Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001244753.2
Sequence Length
2103 nt
GC Content
0.4532
GUUUACUCCCUCCUGUCUAGUCGGCUUGGUCCCUUUAGGGCUCCGGAUAUCUUUGGUGACUUGUCCACUCCAGUGUGGCAUCAUGUGGCAGCUGCUCCUCCCAACUGCUCUGCUACUUCUAGUUUCAGCUGGCAUGCGGACUGAAGAUCUCCCAAAGGCUGUGGUGUUCCUGGAGCCUCAAUGGUACAGCGUGCUUGAGAAGGACAGUGUGACUCUGAAGUGCCAGGGAGCCUACUCCCCUGAGGACAAUUCCACACAGUGGUUUCACAAUGAGAACCUCAUCUCAAGCCAGGCCUCGAGCUACUUCAUUGACGCUGCCACAGUCAACGACAGUGGAGAGUACAGGUGCCAGACAAACCUCUCCACCCUCAGUGACCCGGUGCAGCUAGAAGUCCAUAUCGGCUGGCUGUUGCUCCAGGCCCCUCGGUGGGUGUUCAAGGAGGAAGACCCUAUUCACCUGAGGUGUCACAGCUGGAAGAACACUGCUCUGCAUAAGGUCACAUAUUUACAGAAUGGCAAAGACAGGAAGUAUUUUCAUCAUAAUUCUGACUUCCACAUUCCAAAAGCCACACUCAAAGAUAGCGGCUCCUACUUCUGCAGGGGGCUUGUUGGGAGUAAAAAUGUGUCUUCAGAGACUGUGAACAUCACCAUCACUCAAGGUUUGGCAGUGUCAACCAUCUCAUCAUUCUCUCCACCUGGGUACCAAGUCUCUUUCUGCUUGGUGAUGGUACUCCUUUUUGCAGUGGACACAGGACUAUAUUUCUCUGUGAAGACAAACAUUUGAAGCUCAACAAGAGACUGGAAGGACCAUAAACUUAAAUGGAGAAAGGACCCUCAAGACACAUGACCCCCAUCCCAUGGGGGUAAUAAGAGCAGUGGCAGCAGCAUCUCUGAACAUUUCUCUGGAUUUGCAACCCCAUCAUCCUCAGGCCUCUCUACAAGCAGCAGGAAACAUAGAACUCAGAGCCAGAUCCUUUAUCCAACUCUCGAUUUUUCCUUGGUCUCCAGUGGAAGGGAAAAGCCCAUGAUCUUCAAGCAGGGAAGCCCCAGUGAGUAGCUGCAUUCCUAGAAAUUGAAGUUUCAGAGCUACACAAACACUUUUUCUGUCCCAACCAUUCCCUCACAGCAAAGCAACAAUACAGGCUAGGGAUGGUAAUCCUUUAAACAUACAAAAAUUGCUCGUAUUAUAAAUUACCCAGUUUAGAGGGAAAAAAAGAAAAUAAUUAUUCCUAAACAAAUGGAUAAGUAGAAUUAAUGGUUGAGGCAGGACCCUACAGAGUGUGGGAACUGCUGGGGAUCUAGAGAAUUCAGUGGGACCAAUGAAAGCAUGGCUGAGAAAUAGCAGGGUAGUCCAGGAUAGUCUAAGGGAGGUGUUCCCAUCUGAGCCCAGAGAUAAGGGUGUCUUCCUAGAACAUUAGCCGUAGUGGAAUUAACAGGAAAUCAUGAGGGUGACGUAGAAUUGAGUCUUCCAGGGGACUCUAUCAGAACUGGACCAUUUCCAAGUAUAUAACGAUGAGUCCUCUAAUGCUAGGAGUAGAAAAUGGUCCUAGGAAGGGGACUGAGGAUUGGGGUGGGGGUGGGGUGGAAAAGAAAGUACAGAACAAACCCUGUGUCACUGUCUCAAGUUAAGCUAAGUGAACAGAACUAUCUCAGCAUCAGAAUGAGAAAGCCUGAGAAGAAAGAACCAACCAGAAGCACACAGGAAGGAAAGCGCAGGAGGUGAAAAUGCUUUCUUGGCCGGGGUAGUAAGAAUUAGAGGUUAAUGCAGGGACUGUAAAACCACCUUUUCUGCUUCAAUGUCUAGUUCCUGUAUAGCUUUGUUCAUUGCAUUUAUUAAACAAAUGUUGUAUAACCAAUACUAAAUGUACUACUGAGCUUCACUGAGUUACGCUGUGAAACUUUCAAAUCCUUCUUCAUGUCAGUUCCAAUGAGGUGGGGAUGGAGAAGACAAUUGUUGCUUAUGAAAGAAAGCUUUAGCUGUCUCUGUUUUGUAAGCUUUCAGUGCAACAUUUCUUGGUUCCAAUAAAGCAUUUUACAAGAUCUUGCAUGCUACUCUUAGAUAGAAGAUGGCAAAACCAUGGUAAUAAAAUAUGAAUGAUAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-622.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -663.34
Frequency: 0.0000
Diversity: 498.70
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((..(((.((((((....((((.((((((.((((.(((((.........((((((.((((((.(.(((((.(((.(.....(((((((((.(((((.....(((((...(((........(((((((((.....))).))))))..........))).)))))......))))).(((((((...(((..(((((((((((.((.(((((..(((..(((.(((((((....)).))))).(((....))).)))..)))..))))).))....)))..))))))))..........)))...))))))).))))))))).....).))).))))).).))))))))))))....((.((((((((((.((((((..((((((..((.(((.....((..((((((((.......(((.(((((((((((.(((......))).)))).....))).)))).)))))))))))..))..))).))))))))..))))))..............(((((..((((((((...((((........(((.((.((((.(((((((((((...(((((((.(((......)))))).)).))..))))).))))))......(((((((((..((((..((..((((..(((..(((...))).)))..))))..))..)))).......((((((..((((((((((((........))))))).((((...((((((...((((...(((((((.......)).))))).................(((.....)))))))))))))))))..)))))..))))))..........))))))))).((((((((...))))))))..........)))).)))))......)))).))))).)))..))))).((((((..