Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001255975.1
Sequence Length
3481 nt
GC Content
0.4436
AUUUUGCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAGGUGCCCGCCACCACGCCCGGCUAAUUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGAUAGGGUUUCACUGUGUUAGCCAGGAUGGUCUCCAUCUCCUGACCUCAUGAUCUACCCGCCUCAGCCUGCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACCGCGCCCGGCCAAAGCGGUUUUUAAAGGGAGGAUUUGGAAGGCAAAAGAGGCAGGGGGACUGGGAGGUGUCAGGUGGUGUGACCCCCUCCAGUGGCUUGUCCUGAAUUAUUUUUCCAUCUGUGGAAGUGGCCGGCGUCAUCAUGGCUGGAGGAGGUGCAUGGUUCGUAUCAGGAUCUGACUACUGAAGCUUCUAAGGAAAUAUGUGACCAGAUAAGGUCAUCACCUUCAGGACCACAAUGCCUGGUAGGGCAAGGACUCGCGCCCGAGGCAGAGCCCGCCGCAGGGAGAGCUACCAACAAGAGGCACCUGGGGGACCCAGAGCACCUGGAUCAGCUACAACCCAGGAGCCCCCUCAGUUGCAGUCGACACCCCGGCCGCUGCAGGAGGAAGUCCCAGUGGUUAGACCUCUGCAGCCAAGAGCAGCAAGAGGAGGAGCAGGAGGAGGAGCACAGUCUCAAGGGGUGAAGGAACCUGGACCUGAGGCUGGGUUGCAUACAGCGCCCUUGCAGGAGAGAAGGAUUGGUGGAGUUUUUCAAGACCUGGUGGUGAACACCAGGCAAGAUAUGAAGCAUGUUAAAGACUCAAAAACAGGUUCAGAGGGUACAGUGGUACAGCUACUCGCCAACCACUUCCGAGUGAUAUCUCGUCCUCAGUGGGUUGCAUAUAAAUACAACGUUGACUACAAACCAGACAUAGAAGAUGGAAAUCUCCGUACAAUUUUACUUGAUCAACAUAGAAGGAAAUUUGGAGAGCGCCAUAUAUUUGAUGGAAACUCUUUAUUAUUAUCUCGGCCACUAAAAGAGCGGAGAGUGGAAUGGUUGAGCACAACCAAAGACAAAAACAUCGUGAAGAUUACAGUUGAGUUUUCCAAAGAACUCACGCCCACGUCGCCAGAUUGCCUACGCUAUUACAACAUUCUCUUUAGAAGAACUUUCAAGCUGCUGGAUUUUGAACAAGUUGGUCGCAACUAUUAUACCAAAAAGAAGGCCAUUCAGUUAUACCGUCAUGGUACCAGUUUGGAAAUCUGGCUUGGUUAUGUUACUUCUGUUCUUCAAUACGAAAACAGCAUUACCCUCUGUGCCGAUGUGAGCCACAAACUGCUCCGAAUAGAAACUGCUUAUGAUUUCAUAAAGAGAACAUCUGCCCAGGCCCAGACAGGAAACAUCCGAGAGGAAGUAACUAAUAAAUUAAUUGGAUCAAUUGUUCUGACAAAAUACAACAACAAAACCUACAGAGUAGAUGAUAUUGAUUGGAAGCAGAAUCCUGAAGACACAUUUAACAAAUCAGAUGGCAGCAAAAUCACCUAUAUAGACUACUACAGGCAGCAACAUAAAGAAAUUGUCACAGUGAAGAAACAGCCACUUUUGGUCAGCCAGGGCAGAUGGAAAAAGGGCCUAACGGGUACACAACGUGAACCUAUCCUGCUGAUUCCUCAGCUGUGCCACAUGACAGGUCUAACAGAUGAAAUAUGUAAAGAUUAUAGCAUUGUGAAAGAAUUGGCUAAACAUACAAGAUUGAGUCCAAGAAGAAGGCAUCAUACAUUAAAAGAAUUCAUCAAUACUCUACAAGAUAAUAAAAAAGUACGAGAGUUACUUCAACUCUGGGAUUUGAAAUUUGAUACCAAUUUUUUGUCCGUCCCGGGAAGAGUUUUGAAAAACGCAAACAUCGUGCAAGGCAGAAGAAUGGUUAAAGCCAAUUCACAAGGAGACUGGUCAAGAGAAAUAAGAGAAUUACCCUUACUUAAUGCAAUGCCACUACAUAGUUGGCUCAUACUCUAUAGCAGGAGCAGUCACAGAGAAGCCAUGUCCUUAAAGGGUCAUCUACAGAGUGUCACAGCCCCCAUGGGCAUAACUAUGAAACCAGCAGAAAUGAUUGAAGUAGAUGGUGAUGCUAACUCCUAUAUAGACACAUUACGGAAAUAUACUAGACCAACACUGCAGAUGGUGAUUUGUAUCCUGCCCAAUGAUGACAAACGUAGAUAUGACAGCAUAAAAAGAUACCUAUGUACCAAAUGCCCAAUUCCAAGCCAGUGUGUGGUGAAAAAGACCUUAGAAAAAGUCCAGGCAAGGACCAUCGUCACCAAGAUUGCCCAGCAGAUGAAUUGCAAGAUGGGAGGAGCCCUCUGGAAGGUGGAGACAGACGUACAAAGAACAAUGUUCGUUGGCAUUGAUUGUUUCCACGAUAUCGUAAAUCGACAGAAAUCAAUAGCAGGAUUUGUUGCAAGUACCAAUGCUGAAUUAACAAAGUGGUACUCUCAAUGUGUCAUCCAGAAAACAGGAGAAGAGCUUGUGAAAGAGCUGGAGAUCUGCUUGAAAGCUGCCCUGGAUGUCUGGUGUAAAAACGAAUCAUCGAUGCCACAUUCUGUUAUUGUGUAUCGGGAUGGAGUGGGAGAUGGUCAGCUUCAAGCAUUGCUUGACCAUGAAGCGAAAAAGAUGUCGACCUACUUAAAAACCAUCUCUCCUAACAAUUUCACUCUAGCUUUCAUUGUGGUGAAGAAACGAAUAAACACUAGAUUUUUUCUUAAACAUGGAAGCAAUUUUCAAAAUCCACCUCCAGGAACAGUUAUUGAUGUAGAGUUGACUAGGAAUGAAUGGUAUGACUUUUUUAUUGUGAGUCAGUCUGUGCAAGAUGGGACUGUUACCCCCACUCAUUAUAACGUCAUCUAUGACACGAUUGGCUUGAGCCCAGAUACAGUACAGCGUUUAACAUAUUGUCUAUGCCACAUGUAUUAUAAUUUGCCAGGCAUCAUCCGAGUUCCAGCGCCUUGCCACUAUGCCCACAAGCUGGCUUACCUCGUGGGGCAGUCCAUUCACCAGGAACCGAAUCGUUCCUUGUCAACUCGUCUCUUUUACCUUUGACCUGCAGAAGAAGACCUGAUGUGCUAAUGAAACCACAACGUGUAAGCCUGUCUUCCUUUUGAAGCAGGAUGUCUGAAAUAUUUUCCUAGGUCCAUAGCAUUAAAUUCUCAUCGUUUUUGAUUGGACACAGGAGAGAUUCAGAGUGAUAUGUUCUACUCUCAAUACUACCACAGACUGAUUUUUCCAGAGAGGAGAACUGACAGGGUUUGGCUUGCAGUUUCCCUUUCAAAUAUGUGACAGAGAUCUCACAGCUGAACGUGACUGAACAUUUUCCACCCCAAGCAGGGCCACUCUAAGAAUUGAAAAGAUGGGGCAUUCGUCACAGAGAGAGUACAUCUGUGAACAAGUAAACUCUACUUGGAAAACUACGUUUACUUUAUUUUUGAAACUUUUUUUUGUUAAAGGACAGGAAAGGAAGACAUAAAAGUAACAACACUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-948.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1019.11
Frequency: 0.0000
Diversity: 1062.53
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......(((((((.((((((...((((((((......((((.....))))...))))))))...((((((((.((((((((.((((((..(((((((((.....((((((((...)))..)))))...........((((((.((((((((.....)).))))))......((((((......)))))).((((.((((((((((((..(((..(...(.((..((((..((((..(((...(((((((.(((((((((.(.((.(((((....(((.(((....((...((.((((((..((((((..(((((((((.........))))).(((((((...(.((((((((((...)))).))).))).)(((....)))....((((((......)))))))))))))....))))..(((((....))))).((.(((..(((...))).))).)).)))))))))))).)).))....))).)))..)))))...)).).)))))))..)).))....)))))...)))))))..))))..)).))..)))((((((((..(((.....)))))))))))...(((((((.((.....)).)).))))).(((((((...(.((..((((.(((((((((((...(.(((((((.((...))))))))).).....)).)))))).)))...((((((((.....))))))))....(((((((.....)))))))...((((((...))))))...............(((.(((((((((..(((((.((((..........(((((...(((.(((.....)))))))))))((((.((....)).))))))))))))).((((((.........((((...((((((...((((((.(((...........)))))))))))))))...)))).....(((((((.....)))))))...((((.(((.......).)).))))((((..((((((....))))))...........(((.....)))....((((((((((....)))))))).))))))...((((((((((....))..........((((....)))).....(((((((((((((((........(((((....)))))......((........))..))))))...((((.....)))).))))))))))))))))))))))).........(((((.(((.....))))))))...))))))))).)))..))))..)).)...)))))))...))))))))))))....((((.....)))).(((((((((.(((((.....))..((.(((....))).))..(((((......)))))((((.((((((((.......................)))))))).))))..(((((((((((((....)))......................((((.......((((.....(((....)))..(((((.............)))))...)))).......))))))))))))))))).))))))))).......))))