Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001253826.2
Sequence Length
2462 nt
GC Content
0.5654
GUUUCCCUAUCGGCGGCAGCGGGCAAGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCAGCCGCGGUGGCGGCGUGGGGAACAUCUCGGCAGCCACCGCGCUUCUCCCGCUGGAGCGGGCGUCCAGCUUGGCUGCCCUCGGUCCUUCCCUGCCACGUUUCGGGUCGCCCUGCACCCCCCACCCAGGCUCGCUUCUCUUCGAAGCGGGAAGGGCGCCUUGCAGGAUCCUGCCGCCCCUCCAACCGGAUCCUGGGUCUAGAGCUCCCCAGAGCGAGGCGCUCGCCAGGACUCCUGCCCCGCCAACCCUGACCGCCGGGGGGUGCCCCCGGGACGUAGCGCCGCGGAGAGGAAGCGGCAAAGGGGACCAUGCGGCGCCUGACUCGUCGGCUGGUUCUGCCAGUCUUCGGGGUGCUCUGGAUCACGGUGCUGCUGUUCUUCUGGGUAACCAAGAGGAAGUUGGAGGUGCCGACGGGACCUGAAGUGCAGACCCCUAAGGUUUGGUCCUUGUUUUUCAAGGUGGCUGGGAUGAGCCCUUGGGCGCCUCAGGUGCCUGUAUCACCCACUCCUCCCUACCAAAGAGGGCAUCUUCCUACAGGAGGACACCUUGCUGUAUGUCAUUUCCCAUGUCUCUUGCAAGAAGCUCAGUUCCAUUUGCAGACUCAGGUCUUUCUUCAAGUCAGAUGCACACUGCUGGUGUAUUGCACGGACCUUCCACCCACUAGCAUCAUCAUCACCUUCCACAACGAGGCCCGCUCCACGCUGCUCAGGACCAUCCGCAGUGUAUUAAACCGCACCCCUACGCAUCUGAUCCGGGAAAUCAUAUUAGUGGAUGACUUCAGCAAUGACCCUGAUGACUGUAAACAGCUCAUCAAGUUGCCCAAGGUGAAAUGCUUGCGCAAUAAUGAACGGCAAGGUCUGGUCCGGUCCCGGAUUCGGGGCGCUGACAUCGCCCAGGGCACCACUCUGACUUUCCUCGACAGCCACUGUGAGGUGAACAGGGACUGGCUCCAGCCUCUGUUGCACAGGGUCAAAGAGGACUACACGCGGGUGGUGUGCCCUGUGAUCGAUAUCAUUAACCUGGACACCUUCACCUACAUCGAGUCUGCCUCGGAGCUCAGAGGGGGGUUUGACUGGAGCCUCCACUUCCAGUGGGAGCAGCUCUCCCCAGAGCAGAAGGCUCGGCGCCUGGACCCCACGGAGCCCAUCAGGACUCCUAUCAUAGCUGGAGGGCUCUUCGUGAUCGACAAAGCUUGGUUUGAUUACCUGGGGAAAUAUGAUAUGGACAUGGACAUCUGGGGUGGGGAGAACUUUGAAAUCUCCUUCCGAGUGUGGAUGUGCGGGGGCAGCCUAGAGAUCGUCCCCUGCAGCCGAGUGGGGCACGUCUUCCGGAAGAAGCACCCCUACGUUUUCCCUGAUGGAAAUGCCAACACGUAUAUAAAGAACACCAAGCGGACAGCUGAAGUGUGGAUGGAUGAAUACAAGCAAUACUAUUACGCUGCCCGGCCAUUCGCCCUGGAGAGGCCCUUCGGGAAUGUUGAGAGCAGAUUGGACCUGAGGAAGAAUCUGCGCUGCCAGAGCUUCAAGUGGUACCUGGAGAAUAUCUACCCUGAACUCAGCAUCCCCAAGGAGUCCUCCAUCCAGAAGGGCAAUAUCCGACAGAGACAGAAGUGCCUGGAAUCUCAAAGGCAGAACAACCAAGAAACCCCAAACCUAAAGUUGAGCCCCUGUGCCAAGGUCAAAGGCGAAGAUGCAAAGUCCCAGGUAUGGGCCUUCACAUACACCCAGCAGAUCCUCCAGGAGGAGCUGUGCCUGUCAGUCAUCACCUUGUUCCCUGGCGCCCCAGUGGUUCUUGUCCUUUGCAAGAAUGGAGAUGACCGACAGCAAUGGACCAAAACUGGUUCCCACAUCGAGCACAUAGCAUCCCACCUCUGCCUCGAUACAGAUAUGUUCGGUGAUGGCACCGAGAACGGCAAGGAAAUCGUCGUCAACCCAUGUGAGUCCUCACUCAUGAGCCAGCACUGGGACAUGGUGAGCUCUUGAGGACCCCUGCCAGAAGCAGCAAGGGCCAUGGGGUGGUGCUUCCCUGGACCAGAACAGACUGGAAACUGGGCAGCAAGCAGCCUGCAACCACCUCAGACAUCCUGGACUGGGAGGUGGAGGCAGAGCCCCCCAGGACAGGAGCAACUGUCUCAGGGAGGACAGAGGAAAACAUCACAAGCCAAUGGGGCUCAAAGACAAAUCCCACAUGUUCUCAAGGCCGUUAAGUUCCAGUCCUGGCCAGUCAUUCCCUGAUUGGUAUCUGGAGACAGAAACCUAAUGGGAAGUGUUUAUUGUUCCUUUUCCUACAAAGGAAGCAGUCUCUGGAGGCCAGAAAGAAAAGCCUUCUUUUUCACUAGGCCAGGACUACAUUGAGAGAUGAAGAAUGGAGGUUGUUUCCAAAAGAAAUAAAGAGAAACUUAGAAGUUGUCUCUGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-958.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1000.31
