Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001251935.2
Sequence Length
1920 nt
GC Content
0.5844
GAUUCUAACUUAGCUAAGCAAUGCUACUGGAGACCAUAGGCAAAGCCAAGGUACAGCUUCAGGGAAGUCUUUGGUGAGCCCAUCUCUCAUUACCAAGGUAACGAAGCGCAGACUCCGGGCCCGGGUGGGCGGCAUCACCACCAGGUUCACGCCGAGAAGGAGCUGGAGGAGAGCCGCCCGGCUCCAGCCGGACCGCUUGCCCGCCAUCACCGUUGUAAUCUAUGCAGCAAACAAGCUGGAACCCGCUGGGUGGCACCUGCAAGCAGCCGCCCGGACGCACCCACUCUGCGGUGGAGCUGUGGAAGCCAGGCGCACAGGAUGCAAGCAGCCAGGCCCAGGGAGGCAGCAGCUGCAUCCUCAGAGAGGAAGCCAGGAUGCCCCACUCUGCUGGGGGUACUGCAGGGGUGGGGCUGGAGGCUGCAGAGCCCACAGCCCUGCUCACCAGGGCAGAGCCCCCUUCAGAACCCACAGAGAUCCGUCCACAAAAGCGGAAAAAGGGGCCAGCCCCCAAAAUGCUGGGGAACGAGCUAUGCAGCGUGUGUGGGGACAAGGCCUCGGGCUUCCACUACAAUGUUCUGAGCUGCGAGGGCUGCAAGGGAUUCUUCCGCCGCAGCGUCAUCAAGGGAGCGCACUACAUCUGCCACAGUGGCGGCCACUGCCCCAUGGACACCUACAUGCGUCGCAAGUGCCAGGAGUGUCGGCUUCGCAAAUGCCGUCAGGCUGGCAUGCGGGAGGAGUGUGUCCUGUCAGAAGAACAGAUCCGCCUGAAGAAACUGAAGCGGCAAGAGGAGGAACAGGCUCAUGCCACAUCCUUGCCCCCCAGGGCUUCCUCACCCCCCCAAAUCCUGCCCCAGCUCAGCCCGGAACAACUGGGCAUGAUCGAGAAGCUCGUCGCUGCCCAGCAACAGUGUAACCGGCGCUCCUUUUCUGACCGGCUUCGAGUCACGCCUUGGCCCAUGGCACCAGAUCCCCAUAGCCGGGAGGCCCGUCAGCAGCGCUUUGCCCACUUCACUGAGCUGGCCAUCGUCUCUGUGCAGGAGAUAGUUGACUUUGCUAAACAGCUACCCGGCUUCCUGCAGCUCAGCCGGGAGGACCAGAUUGCCCUGCUGAAGACCUCUGCGAUCGAGGUGAUGCUUCUGGAGACAUCUCGGAGGUACAACCCUGGGAGUGAGAGUAUCACCUUCCUCAAGGAUUUCAGUUAUAACCGGGAAGACUUUGCCAAAGCAGGGCUGCAAGUGGAAUUCAUCAACCCCAUCUUCGAGUUCUCCAGGGCCAUGAAUGAGCUGCAACUCAAUGAUGCCGAGUUUGCCUUGCUCAUUGCUAUCAGCAUCUUCUCUGCAGACCGGCCCAACGUGCAGGACCAGCUCCAGGUAGAGAGGCUGCAGCACACAUAUGUGGAAGCCCUGCAUGCCUACGUCUCCAUCCACCAUCCCCAUGACCGACUGAUGUUCCCACGGAUGCUAAUGAAACUGGUGAGCCUCCGGACCCUGAGCAGCGUCCACUCAGAGCAAGUGUUUGCACUGCGUCUGCAGGACAAAAAGCUCCCACCGCUGCUCUCUGAGAUCUGGGAUGUGCACGAAUGACUGUUCUGUCCCCAUAUUUUCUGUUUUCUUGGCCGGAUGGCUGAGGCCUGGUGGCUGCCUCCUAGAAGUGGAACAGACUGAGAAGGGCAAACAUUCCUGGGAGCUGGGCAAGGAGAUCCUCCCGUGGCAUUAAAAGAGAGUCAAAGGGUUGCGAGUUUUGUGGCUACUGAGCAGUGGAGCCCUCGCUAACACUGUGCUGUGUCUGAAGAUCAUGCUGACCCCACAAACGGAUGGGCCUGGGGGCCACUUUGCACAGGGUUCUCCAGAGCCCUGCCCAUCCUGCCUCCACCACUUCCUGUUUUUCCCACAGGGCCCCAAGAAAAAUUCUCCACUGUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-739.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -773.76
Frequency: 0.0000
Diversity: 561.89
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..........((((........)))).((((((.....(((...(((((((....(((((...))))))))))))..((((((((.((.((((....)))).))..((((((....(((((((((((((((((.((.((.((((.(((..........))).)))).)).)))))))(((((....)))))...((((((..((((((...((((((.....)))))).....(((.((...))))).))))))....))))))..))))))))..)).))...))))))((.((((((((((((((....((((((((((....(((((((....(((..((((((.(((((.(((((...))))).(((..(...((((((((((..((((((.((((..(((((((((((..((((....))))..)))))))))))......)))).))))))..)))).(((.......(((((........))))).....))).....(((((......))))).(((.(((....))).))))))))).)..)))..(((((((((.(((......((((.(.(((.(((((..((((((((((....((((....((((..((((((((((..((((.(((.....((((.(((....)))))))((((((((.....(.((.(..(((((((...((.((((.........)))).))..)))))))..).)).))).))))))((((....).)))..((((.((((.(...(((..((((...((((((((...(((....)))...)))..