Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001256356.2
Sequence Length
2765 nt
GC Content
0.5005
AUUCUGGGGAAGGAGCAGCACCAAAUCCAAGAUGGCGGCCAGCAGGAGGCUGAUGAAGGACAACCCUCCAUAUGAUAAGGGAGCCUUCAGAAUCGAAAUCAACUUUCCAGCAGAGUACCCAUUCAAACCACCGAAGAUCACAUUUAAAACAAAGAUCUAUCACCCAAACAUCGACGAAAAGGGGCAGGUCUGUCUGCCAGUAAUUAGUGCCGAAAACUGGAAGCCAGCAACCAAAACCGACCAAGUAAUCCAGUCCCUCAUAGCACUGGUGAAUGACCCCCAGCCUGAGCACCCGCUUCGGGCUGACCUAGCUGAAGAAUACUCUAAGGACCGUAAAAAAUUCUGUAAGAAUGCUGAAGAGUUUACAAAGAAAUAUGGGGAAAAGCGACCUGUGGACUAAAAUCUGCCACGAUUGGUUCCAGCAAGUGUGAGCAGAGACCCCGUGCAGUGCAUUCAGACACCCCGCAAAGCAGGACUCUGUGGAAAUUGACACGUGCCACCGCCUGGCGUUCGCUUGUGGCAGUUACUAACUUUCUACAGUUUUCUUAAUCAAAAGUGGUCUAGGUAACCUGUAAAGAAAGGAUUAAAAAUUUAAGAUGUUCUAGUUCUGCUCUCUUUGUUUUAAAAAUCACUGCUUCAAUCUACUUCAAAAGAAUGGUGUUUCUUUUCUUGUCCAAUUUUAUCCAAAAUCUUCAAGUUACAUUUAACCCAUAAGGUUUAAAAAAAAGGAAAAAAAACGGUUGUGGUUCCCUUUCUUCCCUACCCUUGCCACUCCCACUUUCUGGCACCGAGUUUAUUUUUCACUUACUUACUUCCCCAGACCCCGGGCUCGCCUCCACAAAGGAGAAGAGACUGCCCUGGCGGUCCUGGUGGCUUUUCUUAGCAUGUGUGGCACUGUUGCCCAGUGUGGGAGUUGGUUUAAAUUCUCCUGACUCCAGUUUAUAACAUCCUUUUAAAAAAUUUAAAAACAAACAGCCACACCCCUCCUCCAGUCCUUCUCCUCAGUUCUUGUGUGAAACUCCAGCUGAUGUUACCACAGUAACAUCAGUUAAUUGGGCAAGCCCUGAUGUCAGUGUGUGUAACUGACCUCUGGCCUGGCCUGCACAGAGAAGCCCUAUAAUCACAGGUCUGUGGUGGCCCCGAAAUGGGGGGCCUGCUAGUCAGGAGGAUGCUGUGCACACUGUGUGUGAUGAAUCUCGCCAGAAAGGCUCCUGAGGUCCCAGGUUGGCACUUCUCCCUGCAGCCAUUGUAGAAGAUCUGCUGGUCCUUGCAGGCAAAGCUACAGCCAGAAUGUCCGUUUGAAACUCCUAGCUCAUCUGUCACCGAGCUUCAUCCGAAUGUGCCACGGAGCUUGCUCUCCACUUCCUCCGUGCAGUGGCCCUGCCACAGCCCUCCCUCGGCACACUUUGACCCUUUGUAGGAUUGGAAUUAGCAGGACUCGGCUAUUUAAAGCACCAGUCUGGGGUCGCCUGGGCCCCUGCUGACCCCCUCCUCCAGAGCAGCCAGCCCAGCCCGGGAACAAGACGGACUUCCUCUCCCUUCGGACUCACAGCCUUUGCAGAGUCAAGCUCCACUUGAAGCUCACUCAGUAAUAUCCUUUCAAUGUGUUUUAUAUUGUUUUGACUGCCUUUUUUUGUAGAAAUAAAAAUUGACCUUAGAAUUUAUCGUCAGAUAAACUUGUAAAGAUUUGAAUAUUAAUGUCUUUUCAAGGCAAAUGGGAUUGUCCCCGCACUAGUAGAGAAUCCAUGUCGCUCUGACACCCCAAGGAAGCCGACGAUCCAAAUGCCGUGUGUCACCAACCCCGCUUCUGCCACUGGCGGCUUCCCUUCUUGGCUCUUGGGGGGGACUAGAUCCUGUGGAGAAGAUGACUUAAACUUUGCUUUUUGUUUUAAUUUUAAUUCUAUAACUUGAGAUCUUUCCGGGGCCUACAGGCGUGUAAGACAGCUUGGUCUGGUCUGUGCAGAAGUGGGGAGUGAUGGGCAGGUUCGGCAGCCUAACAUUGUUCAGGCGCAUGGCCCCUGCGGUGUGUACACGAACUCGGCUUCUUUUGUCCUAGGUACGCCAAGGGCAGGUUUCUGGAGACUCCCUUGUGCCCGGGAUGGCAAGGGCACCGGGCUGGCGUUUCCACAUCUGUCUUCAUUAGCAGAAAAGUGAUGAUGGAUUUUAUUUCACUCACACUCCAGUUUGUAAUAAAAUGCCAAAUUCUGUCAGCUAUCCAAACAAGCCACCAUUUGUUCUUGUUGCUUCUCUGGAUCCAGAAAUGUUGCCAUUCUUGGAAACUGUCCCAUUGCUUCGUAUUUCUGCCAACGUAGCUCUGCCUGCCUGUCAACCCCUCACUGCACUCUGCUCAUCACGGGAGGAUACCUGUGUGCCGGCAGCCCCUCAGGGACUCUCAGCCCUGGCACUGGCACCCCAGGGUUGGCCCCGUCAGCAGAGGCUUGGCUUUCGAGCCAGUGGGUGUCUCUCCUUUGGGCCUGGGCGGCUUGCUCCUGCCAGCCAUGCCUUCAGGGUAGGCUCUGAGCAAGCUGGCGAACAGCCCUGGCUGCUCCAAAACCAAAAAGCUGGGUCCUCUGGAGGAGGGGCGAGCUGUGGAGCAGCCACCCACUGCUGCCCCAAGCUCACUCAGGAAUUCACACCCGCCUGGUUUCUUGAAGUGUGCUGGGUCCUUCCCUCUGCUCCCUACUCCCCACCACGGCAGAGAAUAGGCUUUCUAAGAUGCUGCGAUCCCGUUCUGCUGCCCGUAAUAAAAAUGCUCUCAGACACUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-890.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -944.22