Frequency: 0.0000
Diversity: 634.05
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((.(((((((((((((..((((.(.((..((((((.((.(((.((((((((.((.((((......)))))).))))))))))).)).))))))..)).).))))..)))).))))))(((.(((((.(((((.........(((((..(((.((((.((((.(((((((((((((.....))))))))...(((.(((((((((.((((((.((.(((((((((((..((..((((((((((.((((.(((..((((((.(((..((.(((((...((((....(((..((((((((((...))))))((.((...))))))))..)))..))))...))))).))..)))))))))..)))...(((((((...)))))))...)))).))))))))))..))..)))...(((((((((....)).))))))))))))))).)).).))))))))......((((((.....))))))((((((((((((((.((((((((.((.(((((((.(((((..((((...((((((........(((((.........)))))........)))))).((((((((((((((...(((((......(((..((((..((((.(((..((((((...((((....))))(((((...(((((((((....((((((((........((........))))))))))....................(((.....))).(((((((...(((...))))))))))..................)))))))))..)))))........))))))))))))).)))).)))..(((((((((....))).)))))).(((((.((((........)))).))))))))))))))))))))...)))).((((((....)))))).))))...)))))))))).............)).))..)))))))).))))..)))))))))).(((....)))((((..(((..(((((...(((((((.((((.(((((((((((..((((.(((((...........(.(((.((((.(((.....(((((((...)))).)))...((((((((((.((((.((.((((((...)))))).)).(((((....))))).(((((((((..((((((.(((((.(((((((.((((..............)))).)))))))..(((((((((........).)))))))).)))))..(((((...(((.(((...((((.((((.(((((((.........))))))).)......(((((((.((((((..((..((((.(((.((((((......)))))).)))))))..)).....)).))))))))))).))).))))...))))))...)))))...............(((.(((((((((((((..((........))..).))))).))).)))).)))((..((((((((((((((((((((.((((.(((((((..(((...(((((....((((..((((......)))).))))....))).)).(((((...))).)))))..))))))))))).)))).).))))..)))))..(((.....)))....(((((((......)))...))))...(((..(((.......................)))..)))(((......))).....))))))...))......)))))).)))))))))........))))))))))))))))).)))).))).)(((((.((((((.((.....((((((....)))).))(((((((.....))))))).)).)))))).)))))....((((((....))))))....))))).))))..)))...))))((((........))))....(((((((....))))))).(((((.........)))))..)))).))))))))))).((((.((((((.((........)).)).)))).))))))))).)))))))....))))))))).((((((((((((.(((.(..((((......))))...).))).)))..(((...))).))))))))).....)))))..)))).)))).)))..)).)))....((((((......)))))))))))))))).))).............))).)))))).....((((((.((((((((.(((((((..............(((((((((((((..(((((.....(((.((((....)))).)))....)))))......(((((((((((......))))).)))))).(((((...)))))..((((((.....))))))))).))))))))))...)))))))))).....))).)))))))).............(((((((((....)))).)))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
