Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001244945.2
Sequence Length
2465 nt
GC Content
0.4308
AGUCAGCGUUCCUCGGGCCCUCGGCGCCACGAGCUGUCCGGGCACGCAGCCCCUAGCGGCGCGUCGCUGCCAAGCCGGCCUCCGCGCGCCUCCCUCCUUCCUUCUCCCCUGGCUGUUCGCGAUCCAGCUUGGGUAGGCGGGGAAGCAGCUGGAGUGCGACCGCCGCGGCAGCCACCCUGCAACCGCCAGUCGGAGGUGCAGUCCGUAGGCCCUGGCCCCCGGGUGGGCCCUUGGGGAGUCGGCGCCGCUCCCGGGGAGCUGCAAGGCUCGCCCCUGCCCGGCGUGGAGGGCGCGGGGGGCGCGGAGGAUAUUCUUGGUGAUCUUGGAAGUGUCCGUAUCAUGGAAUCAAUCUCUAUGAUGGGAAGCCCUAAGAGCCUUAGUGAAACUUUUUUACCUAAUGGCAUAAAUGGUAUCAAAGAUGCAAGGAAGGUCACUGUAGGUGUGAUUGGAAGUGGAGAUUUUGCCAAAUCCUUGACCAUUCGACUUAUUAGAUGCGGCUAUCAUGUGGUCAUAGGAAGUAGAAAUCCUAAGUUUGCUUCUGAAUUUUUUCCUCAUGUGGUAGAUGUCACUCAUCAUGAAGAUGCUCUCACAAAAACAAAUAUAAUAUUUGUUGCUAUACACAGAGAACAUUAUACCUCCCUGUGGGACCUGAGACAUCUGCUUGUGGGUAAAAUCCUGAUUGAUGUGAGCAAUAACAUGAGGAUAAACCAGUACCCAGAAUCCAAUGCUGAAUAUUUGGCUUCAUUAUUCCCAGAUUCUUUGAUUGUCAAAGGAUUUAAUGUUGUCUCAGCUUGGGCACUUCAGUUAGGACCUAAGGAUGCCAGCCGGCAGGUUUAUAUAUGCAGCAACAAUAUUCAAGCGCGACAACAGGUUAUUGAACUUGCCCGCCAGUUGAAUUUCAUUCCCAUUGACUUGGGAUCCUUAUCAUCAGCCAGAGAGAUUGAAAAUUUACCCCUACGACUCUUUACUCUCUGGAGAGGGCCAGUGGUGGUAGCUAUAAGCUUGGCCACAUUUUUUUUCCUUUAUUCCUUUGUCAGAGAUGUGAUUCAUCCAUAUGCUAGAAACCAACAGAGUGACUUUUACAAAAUUCCUAUAGAGAUUGUGAAUAAAACCUUACCUAUAGUUGCCAUUACUUUGCUCUCCCUAGUAUACCUCGCAGGUCUUCUGGCAGCUGCUUAUCAACUUUAUUACGGCACCAAGUAUAGGAGAUUUCCACCUUGGUUGGAAACCUGGUUACAGUGUAGAAAACAGCUUGGAUUACUAAGUUUUUUCUUCGCUAUGGUCCAUGUUGCCUACAGCCUCUGCUUACCGAUGAGAAGGUCAGAGAGAUAUUUGUUUCUCAACAUGGCUUAUCAGCAGGUUCAUGCAAAUAUUGAAAACUCUUGGAAUGAGGAAGAAGUUUGGAGAAUUGAAAUGUAUAUCUCCUUUGGCAUAAUGAGCCUUGGCUUACUUUCCCUCCUGGCAGUCACUUCUAUCCCUUCAGUGAGCAAUGCUUUAAACUGGAGAGAAUUCAGUUUUAUUCAGUCUACACUUGGAUAUGUCGCUCUGCUCAUAAGUACUUUCCAUGUUUUAAUUUAUGGAUGGAAACGAGCUUUUGAGGAAGAGUACUACAGAUUUUAUACACCACCAAACUUUGUUCUUGCUCUUGUUUUGCCCUCAAUUGUAAUUCUGGAUCUUUUGCAGCUUUGCAGAUACCCAGACUGAGCUGGAACUGGAAUUUGUCUUCCUAUUGACUCUACUUCUUUAAAAGCGGCUGCCCAUUACAUUCCUCAGCUGUCCUUGCAGUUAGGUGUACAUGUGACUGAGUGUUGGCCAGUGAGAUGAAGUCUCCUCAAAGGAAGGCAGCAUGUGUCCUUUUUCAUCCCUUCAUCUUGCUGCUGGGAUUGUGGAUAUAACAGGAGCCCUGGCAGCUGUCUCCAGAGGAUCAAAGCCACACCCAAAGAGUAAGGCAGAUUAGAGACCAGAAAGACCUUGACUACUUCCCUACUUCCACUGCUUUUUCCUGCAUUUAAGCCAUUGUAAAUCUGGGUGUGUUACAUGAAGUGAAAAUUAAUUCUUUCUGCCCUUCAGUUCUUUAUCCUGAUACCAUUUAACACUGUCUGAAUUAACUAGACUGCAAUAAUUCUUUCUUUUGAAAGCUUUUAAAGGAUAAUGUGCAAUUCACAUUAAAAUUGAUUUUCCAUUGUCAAUUAGUUAUACUCAUUUUCCUGCCUUGAUCUUUCAUUAGAUAUUUUGUAUCUGCUUGGAAUAUAUUAUCUUCUUUUUAACUGUGUAAUUGGUAAUUACUAAAACUCUGUAAUCUCCAAAAUAUUGCUAUCAAAUUACACACCAUGUUUUCUAUCAUUCUCAUAGAUCUGCCUUAUAAACAUUUAAAUAAAAAGUACUAUUUAAUGAUUUAACUUCUGUUUUGAAAUGUUGUAUACACGUGGAUUUUUUUCUCAUUAAAUAAUAAUUCUAGUAUUUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-727.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -770.00