Frequency: 0.0000
Diversity: 844.98
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((..((.((((((.....((((((((((((((((((.....)))).((((((....((((..........))))..))))))................(((((..((((................(((((((..............))))).)).....((((..((((((..(((((.((((..((.((((((.....((...((..((((((...........................))))))...))...))))))))))..))))..((((((((((....)).))))))))...((((((((((((............(((((...(((.(((....))).)))...))))).(((((....((((((..((((((.((((.(........)))))((((((....((((.(((.(((((((((....(((..(((........)))..)))..(((((((((.((((........))))((((((.....(((....))).))))))........((((((((((((.(((..((((....))))..))).)).))))..))))))......................))))))))).))))))))).......)))))))))))))......(((((((......)))))))((((....(((((....)))))...)))).....(((((.((....)).)))))................))))))..)))))))))))(((..(((((((((.........(((((....((((.................))))..))))).(((((((.((.((((.....)))).((((((((((((((((..(((((.(((........((((.((.((((....))))))))))((((((((((((..((((((((((((..(((...........(((((((...))))))).......((((((..(((.....((..((((((.........(((((........((((((((((((....))))))))))))....((.((.(((..((.((((((.......)))))).)).))).)).)).)))))))))))..))........)))..))))))((((((.......)))))).)))))))))))))))..(((((((((((((((.(((.(((((((((.....)))..((((((((...(((((...(((...((((((((((..(((((...)))))))))...))))))..)))...))))).(((.((((((((.........(((((..........))))).....((((((((((((((((...............))))))((.(((((...))))).))........)))))).))))...(((((.((((..((..(((((((((((.((((......))).).)))))((((((.....))))))))))))..)).)))).))))).......(((.....)))....)))))))))))...(((....)))..........((((.((((..((((........)))).)))).))))..((....(((((((...)))))))....))((((........))))...........))))))))..((((((....))))))((((.((((((.(........).)))))).))))......)))))))))..)))))..((((.(...(((((.(((.((((((.....(((..(((((..........(((((.((((((...((((((((((((.((.((((((((((((((.........)))))(((..((((((((((((((((((.....((((..........))))..)))))..)))))))....).))))).)))))))))..(((((.(((...)))))))).....))).)))))))))))))).)))))).)).))))))))..))).....)).)))))))))))).).)))))))))))))).)))).))))))))...))))))))..)))).)))))).))))))(((...)))..)).))))))).)))))))))....))).((((((((.....(((((........)))))..((((.(((((((......)))).))))))).............)))))))).))))).))))))).........))).)).))))))..))))))))..))))).........))))))).)))))))............((...........))...(((((((((....((((((..((((..(((.((.(((((((....(((((...(..((((.(((((((..(((....((((........))))))).)))))))..))))..)...))))).)))))))))...(((((.((((((((((((((...((((.(((((..(((((((((((((.....((((.(((((...)))))))))..))))))((((.....))))..(((((((((((.........((((.(.((((((...)))))).).)))).)))))))))))......)))))))...)))))...))))....))))))).)))))))...))))))))..))))......(((((((................))))))).))))))......))).)))))).........))))))))(((.......)))))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
