Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001256355.1
Sequence Length
3007 nt
GC Content
0.5098
AGUAUGCAGGUCGCUGCAGGGACCCGAGGCGACACGCGCCUGCAGGAGGUGGCACUCCUGCCGCAGCUCUUCGAUCUGCUUGUCCUUGGCCAGCGGCGCGCUCGCCUGCUCCGACAGGUCCCGAGCGCGCUGGCGGGCAAAGACUUGGCACAGCUCCAGGCCGGCGCAACUCUCGCCGGGUAUAGGCGCGCUCACGGCCCGGAGGAGCUUGAAGAAAUCCGCAAAUGUGGGAUGAAAAACUUCCGUAACAUCCAGGUUGAUGAAGCUAAUUUAUUGACUUGGCAAGGGCUUAUUGUUCCUGACAACCCUCCAUAUGAUAAGGGAGCCUUCAGAAUCGAAAUCAACUUUCCAGCAGAGUACCCAUUCAAACCACCGAAGAUCACAUUUAAAACAAAGAUCUAUCACCCAAACAUCGACGAAAAGGGGCAGGUCUGUCUGCCAGUAAUUAGUGCCGAAAACUGGAAGCCAGCAACCAAAACCGACCAAGUAAUCCAGUCCCUCAUAGCACUGGUGAAUGACCCCCAGCCUGAGCACCCGCUUCGGGCUGACCUAGCUGAAGAAUACUCUAAGGACCGUAAAAAAUUCUGUAAGAAUGCUGAAGAGUUUACAAAGAAAUAUGGGGAAAAGCGACCUGUGGACUAAAAUCUGCCACGAUUGGUUCCAGCAAGUGUGAGCAGAGACCCCGUGCAGUGCAUUCAGACACCCCGCAAAGCAGGACUCUGUGGAAAUUGACACGUGCCACCGCCUGGCGUUCGCUUGUGGCAGUUACUAACUUUCUACAGUUUUCUUAAUCAAAAGUGGUCUAGGUAACCUGUAAAGAAAGGAUUAAAAAUUUAAGAUGUUCUAGUUCUGCUCUCUUUGUUUUAAAAAUCACUGCUUCAAUCUACUUCAAAAGAAUGGUGUUUCUUUUCUUGUCCAAUUUUAUCCAAAAUCUUCAAGUUACAUUUAACCCAUAAGGUUUAAAAAAAAGGAAAAAAAACGGUUGUGGUUCCCUUUCUUCCCUACCCUUGCCACUCCCACUUUCUGGCACCGAGUUUAUUUUUCACUUACUUACUUCCCCAGACCCCGGGCUCGCCUCCACAAAGGAGAAGAGACUGCCCUGGCGGUCCUGGUGGCUUUUCUUAGCAUGUGUGGCACUGUUGCCCAGUGUGGGAGUUGGUUUAAAUUCUCCUGACUCCAGUUUAUAACAUCCUUUUAAAAAAUUUAAAAACAAACAGCCACACCCCUCCUCCAGUCCUUCUCCUCAGUUCUUGUGUGAAACUCCAGCUGAUGUUACCACAGUAACAUCAGUUAAUUGGGCAAGCCCUGAUGUCAGUGUGUGUAACUGACCUCUGGCCUGGCCUGCACAGAGAAGCCCUAUAAUCACAGGUCUGUGGUGGCCCCGAAAUGGGGGGCCUGCUAGUCAGGAGGAUGCUGUGCACACUGUGUGUGAUGAAUCUCGCCAGAAAGGCUCCUGAGGUCCCAGGUUGGCACUUCUCCCUGCAGCCAUUGUAGAAGAUCUGCUGGUCCUUGCAGGCAAAGCUACAGCCAGAAUGUCCGUUUGAAACUCCUAGCUCAUCUGUCACCGAGCUUCAUCCGAAUGUGCCACGGAGCUUGCUCUCCACUUCCUCCGUGCAGUGGCCCUGCCACAGCCCUCCCUCGGCACACUUUGACCCUUUGUAGGAUUGGAAUUAGCAGGACUCGGCUAUUUAAAGCACCAGUCUGGGGUCGCCUGGGCCCCUGCUGACCCCCUCCUCCAGAGCAGCCAGCCCAGCCCGGGAACAAGACGGACUUCCUCUCCCUUCGGACUCACAGCCUUUGCAGAGUCAAGCUCCACUUGAAGCUCACUCAGUAAUAUCCUUUCAAUGUGUUUUAUAUUGUUUUGACUGCCUUUUUUUGUAGAAAUAAAAAUUGACCUUAGAAUUUAUCGUCAGAUAAACUUGUAAAGAUUUGAAUAUUAAUGUCUUUUCAAGGCAAAUGGGAUUGUCCCCGCACUAGUAGAGAAUCCAUGUCGCUCUGACACCCCAAGGAAGCCGACGAUCCAAAUGCCGUGUGUCACCAACCCCGCUUCUGCCACUGGCGGCUUCCCUUCUUGGCUCUUGGGGGGGACUAGAUCCUGUGGAGAAGAUGACUUAAACUUUGCUUUUUGUUUUAAUUUUAAUUCUAUAACUUGAGAUCUUUCCGGGGCCUACAGGCGUGUAAGACAGCUUGGUCUGGUCUGUGCAGAAGUGGGGAGUGAUGGGCAGGUUCGGCAGCCUAACAUUGUUCAGGCGCAUGGCCCCUGCGGUGUGUACACGAACUCGGCUUCUUUUGUCCUAGGUACGCCAAGGGCAGGUUUCUGGAGACUCCCUUGUGCCCGGGAUGGCAAGGGCACCGGGCUGGCGUUUCCACAUCUGUCUUCAUUAGCAGAAAAGUGAUGAUGGAUUUUAUUUCACUCACACUCCAGUUUGUAAUAAAAUGCCAAAUUCUGUCAGCUAUCCAAACAAGCCACCAUUUGUUCUUGUUGCUUCUCUGGAUCCAGAAAUGUUGCCAUUCUUGGAAACUGUCCCAUUGCUUCGUAUUUCUGCCAACGUAGCUCUGCCUGCCUGUCAACCCCUCACUGCACUCUGCUCAUCACGGGAGGAUACCUGUGUGCCGGCAGCCCCUCAGGGACUCUCAGCCCUGGCACUGGCACCCCAGGGUUGGCCCCGUCAGCAGAGGCUUGGCUUUCGAGCCAGUGGGUGUCUCUCCUUUGGGCCUGGGCGGCUUGCUCCUGCCAGCCAUGCCUUCAGGGUAGGCUCUGAGCAAGCUGGCGAACAGCCCUGGCUGCUCCAAAACCAAAAAGCUGGGUCCUCUGGAGGAGGGGCGAGCUGUGGAGCAGCCACCCACUGCUGCCCCAAGCUCACUCAGGAAUUCACACCCGCCUGGUUUCUUGAAGUGUGCUGGGUCCUUCCCUCUGCUCCCUACUCCCCACCACGGCAGAGAAUAGGCUUUCUAAGAUGCUGCGAUCCCGUUCUGCUGCCCGUAAUAAAAAUGCUCUCAGACACUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-999.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1057.16
