Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001244701.1
Sequence Length
3212 nt
GC Content
0.5009
CCCCUUGCACAAAACCGAACAUCCCACCCCACCACCACCUCCAAGCUAAAAUACCUGGGCCGCCCCUCCCCACGAAGGGACGCGCUCCAGGCGAAUGGGGAGGGCCCGGAAGUCGGGCCUGGGACAGAGGAGCCGGCCCACCGCCUCCCGGUCGGAAGCGGCAGUGCAGCCCGGAGUCAGAAAGGCGAGGGGCGCCGGGAACUGGCGUGUGGGACUCCAGACAGGAGAGGCUGCGCCUUCCCCGCACCGGGACCUUCGCGACACACCAGAUCCUCGCCCCUGGCUCGCGCGAACGCACAGGAUGACCACCACCCUCGUGUCUGCCACCAUCUUCGACUUGAGCGAAGUUUUAUGCAAGGGUAACAAGAUGCUCAACUAUAGUGCUCCCAGUGCAGGGGGUUGCCUGCUGGACAGAAAGGCAGUGGGCACCCCUGCUGGUGGGGGCUUCCCUCGGAGGCACUCAGUCACCCUGCCCAGCUCCAAGUUCCACCAGAACCAGCUCCUCAGCAGCCUCAAGGGUGAGCCAGCCCCCGCUCUGAGCUCGCGAGACAGCCGCUUCCGAGACCGCUCCUUCUCGGAAGGGGGCGAGCGGCUGCUGCCCACCCAGAAGCAGCCCGGGGGCGGCCAGGUCAACUCCAGCCGCUACAAGACGGAGCUGUGCCGCCCCUUUGAGGAAAACGGUGCCUGUAAGUACGGGGACAAGUGCCAGUUCGCACACGGCAUCCACGAGCUCCGCAGCCUGACCCGCCACCCCAAGUACAAGACGGAGCUGUGCCGCACCUUCCACACCAUCGGCUUUUGCCCCUACGGGCCCCGCUGCCACUUCAUCCACAACGCUGAAGAGCGCCGUGCCCUGGCCGGGGCCCGGGACCUCUCCGCUGACCGUCCCCGCCUCCAGCAUAGCUUUAGCUUUGCUGGGUUUCCCAGUGCCGCUGCCACCGCCGCUGCCACCGGGCUGCUGGACAGCCCCACGUCCAUCACCCCACCCCCUAUUCUGAGCGCCGAUGACCUCCUGGGCUCACCUACCCUGCCCGAUGGCACCAAUAACCCUUUUGCCUUCUCCAGCCAGGAGCUGGCAAGCCUCUUUGCCCCUAGCAUGGGGCUGCCCGGGGGUGGCUCCCCGACCACCUUCCUCUUCCGGCCCAUGUCCGAGUCCCCUCACAUGUUUGACUCUCCCCCCAGCCCUCAGGAUUCUCUCUCGGACCAGGAGGGCUACCUGAGCAGCUCCAGCAGCAGCCACAGUGGCUCAGACUCCCCGACCUUGGACAACUCAAGACGCCUGCCCAUCUUCAGCAGACUUUCCAUCUCAGAUGACUAAGCCAGGGUAGGGAGGGACCUCCUGCCUACUCCAGCCCCUACCCUGCACCCACAUCCCAUACCCUCUUCUCCCUACCCAUCCCAUUCCCCACAGGCCCUACAUUAACAAGGUUAAGCUCAACCCCUUUCCCCCAGCACCUCAGAAUGUGCCCUCCCUCUCCCCCUCAUAACCCCACCUAACAUAAGGACAAGUCAAUUUGUCAGUAGCUUCUUCUGGCUUGAAACCCCCUCCCUGGAUUUUAUAGCCCACUUACCAUGCAUAACAGACAAGUCCCAUAUUUUGUCAGUAGAUGCCUUUUUUUUUCCGGCUUAAGCCUUAAGUGCCAAAUCACAAGAGAAAAAGCAGUAACAGUUUACAGAAGCAACUUAGUGCCUUGUAAUCUAACUUUGUCACUGUGACUACAUUACCUCUUCAGCGCCAGAGGGCACCCGUGGGCCUCCCGGAGCCUCUGCCCAUGGCGGGGUGGAGACCCGGAACCAGCAGCCCCCUCCACUGGCGACACAACUGCACCUUCCCUCAUUUCAGUCUCCCGCACACUUAUUCCUCCUCCCCUCUUCCCGGUGGCACCUCUCCACCUGUACCCGCCCCCCCACCCCCCCCACCCCUGCCCCUUGGAAGAGUUGUUGCCAGACCAGGGUUUUGGGGGAAACCUGUCUUGACAUUCAAAACCUUUUUCUUCCCGAUCUGAACCCCUGUUGACUAAUCUUGCCUGGGUUUGUGUAGGUCUGCAGGAAGGAAGGCUGAAAAAGCGGACGAAGAUUUUGACUUAAGUGGGACUUUGUGAUUUAAUUUUUUCUUUUUUUUAAGUGGGGAGGAAGGGGAAGCUAGAUGGACUAGGAGAGACUUGAUUUUGGUGCUAAAGUUCCCCAGUUCAUAUGUGACAUCUUUUUAAAAAAAAUAACAACAAAAAAAAAAUGAGAGAAAAGCUAAAAAAAAAAAAGUAAGGGGUGAGCAGUUAAUGGUAUUCAUUCCACAUACAAUAUCUGUGUAAAACGAUUUCCUGUAGAAGUAGCUUUAAUGGUUUUUGCUCUAGAAUACCGUAGGUCUAUCCUUAGAGCACUCACGCCAUGCUUUCUUCCCUGGGUUUUAAACUUCAUAUAACUUUCAGAAAUUGGAGAGCAAAAAUUUUGCUUGUCACUGCACAUCAAUAUAAAAAAGCUUAUUUAACUUAUCAAAACGUAUUUAUUGCCAAACUAUGCUUUUUUUUGUUAAUUUUGUUCAUAUUUAUCGGGAUGACAAAUCCAUAGAAUAUAUUCUUUUAUGUUAAAUUAUGAUCUUCAUAUUAAUCUUAAAAUUUUGUGACGUGUCUUUUUCCUUUUUUUCCACAGUUUUAAUAUAUUAUUCUUCAACGACAUUUUUUGUAACUUUACACUUUUUUGGUUAUUUUAUUUUAAAAAAAUGAAAAAUUAAUUUAAAAAAAUGCAAAAAACUGUUGGAUUAUUUAUUUUAGAAAUUCCCCCCUUUGUGUUGGACUGCAAAUUGAGUUUCUUUCUCUUUAGGCCUUUCACAACUAGGACUGAGAAUGUAUGUAAAAGUUCUGUGACAGUACAGAAGGAAAACAACUUUUUAUGUAUAGCUUCUAAAAGGGGAAAAAAAAAAAAAGAGAAACCCUUUGACUUCCACGUGCCCAUCUCAAGACAUUCCACUCACAGAUUUGAGGUUCUGGAUUCCAGGUCUGGAGUUUUCCAAUGUUAAUGUAAACAGAACUGGCACACACACAUUAAGAUGAAUGUAAUUAUUAUUCCUCUUGCUGGUCACUACCGUCGCUUUCUAUUUCUCUUUCUUUGUGUGAAUUUAUUUAAAAGAAAAAAAAACUUUUUGUAACGACUAUUUGCAGUUUAAAAAUCAAUAAACCCCGUUUUUUCAAGAAACAUUGAUAAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-959.52 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1019.72
Frequency: 0.0000
Diversity: 783.37
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......................................((((((........((((((.(((...((((......)))).))).)))))).....((((((((((((.....))))))..(((((..((((.(((....))).)))).(((((((((.((.((.(((((((((.(.(((...((((((.(((((.(((((..((((...(((((..(((.(.((((((((((((...((((......))))....))).............((((((((((((((.(((((..(((((((.((.....)).))).)))).(((......(((((.......)))))......)))(((((.((.((.((((..........(((((((.((((((((..(((((((((..........)))))))))))))))).).)))))))..........))))))..)).)))))....((((....((((.....)))).)))).(((((.(((.....((((......))))..)))))))).))))).))..))))(((((((((........))))))))))))))))).(((((((...........))))))).((((((((((((.....((((..(........)..))))))).)))))))))....((((...(((((((((....))))).....((((......)))).((((((.....(((((((...(.((((............)).)).).)))))))))))))))))))))........(((....)))....(((((((((..((((.......(((..((((....))))..)))...))))))))))))))).)))))))))))...)))))))))(((((((.(((....))).))))))).))))).))))).)).....)))).))).).)))))))))