Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001253837.2
Sequence Length
2812 nt
GC Content
0.5324
AAACAGCUGCUCUCAGACGCCUUUCCAUUUGCUCUCUGCUGGCUAGGCUGGGCUGUGCCUCUGCUCCCUCUUCCUCUAGCUGAGAGUGGGCACCUGGGGUACCGGGCCCCCCCACCUCAUUCCCCAUGAAUGCUGUGGGAAGUCCUGAGGGGCAGGAGCUGCAAAAGCUGGGGAGUGGAGCCUGGGACAACCCCGCCUACAGUGGUCCCCCUUCCCCACACGGGACGCUGAGAGUCUGCACCAUCUCCAGCACGGGGCCUCUCCAGCCCCAACCCAAGAAGCCUGAAGAUGAACCCCAGGAGACGGCAUACAGGACCCAGGUGUCCAGCUGCUGCCUCCAUAUCUGUCAAGGCAUCAGAGGCAUCUCUCCCAUGCCCCUUAGGACUUUGGGGAACAACCCUGACUGAGAACACAGCUGAGAACCGGGAACUUUAUAUCAAGACCACCCUGAGGGAGCUGUUGGUAUAUAUUGUGUUCCUGGUGGACAUCUGUCUACUGACCUAUGGAAUGACAAGCUCCAGUGCUUAUUACUACACCAAAGUGAUGUCUGAGCUCUUCUUACAUACUCCAUCAGACACUGGAGUCUCCUUUCAGGCCAUCAGCAGCAUGGCGGACUUCUGGGAUUUUGCCCAGGGCCCACUACUGGACAGUUUGUAUUGGACCAAAUGGUACAACAACCAGAGCCUGGGCCAUGGCUCCCACUCCUUCAUCUACUAUGAGAACAUGCUGCUGGGGGUUCCGAGGCUGCGGCAGCUAAAGGUCCGCAAUGACUCCUGUGUGGUGCAUGAAGACUUCCGGGAGGACAUUCUGAGCUGCUAUGAUGUCUACUCUCCAGACAAAGAAGAACAACUCCCCUUUGGGCCCUUCAAUGGCACAGCGUGGACAUACCACUCGCAGGAUGAGUUGGGGGGCUUCUCCCACUGGGGCAGGCUCACAAGCUACAGCGGAGGUGGCUACUACCUGGACCUUCCAGGAUCCCGACAGGGUAGUGCAGAGGCUCUCCGGGCCCUUCAGGAGGGGCUGUGGCUGGACAGGGGCACUCGAGUGGUGUUCAUCGACUUCUCAGUCUACAAUGCCAAUAUCAAUCUUUUCUGUGUCCUGAGGCUGGUGGUGGAGUUUCCAGCUACAGGAGGUGCCAUCCCAUCCUGGCAAAUCCGCACAGUCAAGCUGAUCCGCUAUGUCAGCAACUGGGACUUCUUUAUCGUUGGCUGUGAGGUCAUCUUCUGCGUCUUCAUCUUCUACUAUGUGGUGGAAGAGAUCCUGGAGCUCCACAUUCACCGGCUUCGCUACCUCAGCAGCAUCUGGAACAUACUGGACCUGGUGGUCAUCUUGCUCUCCAUUGUGGCUGUGGGCUUCCACAUAUUCCGAACCCUCGAGGUGAAUCGGCUCAUGGGGAAGCUCCUGCAGCAGCCAAACACGUAUGCAGACUUUGAGUUCCUCGCCUUCUGGCAGACACAGUACAACAACAUGAAUGCUGUCAACCUCUUCUUCGCCUGGAUCAAGAUAUUCAAGUACAUCAGCUUCAACAAAACCAUGACCCAGCUCUCCUCCACGCUGGCCCGCUGUGCCAAGGACAUCCUGGGCUUCGCCGUCAUGUUCUUCAUUGUUUUCUUCGCCUAUGCCCAACUCGGCUACCUGCUUUUCGGGACCCAAGUGGAAAACUUUAGCACUUUCAUCAAGUGCAUUUUCACUCAGUUCCGGAUAAUCCUCGGGGACUUUGACUACAAUGCUAUCGACAAUGCCAACCGCAUCCUGGGCCCUGCCUACUUUGUCACCUAUGUCUUCUUCGUCUUCUUCGUGCUCCUGAACAUGUUCCUGGCCAUCAUCAAUGACACAUAUUCAGAGGUCAAGGAGGAGCUGGCUGGACAGAAGGAUGAGCUGCAACUUUCUGACCUCCUGAAACAGGGCUACAACAAGACCCUACUAAGACUGCGUCUGAGGAAGGAGAGGGUUUCGGAUGUGCAGAAGGUCCUGCAGGGUGGGGAGCAGGAGAUCCAGUUUGAGGAUUUCACCAACACCUUAAGGGAACUGGGACACGCAGAGCAUGAAAUCACUGAGCUCACGGCCACCUUCACCAAGUUUGACAGAGAUGGGAAUCGUAUUCUGGAUGAGAAGGAACAGGAAAAAAUGCGACAGGACCUGGAGGAAGAGAGGGUGGCCCUCAACACUGAGAUUGAGAAACUAGGCCGAUCUAUUGUGAGCAGCCCACAAGGCAAAUCGGGUCCAGAGGCUGCCAGAGCAGGAGGCUGGGUUUCAGGAGAAGAAUUCUACAUGCUCACAAGGAGAGUUCUGCAGCUGGAGACUGUCCUGGAAGGAGUAGUGUCCCAGAUUGAUGCUGUAGGCUCAAAGCUGAAAAUGCUGGAGAGGAAGGGGUGGCUGGCUCCCUCCCCAGGCGUGAAGGAACAAGCUAUUUGGAAGCACCCGCAGCCAGCCCCAGCUGUGACCCCAGACCCCUGGGGAGUCCAGGGUGGGCAGGAGAGUGAGGUUCCCUAUAAAAGAGAAGAGGAAGCCUUAGAGGAGAGGAGACUCUCCCGUGGUGAGAUUCCAACGUUGCAGAGGAGUUAAGUGUGAGGCACUCCCGGAGCAAAGUCUAUGAAGGAUCUUCUGCAAGAGGCUGCCUCCUGGUCCACUGAACCUGGAAACUGAGUGGGCUUUAACCAGGAGAUAAAAAUGGAGCCUGAAGGGAAUCAGGCAAGGAAAUGAACUCAGGAUUCAGAGAUCUUUGAAUUAAUAUGUGGUGGGUUCUGACAUUAUUCUUCCAUAAGACCAUGUGGGUUUCCAUGGUGGCUAUCAAUAAAACUCCUUAGGAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1017.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1070.39