Frequency: 0.0000
Diversity: 607.94
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((((((((.((((((.(((((..(.((....(((((..(((((((((((((((((((.((((((..((.(((...(((((.((...((.(((((((((.(((.(((((.........))))).))).)))..)))))).))..)).)))))...))))))))))).)).(((((.((.((....)).)))))))(((.(((((((..(((....))))))))..)).)))....))))))))...)))).)))))...))))).....))).))))).)))))).))))))))))((((((((....(((((.((((((..((.(((.(((((((((.......)))))))))))).)).))))))((((((((((((...))))).)))).))).((((((((((((.(((((((.((((((((((.......)))))(((((((((.(((((....)))))..(((((((..((.....(((......)))))..)))))))..((((((((...((((((.(((((((....(((((((.....((((((.((((.....))))....((((.(((((((...((((((((...))))))))((((.((((..((.(((((((((((..((((((((((((((......(((((((((((...((((((((((.(((..........((.((((......)).))))...(((((.(((((......(((..(((((......((((((((((...)))))))))))))))..)))))))))))))))).))))))))))..(((((((.(((((.((((((((((.((((((.((............))))).........))))))))))))).))((((.((((...))))..))))...))).))))))).......(((((((((..((.................))..).)))))))).((((((.(((((((((((((((((((.(((.(((((((((...................)))))))))......)))...)))..........((.((....(((((((..(((.....))).)))))))....))))....))))))))))))))))..)))))).......)))).))))))).....(((((((((((..............(((((((((....(((....)))..)))))).((.(((.((((((.((((.((((((.(((((((....))))))))))))).)))).))).))).))).))....)))((((((....((((((..(....(((((((....)))))))....)..))))))))))))((((.........))))..(((.......)))((((((((..(((((((........)).)))))...(((.......))).(((((..(..........)..)))))......((.(((((((((((...))))...))))))).)).((((((((((((((((((......((...((((((((((((....))))((.((((((........)))))).))....))))..(((((((((((((..(((((.(((..........))).)))))...))))))).......)))))).(((((..(((.(.....).)))..))))))))).)))))))))).))))))))))....(((........)))...))))))))..)))))))))))..........)))))..)))).)))))..))))))).))))..))..))))))))..)))))).)..))))((((...(((.((((((.(((((((......(((((..((......))..)))))...))))))).((((...))))...))))))))).))))......))))))...))))))).))))))))))).)).(((.......))).)))))))))))))))))......))))))))))))................(((((....((.(((((.((((........))))....)))))))....))))))))))))))))).....(((((.......))))).((((((......(((((((((....)))))))))(((((((.....))))))).(((((((........))))))).(((((((..............((((.(((((.(((((((...)))))))..)))))...))))..............)))))))(((..(((((.........)))))..)))...))))))............)))))))))))))...........((((((((..((((((((((((((..(.((((...(((....)))