...))))))))))..)))))))))))))(((((....))))).....((((((...(((((.(((.........)))..)))))....)).)))).........)))))).)))))))).(((..((........))..))).................((((.(((((..............((((((....).)))))....((((((((..((((.(((....))).)))).....)))))))).))))).)))).....((((.((((.(((..((((...(((((((....))).))))....((.(((.((((..(((...((((.(......))))))))..........(((((((((.((((((.....((((((..(((((..(((((............((((...)))).(((((((...........((((....)))).............(((((....)).)))..)))))))))))).....))))).))))))..(((((.((....((((...((((.(......).)))).....))))....))...)))))....((((((.(((..............))).))))))..................))))))))))))))).....)))).........((((......))))....))).)).....))))..)))))))..)))).....)))))).(((((((((..(((((((((((((((.(((.((((...)))).)))(((((((((.......((((.......)))).....))))))).))..(((.(((((..(((((((....((......))...)))))))..))))).))).(((........)))......(((....)))((((((((((((((((((.(((((.((((((.....((((.........(((.(((((((.(((.........)))))))))))))(((((((((((((((((...((((((...))))))...))...(((........)))............)))))))))...........)))))).((((((((.((...((((((((............).)))))))....)))))))))).............))))))))))..))))).)))).)).((((((((.((((((((.((((.((((((.........)))))).((((.(...((..((((((....((((((..........((((....))))......((..(((((((((((..((((((((((...(((...)))..))))....))))))...)))))...))).))).))(((..(((((.....((......))......))))).....)))))))))))))))..)).))))).))))..)))))))).))))))))(((((((((..(........).))))).))))(((..(((.((.(((......(((((((...((((.((((.....))))))))...((((((...(((((((..(((((....((((((..(.....)..)))))))))))..))))))).))))))...)))))))......))).)).)))..))).............((((((.((((((.((((......)))))))))).)))))).............))))))).)))))..))))..))).....)))))))))).)).)))))...((........)).....)))))))....(((((((.........))))))).((((((.....))))))................(((((((((...((((((((((((....))))))))..))))...)))))))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,{(((({(({{..((((((,,.((((((((.,....((((.....))))..,)))))))).,|,{{,.((({,,,,,,}})))},((((.(((.{(.(((((...((((((...)))))).)))))..}})))...))))..((((((((.....)).))))))......((((((......)))))).|{{{...,,))),......)))))).,|||}..}}))}}.}}|||}|((((..(((((((((((({((((.(((((((......(((((((.((,((....,,,.{(((,.((((({{,((((({{(({(,.{{.((((((.(({,((({(..,,{,,}}}}}{{{.{((((((((((..((((({.,,{......((((((......)))))},,||||{{{{.,.....,||||}}.,}|||..((.(((..,((|..|||.,,},}}}}}.,.||}.,.,,,.}}.....,.(((.((((((,{,.((((.....)))).}}........)))))).))),((((.{(,((.((((......)))).))}))}})}))})))..)))))))))))))))).)))))).}}{{{||..((((((.(((((((..{({,,(,((((((({,(((((......)))|...}})))))))),|||,}....,|}{((({{{{{(....((((((((.....})))))))..,.(((((((.....)))))))}..,{{{((.,,||}|||...{.