Frequency: 0.0000
Diversity: 846.81
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((((.((((((..((((..(((...((.....)))))..)))).(((((((((((((((((.(((((.........))))).)))))...)))))))..))))).(((((..(((((.....)))))..)))))(((((((((((((((..((((.....)))).(((((.((.((((((((.....((((.....))))))))...((((.....)))).((((.(((..........)))))))..(((((.......))))).......((.(((((((((((.......((((.(((((....((((......))))...))))).)))).))))).)).)))).))..)))).)).))))).))))))))))))))).(((......)))...))))))...))))))...(((((((((..((((((((.(.(.(((...))).).).))))))))......)))))))))((((....)))).....((((.(((.(((.((((......)))).)))...(((((.(((((((((.((((((...((((((((((((........)))))..(((((((((((.....(((((...(((((....(((((....(((...((((((((.((((.....((((..((.(((....))).))))))))))))..))))))..)))))))).((((((((........(((...((((.((((((((.((.(.((((((((........).))))..((((((((.(((((.(((((((((.....(((((((((((.((......)).))))))..))))).((((((.((((((((..........((((((.....((((((((((.((.....(((..((.((((.((((((((((((((.((((...)))).))))))....((....)).((((((((.....((((((...))))))..(((....)))((((.((.((.((((((..........)))))).)).))))))....(((((((..((((((((((....((((....))))...)))))))...........))).)))))))((((((((((((((((((.((((.....(((..(((((........)))))..)))((.(((..(((.((((((((...((((((....(((....)))....)))))).))).))))).)))))).))..((.(((((((((....)))))))))))..))))))))))))...)))))))))))))))))).((((((((((.....(((((((((....))))...((((.........(((((((((((((((.(((...(((((((.....)))...))))...))).)))))))).....))))))).........)))).....(((...)))(((....))).....)))))......)).).))))))).....((((..((.....))..)))).....((((......))))..............))))))))))))...)).)))))))))))))))(((....)))))))))........)))))))).)))))))))))....)))))).....((((.(((.((((((((((.((((((.....))))..((((((.....))))))....((((((((((((.((......)).))))))...........(((...((...(((.....)))))...)))((((((((((((((((.((((.((((((((.((.((((((((((((.((((...(((((..((.(((.....(((.((..(((((((((((.((((..((.((((.............))))))..)))).)))))).)))))..((((((......)).))))........)).)))))))).)))))...)))).))).)))).)))))((((..((((((..(.(...(((((((.......))))))).))..))))))..)))).(((((((((...((((.............))))..((((((((((......(((..(((...((....((((((((((............))))).....)))))))....)))..)))...))))))))))((((....)))).....((((((.((((..(((.((.((.((((((.....(((.......)))....)))))))).)).))).)))).))))))((((......))))...(((((...((((.(((.((.(....).))))).)))).....)))))))))))))).((((.(((...)))))))(((.......))))).)))))))).)))).))))...(((((((((.((...((..((((((..((((..((....))..))))....)))).))..))...)).)))))))))...)))))))))))).)))))))).)))).......))))))))).)))).....((((((....))))))(((((.......)).)))..))).))))))))))).)..)).))))))))))))...)))))))))))...))))).....)))))(((((((((((((.(..........).)))))......))))))))...........)))))))))))......((((((..(((((....).))))....))))))......))))))).)))))).)))))))))..((((((......))))))......)))))..............))).))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
