Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001252043.2
Sequence Length
4598 nt
GC Content
0.6205
CUCCAUCUUGGAAUUGGGAGGAAGAGGGAGAGGGAGACCGGGACGAGACCGGGGCUGUGGUGCGGAGAGAGGCUGAGACGGAGAAGAGGAGAGGCAGAGAGGGCGCGGGGACCGUCAGCAGCACCUUAGCUACAAUCGUUCAGCUAUUCUCGGAAGAGAGAAGGGAGAGGGAGGAGGCCGGGGCGGGAGUGGGGGCUGUCACCCUCGGACCCCGGCGUGAGAGGGGCCGUGCGGCCGGACGUCCUCGGGGUGGGCCCCCAGUCGGUGGCCGAAGACCUACAGCUCAGGCCCCUGGGUCCCAAAUUUCCAGGCUUUGCCCCUCCUCCUUUCUCAGAUACCCGGGUAACAGUCCUCAUAGUCCAGAUAUCCGGGACUCGGGUCCCAACCUCUCUAAACCUGGGUCUCUGUUUCAUAGAAUUUCAAAUAUCAGGUUCAGGCCCCUGCGUGCACCAGUAUCCGGGGUUCAUUCCCCGGGCGUUCAAAUAUCGGAUUCAGUCUCCAUCCCGUUCAGAUAUUCGGGGUUCAGACCCCACAAUCAGAAAUCCGGAAUUCGGCAGCUGUCGCCCUCGACGAGGGGGAGGACUGGACCGCGAGGUCAGAUUAGGUUGUCACCCCCUCCCCUCCAGGGGAGGCUUCCCGGGCCCGCCCCUCAGGAAGGGCGAAAGCCGAGGAAGAGGUGGCAAGGGGAAAGGUCUCCUUGCCCCUCUCCCUGCUUGGCAGAGCCGCUGGAGGACCCCAGGCGGAAGCGGAGGCGCUGGGGCACCAUAGUGACCCCUACCAGGCCAGGCCCCACUCUCAGGGCCCCCAGGGGCCACCAUGCCAGCUGGGGGCCGGGCCGGGAGCCUGAAGGACCCAGAUGUGGCUGAGCUCUUCUUCAAGGAUGACCCAGAAAAGCUCUUCUCUGACCUCCGGGAAAUUGGCCAUGGCAGCUUUGGAGCCGUAUACUUUGCCCGGGAUGUCCGGAAUAGUGAGGUGGUGGCCAUCAAGAAGAUGUCCUACAGUGGGAAGCAGUCCAAUGAGAAAUGGCAAGACAUCAUCAAGGAGGUGCGGUUCUUACAGAAGCUCCGGCAUCCCAACACCAUUCAGUACCGGGGCUGUUACCUGAGGGAGCACACGGCUUGGCUGGUAAUGGAGUAUUGCCUGGGCUCAGCUUCUGACCUUCUAGAAGUGCACAAGAAACCCCUUCAGGAGGUAGAGAUCGCAGCUGUGACCCACGGGGCGCUUCAGGGCCUGGCAUAUCUGCACUCCCACAACAUGAUCCAUAGGGAUGUGAAGGCUGGAAACAUCCUGCUGUCAGAGCCAGGGUUAGUGAAGCUAGGGGACUUUGGUUCUGCGUCCAUCAUGGCACCUGCCAACUCCUUCGUGGGCACCCCAUACUGGAUGGCACCCGAGGUGAUCCUGGCCAUGGAUGAGGGGCAGUACGAUGGCAAAGUGGACGUCUGGUCCUUGGGGAUAACCUGCAUCGAGCUGGCUGAACGGAAACCACCGCUCUUUAACAUGAAUGCGAUGAGUGCCUUAUACCACAUUGCACAGAACGAAUCCCCCGUGCUCCAGUCAGGACACUGGUCUGAGUACUUCCGGAAUUUUGUCGACUCCUGUCUUCAGAAAAUCCCUCAAGACAGACCAACCUCAGAGGUUCUCCUGAAGCACCGCUUUGUGCUCCGGGAGCGGCCACCCACAGUCAUCAUGGACCUGAUCCAGAGGACCAAGGAUGCCGUGCGGGAGCUGGACAACCUGCAGUACCGCAAGAUGAAGAAGAUCCUGUUCCAAGAGGCACCCAACGGCCCUGGUGCCGAGGCCCCAGAGGAGGAAGAGGAGGCCGAGCCCUACAUGCACCGGGCCGGGACUCUGACCAGCCUCGAGAGUAGCCACUCAGUGCCCAGCAUGUCCAUCAGCGCCUCCAGCCAGAGCAGCUCCGUCAACAGCCUAGCAGAUGCCUCAGACAACGAGGAAGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAAGAGGAGGAGGAGGAAGAAGGCCCUGAAGCCCGGGAGAUGGCCAUGAUGCAGGAGGGGGAGCACACAGUCACCUCUCACAGCUCCAUUAUCCACCGGCUGCCGGGCUCUGACAACCUAUAUGAUGACCCCUACCAGCCAGAGAUAACCCCCAGCCCUCUCCAGCCGCCUGCAGCCCCAGCUCCCACUUCCACCACCUCUUCCGCCCGCCGCCGGGCCUACUGCCGUAACCGAGACCACUUUGCCACCAUCCGAACCGCCUCCCUGGUCAGCCGUCAGAUCCAGGAGCAUGAGCAGGACUCUGCGCUGCGGGAGCAGCUGAGCGGCUAUAAGCGGAUGCGACGACAGCACCAGAAGCAGCUGCUGGCCCUGGAGUCACGGCUGAGGGGUGAACGGGAGGAGCACAGUGCACGGCUGCAGCGGGAGCUUGAGGCGCAGCGGGCUGGCUUUGGGGCAGAGGCAGAAAAGCUGGCCCGGCGGCACCAGGCCAUAGGUGAGAAGGAGGCACGAGCUGCCCAGGCCGAGGAGCGGAAGUUCCAGCAGCACAUCCUUGGGCAGCAGAAGAAGGAGCUGGCUGCCCUGCUGGAGGCACAGAAGCGGACCUACAAACUUCGCAAGGAACAGCUGAAGGAGGAGCUCCAGGAGAACCCCAGCACUCCCAAGCGGGAGAAGGCCGAGUGGCUGCUGCGGCAGAAGGAGCAGCUCCAGCAGUGCCAGGCGGAGGAGGAAGCAGGGCUGCUGCGGCGGCAGCGCCAGUACUUUGAGCUGCAGUGUCGCCAGUACAAGCGCAAGAUGUUGCUGGCUCGGCACAGCCUGGACCAGGACCUGCUGCGGGAGGACCUGAACAAGAAGCAGACCCAGAAGGACUUGGAGUGUGCACUGCUGCUUCGGCAGCACGAGGCCACGCGGGAGCUGGAGCUGCGGCAGCUCCAGGCCGUGCAGCGCACGCGGGCUGAGCUCACCCGCCUGCAGCACCAGACGGAGCUGGGCAACCAGCUGGAGUACAACAAGCGGCGUGAGCAAGAGUUGCGGCAGAAGCAUGCGGCCCAGGUUCGCCAGCAGCCCAAGAGCCUCAAAGAGAGGAGCAUUGUUGGCCAGGAGGAGGCUGGGACAUGGAGCUUGUGGGGGAAGGAGGAUGAGAGUCUUCUGGAUGAGGAGUUUGAGCUUGGCUGGGUCCAGGGCCCAGCACUGACUCCCGUCCCUGAGGAGGAGGAAGAAGAGGAAGAGGGGGCUCCGAUUGGGACCCCUAGGGAUCCUGGAGAUGGUUGUCCUUCCCCCGACAUCCCUCCUGAACCCCCUCCAACACACCUGAGGCCCUGCCCUGCCAGCCAGCUCCCUGGACUCCUGUCCCAUGGCCUCCUGGCCGGCCUCUCCUUUGCAGUGGGGUCCUCCUCUGGCCUCCUGCCCCUCCUGCUGCUGCUGCUGCUUCCAUUGCUGGCAGCCCAGGGUGGGGGUGGCCUGCAGGCAGCGCUGCUGGCCCUUGAGGUGGGGCUGGUGGGUCUGGGGGCCUCCUACCUGCUCCUUUGUACAGCCCUGCACCUGCCCUCCAGUCUUUUCCUACUCCUGGCCCAGGGUACCGCACUGGGGGCCGUCCUGGGCCUGAGCUGGCGCCGAGGCCUCAUGGGUGUUCCCCUGGGCCUUGGAGCUGCCUGGCUCUUAGCUUGGCCAGGCCUAGCUCUACCUCUGGUGGCUAUGGCAGCGGGGGGCAGAUGGGUGCGGCAGCAGGGCCCCCGGGUGCGCCGGGGCAUAUCUCGACUCUGGUUGCGGGUUCUGCUGCGCCUGUCACCCAUGGCCUUCCGGGCCCUGCAGGGCUGUGGGGCUGUGGGGGACCGGGGUCUGUUUGCACUGUACCCCAAAACCAACAAGGAUGGCUUCCGCAGCCGCCUGCCCGUCCCUGGGCCCCGGCGGCGUAAUCCCCGCACCACCCAACACCCAUUAGCUCUGUUGGCAAGGGUCUGGGUCCUGUGCAAGGGCUGGAACUGGCGUCUGGCACGGGCCAGCCAGGGUUUAGCAUCCCACUUGCCCCCGUGGGCCAUCCACACACUGGCCAGCUGGGGCCUGCUUCGGGGUGAACGGCCCACCCGAAUCCCCCGGCUACUACCACGCAGCCAGCGCCAGCUAGGGCCCCCUGCCUCCCGCCAGCCACUGCCAGGGACUCUAGCCGGGCGGAGGUCACGCACCCGCCAGUCCCGGGCCCUGCCCCCCUGGAGGUAGCUGACUCCAGCCCUUCCAGCCCAAAUCUAGAGCAUUGAGCACUUUAUCUCCCACGACUCAGUGAAGUUUCUCCAGUCCCUAGUCCUCUCUUUUCACCCACCUUCCUCAGUUUGCUCACUUACCCCAGGCCCAGCCCUUCGGACCUCUAGACAGGCAGCCUCCUCAGCUGUGGAGUCCAGCAGUCACUCUGUGUUCUCCUGGCGCUCCUCCCCUAAGUUAUUGCUGUUCGCCCGCUGUGUGUGCUCAUCCUCACCCUCAUUGACUCAGGCCUGGGGCCAGGGGUGGUGGAGGGUGGGAAGAGUCAUGUUUUUUUUCUCCUCUUUGAUUUUGUUUUUCUGUCUCCCUUCCAACCUGUCCCCUUCCCCCCACCAAAAAAAGAAAAAGACAAACACAAAUAAAAUAUCUGAGCGGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-2042.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -2124.38
