Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001252197.1
Sequence Length
2075 nt
GC Content
0.5605
AUGUCCUAUCCGCAGGGCUACUUGUACCAGCCGUCCGCCUCGCUGGCGCUCUACUCGUGCCCGGCGUACAGCACCAGCGUCAUUUCGGGGCCCCGCACGGAUGAGCUCGGCCGCUCUUCUUCGGGCUCCGCGUUCUCGCCCUACGCUGGCUCGACUGCCUUCACGGCGCCCUCGCCGGGCUACAACUCGCACCUCCAGUACGGCGCCGACCCCGCGGCCGCCGCCGCCGCCGCCUUCUCCUCGUACGUGGGCUCUCCCUACGACCACACACCCGGCAUGGCGGGCUCCUUGGGGUACCAUCCUUACGCGGCGCCCCUGGGAUCGUACCCUUACGGGGACCCAGCGUACCGGAAGAACGCCACAAGGGACGCCACGGCUACCCUCAAGGCCUGGCUCAACGAGCACCGCAAGAACCCCUACCCCACCAAGGGCGAGAAGAUCAUGCUGGCCAUCAUCACCAAGAUGACCCUCACCCAGGUGUCCACCUGGUUCGCCAACGCGCGCCGGCGCCUCAAGAAAGAGAAUAAAAUGACGUGGACGCCGCGGAACCGCAGCGAGGACGAGGAAGAGGAGGAGAACAUUGACCUGGAGAAGAACGACGAGGACGAGCCCCAGAAGCCCGAGGACAAGGGCGACCCCGAGGGCCCCGAAGCAGGAGCUGAGCAGAAGGCGGCUUCGGGCUGCGAACGGCUUCAGGGACCACCCACCCCUGCAGGCAAGGAGACGGAGGGCAGCCUCAGCGACUCGGAUUUUAAGGAGCCGCCCUCGGAGGGCCGCCUCGACGCGCUGCAGGGCCCCCCCCGCACCGGCGGGCCCUCCCCGGCUGGGCCAGCGGCGGCGCGGCUGGCGGAGGACCCGGCCCCUCACUACCCCGCCGGAGCGCCGGCGCCCGGCCCGCAUCCAGCCGCGGGCGAGGUGCCUCCGGGUCCCGGCGGGCCCUCGGUUAUCCAUUCGCCGCCUCCGCCGCCGCCUCCUGCGGUGCUCGCCAAGCCCAAACUGUGGUCUUUGGCAGAGAUCGCCACAUCGUCGGACAAGGUCAAGGACGGGGGCGGCGGGAACGAGGGCUCUCCAUGCCCACCGUGUCCCGGGCCCAUAGCCGGGCAAGCCCUAGGAGGCAGCCGGGCGUCGCCGGCCCCGGCGCCGUCACGCUCGCCCUCGGCGCAGUGUCCUUUUCCAGGCGGGACGGUGCUGUCCCGGCCUCUCUACUACACCGCGCCCUUCUAUCCCGGCUACACGAACUAUGGCUCCUUCGGACACCUUCAUGGCCACCCGGGGCCCGGGCCAGGCCCCACAACCGGUCCGGGGUCUCAUUUCAAUGGAUUAAACCAGACCGUGUUGAACCGAGCGGACGCUUUGGCUAAAGACCCGAAAAUGUUGCGGAGCCAGUCUCAGCUAGACCUGUGCAAAGACUCUCCCUAUGAAUUGAAGAAAGGUAUGUCCGACAUUUAACGCGGGCUGCGUCGGUCCCGGACUUUUCUAAUUUAUUAAAAACAUGGCCUUGGCAGUUAUUUUUCCAUCACCGAGAGAGAGAGACAGAGAGAGAAAAUAAACUACCCCUCCUAUUCAGAAGUUUAUAGUUUAUGGAGAUGGAUGACAUAAAAAUGUAAACAUCUCCACACAAAAAAAAAAAUGUCUUAACCAACCGAAAAGAAAAAUUAAAAAAGGAUUUGUAUUAAAUCUUAUUCUGUAUAUUUAAUGUAGCAUUUUUGUAUUUAAAUUGAUAAUUCAAUAUCUUUGAAGUAAAUUAUGAAAUCAAGACACCUGUACAGGCAUUUAAUGUUUUUUUGUAAUAUAAAUAUAUACAUUUGUGUUUCCCCCAAAACUGUUUCAUAGUUAAAAAAUACAAGUUUAAUUUAAUUUUUUACACCUAUUGAUUCUGCUGGGUAUGAGCUAAAGUAUUACAGAAAGGAAACAGGUUAUACUCUUAGAUUUAAAAAGUGAAAGAAACUGCAGGCGCCUUUGUAAAAUGCAAAAUAUUUAAUUAAAAGAGAUUUUAACAUAAUGAGAGCCACUCAUUACUUUUUAGAAGCCUCAAUAAACUGUCCAUUGCCUUGGUCAAAAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-769.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -804.51
Frequency: 0.0000
Diversity: 409.48
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((......)))))...(((.(((((((((.(((..((((((.(((.((((((....))).))).))).)))))).....(((((((((.((........))((((.((((((((((((((((.(((((.........)))).(((......))).....((((....))))(((((....(((((..((((((..(((((........(((((....)))))))))).(((((((((((.((((((.....)))))))).......((((((((((((((((((((.(((....(((.(((((((..((((.(((......)))....))))..)).)))))..))).....))).)))).((.((((.((((........))))))))))...)))).))))........((..(((.....)))..)).....))))))))...(((((.....))))).((((..((.((((((((((((((.(((....))).)))))...(((......)))...........)))))))))(((....))).....))..))))..))))))))).........))))))..).....))))....)))))..).))))))))))..))))))...)))))))))))))(((.(((((((.........)))))))..)))))).)))))).(((((.........))))).((((((.(.(((((.((((((((..((((.(((((.....(((((((((((...(((((((((((.......(.(((.(((....))).))).)))).))))))))..))).((((.(((((((((((((((((((.(.(.((((((............((((((....))))))((..((((((........))))))..))