((((....)))).))))).............))))..))))))))..))))....((((((((((.((((...))))))).)))))))...)))))))....))))))))))..))))))))...)))))...))))))))).).))))))))......)))...)))))))))...)))))))..))))..)))..))).)))).....)))).)))))).((.(.((((((...........)))))))))))))))).))))))).))((((((((.(...((((((.(((.....((((((((...((((.((((((.(((((((...((((((((........((((..(((((((.((((((((((...((.((........)))))))))).((((((....))))))......)))).)))).)))..)))))))))))).)))))))(((....(((((((.(((((((.........))).))))...))))))))))...)))))).))))))))))..))((((.((((((.(.((((.((((((.....(((((((((((((....))))......))))).))))(((((....((...(((....)))...))..))))).....((((.(((.((.......)).))).))))......((((((((........((((.....((((..((((....))))..))))..))))....)))))))))))).)).))))..).))))))...((.((((.(((((........(((((((((((....(((.(((...((((....))))))))))...))).)))))))).......))))))))).)).))))))).))))))...).))))))))((((...........))))..((((((((.(((((..(((.((...((((((.(((....)))..))))))...)))))..)))).).))).))))).......)))))))).(((((((.....((..((((((((....))))))))..))....)))))))......(((((.......))))))))...........))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,,.......((((........)))}.{((((({{.,.(((...))),,||}...(((((.{.,,,,,{{{{{(({{,,,......,,.||||}}}})},,,))}}}...,,|{..((((((..(((((((((.,,{((.,,,|}|,,..}}}}...{|||{,|||.||{|,||,|(((((((((..,.(((..{.((((((....(({..{((((..,,,.{.((((......)))).,...{{(((((((((..,,...}}..))))))))).}},..({{{{|||{|||,|.(((.{{{.,})},}})}),.((((.((,,((.(((((((({{{((.((((....((((.(((((...))))).)}}))..))))))..((((..((((((.((((.,(((((((((((..((((....))))..)))))))))}).},...)))).))))))..)))).....{{{..(((((.(((..(((((((((((.((((.{{,.(((({......}))))..,{,(({....|}|(((|((((((((.((((.,,((((((((((....{(((,(((.(,(((.((((({,({{{((({{{.,,,{{{|,,,,((((..((((((((((..((((.(((.....{(((.(({.,,,)}}}}}}(((((({{.{.,.{.(({(,.{((((((...((.((((.........)))).))..)))))))}})}},,}}),)))))|{{({....}.,}}|.{(((.{({,.{...(((..({((,,.((((((((...(((....)))...})),.((((....)))).}))))...........,,})))}.))))))))..)))}....((((((((((.((((...))))))).)))))))...)))))))....))))))))))..))))}||}...}}}}}...})))))))}.},))}}}}}}..,|,..,{,,|||,{{||,,{{{({((,{{{{{{|,..{{,,.||||{{{|||,...{{{{{{.,{,,|||},|{((((.....{{{....))),.,,)))))}))))))))})}|{{|(||||,,..,,..||||||||||,,,(((({,.{...|||||(((({{{(((((((...((((({(({....,,,|(({.,(({{{{|.||||||{{{{,..||.{|.,.......,}}}))}}}.{{{(((....)))))),.....}}||.}}}}.}}}..}))))))))))),)))))}))}},...(((((((.(((((((.........)))}}}))...))))))){{{...,|||.|{{{{{{||,||,,({.{{........)).)),),))..,))))))})),)))})),,)}}}..)))))))))).}.,.))))..)))))))).}}}((((((...{,..{,{....|||,.,.{(((.(({.{{.....}.)}.))).))))|.....((((((((,,,...{{((((..{{{{(((,.((((....)))),.)))}..}}}}....)))))))),,,}.}.,,,)))))).}}|}|..,....))})}),))))...)))))))))))..))).)))))..))).)))))))).))))).)))).,.,)))),})}},,)))...)))))).}..)))..))))))))))..{{{{...)))).,|(((.||.....}},)))}..((((((((.(((((..(((.((.,.((((((.(((....)))..)))))).,.)))))..)))),}.))).))))).......((({((({{((((((({.,,.,,..,|||||||.,,,)}}}}}})}}))}}}.)))))),))}.,)))},|....})))).))))))..,|......}))))}..,,..
Back