Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001252049.1
Sequence Length
1704 nt
GC Content
0.4266
GCGGCGUCACAGAGCGCAUGCGUGCCGCGGGGGAUGCCGGGAGCGCGCAGUGGCGGCAGCGGCGGCGACGGCAGUAACAGCGGCAGCUACAGCGGGGACGCGAGCGGGGCGGUGACGGUGUGGGAGGUGGUCUCACUCUUGGGAAAACUGCUGGGCACCGUCGUCGCGCUGAAGGUGGUUCUGUACCUGCUCCGAGUGUGCUUAGCGAUGGCCUGGAAAUCCGGCGGCGCCAGCCACUCGGAGCUAAUCCACAAUCUCCGCAAAAAUGGAAUCAUCAAGACAGAUAAAGUAUUUGAAGUGAUGCUGGCUACAGACCGCUCCCACUAUGCAAAAUGUAACCCAUACAUGGAUUCUCCACAAUCAAUAGGUUUCCAAGCAACAAUCAGUGCUCCACACAUGCAUGCAUAUGCGCUAGAACUUCUAUUUGAUCAGUUGCAUGAAGGAGCUAAAGCUCUUGAUGUAGGAUCUGGAAGUGGAAUCCUUACUGCAUGUUUUGCACGUAUGGUUGGAUGUACUGGAAAAGUCAUAGGAAUUGAUCACAUUAAAGAGCUAGUAGAUGACUCAGUAAAUAAUGUCAGGAAGGACGAUCCAACACUUCUGUCUUCAGGGAGAGUACAGCUUGUUGUGGGGGAUGGAAGAAUGGGAUAUGCUGAAGAAGCCCCUUAUGAUGCCAUUCAUGUGGGAGCUGCAGCCCCUGUUGUACCCCAGGCGCUAAUAGAUCAGUUAAAGCCCGGAGGAAGAUUGAUAUUGCCUGUUGGUCCUGCAGGCGGAAACCAAAUGUUGGAGCAGUAUGACAAGCUACAAGAUGGCAGCAUCAAAAUGAAGCCUCUGAUGGGGGUGAUAUACGUGCCUUUAACAGAUAAAGAAAAGCAGUGGUCCAGGGAUGAAUUGUAAAAGCAACAUCAGCUUGACCAGUAUAAAAUUACAGUGGAUUGCUCAUCUCAGUCCUCAAAGCUUUUUGAAAACCAACACCAUCACAGCUUGUUUUGGACUUUGUUACACUGUUAUUUUCAGCAUGAAAAUGUGUGUUUUUUUAGGGUUUCUGAUUCUUCAAAGAGGCACAGAGCCAAAUUGGUAGAGGAAGGAUGCAAAGUAUAAAUUUGUGUAAUAUUACUUUAACAUGCCCAUAUUUUACUUGGAAAUAUUAAAAGAAAGGGUUCUGUAAAAUGGAAAACUUAGUUUGUGAAUUGAUUUUGAGGAGUGGUUUUUCUUUUCUUGGACACUUAAUUCUGUUCUGAUAUUAAUUUAUCAGAUUGCUUUUGUGCAUUGGAUAACACCACCAUUCACAAGUUAAGAUUCUUGGUAUUUGGAUAUCUGUUAGAUGCUACUAAGAAAAUAGAGAUGAGCUUUCUUUUUAAAGCUUUUGAUGUGGUGUCAUAGAAUAGCAUGUUGUAGAUACAAUCAGCUGCUUUGUUACCUUAAAACUAGGCAUUUGUAAAUAUUAAACCAUAAGAUGGCAGGUGAUGUCCUGUAAACACUCAGCUGUUCAGAUUGGACAUAACUGACUUAGUUCUUCCCUUCUCUCUCUCUCAAAAUUAUAGGAGACUUGUAGUUUAGUGUGGUUUUCUGUUUCUAAUUUGCUGCUGAUAAUGUAUAUGAACUUAACAUGCUGUGUAAGCUGUGUCCUAGUUCUUGAACAGUUUAUGCAGUGCUGCUUUGCCAAAUAAAGUUAAAAGUAAAAGAGGCAAAAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-511.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -544.15
Frequency: 0.0000
Diversity: 477.04
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.((((......)))).((((((((.(((......))).).)))))))((.((....)).))(((((.((((((..(((((((((.((((((((((..(((((.((((((((((((((((.((.(((..(((((....)))))..))).))..)))))))))))))......((((((.(((((((.((((((((((.(((..(((.(.(((.((....))))).)))).)))))))))))))............((((......))))..(((((...((((((...))))))...)))))..)).)))))))))))))).)).))).....(((.(((((......(((((((((((............(((((......((((((((((..(((((.((((((((((.(((...((((((((((((..((((((..((((((....)))))).))))))))))...))))))))...))).))))))...)))).)))))..)))).)))))).....((((.......)))).((((((....((((((.....))).)))...))))))..(((.......))).((.(((((.......))))).))...))))))))))))))))......))))).)))((((....((((((.(((((......))))).))).))).))))))))))))))((((.(((..((((......))))