(((((........))))).....((((((((.....(((((.(((.........)))))))).......((((....))))...........((((((..((((.....))))..)))))).......(((((......))))).....))))))))............)).)).)))))))))..)))))(((((..(......)...))))).......(((((((.((.(((......)))))..)))))))..((((((.(((...((....))...))).)))))).))))))...))))))...........((((..((.((((..((((((((..((((...)))).....((.(((((((((..(((............)))...)))))))))))..........................................(((((((((........((((((((.(.(((((...(((((((((((((........))))..(((.(((((........(((((............(((((......)))))(((.((((((...(((((((((((........)).))))).))))..........((((.((.((((((........)))))).))..))))((((((((((..(((....)))....(((......))).))))))))))..((((....)))))))))).)))..(((((...........(((((.(.(((.((..........))..))).).))))))))))(((((((((((...))).....)))))))).))))))))))...)))..........((((...(((((((((..((((...............)))).........................(((((((.((.((((.......................................))))))..))))))).)))))))))...))))...)))))))))...((.((((...)))).)).........................))))))))))))))...))))))))).)))))))))))).)).))))((((((((((((((((((....((..((...(.(((...(((((.....((((((((((((((..((((((((((((((((((....(((((((.((.(.(((((.............))))).))))))))))((((.(((...((((((....................(((((.(((.((((.(((..(((((((((((.((..((.(((((...(((........))).(((((.....)))))...(((.(((...((.(((..((((((.(((((...(((((((.........(((.....)))))))))).....)))))(((((((...(((((((.............))))..))).....)))))))........(((........)))............))))))..))).)).....))).)))....)))))))..)).))))))))))).))).)))).))).)))))....((((.....))))....((((((......))))))....(((((...)))))......))))))...))).))))...))))))))))))))))))..((((((.(((..((..(((((((...(((((((((.............((((((.(((((((((...)))))))))))))))..........))))))))).)))))))..)).))).)))))).....(((((((..(..(...((((....(((((..((((.((((.(..((.(((((....(((((...............)))))))))).))..).))))))))..)))))....))))...)..)..))))))).....))))))))))))))...............(((((..(((((.((((((..((((.((((((((.((........)))))))))))))).....))))))..)).....)))...))))).....((.(((((.(((((.......))))).))))).)))))))....))).)....))..))....)))))))((((((..........(((((......))))).........)))))).(((((........))))).)))))))))))............................