Frequency: 0.0000
Diversity: 1087.68
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((((...((((.(((((.(((((((((((((..(((.(((((.(((((((((((((((((((.((((((((((((((.......(((.(((((((.....((((((.............(((((((....))..)))))(((((......)))))....(((((((((((..(((((((((.((((((((..((((((.((((.((((((((.(......).))).)))))..))))..)))))))))))))).))...((((..((........))..))))((((((.........))))))..))))))).))))))))))).((..((((((((.(...............).))))))))..)).))))))..)))))))...)))...))))))))))..................(((.((.((....)).)).)))....(((((((......)))))))...........(((.((((((((((...((((((.(((....(((((....)))))...))).)))...)))....((((....))))(((((...)))))))).)))))))))).(.(((((...((((((((((...((((((((((..((((....)))).(((.(((((........)))))...)))..(((.((((.((((((((((....)))))))))))))))))(((((((((....(((((((......))).))))....((((((((((((((((....))).))))...((((((.(((((.........(((((((((.(((......)))..))))))))))))))..).)))))..((((...((.(((((((((((.(((((((....)))...)))).)))))((((((..(((((.((.....((((.(((((.(...((.(((((......((((.((((((.(((((........((((.(((.(((.....)))))))))).((((((((((.(((..(((...(((......)))..))).)))..)))..)))))))......)))))))))))....((((((((((..((((.(((..((((((((((........(((((.(((..((((((..(.(((((((.((((((((.(((((((.((((..............)))))))))))..)))....))))).).)))).)).).))))))(((....(((....)))...)))....((((((......((((((((.(((.(((....))).))).))(((((((((((((((...)))....))))))))))))))))))))))))..))).))))))))))))).))))))))).))))))))))((((...))))(((((((((.(((((.(((..((....((((((...((((..(((((...(((((((((..((.((.....)).))..((.(((......))).))...........(((((((.(((.....)))..))))))).........(((...((((((.((((((....)))).))))))))....))).(((((..(((....)))..))))).))))).)))).)))))..........((((((((((.(((((......))))).)))))).))))..)))).)))))).))..))).)))))..)).)).)))))....(((((..((((.(.....).)))).))))).(((.......)))((......)).))))....))))))).).))))).))))))...))))).))))))..(((.((((..........))))))).(((((((......)).))))))))))))).((((...))))))))...))))))))).)))).)))))((((.((..(..(((........((((.......))))......)))..)..)))))).....))))).))))).....(((((.(.((((.((..((((...(((..((.(((((((..((.....))..)))))).).))..)))))))..)))))).).))))).)))))))))).....))))).).....................)))))))))).).)))).))))))))...