..))).)).))............((((((.......))))))((((((((.(((((((((((((.(((((((...(((((((((..(((....)))..)))((((.((((((((.......)))))))).)))).............(((((.((.((((..((((....))))))))..)).)))))(((......))).(.((((((.......)))))).).(((((...(((............))).)))))))))))...))))))).)))))....)))))))).....(((((.(((((..((((((...))))))..))))).)))))..((((...))))(((((((((..((((((((.....((((((.......((.(((((((((((.........)))........(((..(((..((((((...))))))..)))..)))..(((((((.(((((((((.((....)).)))))))))...)))))))...(((((((......))))))).(((......))).......(((((((...(((.(((((....((((((((....((.(((((...)))))))))))))))...(((((.......)))))....))))).))).))))))).........)))))))).)))))))).....))))))))........((((((((((((.................)))))(((((......)))))......((((.((((((...))))))...)))))))))))....))))).))))......((((((((((...))))))))))....))))))))..........)))))))))...((((.((......))))))((((((((((((((..............))))))))))))))))))))))))).......................))..................
Thermodynamic Ensemble Prediction
(({{((({.,...||||.((((((((.(((......))).).)))))))||,||,,|.)},))|{||,.{(((((,.(((((((({.((((((((((..(({,,(((.(((((((((((((.((.(((..(((((....)))))..))).))..))))))))))))).))}..{((((,,((((({(.((((((((((.(((..(((.(.(((.((....))))).)))).)))))))))))))............(((,......})))..(((((...((((((...))))))...))))),,)).))))))))||||||{|..|||....||||.{((({,|,|{,((((((({{{{,,,,..{{{{(({..,,.....{((((((((((..(((((.((((((((((.{((...((((((((((((..{(((((.{((((((....)))))).)))))})))),,,))))))))...}}}.)))))),..}))).)))))..)))).))))))}....{{{{,.,,,,,||}|,{{{{{{..,,{{{{{{...,}))).}}}...,,,})},.,{,.{||,.,}}}....{{{(({{{,,|,}}}}}|||...}}))))))))))))))||.,}.|}|)),},,(((,....|||{{{.{{{{{......))))),))),)))}),}}))))))))))((((.(((..((((......))))..))).)).))....,,,...,{((((((.......))))))}|...,},,..{{{(((((((.((.((((((((((((({((({{((({{,.,,|,,||,((((.((((((({.......}))))))).)))}......,,,,,,.(((((.((.((((..((((....))))))))..)).)))))(((......)))...(((..((((((((((((((...(((((...(({............}}}.))))).....))))).,{{{{({(..,{((((({{,,,}}}}}}||{{({(((((({((((({.,.|}}}}},.}})))}))})}.,(((,...}}}|,{,{.,,,.{{(({{{|{|....,||}))},,,....||||,,{{,{{(({{,((((,...,}}},},}....,..,.}}})||}}}.,,,,|||,..((((((((((((({.{...,{{(((((.{{....,)}})))}}}}|,{,.....,,,,.(((((((......))))))).(((......))).{((......))},,)))))))))))))).{((((((({..,{(.({{{{..,)))))))))))))))....)))))))))..))).......))))})))}))..)))))).{{{({||.||||||,,||||||{{{.{||||}|,{{,|{{.......}))|,,,,},......,...,,,},},),))|||,}}}},,,}}}}..}}}..}}}))))}}(((..(((.,.{((({...}))))..)))..))).,,{({{{..........)))))))))))))),..))).))...)))))))},,,}))))))))...((((.,,......},})))((((((((((((((............,.))))))))))))))))))))|||||......................}))},................
Back