Frequency: 0.0000
Diversity: 757.29
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((....)))))((((....(((((.....)))))(((((((......)))))))((((((((((.((..((((.(((.(((.((..(((((((((((((((......))))...)))))))))))..)).))).)))..))))..((.((.(.((((((.......)))))).)...)).))(((((.((((((((((((.....(((.((((((..((((.(((.........)))...))))(((((((((((((.....)))))))))))))..((((....(((((...))))))))).....(((((.((.((..(((......)))............((((((.................(((((((..............))))).))............(((((((((((((((((..((.((((((.....((...((..((((((...........................))))))...))...))))))))))..))))..((((((((((....)).))))))))...((((((((((((............(((((...(((.(((....))).)))...))))).(((((....((((((..((((((.((((.(........)))))((((((....((((.(((.(((((((((....(((..(((........)))..)))..(((((((((.((((........))))((((((.....(((....))).))))))........((((((((((((.(((..((((....))))..))).)).))))..))))))......................))))))))).))))))))).......)))))))))))))......(((((((......)))))))((((....(((((....)))))...)))).....(((((.((....)).)))))................))))))..)))))))))))(((..(((((((((.........(((((....((((.................))))..))))).(((((((.((.((((.....)))).((((((((((((((((..(((((.(((........((((.((.((((....))))))))))((((((((((((..((((((((((((..(((...........(((((((...))))))).......((((((..(((.....((..((((((.........(((((........((((((((((((....))))))))))))....((.((.(((..((.((((((.......)))))).)).))).)).)).)))))))))))..))........)))..))))))((((((.......)))))).)))))))))))))))..(((((((((((((((.(((.(((((((((.....)))..((((((((...(((((...(((...((((((((((..(((((...)))))))))...))))))..)))...))))).(((.((((((((.........(((((..........))))).....((((((((((((((((...............))))))((.(((((...))))).))........)))))).))))...(((((.((((..((..(((((((((((.((((......))).).)))))((((((.....))))))))))))..)).)))).))))).......(((.....)))....)))))))))))...(((....)))..........((((.((((..((((........)))).)))).))))..((....(((((((...)))))))....))((((........))))...........))))))))..((((((....))))))((((.((((((.(........).)))))).))))......)))))))))..)))))..((((.(...(((((.(((.((((((.....(((..(((((..........(((((.((((((...((((((((((((.((.((((((((((((((.........)))))(((..((((((((((((((((((.....((((..........))))..)))))..)))))))....).))))).)))))))))..(((((.(((...)))))))).....))).)))))))))))))).)))))).)).))))))))..))).....)).)))))))))))).).)))))))))))))).)))).))))))))...))))))))..)))).)))))).))))))(((...)))..)).))))))).)))))))))....))).((((((((.....(((((........)))))..((((.(((((((......)))).))))))).............)))))))).))))).)))))))((((...((((.((...........)).))))...))))(((((.((((....)))).)))))...)))))).))..)))))....((((....)))))))))))).)))))))..........((.(((((((....(((((...(..((((.(((((((..(((....((((........))))))).)))))))..))))..)...))))).))))))))).(((((....))))))))))).))))))))))))))))))))(((((((((.....((((.(((((...)))))))))..)))))))))(((.....))).(((((((((((.........((((.(.((((((...)))))).).)))).)))))))))))...........((((.((.((((((((((.(((........))).)))))).)))).)))))).(((...(((((((................)))))))...)))...)).)))).)))))).))))((((((..((.............))...)))).))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