(((((((((((((((((((...(((((((((((((((..((((.(((.(((....((((.(((..((.((((...((((((.....((((((((....((((((.((....((((....))))(((((....)))))..(((((((......((.(((.......)))))......))))))).))))))))...))))))))))))))..)))).)).))).))))..))).))).)))).((((((........))))))((((((...((....))...)))))))))))))))))..((((((..(((((((...((((..((.(((.....))))).(((((....)))))..(((((.......(((((((((.........)).))))))))))))..((((((.((((((.........(((...)))(((((((....((((((((.((((((((((....((.(((((....)))))...)).((((((((((((.(((....((((...)))).......((((((.(((((((..((.((((((((..(((((((((..(((....))).))))).((((((((((((....(....)....)))))))..)))))(((((((..((((.(((.(....).))).))))........(((.((((((......)))).)).))).((((((((((.((.((((...(((((((.((..(((((((((...))))))))).))((((...(((.(((((.((....))))))).))).))))...((..((((((....))))))...))..........))))).))....).))).)).)))))).)))).)))))))))))))))))))..(..((((.....))))..).(((((((((..((((.(((((((.(.(((.(...(((((.((((((((((....)))))))(((((.((((((........((((((((...))))))))...)))))))))))(((((((((.((..((((((..((((((((.(((.....))))))(((((((..(((((((.((.((((........)))).))(((..((((((((...............((((((..((((((((((((.....((((....))))...((((....))))((.....))...((((.((((.((......)))))))))).......((....)).))))........))))))))..))))))))))))((((.((((......)))).)))).....(((((((((((((((...((((((((.......(((((.....(((((((((((.(((((((((.(((........(((..(((((((((..((.(....).))...))))))))).)))..(((.((((((((.((.(((....))).)))))))))).)))((((((((........)))))))).(((((..(((...)))))))).)))...)))))))))(((((((((((((((((((((((((.....)))).(((.(((........))))))))))))))))))...)).)))))))(((((...))))).))))))))))))))))((((((((.((((((((.((....)).).)))))....((.....))..))))))))))((((((.((((......))))...)))))).....((..((((.(((((..((((.((.(((.....))))))))).)))))...))))..))(((((..(((((((.(((((((((...((..(((........)))....)).))))))(((((.........)))))((((((((...(.((((((..(......)..)))))).)))))))))....))).)).)))))..)))))..)))))))).....)))))))))).))))).((((((...((.(((((.......))).)).)).))))))((((...))))..(((((((..((((....)))).)))))))......))..)))((((((((..............).))))))).....)))))))))))))).)))))))))))..)).)).)))))))))).)))))...).))).)))))))))))))).))....)))))))..))))))).))).))).)))))))))))))))...)))))))))).))))))))...........)))))))..))))).).))))))...))))...)))))...))..)))))))))).)))))))))))).)))))))(((((((..................))))))))))))))))))))))))