Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001253800.3
Sequence Length
4279 nt
GC Content
0.4459
GCACUUGCGUGGGAGUACGAGGCUGACGCGGCGGCCCUGUCCCCGUAACUGUGACACGGGUGCACGCGAGCGUCAUUGGGGGCGAUGGGGGCCGUGCUGGGUGCGCGUUUGCACCAGUGACGCAGCCGCUGCAUCUCCGCCAGUCCGCGCAGCUUCAGCGUCUCUGUGCUGGGAUGGAUGAUCGGGCCUUCUGAGUGAUGCAGGUGUGUGUGACAGUGCAACUUGUAGCUCCAGCGUCUCUGCUGCUUCCCCUGCCUUCACCUCCUAACCAAGCGGUACCUGCCUGAGAACAAGGGCCGCGGAGGGACGUGAGCGCCUGAGCCUCGCCUGGAAAUUCACCAGCAAGAAGGCAGAAACAGCCAUGAGGCCAGCAUCCUUCAGAAAAAGCAUCCCCGAGGAGGAAGACGAAUCGUUAAACAUCUGAAAGGGUCAGGCCAGCAUCCUUCAGAAAAAGCAUCCCCGAGGAGGAAGACGAAUCGUUAAACAUCUUAGGUCAGCUCUAGCCUCUCGGAAUUUGUCUUCUUCAGUGGAAACCCCGAGAAGACUGAUCAGUUCUUCAGUUCUAAAACAAUGGCCCAGGGUUUGGUGACGUUCGCCGACGUAGCCAUAGACUUUUCUCAGGAGGAGUGGGCCUGUCUGAACUCUGCUCAGAGGGACCUGUACUGGGACGUGAUGCUGGAGAACUACAGUAACUUGGUCUCACUGGAUUUGGAGUCAGCAUAUGAAAAUAAGAGUUUACCUACAGAAAAAAACAUUCAUGAAAUAAGGGCUUCCAAAAGGAAUUCAGAUAGAAGAAGUAAAUCCCUUGGCCGUAACUGGAUAUGUGAAGGUACGCUUGAAAGACCACAGCGCUCCAGAGGGAGGUAUGUCAAUCAGAUGAUCAUCAAUUAUGUCAAAAGACCUGCUACUAGAGAAGGCACCCCUCCUAGAACACAUCAGAGACAUCAUAAGGAGAAUUCCUUUGAAUGUAAGGACUGUGGGAAGGCCUUUAGUCGUGGCUAUCAACUUAGUCAACAUCAGAAAAUCCAUACUGGUGAGAAACCUUAUGAAUGUAAAGAAUGUAAGAAGGCCUUCCGUUGGGGCAAUCAGCUUACUCAACAUCAAAAAAUUCAUACUGGGGAGAAGCCCUACGAAUGUAAAGACUGUGGGAAGGCUUUUCGAUGGGGCUCAAGCCUCGUUAUUCAUAAGAGGAUUCAUACUGGUGAAAAACCCUAUGAAUGUAAAGACUGUGGAAAGGCCUUUCGGCGUGGUGAUGAGCUCACUCAGCACCAGAGAUUCCACACUGGGGAGAAAGACUACGAAUGCAAAGACUGUGGGAAGACCUUUAGCCGUGUGUAUAAACUUAUUCAGCACAAGAGAAUUCAUAGUGGGGAGAAGCCUUACGAGUGUAAAGACUGUGGGAAGGCUUUUAUUUGUGGUUCAAGCCUCAUUCAGCAUAAAAGAAUUCACACAGGUGAGAAACCCUAUGAAUGUCAAGAAUGUGGGAAGGCCUUUACUCGAGUCAAUUACCUUACUCAGCAUCAGAAGAUCCACACCGGUGAGAAGCCUCACGAAUGUAAGGAGUGUGGGAAGGCCUUUCGCUGGGGUUCGAGCCUCGUUAAGCACGAGAGGAUACAUACGGGCGAGAAGCCGUACAAGUGCACAGAAUGUGGGAAGGCCUUCAAUUGUGGCUAUCACCUCACUCAGCACGAGAGAAUCCACACAGGCGAAACCCCGUAUAAAUGUAAGGAGUGUGGGAAGGCUUUCAUUUAUGGAUCGAGCCUCGUGAAACAUGAGAGAAUUCAUACCGGGGUGAAACCCUAUGGGUGUACAGAAUGUGGGAAGAGCUUUAGUCACGGCCAUCAGCUUACACAACAUCAGAAAACGCACAGUGGGGCGAAAUCCUACGAAUGUAAGGAGUGCGGGAAGGCAUGUAACCACCUAAACCAUCUCCGAGAACAUCAGAGGAUCCACAACAGUUGAAGAGCCUUUUGAACGCAGUAGCCCGCUCGUAUCUAUGGUUUCGCUUUCCACAGUUUGUUACCUGCAGUCAACUGCAGUUCAAAAAUAUUAAAUGGAAAAUUCCAGAAAUAAAGAAUUUUAAGUCUCAAAUGGUGUGCCCUUCUGAGUAGCGUGAUGAAAUCUCUCGCUGUCCGGCUCCAGCCGGCCGGGGAUGUGAGUCAUCCCUUGGUCCAGCACAUCCACGCUGUAUACGCCACCCACCCUGCUAGUGACUUAGUAGCCGUCUUGGUGAUCAGAUCAACUAUCCCAGCAUCACAGUGCCUGUGCCCAAGCAGUCCUCACUUUGCUUAACAGUGGCCCCAGAGAGCAGGAGUAGUGAUGCUGGUGAUUCGGAUAUGCCAAAGAGAAGCCACAAAGUGCUUCCUUUUAAAUGAAAAGGUGAAAGUUCUCAACUUAAAAAAGAAAAGAAAAAAAUCAUAUACUGAGGUUGCUAAGAUCUACAUGACAAUAAGAUAUUUUGGGAGAGAGAUACGUUCACAUAAUUUUAUUACAUAUAUUGUUACAAUUGUUCUAUUUUGUUAGUUACUGUUGGUAAUCUCUUACUGUGCCUAAUUUAUAAAUUAAACUUUAGAUAUGUAUGUACAGGAAAAAAUGUAGUAUAUAGUAUCGUAUAUAUGUACAGGAAAAAAACGUACUAUCUGUGGUUUCAGGUGUCCACUGCGGGUCUUCAAACGUACCCCCCUCAGGUGAGAGGGGACUGCUGUACAAAGAAUAUAGGAAGGCCUCUAGACUACAUCCAUUCCUUCCUCAACAGGAGGAAAAUUCCUGGUACAGUUUAACGUAAGGCUUCACUGAUCACUGUUGUUUUUGUUUUUGUUUUUGUUUUUUUGAGACAGAGUCUCACUCUUGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCACGGUCUUGGCUCACUGCAACCUCCACCUCCCAGGUUCCAGCAAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCCAGUAGCUGGGAUUACAGACAUGCACCACCACACCUGGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACAGUUUUCACCAUGUUGUCCAGGCUGGUCUCAACUCCUGACCUCAGGUGAUCCACCCACCUUGCCCUCCCAAAGUGCUAGGAUUACAGGCGUGAGCCACUGCACCUAGCCCACUGAUCACUCUUCUGCUUACAGAAUAUCAGAAGUCAUUCUAGAGGCAAAUUUGAAGAGUGGAAAAAUCACUUUUUCUGAAUGAUCUUGUUUUUGGUGUAGAUGUUUUUAUUGUGUGGGUUAGUUUAAUGAAUACAUAAAGACUACCAGUACCAUUCUGUCUUUACUCCGUGGCAUCUGUGGAAUAACCCUGCUAAUGUAACACGUGAGAAAGCCUUUGGUCAUGCCACCCACUCUACCAGUUGUCCCCACCAUCCCCCGCCCUCCUCCCUGUGAGACACUGGGCCAAAGGCUCACUACCCCUGUGCGUUGUCCAGCACACAGACACUAUGUGCAUUAUUUGUACAUAAGGAUAAUCACAUCUACCUGAGACUGCUAUCAUGGAAAUUAAAUGUUUGGUACAUGUAAAGUCUUUGAAAGUGUAACUGGAAUAUUGUGUAAUUUUAAUAAAUAAUAACUAUUGUUGUUUUUAUGAUCAUUACUACCAUUUGUGUUGCCAUUAGUGAAUUUUUACAAGAAAACUCCCUGUGGGUGCAAUGAGUCUGGAAAAGACCAUUGAGUCUUCUAGAAGAAAACAUUAAGAGAUUAUUGGCACAGCCGUGGGUUACGCAAUGAUUUCUUAGUACACAAAACACAGCAAACAUAAAAAGUUGUUACACUUCAUCAAAAGUACAAAGUUCUGUUCAUCAAAUGAUGCUGUUAAGAUAGGGAAAAGACAAGAAACAGGACUGGAAGAAGAUGUUUGCUCUAAGGUACACCUGACAAAGGAACUCUCAUAGAAAAUAUAAAGAAUCCCUCAAGUUGAAAAAAAAAUCAAUUUAAAGGGGAGAAAACUUCAGCACGUCUCAACAGAAGACCACCAAAUGGCCAAUAAGUAAGUGAAAAUGUAUUCAAUGUCAUUGCUCCUCAAGGAACUGUAGAGUAAAACCACAAUGUGCUGUCACUCUAGACAGUCACCAGGAUGAUUAAAUUUAAAUCACAAUAACAAGGCUGAUUUCAGAUGUCUCACCACAAAGAAGGAGGAUAAGGGAGCGAGGUGAUGGAUAUGUUAAUUAGCUUGAUUUAAUCCUUCCACAUUGUAUACAUGUAUCAGAACAUCACAUUGUACUCCAUCAAUAUAAUACAAUUAUUAUUUGUCAAUCAAAUAUUAAUAAAAUCAAAGAUGAGCAGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1257.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1337.62
Frequency: 0.0000
Diversity: 1261.25
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((...((((((((((((((.(((((((((..(((((........).)))).(((((((.(((.((((((((((..((((((.(.(((......))).).)).)))).))))))))))...))))))))))..))).).))))))))))))..((((((......))))))((((.((.((((...((.(((...((((((((.(((...(((((..((((((.(((((((((((((.((((....((((((((.(((((.......(((((.(((...........)))))))))))))...(((((.((....)))))))((((.......))))...)))))))).....(((..((((((....(((..(((.....((((..(((..(((((((((((((.........((((((.(((((......).))))))))))..........(((((.(((.((((..(((.............)))..).)))..)))))))).)))))))))))))..))).....(((((...((((...(((((((((((.........(((.(((((((((((((((...)))))))....)))....(((((((....)))))))(((.