...)))).)..)))).)))))).))))...))))))))........(((((((.((....)).)))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....((((((((((.((((((.(((((..(.((.{..(((((..(((((((((((((((((((.((((((..(,{(((...{{(((,((,,{((.(((((((((.(((.(((((.........))))).))).))}.,)))))).))..)),)))))...))))))))))).)).((((,,((.((....)).))))))),{(,,,{{(((.{((({...},,)))))..,)})),..,,))))))))...)))).)))))...)))))..,..)),,))))).)))))).))))))))))((((((((....(((((.((((((..((.(((.(((((((((.......)))))))))))).)).))))))((((((((((({...}))))}}))).))).((((((((((((..((((.{(((({(({((({,.,,{,||||{{(((((((({{{{({{,{,...(((((((((((,,(,.....,{{....,,,,,,,..))))))).)))).||||}},}},....|||})}}}}|,..{{{.(((((((((,{({{{((((,,{(({(,.,.,((({.(((({....((((((((...))))))))......{{({(,({..........}}.})))),,,..}}})))))))}}},,|{({,...,|}||||{|||.|||,.,,,,.))))))))).,},.,,.{{{{{{{{..((((.(((((......(((..(((((......((((((((((...)))))))))))))))..))))))))))))||||{||||},||||,}|,||||||||.(({(,,(((((.,.({{.(((((......{{(({{,.({(....((((({....))))))..)))...}))}}}.....(((((......)))))............,(((((((({..{{..............,,.,,..},)))))))|.((((((.((((((((((((((((.{..,((.{(((((({,...............,,..}}}}}}|}}.......},..,}}}.,........,|,||,,..(((((((..(({.....))}.)))))))....,)).....))))))))))))))))..)))))).|,||,,.{{{|.,.)))),,,)))),.))))).}}}.}}}}}.....))))((((((....(((....)))..)))))).((.,((.((((((.((((.((((((.(((((((....))))))))))))).)))).))).))).))}.))...,{{|{||}||..,,,,,,}|,|||,,,(((((({....}||}}}}.{{((((((((...(((((.....(((......{{....,}.(((((,{,(((((.((((.(((((,,........}..)))))((((((.((((..(((((((((({{{{(..((({((((,{,({{{,...,,.{{{,,(((((({..||,,.,{||||||,.,..}}}}}}}|((((((((,...,,,}}}}}}.,..||..}}||}}}.,|,.{{.((((((........)))))),)),,,...(({{((((((((((((...{((((,{{{,.............,,,{{{{{.(({{,,...,{{{...,,...}}}|.{((((....((((({....))))))...))))),.)))).))))))))}},,}||,........}))}}}.,})))})}}))))|||||,}|{,{(((..(((.((((((....)))))))))}))).}})}}}||}})))...))))),|||,,||||}.{{{{{..,(({,{((({{.{||{|||,,....{{{{|,,||,,,.,,}),.|||}|,.,|}}}}},.||{{...)))),,,))))))))).)))))...)))))}............,))))..))))..).)))))........)))).))))),},.))))).))).....)))))...)))))))}|}}...}|}}}}}),,}}}}},|||}})}|,......}}))))}).)))))..}}))))))).)))))))))))).....(((((.......))))).((((((......(((((((((....}))))))))(((((((.....))))))).(((((((........))))))).(((((((..............((((.(((((.(((((((...)))))))..)))))...))))..............))))))|(((..(((((.........)))))..)))...))))))............)))))})}}}}}}...........{(((((((..((((((((((((((..{.((((...(((....)))...)))).)..)))}))))))).))))...)))))))}........{{(((({.{{....}}.})))))}
Back