........))))))))).)))))))).........................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((..,((((...((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((,.(((((((((((((((((((.((((((((((((((...,...{({.(((((((.....((((((,......,,....{{|||{|....,,..}}||,{((((....,,)))})},}.(((((((((((..(((((({((.((((((({..((((((.((((.((((((((.(......).))),}))))..))))..)))))))))))))).))...((((..((........))..))))((((((.........))))))..})))))).))))))))))).((..((((((((.{.,..,,....}....}.))))))))..)).))))))..)))))))...)))...)))))))))}...,..............(((.((.((....)).)).))).,..|((((((......))))))|,.........,(((,((({(((({{.{{((({{{.{{{...,(((({....)))))...,}}.}}}..|}))...,|||{..,,||||{{{{{,,,)))))})}||}||||}}}}.{.(((((...((((((((({...((((((((((.{((((,.,{|}}}.(((.(((((........)))))...)))..((||((((.((((((((((....)))))))))))))))))(((((((((....(((((((......)))}})))....((((((((((,(,(({{.{,}||.|||{(.((((((((((,,.{{(.(((.,(((((((((.(((......)))..)))))))))||({(,{{{{(((({((((({((((.,.{(..(((((.((((,,,.{{.,,,.,,)))).))))).,}}}}}{(((((..({...{{((({(,,(,.(.{{(({((((,.{((((((((((({....))))....)))))))}.}}))((((.....))))(((({...||||}.....})))},},}..})))}....)),..))..))))))..)}))))).)}}..)))))))).,))}....((((((((((..((((.(((..((((((((((.....{{{,,{((|{{{.,((((({..,{(((((((.((((((((.(((((((.((((.,............))))))))))),,)}}....))))).).)))}.,||}|}|}}}}{{|||,|||,...||}|{{{||{.........,.....}))),))}..(((.(((....))).))),.|(((((((((((({{{...))},...})))))))))))))}}}},,..||{{.,..)))}.)))))))).))))))))).))))))))))..,,.}}))))..))))))).))),,.}}|}}||.}}.||||||...((((((((((((,{,(((((,.....({((.{{(({|,(({{(,.(((,..,,.,||{||,,......}}.,|||{((.(((,,,,..,,..}}}}}}||,{,{{{{,(((...((((({{((((((....)))).))))))))....))).,}}}}},,,,..(((((({.{{.......)}.))))))),,.{((({...})))}((((((.(((((......))))).)))))){((|,.,{|,,.({(,|{.((({,,,..))))}},)}),..)),})))){((((..((((.{.....}.)))).))))).{,|.......,}},}}}}},..}}))))}.}..||||||.|{||||..|||||{...,,.,,.,,,)).)}||,.|,,,.....}}}}})))))))}.|}}}}..}}}}})))),,)))),,,)))}},},)))),))))))}})))))))))).))))})))))((((.((..(..(((........((((.......))))......)))..)..)))))).....))))).))))).....(((((.{.(((({((..((((,..{((..((.(((((((..((.....))..)))))).).))..)))))))..)))))).}.))))).)))))))))).....))))).}.....,,}.,.,....,,,,})))))))))).),}))).))))))))...(((((((((((((((((((...(((((((((((((((..(((({{{,.(({.,..((((.(((..((.((({...((((,({....