((((((((.(((((.......(((..((.(((((....((.(((.....(((((((((((..(((((((((((((.((((((.(((.((((.(((.....)))..((((((((.((((((....)))((((.((((((......((.(((((....))))))))))))).....))))..(((((((.(((((((((((((.......(((..........)))((((((....))))))...........((((((...(((........))).)))))).))))))..................(((.........)))............))))))).))))))).((((((...))))))...))))))))))).......)))).))))))))).))))).))...)))))....)..))))))...)))))..))).))....))))).))..))).((((........))))...(((((....(((((....)))))........))))).......(((.(((.((....)).))).)))(((((((((.(((...((((((.....))).))).......))))))))))))..(.((((((.((.....)).)))))).)))))).)))))))))))))))))))))))).))......................((((.(((((................))))))))).....(((((.........))))).)))))..))))...).))))))).)).....)))))).)))))))((((((..((((((((((((.(((((((((((((((.((((((((.(((...(((((((..((......))..)))))))...))).)))))))).((((((((((((((..............)))))).))))))))..............)))))).(((.(((((...........))))).)))((...(((.(((((((.(((.......))).))))))).)))...))....((((((...((((((...((...(((.......)))..))...))))))..))))))...)))))..)))).)))))))))).))...)))))).(((((.((((......)))))))))....((((.........))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((..(((.((((((....((((.((((({.((((.(((((.........((((((.((((((.(.(((((.(((.(.....(((((((((.{{{{,......,,(({{,(({,....,|||{{{{{{{|,...,))).)}}}}|..,,.{{{.{{(({,{({....,},),)))}|,,,|||....((.(((((((((.{{,{.(((((.....{{,((.((((((((....)))))))).).))..,}))}))).}}{{((({|...}}}}},))}}.)))))))},).))...)})},.,,}}},,)}.))))))))).....).))).))))).).))))))))))))....((.((((((((((.((((((..((((((..{(.(((.....((,,((((({({.,,....(((.(((((((((((.(((......))).)))).....))).)))).)))})))))))..})..})}.)}))))))..)))))).........,,,||(((((..((((((((...{{{{......,.{{{.||,{{((.{{{{,.{((((.(.(((..{{,{{{.|,,,,||,||},}}.})},)}))),}}}})),,....(((((((((..((((,,((,.{(({.,(((.,{{,...||}.}|)..}))),.}}..}}}}.....,.{(((((..{(({{(((((((........)))))))}{{((|..{(({{{,,.{{{{,..{{{{{{,.......}},))))),,,,|,.....}},...{{{.....))),)))))))}})))}..,)))}..)))))).,,},...,.})))))))).((((((((...)))))))).....,,,..)))).}})}).,,...))}}.))))).)))..))))).((((((..((((((((.(((((,......,,,..(({,,,,,.,..((((({.....{{{{((((({{.,((((({..,((((,((((((.(((.((((.(((.....)))..(((((((,{((((((....})},{({.((((((......{{.(((((....)))))}))))))).,...}}}|..(((((((.(((((((((((((..,{{..{{{..........}}}((((((....)))))}...........,,,|||,,.{{{......,.}}}.,))))).))))))..............{{,,(((.........))),,}.,.......})))))).))))))).((((({...))))))..}))))))))))).......)))).))))))))}.}}}}|.||{{{{||,....,,,.}||}},.,,,})}}.,|||.,|{{{{|},,}|||,{||}.,{{|..},,,..)))},,}|||||}}..{,|||}}},),))}........))))),...,},|||,{{{,||,...)),))),)))(((((((((.(((...((((((.....)))},)).......))))))))))))..,.((((((.((.....)).)))))).}))))).)))))))))))))))))))))))).))........,{((((........))))}{|{(({{.{,,..,...,,,.}}))))))).....(((((.........))))).)))))..))))...).})))))).)).....)))))).)))})))((((((..((((((((((((.(((((((((({((({.((((((((.(((.,.(((((((..((......))..))))))).,.))).)))))))).((((((((((((((.,.,,.....,...)))))).))))))))..........,,,||}}|||{(((.(((((..,,,...,},))))).}}|{{...(((.(((((((.(((.......))).))))))).))),,,},....{{{{((,,,((((((,.{((...,||,..,,..,}},,))}}})})))),,)}}))),}})))))..)))).)))))))))).))...)))))).(((((.((((......)))))))))....{((,.,.......}}},..........
Back