCGUCUGUAGUGCACGCCGCGGGCCCAGCUGCGACCCCGGCCCCGCCCCCGGGACCCCGGCCAUGGACGAACUGUUCCCCCUCAUCUUCCCGGCAGAGCCAGCCCAGGCCUCUGGCCCCUAUGUGGAGAUCAUUGAGCAGCCCAAGCAGCGGGGCAUGCGCUUCCGCUACAAGUGCGAGGGGCGCUCCGCGGGCAGCAUCCCAGGCGAGAGGAGCACAGAUACCACCAAGACCCACCCCACCAUCAAGAUCAAUGGCUACACAGGACCAGGGACAGUGCGCAUCUCCCUGGUCACCAAGGACCCUCCUCACCGGCCUCACCCCCACGAGCUUGUAGGAAAGGACUGCCGGGAUGGCUUCUAUGAGGCUGAGCUCUGCCCGGACCGCUGCAUCCACAGUUUCCAGAACCUGGGAAUCCAGUGUGUGAAGAAGCGGGACCUGGAGCAGGCUAUCAGUCAGCGCAUCCAGACCAACAACAACCCCUUCCAAGUUCCUAUAGAAGAGCAGCGUGGGGACUACGACCUGAAUGCUGUGCGGCUCUGCUUCCAGGUGACAGUGCGGGACCCAUCAGGCAGGCCCCUCCGCCUGCCGCCUGUCCUUUCUCAUCCCAUCUUUGACAAUCGUGCCCCCAACACUGCCGAGCUCAAGAUCUGCCGAGUGAACCGAAACUCUGGCAGCUGCCUCGGUGGGGAUGAGAUCUUCCUACUGUGUGACAAGGUGCAGAAAGAGGACAUUGAGGUGUAUUUCACGGGACCAGGCUGGGAGGCCCGAGGCUCCUUUUCGCAAGCUGAUGUGCACCGACAAGUGGCCAUUGUGUUCCGGACCCCUCCCUACGCAGACCCCAGCCUGCAGGCUCCUGUGCGUGUCUCCAUGCAGCUGCGGCGGCCUUCCGACCGGGAGCUCAGUGAGCCCAUGGAAUUCCAGUACCUGCCAGAUACAGACGAUCGUCACCGGAUUGAGGAGAAACGUAAAAGGACAUAUGAGACCUUCAAGAGCAUCAUGAAGAAGAGUCCUUUCAGCGGACCCACCGACCCCCGGCCUCCACCUCGACGCAUUGCUGUGCCUUCCCGCAGCUCAGCUUCUGUCCCCAAGCCAGCACCCCAGCCCUAUCCCUUUACGUCAUCCCUGAGCACCAUCAACUAUGAUGAGUUUCCCACCAUGGUGUUUCCUUCUGGGCAGAUCAGCCAGGCCUCGGCCUUGGCCCCGGCCCCUCCCCAAGUCCUGCCCCAGGCUCCAGCCCCUGCCCCUGCUCCAGCCAUGGUAUCAGCUCUGGCCCAGAGGCCCCCCGACCCAGCUCCUGCUCCACUGGGGGCCCCGGGGCUCCCCAAUGGCCUCCUUUCAGGAGAUGAAGACUUCUCCUCCAUUGCGGACAUGGACUUCUCAGCCCUGCUGAGUCAGAUCAGCUCCUAAGGGGGUGACGCCUGCCCUCCCCAGAGCACUGGGUUGCAGGGGAUUGAAGCCCUCCAAAAGCACUUACGGAUUCUGGUGGGGUGUGUUCCAACUGCCCCCAACUUUGUGGAUGUCUUCCUUGGAGGGGGGAGCCAUAUUUUAUUCUUUUAUUGUCAGUAUCUGUAUCUCUCUCUCUUUUUGGAGGUGCUUAAGCAGAAGCAUUAACUUCUCUGGAAAGGGGGGAGCUGGGGAAACUCAAACUUUUCCCCUGUCCUGAUGGUCAGCUCCCUUCUCUGUAGGGAACUCUGGGGUCCCCCAUCCCCAUCCUCCAGCUUCUGGUACUCUCCUAGAGACAGAAGCAGGCUGGAGGUAAGGCCUUUGAGCCCACAAAGCCUUAUCAAGUGUCUUCCAUCAUGGAUUCAUUACAGCUUAAUCAAAAUAACGCCCCAGAUACCAGCCCCUGUAUGGCACUGGCAUUGUCCCUGUGCCUAACACCAGCGUUUGAGGGGCUGGCCUUCCUGCCCUACAGAGGUCUCUGCCGGCUCUUUCCUUGCUCAACCAUGGCUGAAGGAAACCAGUGCAACAGCACUGGCUCUCUCCAGGAUCCAGAAGGGGUUUGGUCUGGGACUUCCUUGCUCUCCCUCUUCUCAAGUGCCUUAAUAGUAGGGUAAGUUGUUAAGAGUGGGGGAGAGCAGGCUGGCAGCUCUCCAGUCAGGAGGCAUAGUUUUUACUGAACAAUCAAAGCACUUGGACUCUUGCUCUUUCUACUCUGAACUAAUAAAUCUGUUGCCAAGCUGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-844.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -880.12
Frequency: 0.0000
Diversity: 551.33
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((.(((((....((((....).)))...))))).))))((((((((((((((((........)))))......(((..(((.((..((........)))).))).)))...(((((((((((((...(((((((.(.((((.....(((((((((((.....(((((((..((.((((((((...)))).)))).)))))))))))))(((((((((((.((((((((.((((((((...((((((.((((((((((....((((...((((......(((((((((...........)))))))))....((((...))))....(((.((((((((..(((((((..((..((((((...((((.((.........((((((..(((((((((((((((.(.((((((((((((((...))))))))....)))).)).).))))).((((((((((((((....(.((..((((.(((...........((((......((((........)))).....))))........))).))))..)))))).)))).))))))).((((((.(((((......(((((((......)))))))....))))).(((((((((.............(((.......))).((((((....((..(((((((((........)))).)))))))..)))))).)))))))))......)))))).(((...(((((....((.(((...(((.(((........((((...(((((((..((....((((......((.(((((((.((((..(((...((((....(((((...(((....)))..)))))......((((....))))(((.(((((.(((((..((((.((((((((....))).)).((.((((...)))))).(((....)))))).))))..........(((((.......))))).))))).)))))..)))...........(((((.((...)).)))))..(.((((.......)))).).