((((((((..,,((((((.((....((((....))))(((((....)))))..(((((((......((.(((.......)))))......))))))).)))))))).,,))))))))))))))..)))).)).))).})}}|.|}|{|||.||,,..{{{...,}},}}}},,)))|}||||}}}})}},}})}}....}},)))))))))))..((((((..,((((((...((((.,.{.((((({{,{{,.,.({{((,...}}})).|{{,,.....,,,|||||||,,.,,..,..,|}.,}})))))}))}||{(((((.,(((((.........,,,.,..,}(((((((....((((((((.((((((((((....{{.(((((....)))))...}}.((((((((((((,(((,({((.((((((..((((((.((.((((((((((((.....((((((((..(((((((((..(((....))).))))).((((((((((((,,..{....,.})})))))))..))))){((((((..((((.(((.(....).))).))))........(((.((((((......)))).)).))).{(((((({{{.||,||||..,(({,(((,(,..(((((((((...))))))))).||((((..,||,}|||||}||.{{{{{{{{||.{|,.||.||,..,..((((((....)))))),..}}....},.})}),)))}))....|||||,||.},,)),,))))})))))))))))))))))))....{(((((...(((((((....(((((((((((((....(((((((.((((,(,..(((((..((,{{.{.(((.(((((.....))))).))).},||{(((.(((..((((((((((..((..(((({.(({..,,})}))))..))..((((....(((((.(((....,))}))))).(((.((..((((..((.((((........)))).)))))).)).)))))))........))).)))))))))).))))})),.))))).}).)))))))))))...)))))))))))))..)))))))....))))))))))))))},)))...)).....))))))..)))))).))))..{||{{(((,(({..(((((.((((((..(((.((..(((((((((((((..,,((..((((.(((((.(.((((((((((((,{..(((((.....(((((((((((.(((((((((.{{{.....,..(((..(((((((((..{(,(.,..|{||{{.||}}|}|||.},}..|||.|{||||||}|,.|||,,..,))}))))))}}))||||((((((((........)))))))).,||||||(((...)))))}}}.))).,,)))))))))((((((((((((((((((((({(({....,|||||(({.,{{....,,,,))))))))))))))))))...}).)))))))(((((...))))).)))))))))))))))).}|}}||,...((((((.({....}).).)))))....}}....}))}.)))))))).).))))).))))..})},)))))..))))))))....)).)))))))))..)))))....|,{{||,,|||}|((({(((((...{(.{{{,(((((((({.(((((.(((((..((((.((...(((........))).}}.)))).{((((((((.........)))))((((((((...{.(((((({{(.......}})))))).,))))))))....,)}))..))))))))))(((((((..(((((......,...,.....)}))))).))))))).((((((({{(((.((..((.((((....((((...))))..)))).))..))))))))).)))))))))))))....{{{(,(,((((((.((({{{,.......,.....)))}}}}..}},.}}},.}}}}......................,,,,,.,))),)}.....))))))))),}}}}.,|||},,,,,.,,..))).|}|{{{...}}.},)))))))))))))))))).).)))))))))).))))))))...........))))))),.))))).},))))))}.,))))...))))),..}}..)))))))))).))))))))))))))))))))((((,,,.............,,,,.,),)))))))}},}.)))))))))........))))))))).))))}}},.....,........................}}},,..))}.
Back