((.(((((.......))))).)).)))...))))).)))...))))))))))).))))..)))))..(((((((.....(((((..(.((((((...((((((((.(((((((......((((((........((((((((.........(((........))).......((((.((.(((......))))).))))..((((((......)).))))((((((.((((((..((((.....(((....)))......(((....)))((........))..))))..))))))....((((((....((((((.(((((....))))))).))))...)).))))(((((((((((.....((((((......))))))(((((.....((.((((..(((.....))).)))).)).....).))))..)))))))))))((((((((.....))...))))))...............)))))).))))))))..)))))).....))))))).)))))))).((((((((....)))))))).)))))).)..)))))...)))))))............)))).....))).)))..))))))..)))..(((((.....))))).)))).))))))).....(((((((((.((((..(((((.((((((((...((.....)).......((((..(((....)))...))))..((((((..(((((((((.(((((((((((...(((((((((((((((((((((.....((.(((((.(((((((....((((....(((((((....(((.....)))...))))).))....)))).(((((((((((....((((..........))))...(((....)))((((((..(((((....)))))...........)))))))))))))))))..))))))).))))).))..)))).(((((..(((.(((((((((.(..(((((.((....((((...)))).((((((((((((((((((...((.(((((((..((..(((((..(((((((.((.....))((.(((....))).)).)))))))....)))))...(((((((.....((((((...))))))...)))))))(((((((...)))))..))(((((.((...((((...((.......))....))))...))))))).............))..))))))).)).(((((.(..((((..((((...((..(((..........)))...))..))))....))))..)))))))))))...))))))).)))))))).)))..))..).))))))))).)))..)))))))))))))))))).))))((((((....))))))........((((...((((....))))..)))).....(((((((((((...(((((((.((.(((((.(((((.((.......)).))))).(((((....)))))(((((((((.....)))))).)))..((((........))))....(((((......(((((((....)))))))......))))).)))))......(((((((((((((....(((((((((((((((........))))))....).)))........)))))....)))))))))).)))..)).)))))))..)))((((........))))((((((.....))))))(((......)))))))))))........................(((((((((((.(...((.((((((..(((....(((..(.((..(((.((...............)).))).)).)..)))....)))...))))))))...).)))))))))))..((((((((.............(((((.((((((.((((((...........(((((((((((......))))))).))))........)))))))))))).)))))..(((((...(((.((((((((....((.((((.(((....))).))))))..(((((.......))))))))))))).)))...)))))..(((((.(((....)))))))).......))))))))....))))))))))).))..))))))).)))))))))))))).)))))..))))(((((...)))))......((..((((.(((((((((((((.((....)))).)))))))......((((...))))..........)))).))))..))))))))))).)))))).))))))...)))))))))))))))).....(((((((((((((.((.((((((((((..((......))..))))).))))).))((((....(((((((((((((((((((((............((((((......(((....)))......)))))).((((((((((((((((((((..(((((..(....)..)))))..))))).....))))))))((((((....)))))).............((((((.((((((((..(((((.(..((((.(((............(((((((...............)))))))(((((((((((..