Thermodynamic Ensemble Prediction
......(((((((...,..,,{{{{.............,{{{({,........(((((({(({(({({,....,.,))).}),)).))))).((((((((.(((...((({(..(((..(((((..{.((((.(((....))).)))),(((((((((.((.((.(((((((((.(.(((...((((((.(((((.(((((..((((...(((((..(((.{.(((((((,((((...{{(({,...,)))}....)))}............(((((((({(((({.(((((..(((((((.((.....)).))).)))).(((......(((((.,....,)))))......))}{((((.{(..{.((((|.........(((((((.{(((((((..(((((((((..........)))))))))))))))).}.)))))))........}}}})),}..)).))))),,..((((....((((.....)))).)))}.{((((.(((.....((((,.....))))..)))))))).))))).},.,))),(((((((((........))))))))))))))))).(((((((...........))))))).((((((((((((.....{(({..,........)..)))}))).))))))))).,{.((((...{(({(((((....))))).,...((((......)))).((((((.....(((((((...,.{{,,............)}.,..}.)))))))))))))}}}})))).,......(((....))),,..(((((((((..((((.......(((..((((....))))..)))...))))))))))))))).)))))))})))...))))))))),((((((.(((....))).))))))).))))).))))).)).....)))).))).}.)))))))))(((((........))))).....((((((((.....(((((.(((.........,))))))).......((((....))))...........,(((((..((((.....))))..)))))|.......(((((......))))).....))))))))............)).)).)))))))))..{(({{(((((..,,,....}...)}}},.......(((((((.((.(((......)))))..)))))))..((((((.(((...((....))...))).)))))).......},.|||))}},...,,,|..,.((((.........)))).,....((((...)))).....(,{(((((((((.{((,.......,....}}}..,))))))))))).......)))))..))).}}}}},,...))).))))))))..,,{(((,{,,,,,,,,,,.,|||,,,((((,,({((({.,.....((((........))))......,,,,................,,......,}(((((,....,))))).,{,((((,({{{(((((((((.{,,......)).})))}.))))..........((((.((.((((((........)))))).))..)))),,{{{{{{{{..(((....)))....(((......}}}.,}))))}))),,((...{(.{(((({..(({,....,}}}.}}))}}.}}.,,..{(((({{{{{{|,.........,,...|{{{{{||{((,.,..,{(({|,,.{{((.{.{{({(({{..,,.,)))))))).}))))..,,,,..|..}}}},..||||}|,,,...,|({{{{.....{{{...,((((((((...,,,{,.{{{{{{,((((({((({{,(((((.......))))).....,{{{...,,,,,..(((({(.(((((...,{{((|{,,....)).))))..)))))...)))))).....,((,{,{,..,{||...{{{{{{(((({(.(((((((((((..((.{{....}}..))..)))))}...,))))).}..)))))))))).})}}..,}}))}|||||...,,.,,....))))),,,,,}},,..,,,.............,,}))}}))))))},}))))},..,},})}....)).)))))))))....)))))...})}},.,,))}})))}.))))}}..,((({,....,,.................,,|}|}}|||||||,........,,,|,|}||}}||}|}.{{..,(((........}}}.{{{{,.....))))}...,,,,,..,,,||.((({.(((,,..(((((...((((((({.,,{{{...|}}..,,,,})))))))...,.)))))|||{{||},.{{((({{.,,.......,..}}},.,}))....}))))|||{{,...,}}||},,.....}}|.,..{{{{.{{{{{(((...,,,.............,,....,,,},.,...}..)))))))).))))..,,,}}}}},,,,,,...||||||....,},|{{{{(({,,....,{{||,||{,,..(((((...))))),}}},..}}}}}}}})))),,,}}},.,,,|..,,,,,,{,{{{{{(((({{.,,,..,,..{{{{{{{...(((((((((..,,,....,,,,((((((,(((((((({...)))))))))}},)))...,}}})}.))))))))),)))))))..},.}}}.}))))}.........,)))))|((((((((((((.((((((.(((,(,((((({...((((({,(.((((..((((((((.(((...((((((((.(((..(((...(((((((..,.......||.......,..{(((((....................))))))....,,,,.|,||{,,,{{{,,{,.......,||.,,||||}),)}}.||}}}.||||}}}})))))))))))..)))...)))..))))))))...))).)}},,.,((((.(((((.......))))).))))|,{(((....}))}..},.......}))))..)))}.)))))))....})))))))),),,.)))))}............)))))))))))),..,,{{{,.......{((((,,,,|}}}}},)))),,}}},,..........
Back