....(((((....))))}((((....(((((.....)))))(((((((......)))))))((((((((((.((..{(((.(((.(((.((..(((((((((((((((......)))),..}))))))))))..)).))).)))..)))},,((.,{.(,((((((.......)))))).}...}),,|(((((.((((((((((((.....(((.((((((...,({((((,{.....,,}}}....}}}(((((((((((((.....)))))))))))))..((((,...{((({...}}}}}}|||,,...,,,,.|||}||.,|||,,....{{{,.....,}}},{(((((((.......,........{{(((((..............))))).}}...........,({({{,.((((((((((..((.(((({{....,(((,.({..((((((.,,....................},..))))))...})...)}))))))))..)))}..((((((((((....))}})))))))...((((((((((((..{{....},..(((((...(((.(({....})).)))...))))).(((((....((((((..((((((.{(((,(.....,{{|||||(,(((,....{{|||,||}|,|||||{{....{{(({(((..,,.,{{||,...|}..(((((((((,{(((,,,,,,,.}}},((((((.{,..{||....)),.)))))),,......{{{{{{{(((,{.{((,,((((....)))).,))).}},}))}..}))})),.,,,........|,,...}}}))))))))).,},,))))).......)))))),,},,}}......,{(((((......))))})},,,}}||..{(({.,...{((((({...((({....})))....}))))))........))).,,.....))))))..)))))))))))(((..(((((((((.........(((((....((((.............,,,.,,},..))))).(((((((.{{.((((.....)))).(({(((((((((((((..(((((.(((,.......{(({.((.((((....}))))))))){(((((((({,,..{{{{{{|{||||,,,{{...........((((((,...,)))))).......|||||{,.{{{.....{{..{{{{{{.........{{{{,}.......((((((((((((....))))))))))))....((|(,,({(,.((.((((((.......)))))).)).))}.}}}))}}}}}})))))).,}}........}))..))))))((((((.......)))))).||,}}}}})}|}}}|{.{{{(((((((({(((.({,.{{{|{||||,,.,,|||,.{(((((((,..(((((...(((...((((((((((..(((((...)))))))))...))))))..}))...))))).(({.((((((((,....,,,.{((((..........))))).....{{{{((((((((((((...{.......,...))))))|{.(((((...))))).))........)))))).}}}|...(((((.{(((..((..((((({(((((.{(((......))).).)))))((((((.....))))))}))))).,},.)))).)))))..,...}|{{.},..))),...))))))))}))...,,,....))}|}},.}}}},|{((.((((..((((.,....}.)))).)))).))},........((((((|...})))))),,,,}}||||,..{{{{{||,,..}}}}}},..)}}}}}}}..{(((((....)))))}((((.{(((((.(,.....,,}.)))))}.))))......||||||||},,|||||..((((.(...(((((.(((.((((((.....(((..(((((..........(((((.((((((...((((((((((({{((.((({{{.{(((((({.,......)))))|||.,{{,{{{{{((((((((({,,,,,(({,..........)}},..,,}},..}}}},,,..,,}})})))})))))))|}.,(((((,{{{...}},)))))}}},,))).)))))))))))))).)))))),)),))))))))..))).....))}}))))))))))).}.))))))))))}}}),))}).)))))))}...))})))))..)))),})))))}}}))))(({...,}),.,),))))))).)))))))))....))).((((((({..,,,(((({,,......)))))..{(((.(((((((......)))).))))))}......,},....)))))))).))))).)))))))((((.,.((((.{,{{........))},)))).,.))))(((((.((((....)))).}))))..,)))))).}}..})))}....,|||....))})))))))})},,}}}},.,}},.....((.(((((((....(((((.,.{..((((.(((((((..(((....((((.{,...,}))))))).)))))))..))))..)..,))))).))))))))).(((((....))))))))))).))))))))))))))))))))|((((((((..{..((((.(((((...))))))))),.))))))))}(((.....))).(((((((((((.........((((.(.((((((...)))))).).)))).)))))))))))......},}},(((,{((.((((((((((.(((........))).))))))}}))).)))))).(((...(((((((................)))))))...)))...)).)))).)))))).)))){,{{{{,.{|..||........})}...)))}.,,..
Back