,...((((((.((({((((({(((..((((.(.((..((((((.((.((,{((((((((.((.((((,....,)))})).))))))))))).)).))))))..)).).))))..)))).)))))|(((.(((({{(((((.........(((((,.(((.((((.((((.(((((((((((((.....))))))))..{{({(((((.((((.((((({,((.(((((((((((..((..((((((((((.((((.(((..((((((.(((..((.(((((...((((....(((..((((((((((...))))))((.((...))))))))..)))..))))...))))).))..)))))))))..))),..(((((((...)))))))..,)))).))))))))))..))..)))...(((((((((....)),})))))))))))))).)).).)))))))))))),)).|{||,....}}}}{((((((((((((((,,(((((,((((.{((,,,,.{((((({{...}}}}||}}..}}}}}},.,{{{(,........}}}}}..{{{(((....)))))},|||{((((((..((((((({{,{{,,.((((((({(,.,{((({{(((,...({(((({{.{|||,{({(,.,{(((((((({....((((((((........((,...}}}...))))))))....,,,,..,,({,,,...|||,....,,,.(((((((...(((...))))))))))........,,........)),}}}}},..))),,.........))))))))))),,),)}.)))}.(((((((((....))).)))))).(((((.((((........)))).))))).,||,,,||,|||||...(((((((((((....)))))).,|{{.{{||,|{((((({(((({({{....{((((....(((.((({|.....{((((((.(((....))),)}))))},)))))))},...))))|...,,||.}))}}||,|}})))},|..}}}}.)))......,)))))))}}..}}..,,,.}}}}}}}}...)))))}..}||((((((((,.,,,|}||}}||,{{{{{||||}|{||.(((((....))))).,,{{||||,.,||||||,(((((.(((((((.((((..............)))).)))))))..(((((((((........}}}))))))).)))))...........(((((.((((..((((((({((((((.........)))))}{{{{.,..||||{{{((((((((.{((,.((((.(((,((((((......)))))).)))}}}|,,||..,..||.|,,||,,||||||||{{.{|{{.|{{{|.....}}},..............{(((.{{((((,((((({.,((,.,.....}}..),,)})),))).)))},})|||..||}}},{((((({(((((((.(((,{(((((((..(((...(((((....((((..((((,.....}))).))))....))).)),(((,....)))}}})))..))))))))))).)))).)}))))},}))}}.,}))},...}}}}.|,|,|||{|..,|||||}|,,}}}}..))))....,,,,...,....,,,,..,,,...}))}.||}}||}}((({.{{...,,||}|,.|{{|}.,,|.||||}}}.)))),)))}........,||||||,|{{||,..)}))),)))}|.|||||.|||,||.||}}...}}||||}}}}))))..)}}},|}}}},}})))))))))))))))))..)))))}..((((((....)))))),...{{{{{({|,,.,|,....,..}},)),}))))}.||,...}}|((((((....))))))|.,{(((,.{{.....|||,|{{|,,,..,,||||,|||{(,(({(,,(({.,,.}))..)))))))}))))}))),))))),)))).)))).))))))))))}((((((((((((.(((.(..((((......))))...).))).)))..(({...})).})))))))).....)))))..)))).)))).))),.)},))}....((((((......)))))))))))))))).)))}............))).)))))).....|{{{,{,{((({(((.(((((({,{.......,..,.((((((((((((({{(((((.....(((.((((....)))).)))....))))),}}...(((((((((((......)))))}}})))).(((((...)))))..((({{{..,,}))}}},))).))))))))))...)))))))))).....))).}}}|||||{.....,,,,,..(((((((((....)))).))))),,.
Back