((({......(((.(((((((((.((((((...||}}}}.||..,(((((..{(((.{,,..}}})}}}}}))})){{{|.,,....,,.}}}}|,||||,,,.{{((({.,,......((((...((((((...((((((.(((...........)))))))))))))))...)))).....|{{|||,.....}}}}}},...((((.(({.......).)).))))((((..((((((....))))))...........,{{{{{,.,,},,,.{,((((((({....}))))))),,.))))...((((((({,(,...||,.........{(((....,))),,...{{{{{||{((((({,..,,....{{(((,,..}}}}}......||,.......}},,}}}}}},..{(((,...,)))).))))}}))})))))))),))))).,)},....(((((.(((.....))))))))...))))))))).)))..,.)))),}...,}))}))}}.........||}}(((((....)))))..,,..(((((((((.((({{,{{{,{|..((.(((....))).))..(((({......})))),{{{.{{((({((....................,,.|,,|}})}.}}||.|||{|||...,{||..},}||,......,.,,......,,}|,|{{{.......|||{,,...|{{....}},.,||{,{.............})))}...||},.....,.}})},}}))))},.))).)))))))))....}}}}}||,...||||.{,,..,))).,))).)))))))..)))))).))))}}}|,|.{({{.{((((.{{{,|{{..,{{|||......}}}..}}||||,...(((((((((.......,,,,.,((({{((..,,.,,,|},.}},..........,......{{,,.{{(({..............,{||,{.||||||.}}}.,,,))|,||||}}||,,.|||..,{||,{||||{{,{,,,,,||||.,},||{||},..,,},|,..,.}},|},..})))))})}.))))...)))))))))....,.}}})).))}}.,.,...((((.{......,)))},}}..,},...|||{{|.,,,})}}))).,....}}))}}}..)))).})),,}})).))))))).........))))))))))).,..{(((({{((((....)))).......,,...((((((({{{(({{{{..{,{{{,.,((((((((...{{{{........,.,,,.{{{,{{{|,.|{|{{,,,,,|||{{,.||||{{|,||||{,{||||,..,{..,....{{||{{.{((,....,,,.....,))).}})))),,,,..}}},.........|,||||||,|(({{,....({{.,........{{{{.,,,,.|}}}..,{.||,||,.{,{((({,.{{{,.,...,})),,..}}|||{|.,{||{((((,.(((((({{{,((((,,((..,,,,..}))})}}|{(((((((({(((({{{{((({{{.....,,|.{{{..,{||,.,{({((((.{((((..(((((((.,..((......))..,)))))))..))))}.}}}.{(({{....((|(|{.....}}}.},....,,|}|||,,,}|}}}}}}.,,|||,|,||||}}}}}||{|...,,,,}},,,,}|||||}}|((,{{{{.,{,}}}))),)))))||((((((((((((((({,,.((((((...))))))...)},.,{((........))}............})))))))},..........})))),.(((((((,,((...{((((((,............,.))))))),,..))))))))))...........}))))))))))).,|||||.,,..}}}.((((((((.((((((((.((((.{(((((.........)))))).{(({,{...((..((((((....((((((..........((((....))))..,,{,{({,((,(({{{((({.(((({{((((...(({...}))..))))....))))))...}))))},,))).}}}.}}{{{,.(((((.....({......))......))))).....,}}))))))))))))..)).))))}.)))}..)))))))).))))))))||||,||||,,,.....|||||||||||||||.,{.{(((,,........}}}}.}},}}...{{{|,|{{{.....)}})))))..}}|||..,},}||||||}}|{{,,}}}}||||,,.}|}}}}})}})))),)))),,..}|||||{({{{((,(((.,,,{{|..,.,.,.},}}.},.}}),..)}}}}}}}))}.((((((.((((((.((((......)))))))))).)))))).....})))))}....,,||{|........))}}))).,)))))))))))))..},}||||{.||||...........}}}.}}))),.,..(((((((.........))))))).((((((.....)))))).........}}}}|||{((((((((...((((((((((((....)))))))))))}))...))))))))},.,,.,,.
Back