(((((((((((((((((((((((..((....))....(((((((((((((((...(((.(((((((((((((((.(((.....))).).))))).))).......)))))).)))...)))...)).))))))))))(((((((.((((.......))))..))).))))))))))...))))))...))))..)))))))))))))).)))))))))...)))))))..)))).))))..(((((.((((........((((((((((....)))))).)))).......)))).))))).........((......))......)))))))).((...((.....))...)).((((((.......)))))).(((((((((.((((((.(((....)))))))...)).))))).))))..)))))....))))..))))...).)))...........((((..(((((..((.........))..)))))))))..(((((((..((((((((..(.(((((.......((.....))))))).)....))))))))))))))).........(((((((.(((((.(((((((......).))))))((((((..........((((((((...((.((....)).))....))))))))(((((((....((((....))))...)))))))...............)))))).............(((((((((((...(((((((((((...........(((..((((((....(((....)))..))))))..))).(((((.....)))))...(((((((((((.......(((....)))........(((((.....(((((((((......)))))))))......))))).)))))))))))....)))))))))))..))))))))))).(((...((((.((((..((((((((.((.....................)).)))))))).)))).))))...))).....))))))))).)))((((((...))))))..............(((.((((((..(((((((.....)))))))....))))))..)))......)))))).)))))).))))))................
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((....,,||||}...{((.{((((((((.(((..((((((.(((.((((((....))).))).))).))))))....,(((((((((.{{........}}((((.((((((((((((((((.,((({...,,,...}}}}.(((......))).....((((....))))(((((....(((((..((((((..((((({((.....,}))|,)})),,,,|.||,{(((,(((((((.((((((.....)))))).........(((((((((((((((((((({(((..,.(((.(((((((.,((((.(((......})),...)))).,)).)))))..))).,...,)).))))}({.((((.((((........))))))))))...}))).))))........((.,(({.....)))..}}.....))))))))...(((((.....))))).((((..,,.((((((((((((((.(((....))).)))))...(((......)))...........)))))))))(((....))).,.))))}})))),.)))),)),}.........))))))..}...}.))))....)))))..}.))))))))))..))))))...)))))))))))))|((.(((((({..{....,.)))))))..))}))).)))))}.{{(((.........))))),((((((.(.(((((,((({((((..{(((.(((((.....(((((((((((...(((((((((({.....{,(.(({.(((....))),))}.}))))))))))))..))).((((.(((((((((((((((((({{{.(.((((((............((((((....)))))){(..((((((........)))))),.))(((((((((((((((((((((((..((....))....((((((((((((,,,{{{(((.(((((((((((((((,(((....,,)).}}))))).))).......)))))).)))...)))...)).))))))))))(((((((.((((.......))))..))).))))))))))...))))))...))))..)))))))))))))).)))))))))...))))))}}.)))).))))..(((((.((((........((((((((({....})))))},))).......)))).))))).........((......))......)))))))).((...{{.....||{{.,|,(({{{|,,,,...)))))}.(((((((((.((((((.(((....)))))))...)).))))).))))..}}}}|,...})))..))))...}.})),,..,,||||,((((..(((((..((.........))..)))))))))..(((((((..{(((((({..{,((({,.....,{{{{.,.}))))})),}.)}}))))))))))))))}.....,,,.((((((,{(((((.((((((,.,,...}.)})}}}((((((,.........((((((((...{{.{{....}).))....)))))))|(((((((....((((....))))...))))))),..,...........|||}}}.............{{{{{(((({{...((((((({{{{,,,,,,.....{((,,({,{{{,{,.{{{...,|}},|||||||,,||,.{{{{{.....))))}...{{{{{{{{{{,,,,|,..,,|}},.)))|||,...,|||||,,}|,{((((((((......)))))))))........,,}}))))))))))}....}}))))))))}..)))))))}}||.(((...((((.((((..((((((((.((...,{.{{...........,,)).)))))))).)))).))))...))),}}},))))))))).))){(((({...}))))}..............(((.((((((..(((((((.....)))))))....))))))..)))......)))))).)))))),))))),................
Back