((((.......))))..))))..)))).)))..((((((((((................(((((.(((..(((....................))).)))))))))))))))))).)))))))(((((.(((....))).)))))....((((((((.....))))))))).)))))..))))))))))))))..(((.(((.(((..(((.((((.....)))).)))..))).))).)))(((((..((((...(((((((....(((((.((((((....)))))))))))....))))).)).))))..))))).)))))))........))))..........)))))))(((((.((((.....))))))))).((.((((...)))).))(((((((((((((((....((((...))))...)))))))))))))))...........(((((((((......((((...((((......))))))))(((((((((((((....))))((((....)))).............)))))))))........)))))))))....))).)))))))...)))).........))))))))))))).(((((.(((((((........)))))))...)))))..............(((((....).)))))))))...))))..........(((..((((((.((((((..((((((..((......))..)))))).........((((((((......))))).)))..(((.(((((((((...............(((((((((..(.((((((((((.........................)))))..))))).).))))))))))))))))))..))))))))).))))))...))))).)))).....)))))))..............((((.((((((.....)))))).))))....(((....))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(((((,..((((((((((((((.(((((((((..((((,,.......).)))).||(((((.(((.((((((((((..((((((.(.(((......))).).))}}})).))))))))))...))))))))},..))).}.)))))))))))),{(({,,,,,|||||(({,((((({((((((,.,,{{,{{{...((((((((.(((...(((((..((((((.((((((((((,(((((.((({.((((((((.(((((.......(((((.(((...........)))))))))))))...(((((.((....)))))))((((.......))))...)))))))).....,(({{{((((({{..{{((({.{...........,,{.}||{{{{((((({(,{{,.....(((({{{(((((......}.))))))))))..........((({,{(((.{(((|,{{|.,,.........,|||..}.}}}..)))))))).}))))))))))}}..|||,....|||||,,|((((,..(((((((((((,,.......(((.(((((,{{{(((({(,,,|}}}}))},}.)))}...(((((((....)))))))(((|((.(((((.......))))),)).))}...))))).)}),,.))))))))))).)))}..,})))))})),)))....)))).))))},,{{{....{(((((((.(((((((......((((((.,......((((((((,....||,.{((.....,..|,,.....,,{{{{.({{{{,.,....},})).}})),.((((((......)}.))))(((({{.((((((..((((..,,.,{{||,..,,...,,,(((....))),{,...,,,|,|..)))}..))))))....((((((....((((((.(((((....))))))),})))...)).))))(((((((((((.....((((((......)))))),((({.,....,.{{{{,,|((,....}}).}))}.,,.....,.,}},..)))))))))))(((((({{.....}}...))))))...............)))))).)))))))),.)))))).....))))))).)))))))}.((((((((....)))))))),||||||.|.({,(((((,..{||}},..,)),))))))).,..,}}},((((({..(((....))).{((((.((((....)))).))))}....)))))){((((((((,{(((..(((((.((((((((.,.(({....)),.,....{(((({,,{....,,}...)))),.{(((({..(((((((((.(((((((((((.,,,,,..,{(((((,(((,,((({{{{,((.(((.,.,|||,||..|,|,|}}}}}}..|||,}}}}|{{.....}}|{{,,||||{||.....,|{{(({{((({{{{.{,.((((.,......},)))),|..((,,,,|,,{((((({,(((((....)))))....,,.,.}.|||||||||||||||||{{|||||||,,}))|{||{..,,,,||||,,.,{{,,((((({(,.,..