....((((((,(((((((............,.(((.(({,(((((,.((.{{,((((((....((((..........)))).,)))))}..,,.{(({.....}}}},{{,((((({{,,{{,,........{{(((((..............))))).}}..........,,{{({{{,((((((((((..{{,{((({{..,,,((({.({..((((((.,,....................},..))))))...})...))))))))}}..))),..((((((((((....))}})))))))...{(((((((((((..{{...,|...(((((...(((.(({....})).)))...))))).(((((....((((((..((((((.{(((,(.....,{{|||||(,(((,....{,|||,||}|,|||||{{....{{(({(((..,,.,{{||,...|}..(((((((((,{(((,,,,,,,.}}},((((((.{,..{||....)),.)))))),,......{{{{{{{(((,{.{((,,((((....)))).,))).}},}))}..}))})),.,,,........|,,...}}}))))))))).,},,))))).......)))))),,},,}}......,{(((((......))))})},,,}}||..{(({.,...{((((({...((({....})))....}))))))........))).,,.....))))))..))))))))))){({..(((((((((.........{((((....((((.............,.,.,,,,..}}}}|.(((((((,{,.((((.....)))).(({((((({{{{(({(,,{{{{(.(((|.......|{{{,{{,((((,,,.,}}}))))))|((((((((|||..|{{{{{{{{|{{,|,{{...........((((((,...,))))))......,{(||{{,,{{{....,{{..{{{{{{.........{{{{{|.......((((((((((((....))))))))))))....(({(,,({(,.((.((((((.......)))))).)).))}.}}}))}}}}}})))))}.,||...,....|}}..))))))((((((.......)))))).||,||||||||||||{.{({(((((((({(((.({,.{{{{{|{|{,,,.,|||{.{(((({((,..(((((,..(({...((((((((((..(((((...)))))))))...))))))..}))...))))).({{.((((((((,....,,,.{((({..........))))),,...{|{{{(((((((((((...{.....,.,...))))))||.(((((...))))).))...,,...)))))).}}}},,,(({{{.{(((..((..{((((((((((.((((......}}}.),)))))((((((.....))))))}))))}..},.}}}}.}}})),,|,,,|{{{,||,,))),...})))))))}})...,,{....))}||||.|||}||{((.((((..((((.,....}.)))).)))).}}},........(((((({...})))))),,,,}}||||,..,{{{{||,,..}}}}}}}..}}},,}}}..{(((((....)))))}((((.{(((((.(,.....,,}.)))))}.))))......||||||,||,,|||||..((((.(...(((((.(((.(((({{.....(((..(((((..,.......(((((.((((((...((((((((((({|{{.{{{|||.{{{{{|||.,,,,,,,)))))|||.,{{{{{{{{{(((((({{{,,,,,(({,..........)}}}.,},}},..}}}},,,....}})})))})))|||||}.,(((((,{{{..,}},}}}}}}},,.))),)})))))))))))).)))))}|))|))})))))..))}.....})|}))))))))))).,.))))))))))),}},))}).}))))})}..,))}}))))..}))),})))))}|}}}}}(({...,}}|.,|,))}}))).})))))))).,..))).(((((({{..,,,(((({,,......)))))..{(((.(((((((......)))).))))}}}...,..,},.,,.)))))))).})))).))))))}{(((.,.((({.{,,{........))},))))...)))){((({,((((....)))).}))))..}))}))),}},}}))}),,,,||||..,,}}))}|||}},}}},,|||,.|,|},,.,,{{.,{{|||{....{{(((.,,{..((((.(((((((..(((....((((.{,...,}))))))).)))))))..))))}})}}}}}})}.)))))))||{((({,..,,))))})})))}).)),}.},..((({.{,(.((((((((((..,..((((.(((((...))))))))),.)))))))))).).,...)))){((((((((({.........{(((.(.((((({...)))))).).)))),)))))))))))))..))))))))))}(((.((((((((((.(((........))).))))))}}))).)))(((.....))).))))))).,..))))))..{{((((((((((.((.,,,{...,....}}.)).)).))))).))))),)}.......................
Back