...((((((.((((((..((((..(((...((.....)))))..)))).(((((((((((((((((.(((((.........))))).)))))...)))))))..))))).(((((..(((((.....)))))..)))))((((((((((((((({{(({(,,...}|||{((((({((.(({{(((.....}}}|{{,.{,||||||||...,,{{.....)))),||||,|{|...,,.,,,,)))))))..(((((.......))))).......((.(((((((((((.......((((.(((((....((((......))))...))))).)))).))))).)),}))).))..}})),,},))))}.))))))))))))))).(((,.....))),}.))))))...))))))...{((((((((..((((((((.(.{.(((...))).}.).))))))))......))))))))|((((....)))),....((((.(((.,{{.((((......)))).}}|.........{((((((((.((((((..,{{((((((((((........)))))}.((((((((((({.{{{(((((.,.(((((...,(((((....({{||.((((((((.((((...,.(((({{((..{{...,)))})))),,))))))..)))))).,)))))))).{{{(((((.......,|||.,.|(((|((({(({(.{{,||{|{({{{||||,...}||}}}},.{{|{((((,{({{({{{,,,,,{|||,|||((|{{{|{{{,,,||,,,}}..}}||||{..,|,,,||}||,,{.,{,.....}|{{|..||(((((((({{(.,{{{.((((((.....}}}|.,}}.||.,|.})})}}||}||,..|||}..)))).}|||||,,.{(({{{,{(,((((((((,,{{,((((((,,.}}})))..(((....)))||||.{{.{{,||||||,{,,,{{|,.}))))),))})))))|{{{{,((({{{..((,(((((((....((((....))))...)))))))...,,......,)),}))))),((((((((((((((((({{((((...,,(((,.(((((........)))))..}}},(,((({,((({((((,,,,...||||||....{{(....}},....})))))}))).))}}),)))))).},..{{.(((((((((....)))))))))))..))))))))))))...))))))))))|||,||||.||{|{.,,{(({{{.,,{|,{{{{.,..)))),||{|{((((((....((((((((((((((((.(((((((..(((((.((((.((.((((({...(((({{{((((((((.,.,........,,.))))).....)))))))))(((....))).{,,(((((,{{......})..))})))}.(((((((((((.(((((((......)))))((((..(((((((........,{,{((((((((.{{{{{...,}||||{{{({.,{(((.(((....))){|||,..},.,|||||||{|,,.,|{||{(((((.(({..{{,.,,,,,{(({.((((((((,{(({(({,.((((((((......((((((.....)))))).)))))))).{(((((,({......}}.)))))},{{....,,,.|,..,,},..,{{{.....||||,({((((((({(({.,{{{{((({{,.,,((((((((,((((,(({{{(,{((((..,,({((({({.,,.{{,||,..},,,,...{((((((((((.((((,.((.((((.,.(....,..}.))))))..)))),))))))}})))}..{(((({......)).)))}.,..{{{{...)}})})}},}||.||||||}}|}}}|||||,,.,|}||||..||||||.,{.|,..(((((((.......))))))).,}..}})))}..)))}.}}}}},}},}.}||||,}}}.........||||,||||{||||||.||...{{{..((({{{{{,...||||,|||||,,}},...}}..)))},....,))}}}}}},,,},,}})))}},)))))))))}((((,....,|}.|}}}}....,,{{|,,.||}...}}))}},}}},...,))))...,)))})))).)|,|.},,})))))),))))))))).,})).|}}}}},|}|...||,,...,,}}}{((|{(((((((,(((.((((((((...)))).)))).))),,.......))))))))))).)))))))...)))))).))))))))))))))))).))))))...))).))...)))).....))).))))))}.,)))))))))((((...(((.((((((((....)))))).,))))).,.)))).))))))}||||{({(((..........}},)),}})))),,.((((((....))))))},|)))}.}.})))}.,))))),})))))),.,|}}},.))}))))))))))}}.,})}}}}}}})}}...)))))....,)))))(((((((((((((.,..........,.))))),.....}))))))).......,}}.))))))))))).,,,,,|,,{{,..{{,.,,,..{((({{{,..,,))))},},..,)))))).)))))).))))))))).,|||{{,,,.{{{|||||,...})))))))}.,...........))).))))....
Back