|||||,,..|{,({{,...||}}||{|((((||{,,,{({{{...||.||{{|((,.||..|||,|..{||{{{{.,{{,...}}{|}|,.....||,,||,|||||||,{,,|||||,,{((((({{,,,,,{{{{{{...)))))).,.,}}}|||{{((({{...})))).,|}|{||{,{{..|(((({..{{({{,..{{,,.{,|,.|{{|}},,|||..,,,.......,|}.,,||||||,||.(((((.{,,{(((..((((,{,((,.(((..,.......}}}...}}.,}}}}....}}})}.)))))},,,,...,))))}}).))))))),.,))},,}..)}))))))))),)}}}}))))))))))))))})}).))}}((((((....))))))........,,,,...((((....))))..|||,.....,}},...}}}}...}}|})))..},})))),|{{|{,||,,....})),)||||.{((((....))))|(((((((((.....))))))},)),.||||....,,,,)))),,,,||}},}}}}}.||{|{{{,{,{{||||||{{.{{{((((|(((.{({{{...,,,((((((((((....(((((((((((((((........))))))....).)))........)))))....))))))))))})))}..))).})))}}|}}((((({,,...},)))))(((({.....,,}}}||||...{{{|...|||....,}}...}}},.....}},,....,|||||||||||}.,,.||.{{{{{,..,||}}}}|||}},{(({{(({{.,....,,,,,......||,.,,..)})..|||{.||,||{..,,},))),.,,,,)))))))))))},((((((((.{{{,........{((((.((((((.((((((...........((({(((((((......))))))).))))........)))))))))))).))))}..(((((...(((.((((((((....{{.,{(({(((....}}),)))),,..(((((.......})))))))))))).)))...)))))..,{{({{(((....}))))))}.......))))))))....))))))))))).))..))))))).)))))))))))))).))))).,))}|(((((...))))),.....{{,.(((,((((((((((((((.({....}))).)))))))..})))}}}}...}))}....|.....}}}}})}}},.,,))))))))).)))))).))))))...)))))))))))))))){{{,{,.,.,,,,.,.|||||.((((((((({.,((......)}..}))))}})))).,},{(({....)))|{|(((({..((({(((,..,,,|,.,||((((((..,,..(((....)))..,|..)))))}.,|||,,{(((((((((((((..(((((..(....)..)))))..))))).....)))))))){{{{{{....}}))}},,,.,,|||,{|{{{{{{{|(|{(((((,,((((({(({{{({{({{.,,,|,.,,,}}|||||||...,,,..,....,,}}||||,(((((((((((..((((......,)}))..))))..)))).)))..{(((((((((,...............{(((,,(((..{({....................)}).)))))))))))))))))).},,,,}}(((((.{{{....})),))})),..,((((((((.....)))))))).{|||,,..,,)))),}||{{|{{{{{{.{((.({{..{{,.{(((.,,,.}))),}},.,))},|||,|({(((((.,{,,,..,({(((((....(((((.((((((....)))))))))))....))))).,}.}||{{({|||({{,{{(,({.{((({....}}}}}.}}.}})}))}},(((((.((((.....))))))))).{(.((({...)))}.}}(((((((((((((({,{..((((...))))..}))))))))))))))),,,,..,....|{{{{{{{{......|,||}}}||||..,,..,,},}},.(((((((((({{{....}}}}((((....}))).,.........},)))))))))........}}}||||||{{,.{{|...|||.....))),..,||..}}}},,,}}}..,,,.{((((.(((((((........)))))))...))))}{,....,}},}},.|||||....},})}}|,|,...,)),,.....,,.,|{{{..|{{|||,}|.,,|,,||{{((..{{.,...,)}..)))))}...,,,...((((((((......))))).)))..||{,((({{{|||..,,,}},.......|||{{{{{|.,}}|||||||||{........},,,,,...}}},}}}})))).})))),,.,.}}}}})))))))),,)))}.)))}}}}}}.,}}}}|||.,,,,.,)}}.....,)))))))..............((((.((((((.....)))))).))))....{(,....}}})))))
Back