(((.....)))...)))).)))..)))).((((((......))))))))))))).))......)))).))..)))))))...))))..))).))))))))..))))).)))((((((.((.......)).)))))).......)))))))))))))))).((((..(((....)))..))))))))))..))))))..))))))))).((((((.(((.(((..((((...((....))...))))..))).)))((((((....(((....)))....))))))....))))))...((((((.........((((((........)))))))))))).(((..(((.((.((((((...))))))..)).)))..)))...)))))))).))).......(((((....)))))(((.((((........)))).))).))).).....)))).)))))))))).)))....((.(((((..(.....(((.....)))..)..))))).))..................)))...))))))))..))).)))))..))))).))))))..((.(((((......)))))))((((((((((((((((((((((........))))))).(.((....)).))))))))).((((((((((...((((((((.........(((.(((...(((((((...((((...)))).)))))))))).))).((((((((.((((......)))))))))))).((((...((((...))))..))))...................))))))))..(((((((((...(((....(((((.......))))).....))).......)))))))))........))))))))))(((......)))))))))).)))))))((.(((..((.((...(((((((....))))))))).)).))))).)))).)))))))).)))))))).....((((((((((((((((((((.(((((((....)))))))..)))...)))).)))))))))))))))))).((.((((.....))))))...((((.....))))......((((..........))))..(((......)))...........)))))..))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
......((({.(((((,.,,((((,,,,|.,||,,.}}|||.||||(({(((((({{,{{((.,,{|,..,})))..,}}}||{,,{{{,{|.,||,,,.....||}|.|}},||{{{{(((((((((((((...{((((((.(.((((.....{((((((((((.....(((((((..((.((((((({...}))).)))).)))))))))))))(((((((((((.((((((((.((((((((...{{,(((.((((((((((....{{{{...{(((......(((((((((.........,.)))))))))....((((...))))....(((.((((((((..(((((((..((..(((((({{{(((,.((({,,...}}||||{{,.(((((((((((((((.{.((((((((((((((...))))))))....)))).)).}.))))).((((((((((((((....(,((,,({{{.(((...........((((..,...((((........))))...,.)))).....,..))).}))),,})}))).)))),})))))).{{((((.(((({.,..,.(((((((......)))))))...,|||||.(((((((((......,......(((.......)}},((((((....{(..(((((((((........)))).))))))),.))))))})))))))))....,.|,||||,,,,...{|{||,,..{|}|||,,.(((,(((,....,,.((((...(((((((..((....((((......((.(((((((.{(((..{{{...{.(({{,{(({((,,,(({....}))..,}|||{.....,{{|}},.||||{{{,{(((({,,,,|}}}||{,{|({{{((....}}}.))}||,||{|}}.)})))}.{((....))}|},.|||}.,,.||||{.(((((|||...{|,}}|,||}},.,|||,,{||||{...,.....(((((.({...)).)))))..,.||||,,,..,})},,...{{{.....)))}),},,},}}),,)})),||||||......})))))))))))).))......)))).))..)))))))...))))..,,}.|||}}}})|,))))).}}}{{{{||,||.|...,.)),}}}}}}.......)))))))))),},|||{(((,..,}}}..})))}}))),..,,,,..))))))..)}))))))).{(((((.({{.,,{|.{{{{,,,|||,...})),.}))}.,.|.(((((((.{....(((....)))...,.)))))))..)))))},(.((((((.........((((((........)))))))))))).))|..,((,((.((((((...))))))..}}.})),.}},...)))))))).))).,,....(((((....))))),{|.|(((........)))}.}},.}}}.......))}}.)))))))))).)))....{{,(((((..(({{,.(((.....)))..))))))))}}),.................,})...))))))))..))).)))))..))))).))))))..((.(((((......)))))))(((((((((((((({(((((((........))))))),(.((....)).)))))))),,((((((((((...((((((((.........{{,.((({{.(((((((.,.((((...)))),)))))))})).))),((((((({,((((......)))))))))))).{(((...((({...})))..)}}}...................))))))))..(((((((((,,..(((((.((,......},.)))))..}}..,,.......)))))))))........))))))))))|{{......}})))))))).))))))},,.||||,{.{((,..(((((((....))))))).)}))}})))).)))).)))))))).)))))))).....((((((((((((((((((((.(((((((....))))))}..)))...)))).)))))))))))))))))).((.((((.....))))))..,(({{....,||,,...,,.{{{{...|}.,,,.))))..{{{......))}...........))))).,))))))
Back